目暮等人對柯南的能力早就免疫了。目暮道，“現在剩下鑰匙了。犯人是如何把鑰匙放入水中的呢？”幾個警官開始猜想鑰匙之謎。柯南和千鈞在角落裡商量。柯南道，“還有兩個疑點。爲什麼犯人在柱子和門鎖上，不像牆壁一樣亂畫，而是故意整條畫呢？”千鈞一愣，“你不說我還真沒注意到這個，恐怕大叔他們也都忽略了。”柯南道，“很可能是犯人的障眼法。還有那個氣窗……很難想象犯人早就把那裡打開了。”柯南猛然驚覺，“打開的不僅僅是氣窗！”
毛利小五郎突然爆發，“我明白了！”千鈞和柯南一起吃驚，“真的假的？”小五郎自信滿滿，“我明白了，目暮警官！”目暮詢問，毛利道，“我收回前言，他不是自殺，而是被殺的。請大家跟我來。”毛利帶着大家來到玄關門口這裡，“要解開這把戲的關鍵，就是這個信箱口。”信箱口就在玄關門上，是爲了讓郵遞員投信方便。
毛利解釋，“犯人首先把一條線連接到模型上，然後拉到玄關這裡，從信箱口拉到外面。然後用鑰匙上鎖，再把鑰匙放到一條線上，把另外一條線晃動，鑰匙就慢慢往房間去了。經過模型的水中時，廁紙就遇水而斷，鑰匙就掉落水中了。”
小五郎很自得，“如何？這樣謎底就解開了吧？”目暮稱讚，“原來如此，不愧是毛利！”小五郎吐着舌頭哈哈大笑。千鈞腹誹，“怎麼聽都像服部平次曾經演示過的密室殺人手法。”柯南眼鏡一亮，“原來如此，所以纔會……”
柯南再次開始拆臺，“叔叔，我有點不太明白。這個玄關到客廳是個直角方向。”毛利問道，“那又如何？”柯南道，“如果把線從這裡拉到客廳的話，會在拐角的柱子上留下痕跡。”毛利和千鈞過去查看，很遺憾，柱子上沒有任何線痕或者摩擦的痕跡。
毛利徹底傻眼了，推理失敗。柯南思索，“犯人故意在柱子上塗蠟筆，是爲了讓人知道他不是用線去作案的。而且門鎖這裡也有。”毛利努力辯解，“我明白了。犯人是直接從信箱口利用線把大門的鎖給……”千鈞指了指鎖上的整齊畫痕，“顯然不是這樣的。”毛利蔫了。
毛利搖頭晃腦，“哦，對了，是氣窗！犯人就是利用剛纔那種方式，用氣窗做出來的。”目暮走到氣窗下，“理論上是行得通。”宗田太太道，“不，那是不可能的。”直子問道，“爲什麼呢，婆婆？”光江打開窗戶，讓大家向外看，“看到沒有，外面燈柱那裡有一隻狗。它可是一隻很棒的看門狗。除了家人之外，看到其他人都會狂吠。對吧，城戶？”
城戶苦笑點頭，“是的，我常常被它吠。”燈柱頂部的夜光燈燈光明亮，有很多昆蟲繞着頂燈飛動，狗就臥在下面。文良道，“原來如此。外面庭院如此空曠，如果有人在那裡做奇怪動作的話……”光江道，“它會叫得更大聲，很麻煩的。”毛利徹底喪氣了，“這樣也不行啊！目暮警官，看來真的是自殺了。”目暮也陷入沉思，文良叫道，“等等，浴室關閉的燈怎麼解釋啊？”高木道，“是啊，還要再想想。”
柯南低聲道，“不，他是被殺的。”千鈞道，“這我也猜到了。可是兇手是怎麼做到的呢？”柯南道，“犯人很可能是……”千鈞看向城戶，“嗯，被害者的傷口只有一個地方，一點其他傷痕也沒有。一刀狠狠地割下去，能夠這麼準確做到的，只有有醫學觀念的人，或者是特殊訓練的殺手。但是，到底是用了什麼手法呢？”柯南看向窗外的夜光燈，“等等，玄關的外套，整個房間都是蠟筆，還有……原來如此！所以纔會將氣窗打開了一半。變成了似密室又不是密室的密室。”
