1856年春，臨安漢族惡霸煽動漢人入南安州和楚雄府城捕殺回民，“老弱鮮得免者”，楚雄府的漢族官紳也殘暴地屠殺回民。臨安漢族惡霸等在廣通（今祿豐縣廣通鎮）、羅川（今祿豐縣西南）、祿豐等地逞兇之後，擬前往省城昆明屠殺回民，回衆起而自衛。
新興（今玉溪）回民首領馬凌漢率回民千餘，在距昆明二十里的小板橋，將臨安漢人惡霸打敗。這本來是正當的自衛行動，卻被當地官府指責爲“糾衆謀逆”、“陰謀作亂”。雲南巡撫舒興阿和團練大臣黃琮竟“飭各府廳州縣聚團殺回”，署布政使清盛也下達了對昆明回民“格殺勿論”的命令。
雲南官府高層策劃的對雲南回民的野蠻屠殺，終於迫使回民百姓走上武裝叛亂的道路。同年6月姚州（今姚安）回民首先起事，7月即攻佔州城，隨後各地回民相繼響應。
在滇西，杜文秀起於蒙化（今巍山），蔡法春起於順寧（今鳳慶），楊榮、虎應龍起於鶴慶、麗江；在滇南，馬德新（字復初）起於新興，馬如龍起於臨安北面的曲江，馬凌漢、楊振鵬起於昆陽（今晉寧），徐元吉起於澂江（今澄江）；在滇東，馬聯升起於曲靖，馬榮起於尋甸。回民武裝叛亂的烽火遍及雲南全境。
與此同時，漢族和彝、哈尼、白、壯等各民族底層百姓也紛紛跟進。
哀牢山區李文學領導的彝族百姓武裝叛亂隊伍，一開始就同杜文秀領導的回民起義軍並肩戰鬥。其他起義隊伍也或者單獨作戰，或者與回民起義軍彼此支援，相互配合，有的則直接參加了回民起義的行列。
這時，雖然各地民族仇殺事件在不少地區仍不同程度地存在着，但是以杜文秀爲代表的各族底層百姓，通過鬥爭實踐逐步認識到官府和地主武裝團練纔是回漢仇殺的真正罪魁禍首，是各族百姓共同的敵人，從而摒棄民族相仇的偏見，走上了共同反對朝廷的武裝鬥爭道路。
……
以回民爲主體的雲南各族百姓發起的武裝叛亂，極大地震動了朝廷。
咸豐帝聞訊勃然大怒，立即令正在貴州鎮壓當地苗民起義的雲貴總督恆春折回雲南，“痛加剿洗”。但自太平天國起義以來，朝廷不斷徵調各省清兵赴江南鎮壓太平軍，雲南防軍也“半經外調”，所剩清軍不敷派遣，顧此失彼。回民叛亂武裝正是趁此有利時機，迅速發展力量開展與地方清軍的鬥爭。
滇東、滇南各族百姓揭杆而起之初，組織比較分散沒有統一號令以及明確目標。曲靖、臨安、東川（治今會澤）、開化（治今文山）等府和廣西州（治今瀘西）的許多小股起義軍武裝，各自爲戰先是擊敗了前來“圍剿”的清軍和地主團練武裝，進而主動進攻，圍攻清軍盤踞的城市。
滇東回民武裝起義軍輕鬆控制平彝（今富源）至嵩明之間的大道，徐元吉部回民軍則佔據了接近省城昆明的澂江府城。隨着戰爭的延續和發展，各地起義軍力量不斷壯大，並逐漸從互相支援發展到聯合行動。
1857年夏，馬如龍、馬德新、徐元吉等率領滇東、滇南迴民起義軍兩萬人，經晉寧（今昆明市晉城）、呈貢向昆明進發。當時昆明城中清軍很少，團練因無人督率紛紛潰散。
雲貴總督、雲南巡撫和團練大臣等束手無策，只得緊閉四門等待援軍。7月12日回民起義軍佔據距城僅五里的江右館爲大營，分據大樹營、王家橋、堡基、馬街子、碧雞關、紅廟、西壩等村寨，隨即發動對省城的圍攻。
清軍被打了個措手不及，城內糧源斷絕戰守無兵，雲貴總督恆春無計可施自縊而死；巡撫舒興阿也“引疾乞假”，藏匿家中。
其時，朝廷正忙於鎮壓太平天國起義，無力顧及雲南，只得調四川總督吳振棫爲雲貴總督，帶川兵二千名赴任。
吳振棫懾於回民起義軍的聲威，一面奏請朝廷將“主剿”回民的團練大臣黃琮、竇垿革職，以麻痹回民的反抗意志，一面召請在外省任職的雲南籍回族官員回滇，以拉攏和收買回民起義軍首領。
滇東、滇南起義軍的主要領導人馬德新和馬如龍都是回族上層人物（馬德新是雲南回民的總掌教，馬如龍則是出身於官宦之家的清朝武生），他們公開聲明，起兵“止欲報仇，不敢爲逆”，只要當局懲辦“倡首滅回者，以服衆心，即行解散”。
