五月五日，兩派軍隊首次交戰，上杉景虎和妻子逃出春日山城，進入山內上杉憲政的居城御館城。上杉景勝馬上引軍包圍御館城。
上杉景虎的兄長北條氏政向武田勝賴求助，武田勝賴答應五月二十九日進軍上杉境內。
然而上杉景勝以一部分領土割讓、黃金一萬兩、並娶武田勝賴的妹妹爲妻等一系列條件使武田勝賴答應退兵。（一說是景勝以黃金兩千兩賄賂勝賴的重臣長阪長閒、跡部大炊助）北條氏政見武田家退兵，9月北條方氏照、氏邦出陣，攻入上杉境內。越後樺澤城、阪戶城以及鄰近諸城落城。
上杉謙信的死讓反抗織田武田的聯軍氣勢一滯，特別是爆發“御館之亂”，這導致甲相越三國同盟出現破裂，由於北條氏政出兵援助上杉景虎，武田勝賴失去了兩大援助。
因此，武田正信覺得進攻武田勝賴的時機已經到了。
不過，本多正信出言道：“將軍殿下，儘管上杉家因爲家督的位置出現內亂，但要是我軍此刻出兵的話，只會引起武田勝賴，北條氏政兩人的警覺。
到時候三方一定會在最短的時間內結束上杉家的內亂，來抵抗我軍。所以臣以爲，應當在上杉家的內亂中，扶持弱者，奪取最大的利益。”
武田正信每天微皺：“官兵衛，你也是這麼想的嗎？”
黑田孝高遲疑了一下，隨後點頭道：“是的，殿下，臣也是這麼認爲，進攻武田勝賴的事情還需要緩一緩。”
武田正信見兩位軍師都不同意出兵的事宜，說道：“既然這樣的話，那就派人去聯繫上杉景虎，告訴他，只要他同意帶領越後歸附幕府，他就是東越後的藩主。”
本多正信依照武田正信的命令派遣使者秘密前去御館面見上杉景虎，此刻的上杉景虎還有一些支持者，就連上杉軍中猛將北條景廣也站在上杉景虎這邊。所以上杉景虎並沒有同意武田正信的條件。
當然上杉景虎也沒有直接拒絕，而是暫時拖住，畢竟他哥哥北條氏政的軍隊還有前來援助他，他心裡也沒有底氣。
上杉謙信的死不僅影響了關東的戰事，同時，也影響到了西邊的事情。
在知道上杉謙信已死，關東那邊恐怕沒人可以壓制武田正信，局勢逐漸崩壞的情況下，荒木村重最爲倚重的家臣中川清秀，高山重友向織田信長投降。
對此，別所長治失去盟友支援，三木城被織田軍圍困。有了後勤補給的尼子家擋住了毛利家的侵攻，這讓反抗織田武田的聯軍陷入困境。
織田信長看到時機已經成熟，於是決定再次攻打津川口，斷絕石山本願寺的補給。
在武田軍警固衆學習一番的九鬼嘉隆回到居城鳥建立起造船基地，設計製造鐵船。九鬼嘉隆吸取舊式的軍船、明朝船隻以及歐洲船隻的優點，設計製造了一種全新的軍船。這種軍船寬七間（約12m），全長十二間（約21m），相對於當時其他的軍船來說，是龐然大物了。巨大的船體是用最好的木材構築而成，最外層覆蓋鐵板用於加固和阻燃。這就是戰國時期著名的“鐵甲船”。
在武田家的幫助下，經過一年多的精心準備，九鬼嘉隆建造了六艘這樣的安宅船。同時爲了發揮九鬼水軍擅長的炮擊術，又在船頭和側面各安裝了3門大炮。
艦體全身覆蓋鐵板的軍艦，在當時的世界是非常珍貴的。在傳教士路易斯·弗洛伊斯給葡萄牙王國的報告信中提到，“（這）和王國的船相似，這種船在日本能夠被建造出來實在令人吃驚”。而由於消息封鎖的嚴密，毛利水軍對此毫無察覺。
天正六年六月二十六日，九鬼嘉隆率領鐵甲船六艘，瀧川一益率領大船一艘，從熊野浦出發，向大阪灣前進。
途中經過淡路海上的時候遭到雜賀衆衆多小船的攻擊，九鬼嘉隆採取一齊射擊的戰術，輕鬆將其擊潰。
七月十七日抵達堺港，次日抵達大阪灣，在重要地點完成兵力配置以後，再度對大阪灣開始進行封鎖。
九月二十七日，九鬼艦隊接受信長的檢閱。信長在參觀後對鐵甲船極爲滿意，賜給嘉隆黃金二十枚及九人扶持。
毛利輝元得到大阪灣再度被封鎖的消息後，同時應本願寺的邀請，毛利家再度派出村上武吉、兒玉就英率水軍前往支援。
天正六年十一月六日晨，毛利水軍出現於木津川附近，九鬼嘉隆率隊迎擊。
戰爭伊始，九鬼嘉隆將艦隊呈“一”字排開。而毛利軍依然展開“蝴蝶之陣”，由兒玉就英率隊開始對九鬼水軍進行分割包圍戰術。
九鬼嘉隆看起來無法抵禦敵軍，鐵甲船上火繩槍的也攻擊無法阻擋行動迅速的村上水軍的逼近，行動遲緩的鐵甲船不久就被村上水軍包圍。
由於在第一次木津川口之戰中大敗織田軍，因此，對於曾經的手下敗將顯得不屑一顧。
村上武吉在兒玉就英隊將織田軍包圍後向南移動，企圖直接越過封鎖線。
此時，九鬼嘉隆引船衝擊毛利船隊，由於小早船吃水淺，毛利軍的數艘戰船竟被直徑撞翻了。村上武吉大驚。
毛利水軍故伎重演，用“焙烙火矢”對織田軍進行火攻，因鐵甲船高大而覆有鐵皮，使得火矢命中船體後不能插入，紛紛落入水中，鐵炮發射的彈丸亦被彈開。
一計不成，毛利水軍只好改變戰法，利用數量和速度上的優勢逼近鐵甲船，企圖進行跳幫接弦戰。
村上武吉遣五路船隊殺向織田軍警固衆，就在毛利水軍接近之時，織田水軍用大炮攻擊對方水軍大將所在的指揮船。
在九鬼嘉隆的指揮下，九鬼嘉隆採用集火戰術，將所有火力集中在一艘船上，一次齊射直接打掉了毛利水軍數艘先發的指揮船。
被集火戰術震懾後，毛利水軍不敢再靠近。