天王寺此戰過後，織田信長在石山本願寺的四隅建築十個付城，天王寺由佐久間信盛、信榮父子、進藤賢盛、鬆永久秀、久通父子、水野守隆、池田孫次郎、山岡景宗、青地元珍入駐。
住吉的港口也設有要害，由和泉水軍的真鍋七五三兵衛跟沼野傳內把守，進行海上警戒。
但接納了足利義昭的毛利輝元，也正式決定跟織田信長斷交，雙方立場轉爲敵對，而織田家臣原田直政在戰死後，受到織田信長追究責任，其一族也失勢沒落。
天王寺一戰，作爲一向一揆中堅力量的雜賀衆損失慘重，首領雜賀孫市戰死，鈴木重秀爲新的雜賀孫市。
同時織田信長被打傷了腿，而且西國毛利家加入戰爭，播磨局勢危急，織田信長決定先養好腳傷，養傷期間聚集兵力。
他要畢其功於一役，徹底剿滅石山本願寺的一向宗。
石山本願寺的顯如在天王寺一敗之後有些驚慌了，不得不四處頒發法旨，凡是沒有前來石山本願寺援助的一向宗信徒全部除籍。
在這樣嚴厲的法旨下，大量一向宗信徒全部往石山本願寺聚集。
畿內的異動源源不斷傳到織田信長的這裡，這讓他十分驚懼，這樣更加堅定了消滅石山本願寺的決心。
在京都，雖然有兩千織田軍，兩千武田軍，還有一千天皇衛隊，但是周邊聚集起來的一揆衆也讓天皇和公卿膽戰心驚。
天皇也很崇尚佛法，京都內的公卿們也和很多佛門藕斷絲連，於是一些公卿找天皇商議，讓幕府大將軍和太閣與石山本願寺和談。
原本內閣首領是應該叫首輔的，不過織田信長覺得這樣就跟大明一樣了，於是決定換一個稱號，羽柴秀吉進言取名太閣，織田信長欣然接受。
正親町天皇也有一些意動，不過他沒有自作主張，而是找來了關白近衛前久。
儘管近衛前久頂着關白的名號，不過他頭上還有太閣織田信長。這幾天他也知道公卿們的一些動作，所以對於天皇的召喚已是意料之中的事情。
近衛前久面見正親町天皇，禮儀十分恭敬。
正親町天皇說道：“關白，如今畿內一片混亂，愛卿們都說京都外到處都是一揆衆，而京都只有五千守軍，可有危險？”
近衛前久回道：“陛下不必擔憂，將軍殿下正在修建的二條御所處有六千守軍，兩萬民夫，危難之時，也是一批援軍。
而且京都外丸的城垣上有將軍殿下支援的國崩，要想拿下京都至少三萬精兵，要是外面的一揆衆，就是十萬，京都也是固若金湯！”
正親町天皇暫時鬆了一口氣：“吾知太閣與大將軍都想平定天下，不過一向宗和顯如上人都是佛門中人，與太閣和大將軍不應該是敵人。
與一向宗爲敵，只會拖延太閣與大將軍的計劃，不如派出使者，以吾的名義，讓兩家和談？”
近衛前久回道：“這樣的話，是否要告訴太閣一聲？”
正親町天皇想了一下：“是要告訴一下太閣，要不關白辛苦走一趟？”
近衛前久想了一會兒，這個時候，在公卿裡能和織田信長說上話的也就他了。
“嗨，臣下遵旨。”近衛前久頓首示意。
隨後近衛前久打着天皇的旗號，一路上都沒有人招惹。
正在養傷的織田信長一臉疑惑地看着風塵僕僕的近衛前久，問道：“近衛關白，京都發生什麼事情了？你居然要親自來？”
近衛前久頓首道：“太閣大人，如今京都附近出現一揆衆，人數多達四萬人，一些和石山本願寺有關聯的公卿畏懼一向宗的勢力，慫恿天皇陛下與一向宗談和。”
“談和？！”織田信長提高了聲音，“看看我腿上的傷口，都是爲了這羣只會嘴巴的公卿，是誰提倡的議和！”
近衛前久出言道：“太閣大人，其實與一向宗議和也沒什麼，只要太閣大人擊敗西國毛利，那四國九州等大名也會望風而降。
屆時，將軍殿下也在關東擊敗關東大名們，天下一統穩定，到了那個時候，太閣大人和將軍大人一起征討一向宗豈不是更加容易？”