由於他們根本沒有觸動滿清在雲南的統治決心，因此在雲貴總督衙門的利誘之下於1858年春與官方訂約，承諾“永不滋事”，並將圍攻省城的回民起義軍撤離散歸各地，滇東、滇南起義軍第一次圍攻省城遂告結束。
而當滇南、滇東回民起義軍由於馬德新、馬如龍等人的妥協遭受挫折的時候，滇西回民起義軍卻在首領杜文秀的領導下，不斷地發展壯大。
杜文秀（1828—1872）字雲煥，號百香，雲南永昌府保山縣金雞村人，回族。
1845年（道光二十五年），永昌府漢族地主團練組織“香把會”，在官府的支持和縱容下，大肆殘殺回民。杜文秀以家屬被殺，未婚妻被擄，於1847年上京控訴，但冤仇終不能伸。
失望之餘，他逐漸認清了朝廷的真實面目，激發起反抗朝廷和地方官府壓迫的想法。回到雲南之後，便在雲州（今雲縣）、蒙化等地暗中組織回民，醞釀大規模武裝起義。
1856年8月，杜文秀乘雲南提督文祥率兵離大理赴楚雄的有利時機，在蒙化率衆發起武裝起義。
9月7日杜萬榮、藍金喜在大理府城揭杆起義，杜文秀聞訊，立即率手下回民爲主的起義軍前往大理，與當地回民會合大敗清軍，斃迤西道林廷禧、太和（今大理）知縣毛玉成等。9月16日大理知府唐惇培敗逃賓川（今賓川南），回民起義軍勝利佔領大理城。
奪據大理的勝利，使一部分起義軍首領昏昏然，他們不去組織力量防禦清軍的進攻，卻自恃有功爭權奪利。有的起義軍首領抱有傳統的民族偏見，任令部衆搶掠漢人，引起大理羣衆十分不滿。
這時，杜文秀挺身而出，組織指揮部衆擊退了鶴麗鎮千總張正泰對大理的進攻，並且明確提出：“欲做大事，必須收拾人心，不宜專尚威力。且漢衆回寡，尤須重用漢人。”
杜文秀在正確是時候提出了正確的主張，得到起義軍上下的贊同。由於他“精力強壯，忠直廉潔，素爲衆人所敬仰”，遂被推舉爲總統兵馬大元帥。
10月23日，滇西回民起義軍齊集大理校軍場築壇拜帥。杜文秀以原提督署爲大元帥府，組織大理武裝起義政權。授蔡法春爲揚威大都督，總各路軍事，其他文武官員也各有職稱。宣佈“遙奉太平天國南京之召號，反對滿清統治”，並通令“改正朔，蓄全發，易衣冠”，以示推翻滿請朝廷的決心。
爲了鞏固新生政權，杜文秀領導下的大理政權制定各種法律法令，實行了一系列有利於發展反清事業的方針政策。
第一，對各族百姓一視同仁，平等對待，改善民族關係。還在起義之初，杜文秀就提出了“重用漢人”的正確主張，大理政權建立以後，即實行“不分漢回，一體保護”的方針，對其他民族百姓，也採取同樣的政策。
杜文秀制定的《管理軍政條例》規定：“族分三教，各有根本，各行其是。既同營幹事，均宜一視同仁，不準互相凌虐。”
這種“無分漢回夷，一以公平處之”的民族政策，改善了大理政權控制地區各民族之間的關係，得到了他們的擁護和歡迎。
第二，減輕百姓負擔，努力發展生產。大理政權規定廢除丁銀（人口稅）和其它苛捐雜稅，田賦只徵糧米；“地方稅課，舊有例者，方準抽收。不得私加名目，妄自徵收”，以減輕百姓負擔。
同時，大力發展生產。農業方面，發放耕牛、農具，招民墾荒，獎勵農耕。對工商業，採取保護和促進的政策，嚴禁文武官員“以官壓市，輕價估買”，積極發展紡織、採礦、製鹽等工業生產。
隨着生產的發展，不但百姓生活有了一定程度的改善，而且使起義軍有充足的軍餉，保證了反清鬥爭的繼續進行。
第三，制定軍事制度，嚴格組織紀律。起義初期凡屬回民青壯年都要當兵。大理政權建立後，規定回族三丁抽一，五丁抽二；對漢族和其他民族，則分派一定的數額，由其各自出兵。
一切軍機事宜，須集體商酌，最後由元帥裁決。遇有大的軍事行動，派出統帶官作爲元帥代表統率部隊，帶兵官不論何職，都要服從統帶官的指揮。起義軍中有嚴格的軍紀和賞罰制度，鼓勵將士服從命令，英勇作戰。
杜文秀還特別強調羣衆紀律，規定起義軍不得“無故下鄉，滋擾良民”，或“故意縱放牲畜，踐踏田禾”，嚴禁“毀拆廟宇，擾害民房”，不準“強買估賣”等等。以上規定和軍紀，保證了起義軍的兵源，統一了帥府的軍事指揮，取得了當地百姓的信任和支持，提高了起義軍的戰鬥力。