四月，劉協在荀彧、張楊等人護送下，回至洛陽，逃往野王的董承也得以率兵還回。小皇帝的東歸之路整整走了十個月。獻帝以護駕之功，遷張楊大司馬，董承爲大將軍，郭太爲車騎將軍、劉琦爲驃騎將軍、假司隸校尉，皆假節。
洛陽經歷董卓之亂後，已成廢墟，劉協居於新修之南宮楊安殿，百官皆無住所，“披荊棘，依牆壁間”。時州郡貢奉不至，洛陽糧荒，郡臣飢乏，或有餓死者。君臣處境十分狼狽。
建安元年（196）二月，曹操在兗州站穩腳跟後，開始向外擴展勢力。時汝南郡、潁川郡，黃巾軍何義、劉闢、黃邵、何曼等部，各有兵數萬，趁曹呂相爭起兵攻掠城池。曹操率兵進擊，在許縣一帶擊破何義等軍，勢力發展到豫州，軍隊實力也有`所增強，漢廷拜曹操爲建德將軍。
攻下許縣以後，曹操與衆謀士商定迎接皇帝。於是派遣大將曹洪至洛陽迎接獻帝，董承等拒險阻擋，曹洪未能如願。
劉協回到洛陽後，荀彧暫留宮中聽用，被命爲待中。大臣張楊、董承等互相猜忌不和。議郎董昭認爲曹操是天下英雄，與曹操聯繫。董昭拉攏董承說張揚是袁紹黨羽，而袁紹又不願奉天子；而劉琦地處邊塞，好征伐。正好這時董承把持朝庭兵馬又無糧草，而朝中又沒有黨援，便假作曹操收信於董承，信中說曹操願爲董承外援，並說董承有兵，曹操有糧，正好互通有無。董承得信大喜，遂表曹操爲鎮東將軍，襲父爵費亭侯。不久，董承因郭太、張楊等據功自傲胡作非爲，暗中召曹操入朝，以制張楊等人。
五月，曹操帶兵入洛陽朝見劉協，一碗雞湯收買了劉協柔弱的心靈，然後奏郭太、張楊之罪。郭太再逃河東，獻帝因郭太等護送之功，詔令赦免。獻帝遂以曹操領司隸校尉、錄尚書事、假節鉞。曹操以護駕之功奏封衛將軍董承等十三人爲列侯，以罪殺侍中臺崇、尚書馮碩等三人，初執朝政。荀彧看穿曹操狼子野心，多次勸諫劉協，劉協不從。荀彧心恢心冷，急發書信與劉琦。
建安元年（196）六月，曹操入朝執政後，本想遷都於許縣，但因獻帝久經顛沛流離，形勢初定，怕再次遷都遭人非議，爲此猶豫不決。於是問計於議郎董昭。董昭說，現洛陽諸將人多意雜，不一定服從，要成就大事，只有遷都。董昭又對曹操說，行非常之事，纔能有非常之功，希望曹操深思熟慮，從大處着眼，早日決斷。董昭建議曹操先遣使拜謝董承表自己爲鎮東將軍的恩情，以安董承之心，然後對董承表示，洛陽糧食困難，先讓獻帝暫時到距離許縣較近的魯陽，以便保證糧食供應。董承居功自傲一定不會懷疑，然後將獻帝直接迎至許縣。
六月中旬，劉琦平定弘農全境，屯兵澠池，率三千神刀衛進入洛陽。
曹操、劉琦二人本就有舊，見面相互客套一番。
朝堂上，曹操已買通百官，勸說劉協遷都。荀彧已是百口莫辯，見劉琦低頭不語，也住口不言。劉協見迎他東歸的最大功臣不高興了，就更加爲難了，問劉琦道：“皇兄，這洛陽確實破敗，實在不適作爲國都。兄有何議？何不說出來大家商議？”
“陛下即欲遷都，何不遷往晉陽？穎川多賊亂，而幷州安定多年，驃騎將軍勤政愛民，晉陽城的繁華已不下當日的東都。”荀彧再次反駁。
曹操此時豪氣縱生，對着滿朝文武道：“我袞州如今兵強馬壯，帶甲三十萬，戰將數千員，平定穎川、汝南亂軍只用了月餘時間。且許縣居中原腹地，地廣人多，重建新都，聚華只不過年餘時間。而幷州地處邊陲，山高路遠，又有胡蠻邊患，陛下九五之尊，豈可居於那苦寒之地？”
“是啊……”
“曹將軍所言極是！”
……
滿朝文武都怕了吃苦，又得曹操賄賂，紛紛應和。
劉琦低頭在沉思，他不是在考慮如何奪走皇帝，而是在想如何讓皇帝跟曹操走，而自己又能寬得荀彧的心，要讓他覺得自己的心永遠是忠於漢室的。只有荀彧服了，回去纔好說服身後那一羣學究們。
“……”荀彧還待辯說，被劉琦揮手阻止。
“陛下，臣奉聖命，出兵討李傕，又派荀彧高順護送陛下回京，只想護我漢室尊嚴，讓陛下可以親掌大權，重振漢室朝綱。文若所說亦臣所想。陛下是君，君有所想，臣沒敢不從！”劉琦一席話說得慷慨激昂，好一副忠臣姿態。
衆人眼中劉琦似乎有些愚忠，亦或怕了曹操大軍。可荀彧眼中劉琦卻是無比高大的，居功而不擅越的忠臣形象。
奈何劉協剛剛嘗試獨掌朝政，面對一羣有功之臣，公說公有理，婆說婆有理。難以決斷！
連議三日，最後還是選擇了支持率效高的曹操。
劉琦目標達成，又賺得聲望，本是欣喜萬分，卻又要顧及荀彧的失落，裝着面色難堪。
曹操得天子應允後，心情愉悅，採董昭之計瞞過董承。
等董承獲悉真情，起兵阻截時，已經來不及了。於是當年六月，曹操終於將獻帝迎至許縣，遂以許爲都。劉琦留黃忠鎮守弘農，帶荀彧、典韋、高順領六千強軍渡過黃河，彙集大陽張白騎守軍攻伐逃往河東盤踞的郭太、李樂所部。
離開洛陽後曹操哈哈大笑：“子瑋雖有文韜武略，卻行事過正，終歸太年輕啊！哈哈……”
他哪裡知道暫時的得志只不過是劉琦給他挖下的一個巨坑，他哪裡會知道自己會從能臣變成漢賊。可劉琦知道，而且早早地算計了他。
七月，獻帝以曹操爲大將軍、封武平侯。八月，曹操進討董承，董承兵敗投降，入朝爲官。曹操攻佔樑縣，遷都於許，在政治上取得了挾天子以令諸侯的優勢地位。
袁紹得知，遣使勸天子改都離冀州較近的鄄城，以便控制朝政，被曹操拒絕。不久，獻帝拜袁紹爲司空，袁紹恥於位在曹操之下，不肯接受，因袁紹實力雄厚，曹操一時還不敢得罪，於是將大將軍名號讓與袁紹，自己改任司空、行車騎將軍。遷都許縣之後，曹操將獻帝緊緊控制在手，以親信充任皇宮衛士，專斷朝政，獻帝備位，百官總己而聽。曹操又以親信謀士荀攸爲侍中、守尚書令，自己出徵，便由荀攸總理朝政。從此，大權一歸曹氏，漢家天下已有名無實。
可憐大漢天子劉協，始終沒有擺脫傀儡的命運。