千鈞依然一頭霧水，想不通兇手是怎樣把鑰匙扔到水中的。柯南思索，“現在只剩下證據了。一定有什麼線索，一定有……”毛利等人都圍坐在模型前，仔細思索，希望能想出辦法。柯南覺得有奇怪的味道，是從城戶身後褲兜裡的手帕上發出來的。文良道，“那個模型塔上好像有甲蟲的氣味。”柯南急忙問道，“真的嗎，文良哥哥？”文良點頭，“是雌性獨角仙的，應該沒錯。”柯南暗喜，“說不定……”
柯南急忙向裡面房間跑去，千鈞跟了過去。宗田太太還在那裡發呆，柯南看見桌上倒扣的杯子，“這是婆婆裝果汁的杯子嗎？”光江點頭，“是啊！咦，奇怪了，阿真竟然會洗杯子……”柯南大喜，“果然，這樣證據就有了。”小蘭疑惑，直子有些好奇，仔細看着柯南的舉動。
目暮警官對城戶道，“謝謝你的協助，今天就到此爲止……”柯南跳起來大叫，“我知道了！”大家都是一愣，柯南笑道，“我知道犯人是用什麼手法了。”直子驚歎，“什麼？真的嗎，柯南？”柯南點頭，“嗯，我現在就做給你們看。婆婆，鑰匙借我。”毛利不屑，“笨蛋，你怎麼可能會知道？”直子笑道，“那可不定哦，大叔。柯南的腦袋與新一是如出一轍的，可不要因爲是孩子就小看他。”光江走出來，把鑰匙遞給柯南，“這樣可以了吧，小鬼？拿去吧！”
柯南笑着接過鑰匙，“謝謝。你們在這裡等一下，千鈞哥哥，文良哥哥，你們來一下，我需要你們的幫助。”千鈞和文良一愣，一起跟了上去。來到樓下的城戶房間，柯南從裡面取出了一隻昆蟲，獨角仙。文良驚歎，“原來這個城戶也是個昆蟲迷啊！”柯南向文良詢問了一些問題，得到確切回答後，三人再次返回4樓。柯南把那件藍色外套放在玄關地上，毛利疑惑，“喂，你到底想做什麼啊？”柯南笑道，“別問這麼多了。千鈞哥哥，等我出去後，把燈關掉。把這裡佈置成我們第一次進來時一樣。”
千鈞表示明白，“我知道了。”弄好了，柯南向外走，“準備好了嗎？我要開始了。請大家安靜。”柯南打開門來到外面。毛利哼了一聲，“一副神氣的樣子！”千鈞把燈關上。通過信箱口，柯南把獨角仙扔了進來，獨角仙身上綁着一把鑰匙。比較黑，目暮道，“好像有什麼東西掉進來了。”文良道，“是甲蟲，雄性的獨角仙！”獨角仙在藍色外套上爬了一會，忽然離開外套，順着走廊向裡面房間爬去。文良有些明白了，其他人都非常驚奇。
獨角仙拽着鑰匙，順利進入了裡面房間。毛利吃驚，“什麼？”大家急忙跟進去觀看，城戶的頭上出現汗。獨角仙爬到了模型上面，綁着廁紙繩子的鑰匙滑入了水中。獨角仙在上面爬行一會兒，廁紙溶斷，鑰匙掉入水底。獨角仙爬到了模型的紀念碑的最高處，然後起飛了，帶着剩餘的繩子，從氣窗飛到了外面。大家一起來到窗前觀看，獨角仙在外面繞着夜光燈飛翔。現在大家都明白了，千鈞把燈打開，柯南笑道，“如何？”直子抱住柯南，“哇，柯南，你太厲害了，虧你怎麼想到的！”
