軍隊的進步和戰鬥力的維持不僅僅在於武器的更新換代，更在於軍官和軍事制度，蕭如薰給大秦制定了很多行之有效的軍事制度，所以秦軍躍進的步伐一直都沒有停過。
從一支傳統意義上的造反的軍隊發展成現在這支紀律嚴明行動快速的軍隊，超脫了古代軍隊的限制，無限向近代軍隊邁進，蕭如薰所做的一系列的安排是主要原因。
爲了不讓這支軍隊的戰鬥力退化，不讓軍人的地位再次回到宋朝和明朝中後期的地步，蕭如薰建立了軍校。
不僅僅在北京建立了一所，隆武三年年初又在天津建立了海軍軍校，並且在南京建立了南京中央軍事學院和南京海軍軍校，將軍校擴充到了四所。
之後，蕭如薰還有擴充軍事院校的計劃，爲的就是將軍人的素質整體拔高，提升到再也不會被文人嘲諷爲丘八的地步。
而且同時，將這些從一開始就接受了嚴格的政治教育的年輕人投入到軍隊之中，從最基層開始對大秦軍隊進行潤物細無聲的大換血，從根本上解除軍隊大將擁兵自重造反的可能。
從古代的部曲私兵制度一直演變到唐末藩鎮割據，軍隊大將擁兵自重一直都是各大王朝的心頭之患，爲此，王朝統治者甚至不惜自廢武功，自宮，導致了極其嚴重的局面。
蕭如薰自己就是軍隊大將擁兵自重造反的典型，建立大秦王朝之後，不少人都暗自揣測蕭如薰肯定會學習明太祖殺功臣，再不濟也要學習趙匡胤來個杯酒釋兵權。
但是令他們吃驚的是，蕭如薰既沒有殺功臣，也沒有杯酒釋兵權。
大將還是那些人，地位更高，權力更大，統兵數量也更多，沒有殺人，沒有罷免。
有些人還覺得這是還沒有到卸磨殺驢的時候，皇帝一定會在北伐之後開始着手清洗掉這一批元老功臣，朱元璋也不是剛立國就下手的不是嗎？
對於這種看法，蕭如薰只會說他們想太多了，蕭如薰不會隨便殺人的，只要沒人在明面上扯大旗造反，他是不會殺跟着自己起兵造反的功臣的，因爲沒什麼必要了。
從鎮南軍建軍開始，蕭如薰就堅持和底層士兵打成一片，堅持越過大將直接對基層軍隊下達指令，培養軍隊習慣聽從最高指揮的習慣，各種越俎代庖讓所有人習慣他的行爲。
另外還通過教育士兵識字的機會，長期給士兵灌輸忠於最高統治者的理念，從最底層每一個士兵開始做起，告訴他們自己應該效忠的對象是誰，是誰給他們飯吃，給他們衣服穿，一直不曾停歇。
到建國初期，蕭如薰不敢說自己多麼厲害可以掌握每一個士兵的心，但是至少軍中將領要想帶兵造反，是聚不起規模的。
很多人的擔憂打從一開始就不成立，因爲蕭如薰從最建軍一開始就對軍隊的思想教育抓的非常徹底，一直不曾放鬆過。
建國以後，藉由權力和地位建立軍校，從最開始培養忠心耿耿滿腦袋都是效忠皇帝效忠大秦觀念的基層軍官，計劃通過他們給軍隊進行大換血，一批一批的進入軍隊基層，逐漸將基層軍官全部替換掉。
然後，通過他們直接指揮普通士兵，用識字教育和基層軍官的帶領，將軍隊完全培養成效忠皇帝和大秦的軍隊，任何中高級軍官將軍都休想用他們來做私事，比如造反什麼的。
秦軍改組給了蕭如薰最好的契機，將軍隊打散重組，把一千名軍校生編入其中，隆武四年又編入一千名軍校生。
等隆武五年秦軍改組基本完成的時候，三千名軍校畢業的基層軍官已經把持了一百萬秦軍正規軍當中的相當一部分基層軍官職位，而原先的舊軍官則向上升級，進一步和基層士兵隔離開了。
而從明年隆武六年開始，每年都會有兩千名軍校畢業生進入軍隊裡，充實每一支軍隊的基層軍官職位和軍隊裡的要緊職位，在幫助秦軍完成近代化的同時，足以將軍隊牢牢的控制在中央朝廷，控制在皇帝手中。
這支軍隊是絕對的秦軍，而非任何一支私家軍隊，無論天南海北，都是一樣的。
海軍也是如此，海軍軍校畢業生們也將進入大秦皇家海軍之中，擔任基層軍官職位，先實習，後就任，從下往上完成海軍的大換血，將江大海等一批鎮南軍舊將在基層的影響完全抹掉。
讓高級將領成爲傳說，成爲尊榮的象徵，而非實際掌握軍隊的存在，這是蕭如薰不用屠殺功臣不用杯酒釋兵權的原因所在。
雖然最早幾年工作極度繁忙，支出相當多，但是當最艱難的時期熬過去之後，等成功顯現出來，紅利出現的時候，就是難以想象的爽和暢快了。
秦軍的近代化基本完成，秦軍的標準建設化從下往上逐步遞進，八大兵團主帥地位尊崇，權力很大，可是關鍵在於，非戰時沒有參謀部調令的情況下，他們最多隻能調動五十人的親衛隊外出辦私事。
訓練？
不用麻煩，訓練好了給你送來。
訓話？
不用麻煩，基層班長副班長每天早上起來帶着士兵們面向大秦飛龍戰旗和皇帝親自手書『大秦軍魂』喊話。
日常拉練？
不用麻煩，以營級軍隊爲組織，高級武將只要下發通知就可以，各級軍隊會自己按照規章制度準備好完成好，直接檢查就可以了。
大秦軍隊裡規章制度之完善令人咂舌，大到行軍作戰小到大小便洗手都有明確的流程和規定。
什麼時候做什麼事情，什麼事情怎麼做，有需求如何申請有冤屈怎麼請人做主都有標準流程。
起牀、洗漱、跑圈、吃早飯、洗澡、上午鍛鍊、午飯、午休、下午鍛鍊、晚飯、晚學習、熄燈睡覺，這是一整套標準流程，各種生活規章制定也十分完善，每個人都要照樣做，不照樣做的會被懲罰。
如此細緻的規定之下，在軍校生畢業的軍官的帶領下，軍隊開始了全面的自我革新，在軍官帶領和軍規嚴懲的雙重作用下，秦軍用極短的時間就擺脫了舊面貌，展現了全新的面貌。