織田信長皺眉看着近衛前久：“雖然我不想承認，但是你的提議確實有道理，近衛關白肯定不是單獨跑來和我說這些的吧？”
近衛前久點頭道：“是的，京都裡的公卿們能和太閣大人說上話的也就在下了，這次在下前來與太閣大人說一下議和的事情，大人答應之後，在下就去石山本願寺議和。”
在織田信長的默許下，近衛前久喬裝打扮之後，帶着正親町天皇的親筆信進入石山本願寺。
顯如上人對近衛前久不是很陌生，對於近衛前久的態度很恭敬。
近衛前久從懷裡拿出一封書信，說道：“顯如法師，弄到今天這樣的局面又是何苦呢？”
顯如上人有些不悅道：“關白大人，這件事情怎麼能怪我們一向宗呢？明明是織田信長咄咄逼人，本座也是忍無可忍，纔出兵討伐他的。”
近衛前久也不好說什麼了，織田信長從“前年以來”，也就是擁立足利義昭“上洛”以來，爲將軍家復興徵收的軍費五千貫是一個難題，但本願寺很快就上交了。
因此，織田信長在此以後也向本願寺出過“難題”。然而，這卻似乎是本願寺無論如何也沒法答應的。面對拒絕了“難題”的本願寺，信長通知他們：要將其破壞。
織田信長通知要破壞的，是指本願寺寺內町的八個町，還是指以“御坊”爲中心的本願寺寺院部分，又或者二者都是被破壞的對象。
與信長對於本願寺的態度可以進行比較的是信長對堺的態度。堺拒絕了兩萬貫軍費的要求，採取抵抗的姿態。對此，信長表示：要將其破壞。
信長命令破壞堺，對其施以威脅。然而，堺的大商人組織會合衆終於在信長的要求面前屈服，織田信長任命千利休爲堺近郊的堺五莊的代官，並命令家臣鬆井友閒作爲行政官常駐堺，將堺變成他的直轄地。
這樣看來信長的意圖並不是要破壞堺，而是想要控制堺的經濟、貿易，以及火繩槍等兵器製造業。
從堺的事例來看，雖然信長對本願寺說要“將其破壞”，但這只是一種威脅，事實上他的目的是要控制本願寺掌握的財力，寺內町的手工業和商業、貿易等經濟實力。
本願寺掌握着巨大的財富：本願寺宗主掌握金銀之數甚多，日本財富的大部分都歸他一人所有。（《耶穌會士日本通信》永祿四年八月十七日）這是葡萄牙人傳教士加斯帕·費雷拉給印度耶穌會所寫的報告裡面記載的。
這個記載有些誇張，但事實上，本願寺將全國信徒交上來的獻金轉化爲巨大財力，並和細川晴元這樣的強勢大名、青蓮院門跡以及前關白近衛前久接觸，他們也向本願寺尋求經濟援助。
另外，本願寺也通過公卿與天皇接近，爲因財力不足而無法舉行即位儀式的天皇提供經濟支持，因此得以躋身門跡寺院之列（谷下一夢《顯如上人傳》）。
顯如十七歲的永祿二年（1559）十二月，正親町天皇在本願寺的資助下才得以即位。
這樣，本願寺運用財力，依託緊鄰大阪灣的地利，與堺商人合作建造渡明船，試圖發展與明朝的貿易。
此外，在大阪視察的方濟各·沙勿略也向印度總督建議，與大阪開展貿易有利可圖，應該推行。這件事發生在顯如的父親證如的時代，此時石山本願寺已經具有了不亞於堺的經濟實力，並也獲得了能夠發展海外貿易的地利之便。
因此，織田信長想要的，就是本願寺所在的大阪這塊地，以及支撐本願寺寺內町的生產力和運輸能力。
如此看來，織田信長出的“難題”，就是要讓本願寺御坊從石山搬出去。
本願寺起兵之後的九月二十九日，曾在本願寺暫住且起兵的時候可能就在寺內町的前關白近衛前久，給顯如寫了封信，在信中說本願寺的起兵是無謀之舉。對此，顯如回信說：信長肆意妄爲，本願寺實難忍受。（《顯如上人文案》）
換言之，信長出的“難題”，對於本願寺而言實在是無法忍受之事。即便如此，信長還是威脅說，如果不答應自己的要求，就會大肆破壞。