文良開始向大家解釋獨角仙的情況。獨角仙，又稱雙叉犀金龜、兜蟲。體大而威武。屬於鞘翅目，金龜子科。獨角仙爲益蟲也可以是害蟲，適當的數量不會造成森林的破壞；而數量過多的話，成蟲會對樹木造成嚴重的侵害。
獨角仙有着雄壯有力一隻獨角而著稱，因其角的頂端分叉。幼蟲生活在腐植土及朽木中，大顎犟壯有力，啃食腐植土及木材；成蟲則吸食樹汁爲生，飼育時可餵食蘋果、鳳梨等。雌雄異型，雌蟲無角，類似大型金龜子。獨角仙一年發生1代，成蟲通常在每年6－8月出現，多爲夜出晝伏，有一定趨光性。全世界具有大型犄角的獨角仙目前約有60種，其他犄角較小或不明顯的種類約有一千三百多種。
文良滔滔不絕，“獨角仙算是好看好玩又好養的昆蟲，成蟲力大無窮，可拉動比身體重數十倍的物品，看它狂而有力的振翅，竟能推動其堅硬而笨重的裝甲飛上天空，除了心裡充滿震撼之外，也算是照顧獨角仙的一大享受……”
目暮表示明白了，“千口，你不用再介紹了。原來如此，這就是犯人使用的方式。但是，爲何會知道選用獨角仙呢？”文良也笑了，“是味道吧。”柯南點頭，“在這模型的塔頂，沾有雌性獨角仙的味道，所以雄蟲就爬過來了。”小蘭問道，“那玄關放在地上的外套呢？”柯南道，“犯人是爲了讓獨角仙方便爬行，所以纔會放在那裡的。”文良解釋，“因爲如果是平地或者光滑的地方，甲蟲就很難移動了。”柯南道，“這裡的走廊和客廳都鋪着地毯，所以甲蟲很容易爬進來。”
目暮道，“就是說這裡的環境有利於犯人了。”高木擊掌，“柯南，你真厲害啊！但是剛纔的獨角仙，你從哪來拿來的呢？千口家那裡雖有，但太遠了吧！”柯南笑道，“我擅自把城戶先生所養的獨角仙拿來的。對不起，跑掉了一隻哦，城戶先生。”城戶有些緊張，“啊，不，沒關係。”大家的目光都轉向城戶，覺得這個人有點可疑。柯南笑問，“城戶先生，今晚我們去叫你之前，你進過這個房間嗎？”城戶急忙道，“不，沒進來過。”千鈞質問，“真的嗎？不會錯嗎？”
城戶惱怒，“當然，你們爲什麼這麼問？”柯南道，“那爲什麼城戶先生的手巾，會有婆婆自制的果汁的味道呢？”城戶大驚，本能地捂住褲子後兜裡還露在外面的手帕。柯南道，“婆婆拿果汁過來，是晚上五點左右。城戶先生，你把阿真先生喝過果汁的杯子洗過了吧？而且在那時，你用自己的手帕把掉落在地上的果汁給擦掉了。你爲什麼這麼做呢？”文良不知道從哪裡拿出一隻雄性獨角仙，“那是擔心雄性甲蟲會因爲果汁的味道比雌性甲蟲的味道還濃，而跑到模型以外的地方。”
城戶支吾不語，柯南道，“你把雌性甲蟲的體液塗在模型的頂端，以此來引誘雄性的獨角仙。多虧了文良哥哥非常熟悉這些甲蟲的氣味，才發現了這個秘密。”文良道，“利用無辜的可愛獨角仙來完成殺人事件，你真是可恨可惡啊！”大家一起汗，千鈞吐槽，“沒覺得獨角仙有多可愛！”宗田太太惱怒，“城戶，難道真的是你？”城戶無法狡辯了，目暮和高木、橫山一起圍過來，“請把身後的手巾拿出來，交給我們吧。”城戶苦笑，“我真是糊塗啊！布了這個局之後就非常興奮，忘了把手帕處理掉，就大喝慶功酒睡着了。”
