自從湘軍收復金陵，太平天國正式滅亡以來，大清不知道出了什麼問題，各地的叛亂不僅沒有平息跡象，反而還有越演越烈之勢。
其中蹦達得最厲害也是最爲顯眼，無疑就是突然變得瘋狂起來的捻匪……
繼山東干翻蒙古親王僧格林沁之後，捻匪又在陝西鬧出偌大動靜。
高樓寨之戰後，捻軍繼續流動作戰，在山東、安徽、河南的廣大地區不斷打擊清軍。朝廷命曾國藩部署鎮壓捻軍。
曾國藩先後實施“以靜制動”、“聚兵防河”的作戰方針，都歸於破產。同治四年年中時分，朝廷改任李鴻章爲欽差大臣，節制湘淮各軍，負責鎮壓捻軍叛亂，遏制捻軍擴充影響力和勢力。
捻軍方面雖然取得了一系列勝利，但長時間不停頓地流動作戰，使部隊得不到必要的休整和補充，同時又得不到任何友軍的支援，戰略上的被動局面日益嚴重，流動作戰雖然在激動性方面十分有利但弊端也是明顯的。
捻軍領袖賴文光等深感“獨立難支，孤軍難立”，試圖改變這一被動局面，於是在同治四年秋季決定將捻軍一分爲二，由張宗禹、張禹爵、邱遠纔等率部分捻軍西進陝甘，聯絡陝甘回民叛亂武裝，以爲犄角之勢是爲西捻軍。
由賴文光、任化邦、李允等率部分捻軍留在中原地區，與清軍繼續周旋是爲東捻軍。
西捻軍約有三萬餘人。在張宗禹等的率領下，同治四年初秋時分由豫東經許州、洛陽、陝州（今三門峽市西）、閿鄉（今靈寶西北），行軍一月時間進入陝西華陰縣境。
署理陝西巡撫劉蓉當時正率近兩萬湘軍在陝甘交界處堵擊回民叛亂武裝，在得知捻軍入陝後感到形勢嚴重，急忙請求朝廷速派援兵。可惜此時朝廷死處用兵，一時又哪裡騰得出兵力來救援陝西？
西捻軍進入華陰後，立即西進華州（今華縣）、渭南。劉蓉不得不將所部東調對付捻軍。同治四年深秋季節陝西提督劉厚基率兵三千人由渭南東進，在赤水鎮與捻軍遭遇結果一觸即潰敗退渭南。隨後知府唐炯指揮湘軍各營，分兵三路再次發動進攻。捻軍於華州敖水東面的樹林裡設伏大敗湘軍，殺死湘軍近千人。
初戰獲勝後，西捻軍乘勝西進，於同治四年初冬進抵西安東面的灞橋鎮。然後折向東南，佔領藍田縣的泄湖、藍橋等地。爲了調動西安清軍後又佯趨商州（今商縣）、雒南（今洛南）。待清軍東向追擊，捻軍又北走渭南，並虛造東攻潼關之勢。
當湘軍北上堵截時，捻軍又迅速西進，擺出攻打西安的架勢，並在灞橋十里坡周圍村莊設下伏兵布好伏擊圈，等待清軍到來。
同治四年年末，湘軍追至臨潼東北的新豐鎮。捻軍派出少數部隊誘敵，與湘軍且戰且退，將湘軍誘至十里坡。
清軍記名提督楊得勝、總兵蕭德揚、提督劉厚基、道員黃鼎等部敵軍相繼進入伏擊圈。捻軍誘敵部隊立即回馬反擊，伏軍步隊從兩旁村堡殺出，馬隊從兩翼包抄將湘軍團團包圍，湘軍頓時陣勢大亂。
時值風雪瀰漫，湘軍士卒因連日奔走疲憊不堪，凍餓交加士氣低落無心作戰，所攜火藥又被雨雪澆溼不能點放。捻軍則士氣高昂勇猛衝殺，與湘軍展開白刃格鬥。半日之內連斬總兵蕭德揚、提督楊得勝、蕭集山、蕭長清、布政使銜候補道蕭德綱等湘軍將領，殲滅湘軍大部三千餘人收降數千人，取得了入陝以來最大的一次勝利。
西捻軍在十里坡之戰中，始終掌握着戰場上的主動權。先是運用流動戰術，主動出擊調動尾隨湘軍，誘敵追擊使尾隨湘軍疲憊不堪；然後是選擇有利戰場，預設埋伏，將湘軍誘至伏擊圈步騎協同將之包圍；最後通過白刃格鬥大獲全勝。
湘軍方面則盲目追擊處處被動，被捻軍牽着鼻子走，戰鬥力被拖垮最後陷入重圍大敗於十里坡，劉蓉也因此被革職回籍。
這還算好的，捻匪雖然勢大，但專擅流動作戰對朝廷統治影響跟太平天國沒，法相比，以朝廷的雄厚資本戰敗一次兩次根本算不得什麼，怕就怕捻匪突然野心爆棚想要攻州佔府自建政權，這纔是朝廷最擔心的地方。
與此同時持續爆發的陝甘回民叛亂，纔是最讓朝廷頭疼的麻煩。
……
