其實藍凌從執着到瘋狂，那都是因爲對神元星這片故土的愛．讓他背棄族人，或者被族人拋棄，他都是做不到的，因而在議員的勸說下，他很快便轉變了主意，積極地開始着手與崇明帝國高層的聯絡．
然而，副指揮官，這個至今依然像迷一樣的男子，卻一心想着要把計劃實施．當他聽說藍凌要放棄計劃時，十分氣憤，當即跟他鬧翻了，而且爲了不讓藍凌阻礙他行事，他居然派心腹把藍凌軟禁了起來．
更讓人吃驚的是，副指揮官完全掌握了神元交換器的工作原理及製作方法．在這段時間裡，他已經秘密安排人制作了幾千套具有神元交換器功能的軍盔．很快副指揮官旗下的兩艘乙級星艦便完全在他的掌控之中。
只是這星際戰隊的首艦甲級星艦卻依舊運作平穩，雖然藍凌被軟禁後，出現過一段時間羣龍無首的狀態，但很快星艦的其他軍官便組成了指揮中心組，由星艦上的五位高級軍官一起指揮星艦．
副指揮官曾率領兩艘乙級星艦想逼甲級星艦就範，但論實力，兩艘乙級星艦也不是甲級星艦的對手，於是只能對峙着．之後副指揮又派自已的心腹干將潛入甲級星艦，對五名臨時指揮官進行了暗殺。
渡宇他們返回來時，正處於五名臨時指揮官被暗殺之際，星艦再度陷入羣龍無首的境地，眼見着帝國的甲級星艦便要落入副指揮官之手。渡宇帶領覺遠和慕教官他們及時把刺客拿獲，這才力挽狂瀾。由於慕教官的指揮經驗最豐富，他很自然地被推舉爲星艦新一任指揮官。這才穩住了陣腳。
副指揮官見大勢已去，便率領着兩艘乙級星艦試圖叛逃。但被聞訊趕來的帝國其他艦隊團團圍住，但這副指官在此情況下卻也不投降，他知道，就算投降，帝國也是不會放過他的，投降也是死，不投降也是死，索性來個魚死網破。
隨即命令心腹把另一艘乙級星艦爆毀，以此要挾帝國艦隊。渡宇他們見此情景也是大吃了一驚，沒想到這副指揮官會來這一招，把全艦的艦員做爲人質。
這些艦員雖然被侵入了大腦，但如果救得及時，還是可以挽救回來的，這可是上千條人命，這不得不讓帝國考慮其他方法，以免把副指揮官逼急了，狗急跳牆。
正當各星艦指揮官都無可奈何之際，渡宇卻大膽地站了出來。
“如今這種情況，如果採取強攻措施是不可取的，只能採取特種作戰方式。所謂擒賊先擒王，只要把副指揮捉住，一切就迎刃而解了。我自願擔任擒拿副指揮官的任務。”渡宇自信地說到。
“如果渡宇小兄弟擔任這任務，那麼也算我一個。”覺遠在一旁附和道。
辰軒也表示願意一同前往，但辰軒只是一介弱女子，又不懂格鬥，這次是十分危險的任務，同時人多了也不好，兩個人是最理想的配置了。於是在星艦指揮官和渡宇他們的一致商定下，還是由渡宇與覺遠出面完成這項艱鉅的任務。
既然計劃已定，渡宇和覺遠便僞裝成普通艦員的樣子，乘坐一艘微型逃生倉往副指揮控制的乙級星艦而去，然後各星艦又命令出動大量小型攻擊飛船，用以迷惑副指揮官，一來是聲東擊西，分散他們的注意力，二來，小型攻擊飛船號渡宇他們乘坐的逃生倉一起出動，也有掩護作用。
副指揮官見這麼多小型飛船出動，頓時驚出一身冷汗，慌忙應對，哪裡還注意得到那首微型逃生倉。渡宇和覺遠駕駛着微型逃生倉來到乙級星艦的腹部位置，用帝國星艦的特定密碼打開了位於乙級星艦腹部位置的一艘逃生倉的倉位。把原有的逃生倉放出，然後渡宇駕駛着逃生倉進入那倉位之中。這樣渡宇和覺遠便順利地潛入了乙級星艦。
只見這乙級星艦上，艦員們個個神情慌張，連走路的速度都比平常快幾部，想來是外面的攻擊飛船讓他們疲於應付了。此時，副指揮官正在艦首的指揮廳指揮戰鬥，對渡宇他們的潛入毫無覺查。
不一會兒，渡宇和覺遠便來到了指揮廳裡，這裡操作星艦的艦員大概有15人左右，還有8個護衛在指揮官兩旁。手中都拿着激光槍。這要是與他們硬碰硬，渡宇和覺遠自問也佔不了什麼優勢。
於是兩人悄悄來到副指揮背後，在只離1米的地方，覺遠伸手便要去拉個副指揮官。心想這一招如能把副指揮制住，這便大局已定了。可就在覺遠的手快要碰到副指揮官肩膀時，那副指揮官卻突然覺查到了什麼，敏捷地往旁邊一閃，躲了開來。然後迅速轉身，見渡宇和覺遠在他身後死死地盯着他，趕緊命令護衛迎戰。