目暮問道，“你爲什麼要殺害宗田真呢？”城戶慶彥道，“1年前，他提議從大學醫院把安眠藥偷出來賣，結果他現在卻說什麼不要玩了。我聽說今晚毛利小五郎會過來，怕他泄露出來後果不堪設想，就……”毛利大怒，“你這個混蛋傢伙！”千鈞道，“安眠藥並不是禁藥，就算被發現盜賣，也不會有多大的罪行，何至於殺人呢？”城戶哼了一聲，“罪行是不大。可是會影響我的畢業！我可不想辛苦讀了4年的大學，因爲這件事被拆穿而被校方勒令退學……”
文良也難於理解，“僅僅因爲這個就去利用獨角仙來殺人……”宗田光江忍不住上前狠狠給了城戶一記耳光，城戶皺了皺眉頭，沒有說話。宗田太太低聲哭泣，毛利嘆氣，“我想阿真他真的後悔了，所以纔會想不再繼續下去了。雖然現在講這些已經太遲了。其實人的生命，比你想象中的還要寶貴啊！”城戶似乎不屑一顧，文良道，“漠視生命的人，不配豢養這些生命歷程璀璨而又極其短暫的昆蟲！”毛利大聲道，“城戶，你就在監獄裡好好反省吧！花一個很長的時間！”城戶臉上終於有了愧色，橫山刑事過來給他戴上了手銬。
高木道，“千口，還要麻煩你一件事，如果你能幫我們把那隻幫兇的雄性獨角仙找到，就再好不過了。”千鈞汗，“喂喂，各位警官，你們不會想連這個也要存檔吧？”目暮警官道，“按照規矩，在案件完全結束前，所有相關的東西都要封存的。那隻獨角仙可是重中之重啊！”
直子好笑，“它應該早就飛走了吧？怎麼找呢？”文良嘆氣，“還是有辦法，不過比較麻煩一些。可以肯定的是，那隻獨角仙身上也帶有繩子，到時候就可以辨認出來。”結果就是忙乎到半夜凌晨，文良利用了很多雌性的獨角仙，在附近引來許多雄性獨角仙，終於找到兩隻帶繩子的雄性獨角仙，其中一隻是柯南放出去的。
證物蒐集齊了，文良用特殊的器皿裝好兩隻獨角仙，跟隨目暮等人去警局存檔備案。千鈞等人先回到毛利偵探事務所，直子要向小蘭借一件用品，順便給小蘭帶來一些她們不需要的物品。小蘭感嘆，“光江婆婆真可憐！”直子也道，“白髮人送黑髮人，人生最痛苦的事情莫過於此。”毛利嘆氣，“雖然不能代替阿真，你們女孩子有空就過去看看她吧。”小蘭和直子點頭。
直子忽然笑道，“不過今晚柯南的表現好厲害啊！就算新一在這裡，也不過如此吧。等柯南長大，平成年代的福爾摩斯與華森就該退居二線了！”小蘭笑着摸着柯南的頭，“是呢。我也很驚訝喲！”柯南急忙道，“沒有啦！因爲平時都在叔叔身邊聽着那些名推理……”千鈞笑道，“對，這就叫做名師出高徒！強將手下無弱兵！”毛利立即來了精神，吹噓道，“這就是耳濡目染！因爲我的關係，讓柯南在不知不覺中學會了如何推理！”毛利吐着舌頭狂笑不止，柯南汗，“叔叔還是好好學學怎麼推理吧！”
尾聲，城戶慶彥因盜賣安眠藥之事殺死宗田真，被法庭判處6年徒刑。柯南破獲水中鑰匙密室殺人事件，警視廳給以偵探團b級獎勵，錢由千鈞這個監護人轉給少年偵探團，元太等人對此大爲欣喜。這次的案件，利用了甲蟲來完成密室，在媒體上引起了轟動，在東京再次掀起了昆蟲熱。藉着這次事件的炒作，文良成功地賣出了更多的昆蟲，發了一筆小財，讓他的女友澤口雲靈頗爲欣喜。
;