中國自古以來回族大分散、小集中的居住格局，自形成之時就於漢族同處一地，由於生活習俗的不同，使雙方的誤解隔閡日趨加深。特別是西陝甘地區“回漢雜居，俗尚各別睚眥小忿，本人情所不能無。”
回、漢兩族對於這種因習尚絕殊而導致的“齟齬相仇殺，（亦）視爲固然者久矣。”咸豐八、九年間，陝甘有些縣份就發生大規模的回漢持械毆鬥的事件。然而朝廷卻利用這種矛盾，採取以漢制回的政策，處處偏袒漢人，“凡爭論鬥毆，無論曲直皆抑壓回民。漢人復持衆欺凌不知回性桀驁，億萬同心日積月長仇恨滋深，最後致不可收拾之境。”
雖然中國本部的回民從來沒有明確的、文化上得到支持的基礎，以便向北京皇帝的權威矢志效忠，但他們已在中國生活了許多個世紀。他們的典籍裡雖然保持着對真主的特殊尊崇，但也贊助儒家的三綱（即君爲臣綱，父爲子綱，夫爲妻綱）。
在傳統上，回民也受到歷代清朝皇帝的相當優遇，回民能參加科舉考試；許多人也能在文武兩途出仕，儘管其職位通常並不很高，但從1762年起清帝頒發了歧視他們的嚴厲的法律。例如陝西和甘肅的回民犯了盜竊和搶，劫罪必須充軍到雲南和貴州，有時還處以終生戴枷這比其他中國人在犯同類案件時輕科的笞刑要重得多。
這種反回民的法律要比清代最早的重大回民叛亂早約二十年；當然這些回民叛亂又加劇了清朝官員對以清真寺爲中心的社會的疑懼。漢民由於十九世紀初年的生活日益困難，就更加把回民看成是土地佔有和貿易方面的對手。
漢民和回民打官司的時候，裁決很少對回民持平正態度。漢族官員本人有偏見，滿族官員又通常左袒漢民，這讓漢回之間的矛盾越發尖銳。
至廣西太平天國起事後，各地都興起了團練，俗稱爲勇。
清代的勇與兵有嚴格區分，勇是團練即民兵，兵是正規軍。咸豐末年爲了對付太平軍，河南巡撫嚴樹森曾招募了六百名陝西回勇往開封協防，事畢後回陝遣散，爲陝西團練大臣張芾所留用。
適逢太平天國扶王陳得才勾結捻黨，在同治元年從河南經由武關入陝西，陝西大亂這批被徵的回勇乘亂散走。一批原籍同州、散夥歸家的回勇走到華州（今陝西華縣）聖山小張村，有個回勇看上了村邊的竹子與姓王的園主商定，每斤銅錢20枚購買。正在砍竹子時主人的父親來了。
老頭得知賣竹子的情況後，覺得價錢低了，想反悔。但是，老頭不是責怪自己的兒子不會做買賣，而是誣陷砍竹子的回勇是偷竹子，雙方發生了衝突。任誰也沒想到，這一衝突竟然導致了一場驚天動地的大亂。
只是在欽差大臣多隆阿（1817—1864年）到達以後，清朝纔開始轉敗爲勝。多隆阿原來是一名八旗軍軍官，因胡林翼的提拔而升任湘軍將領（在他麾下的那一部分湘軍名爲楚勇）。1861年多隆阿幫助曾國荃從太平軍手中收復了安慶，他自己在1862年攻克了桐陵。
1863年3月，多隆阿的勇營攻佔了陝西東部作爲東干人主要基地的兩個市鎮。他在8月間打破了對西安的封鎖，把回民趕到了陝西西部。1864年3月他死於對侵犯陝西的四川太平軍的戰役中，這時他已撲滅了陝西省的回民叛亂。可是大批陝西回民卻逃入甘肅，參加了在那裡早已叛亂且人數衆多的回民部隊。
陝西的叛亂顯然是漢族官紳挑動起來的，但甘肅的叛亂卻是回民首先發難的，馬化龍的新教教徒則在其中起了很大的作用。早在1862年10月某些回民領袖就傳話，說清朝即將大肆屠殺回民，所以他們組織起來包圍了靈州這個位於馬化龍基地金積堡以北四十餘里的大城市。
與此同時，回民在甘肅東南部攻打了固原，這是橫跨一條交通要道的戰略衝要城市。駐蘭州的總督恩麟發現只有和爲上別無他法。在他的建議下，1863年1月北京爲甘肅下了一道特旨，重申對回民的不歧視原則。但是甘肅與陝西一樣，回漢雙方地方隊伍都倍蓰增加，衝突與日俱增，所以四年之內除省城和其他少數幾個城市外，全甘肅省幾乎都被回民部隊佔領。
這樣的狀況，是朝廷怎麼也不可能接受的，此時又有捻匪人馬衝入陝甘等地四嚇唬滋擾，朝廷擔心陝甘登第徹底失控，急忙調派閩浙總督左宗棠率部前來平亂……