頓時8只激光槍對準了渡宇他們。雖然以渡宇和覺遠的身手，完全可以躲激光槍的射擊，但如果只是躲避，那主動權便在對方的手上了。
正在渡宇遲疑之時，覺遠已經頭一沉，雙手往前一伸，便見那八名護衛手上的激光槍掉落在地面，然後一個個做出了手受傷的姿勢。
渡宇在一旁看呆了，原來，這覺遠作爲一個崇古族人，意念操控的修爲也是極高的，這種實力的對抗完全不在話下。
副指揮官見狀，先是一驚，繼而迅速朝艦尾的方向而去，這很明顯是想逃了，渡宇和覺遠也一個大跨步迎了上去，不一會兒，便一前一後將副指揮圍定，副指揮也不示弱，做出迎戰的姿態。
渡宇大吼一聲，迎了上去，拳腳齊出，那速度之快，幾乎不能用肉眼看到。副指揮見招拆招，將渡宇的攻勢一一化解，而且，他用的招數完全是利忍先鋒的那些招式了，看來這副指揮官也不是省油的燈，格鬥術絕不在渡宇之下。
覺遠見狀也迎了上去，兩人與副指揮官展開了對攻，但那副指揮依舊應對自如，遊刃有餘，這着實是出了渡宇的意料之外的。
那8名護衛，剛纔也是被覺遠一出手給震住了，只在一旁盯着，也不敢上前來。高手對招，他們也只有看的份了。三人對攻了五分鐘，依舊難分勝負，渡宇與覺遠以兩人合力，也沒佔得半點優勢。
這時，覺遠猛地後退幾步，退出了對攻，然後立在不遠處，頭一沉，手朝副指揮一伸，那副指揮施展的拳腳頓時像凝固了似的。原來，這正是覺遠用一團意念雲，將副指揮官的手腳身子都束住了，讓他全身動彈不得，渡宇見機，拿出一附繩子，在副指揮身邊迅速穿插起來，只幾秒鐘時間，便把副指揮官給綁了個嚴實。
這副指揮官一被擒，乙級星艦的艦員見大勢已去，也紛紛投降了。渡宇和覺遠押着副指揮官交給了星際艦隊高層。被軟禁的神元星人藍凌也被解救了出來，藍凌遵守承諾離開了指揮官的大腦。其他被神元星人侵入大腦的艦員也紛紛恢復了正常。
在星艦高層的審問下，那副指揮終於說出了事實的真相。
原來，這侵入副指揮官大腦的人並不是神元星人，而是一名利忍先鋒的高級別成員，他是一名崇明星的中立族人，名字叫鉅野。
至於爲什麼暗落能像神元星人一樣侵入別人的大腦，並取而代之，這事說來蹊蹺。
那是兩年前，鉅野接受了利忍先鋒上層交待的一個命今，就是去到神元星監視崇明帝國在神元星負責採集水晶礦的艦船，他乘坐飛船來到神元星時，也與渡宇一樣遭遇了繞神元星飛行的幽靈飛船，並且登上了飛船，但與渡宇不同的時，鉅野在幽靈飛船上整整呆了一天時間，在這一天時間裡，他有一段時間陷入了昏迷狀態，等他醒來時，發現自己身處在一個絕妙的空間，其實那個空間便是神元星母體了。
這樣美妙的地方，鉅野喜不自禁，他死纏爛打，終於徵得神元星人的同意，在母體留了下來，這一呆就是一年時間。
這一年裡，他也與神元星人建立了感情。但崇明帝國對神元星水晶礦的持續開採，卻不得不讓神元星高層做出決定，要想方設法，把帝國的採礦船驅逐出去。
鉅野得知這一情況後，便自告奮勇地接受了這一任務，他通過利忍先鋒的關係，用神元星人的技術，製造了第一隻神元交換器，然後把自己的意識注入到裡面，由一名星艦的利忍先鋒的臥底把這神元交換器交到副指揮官的手上，這樣副指揮官便被鉅野侵入了大腦，取而代之了。
至於爲什麼鉅野在擔任副指揮官期間，在住所會有一半以上的時間，是配戴着頭盔，鉅野便是利用這段時間，聯絡一些志同道合，對崇明帝國恨之入骨的神元星人加入他的隊伍。這也就是爲什麼鉅野能一下子動員幾千名神元星人同時侵入星艦艦員的原因所在。
渡宇他們得知這些信息後，都感嘆，這利忍先鋒的勢力已經侵入到星域的各個角落了。然而事情發展到這裡，渡宇依舊沒有對神星人形成一個實實在在的概念，他們所說的神元星母體是什麼，母體倒底在哪裡，是怎麼樣的構成方式。這些迷一樣的東西，就算他絞盡腦汁也是想不明白的。