後來他又去了韶州，在韶州建立了第二個傳教基地，在這裡，他開始深入探究中國社會的奧秘，並且利用士人對西方世界的好奇心打開了局面，還得到了瞿太素這個友人和弟子，在瞿太素的介紹下，利瑪竇進入了士人的圈子，開始了廣泛的和中國人的交流，並且開始蓄髮蓄鬚，傳儒士服裝，棄僧侶服裝，進一步融入中國。
這期間，他用自己製作的地球儀和玻璃器皿、世界地圖以及西式時鐘，這些東西讓中國士人們非常感興趣，由此利瑪竇聲明大顯，被人稱之爲“西儒”，不過和他之前遇到的情況一樣，真正對天主教感興趣的人很少，大多數士人只對他所介紹的西式科學和天文地理感興趣，極力向他請教。
利瑪竇經歷了傳教的挫折之後，知道要想讓中國人信奉天主教，就不能直接來，他們有自己的信念和信仰，並不那麼容易取代，而且中國人對教權毫不在意，他們是世俗國家，沒有任何一個宗教可以挑戰中國的世俗權力並且把持中國的政權，中國的社會也不接受，瞭解到這些之後，他就以傳播科學爲手段，進而傳播天主教義，還用玉皇大帝等概念偷換了原本的教義，試圖讓中國人接受。
蕭如薰見到利瑪竇的時候，利瑪竇在瞿太素的陪伴下，穿着一身儒服，戴着儒冠，留着長鬚，穿着布鞋，彬彬有禮，慈眉善目，如果不是這幅面容和髮色瞳色的不同，還真就是一箇中國的傳統儒者，而不是一個西方傳教士。
他爲見到蕭如薰討蕭如薰的歡心，本來也打算使用贈送地球儀和玻璃器皿等方式，不過瞿太素對他說蕭如薰是武將，可能更喜歡火器或者西洋刀劍，這樣叫做投其所好，也是中國文化之一，於是利瑪竇一邊感嘆中國文化的豐富多彩，一邊準備了手槍火槍和西洋劍等武器。
見到蕭如薰之後，二話不說，先送上禮品，蕭如薰一看，頓時眼睛放光。
手槍就算了，西洋劍蕭如薰也不感興趣，真正讓他感興趣是那杆長槍，那就是蕭如薰正在着手製作卻還沒有製作完成的燧發槍！
燧發槍此時應該還沒能完全取代火繩槍，技術還不是非常純熟，甚至被軍隊將領拒絕使用，但是既然有了，有了技術，蕭如薰就非常高興了，這個技術只要搞定了，仿製出來，那麼他自然有辦法繼續往上推進。
大喜之下，蕭如薰接見了利瑪竇和瞿太素，和他們親切友好的交談着。
“利瑪竇先生來我大明已經很久了，在下在廣東這片區域也時常聽到先生的名字，久仰大名，今日一見，先生果然氣度非凡。”
蕭如薰親自給利瑪竇倒了一杯茶，利瑪竇連忙站起，用完善的中國禮儀迴應着蕭如薰的禮貌。
“不敢不敢，老夫不過是受人所託來拜見將軍，將軍纔是年輕有爲，大名如雷貫耳，老夫在廣東都聽說了將軍打了一場大勝仗的消息。”
利瑪竇小心翼翼地打量着這位年輕的大明將軍，這位將軍在傳說中擊敗了二十萬日本軍隊，僅僅憑着手下的四萬人就把一個國家打的四分五裂，現在出現在這裡，是要去打另外一場仗，而不是來當親善使者，這樣大的名聲讓遠在菲律賓的西班牙人十分不安，所以才通過澳門的關係找到自己，想讓自己拜訪一下這位將軍，詢問他的意圖。
瞿太素說，大明的將軍大多數都沒有什麼禮貌和友善，對待士人也不友好，但是尤其是像蕭如薰這樣的憑軍功封爵的大將軍，在近些年的大明國更是鳳毛麟角，極其罕見，所以脾氣一定不小，他也沒有端着架子等着蕭如薰來拜見自己，而是親自前來，就知道這一片地區的士人對這位聲威赫赫的將軍的態度。
不過真的見到了這位將軍，卻發現這位將軍出乎尋常的溫和禮貌，穿着常服，而沒有穿軍服，面目英俊，身材挺拔，面白無鬚，舉止文雅，連瞿太素都爲之感到吃驚，覺得面對的像是一個青年士子，不是一個斃敵二十萬的殺氣騰騰的將軍。
蕭如薰走到瞿太素的身旁也爲他倒了一杯茶，瞿太素連忙謝過。
“哈哈哈，打什麼大勝仗，不過是我國皇帝陛下的聲威所致罷了，倒是利瑪竇先生和瞿先生，送上這樣的禮品，是受何人所託來找我呢？又有什麼重要的事情呢？”
蕭如薰坐回自己的位置，笑盈盈的看着兩位。
利瑪竇顯然對中國現在的社交辭令非常瞭解，便拱手說道：“實不相瞞，老夫是受澳門佛朗機人總督所託，前來詢問一下將軍帶領這樣大的一支軍隊到南洋來的目的。”
蕭如薰端起茶碗了喝了一口茶，笑道：“目的？目的是軍事機密，怎可外傳？倒是澳門的佛朗機人不老老實實的做生意打海盜，關心我的目的做什麼？”
利瑪竇忙道：“將軍有所不知，這澳門的佛朗機人，現在是歸呂宋之地的佛朗機人管轄，呂宋之地的佛朗機人看到將軍那麼大的船隊過來，所以有些擔憂，害怕，不知道將軍此來是爲了什麼。”
蕭如薰明白了，自己率大軍南下的消息已經傳到了菲律賓的西班牙人耳朵裡，這些傢伙擔心自己是表面上打緬甸實際上是攻打菲律賓，看到自己的艦隊實在是太龐大，沒有戰勝的底氣，便託人來詢問目的，儘量避免戰爭。
“呂宋？本將記得呂宋曾是我大明的藩屬國，怎麼突然就成了佛朗機人的了？你們不在泰西之地好好兒的待着，大老遠的跑到南洋來，所爲何事啊？”