這裡說的破壞，與其說是針對包括寺內町在內的石山本願寺全境，不如說是破壞本願寺的御坊。
過去，信長在進攻美濃齋藤氏的時候，是在對齋藤道三所設立的加納自由貿易市場加以保護的前提之下，對稻葉山城的齋藤龍興發起進攻，並把他驅逐出去的。
再者，在使木曾川沿岸交通要地上的富田聖德寺屈服的時候，信長也答應保護寺內町，這纔將其置於自己的控制之下。
順便說，這個聖德寺就是織田信長和齋藤道三曾經會面的那個寺院。
《信長公記》卷首記載：這個叫富田的地方，是個有七百戶民家的富貴之處。大阪（石山本願寺）向這裡派遣“代理坊主”，這裡還持有美濃、尾張的守護所頒發的“判形”（稅賦雜役免除文書），享有特權。
可見，這裡也從領主那裡得到了“寺內特權”，愈發繁榮起來。
由此可以想見，織田信長意圖通過讓本願寺御坊從大阪搬出去，獲取對寺內町的控制權，進而掌握具有貿易實力的大阪全境。
如果不把本願寺從大阪搬出去的話，就毀壞御坊。織田信長所出的“難題”就是這個吧。然而，面對這樣的要求，本願寺是無論如何也不能接受的。
石山本願寺是第八代宗主蓮如開創的，這一點自不必說，自京都山科的本願寺毀於兵火以來，歷時四十年，此地已經成爲憑本願寺自己的實力構築的佛法之城。失去石山，不僅是背棄蓮如的遺訓，還可能使宗主親鸞聖人的法脈自此斷絕。
在顯如給近江中郡信徒的書信中有這樣的話：爲保開山祖師所創的門派不遭滅頂之災，望各位不惜性命，恪盡忠誠……
離開此地就會導致門派斷絕，從這句話中，可以看出本願寺的危機感。信長出的“難題”，被他們視爲對本願寺和本願寺信仰之存續的否定。
信長之所以堅持要本願寺撤出石山，主要來講有兩大戰略意義。
首先第一點，讓本願寺屈服，從大阪退出去，可以弱化那些還與各地大名勾結的本願寺信徒的勢力。特別是支持三好三人衆的阿波、贊岐的信徒，以及與淺井長政、六角承禎協作的近江信徒。一般認爲，他們的背後有本願寺的指示。
因此若能擊敗本願寺，那麼本願寺將失去凝聚力，各地的信徒勢力也就像斷了線的風箏一樣，一定會陷入各自爲戰的狀態。
信長已經將尾張信徒的中心富田聖德寺據爲己有，此外，連接美濃和京都之間的道路上的大津通往京都入口處的近鬆顯證寺、京都大阪往返必經之地的澱川流域的攝津高槻富田教行寺，還有河內招提的敬應寺、枚方的順興寺、八尾久寶寺的顯證寺，這些寺內町都已屈服於信長。信長向他們下發朱印狀，保證他們的安定。
這些寺院、道場並未受到破壞，信長是在保證寺院和寺內町存續的基礎之上，對其實施控制的。
這樣想來，如果本願寺也服從信長，本願寺和寺內町的存續也能得到信長的保障。面對統率各地信徒的本願寺，信長唯獨對大阪之地的存續不予認可。
這其實是織田軍“武家”統轄天下的邏輯與大阪的信徒、百姓同心自治的中世式的邏輯之間的矛盾。藤木久志提出了一個具有重要意義的觀點，即織田信長的目標是對後者的完全掌控（《統一政權的成立》，巖波講座《日本歷史》第九卷）。
另外，信長的戰略目標的第二點，前面已經提到，就是看中了石山本願寺所在的大阪的地利。
十年後本願寺從這裡撤出，織田信長以此爲城郭，將這裡作爲進攻毛利氏和四國長宗我部氏的據點。我們知道在信長死後，羽柴秀吉也在這裡築城。這裡是面朝大阪灣的上町臺地最高處的尖端部分，地理條件非常優越。
而且這裡還鄰近澱川、大和川等河流的入海口，可以作爲港口使用。這裡已經作爲繁榮貿易港堺和兵庫之間的新興貿易港，引起了世人的矚目。