隨着片頭公映許可證，以及製作公司的名單名單播出，接下來，電影出現了字體燃燒的片名《FATE/doomsday》，此外還有一行小字——第六次聖盃戰爭！
很多觀衆由於瞭解此前的第五次聖盃戰爭的劇情，不由感覺到熱血沸騰。
接下來，電影開頭出現了第四次聖盃戰爭的參與者韋伯?維爾維特和第五次聖盃戰爭的參與者衛宮士郎和遠阪凜、間桐櫻等人。
電影畫面中，回顧了聖盃戰爭的歷史，以及歷次聖盃戰爭的破壞。
這些背景資料的介紹，主要是讓沒有看過前作，也不太瞭解《FATE》設定的觀衆，可以不需要補上一部電影，就可以無障礙的看新劇情。
“從第三次聖盃戰爭開始，大聖盃已經被污染了。聖盃戰爭給這個世界帶來了太多的災難，它並不能夠實現善意的願望！我建議，將大聖盃解體吧！”第四次聖盃戰爭的倖存者之一韋伯?維爾維特向聖盃創始者御三家繼承者建議道。
“同意！大聖盃早就被污染，而且，即使沒有被污染，也只會吸引越來越多的野心家，不會給世界和世人帶來幸福，只會帶來災難！”衛宮士郎點頭表示。
“同意，士郎能夠代表我的意見！”此時的遠阪凜，雖然是遠阪家的家主，但另外一個身份卻是衛宮士郎的太太。
暗戀衛宮士郎的間桐櫻，也代表了間桐家表示：“贊同！”
“好，既然大家都同意，那麼，我們就開始分解大聖盃吧！”韋伯?維爾維特年輕的時候，是一個很懦弱和膽小的人，但參與第四次的聖盃戰爭，其強勢的英靈大帝和他並肩作戰的經歷，改變了他的性格，其後幾十年。通過不斷的努力，韋伯?維爾維特不僅僅繼承家業成爲了貴族，另外，他也成爲了地位備受尊崇的強大魔術師。雖然，沒有成爲魔法使，但也能力和知識絕對不容輕視。
接下來，在三位參與過第五次聖盃戰爭的御主的幫助下，這位前輩韋伯?維爾維特開始唸誦複雜的咒語。發動大聖盃解體的咒語。
四人共同唸誦不同段的咒文，接下來，巨大的聖盃實體開始升空浮現。
“解體吧，大聖盃！”韋伯?維爾維特喝到。
接下來，巨大的聖盃開始迅速的崩壞，化作虛無。現場原本組成聖盃的魔術建築和材料，也紛紛摧毀。
衆人懷着願望，摧毀了大聖盃，希望冬木市能恢復寧靜。
但是，另外一批野心家。並不甘心大聖盃被摧毀，反而開始決心復興大聖盃。這個野心家們既是魔術協會。無數的魔術師，或者是希望獲得永生，或者是希望直接抵達根源，昇華成爲魔術師的終極目標——魔法使。這些目標實現的概率，對於絕大多數人來說幾乎是接近於0。但是，卻可以通過大聖盃許願的方式，走這條捷徑，完成自己的夢想。
這自然讓大聖盃成爲了無數魔術師的夢想！
在大聖盃解體之後，來自於魔術協會。以及聖堂教會等等不同勢力的野心家們開始勾結，一起聯絡，共商恢復大聖盃，與此同時。繼續採用聖盃戰爭的方式，獲得對大聖盃許願的權利。
而在解體了大聖盃之後，衛宮士郎遊歷世界，開始多管閒事，到處懲強扶弱，但實際上。很多被救者都將他當成傻子，恩將仇報不計其數，也幸虧他成爲了強大的魔術師，並且擁有阿瓦隆的劍鞘，可以恢復傷勢，常規的受傷，幾乎並不會對他造成影響，否則，他英雄之旅，肯定會成爲花樣作死之旅。
遠阪凜則是前去英國時鐘塔深造學習，儘管身爲人妻，但她還是非常好學，對於魔術知識是孜孜不倦，也擁有成爲魔法使的夢想。
在大聖盃被破壞不久，反派間桐髒硯出現，這些年假死，身體化身成爲蟲子的間桐髒硯，身體從一堆蟲子中重組成人形。
接下來，間桐髒硯向接見魔術協會的一些代表，向他們介紹大聖盃的歷史和構建，在間桐髒硯這個怪物的介紹下，幾名強大的魔術師迅速的上鉤，開始成爲幫兇，幫助他重建大聖盃。
在遠阪凜和衛宮士郎不知情的情況下，間桐髒硯等人開始恢復了大聖盃，並且，啓動了第六次聖盃戰爭！
間桐櫻知曉老怪物髒硯現身，試圖阻止他的陰謀。
間桐櫻早就不是吳下阿蒙，原本被聖盃碎片改造成隱藏的小聖盃的間桐櫻，在第五次聖盃戰爭的黑泥污染下，間桐櫻擁有不亞於老怪物髒硯的力量。
但是，老怪物間桐髒硯利用間桐櫻的心理弱點，告訴她，如果間桐櫻加入他的計劃中，以她強大的力量，必然會成爲聖盃的勝利者。屆時，作爲勝利者，間桐櫻可以許願，讓衛宮士郎改變心意，甩掉遠阪凜，跟櫻在一起。
這這個勸說，讓本來就有點黑化的櫻還是加入了反派聯盟中。
但這一次聖盃戰爭也出了更大的狀況，早期的聖盃戰爭主要是阿賴耶側的英靈之間進行聖盃戰爭。阿賴耶是人類意識構成的抑制力，從無到有，隨着人類的崛起，越來越成爲凌駕於神靈之上的存在。
而更古老的抑制力之一蓋亞，則是通過根源去預測，發現了隨着人類崛起，她遲早會被毀滅。各種各樣的地球毀滅，以及摧毀蓋亞抑制力的死法。這讓蓋亞不由的恐懼人類，從而發動了毀滅人類的行動。
藉助大聖盃的修復，第六次聖盃戰爭由於蓋亞的干涉，變得面目全非。召喚出來的再也不是人類爲主的英靈，而是傳說中的人類天敵——喪屍、吸血鬼、惡魔、巨龍、靈長類殺手等等非人類存在。
所以，第六次聖盃戰爭一開始就是失控的，這些魔術師召喚出來的東西，都是蓋亞意識干涉，前來毀滅人類的怪物。
作爲最古老的抑制力，蓋亞本身就是地球的意識，按照正常的規則，任何一種地球上的生物，威脅到她自身生存，蓋亞自然會發動清理。簡單說，蓋亞判斷出人類威脅了星球生存，因此，才能夠行使自己的權利——清理人類！即使不能把人類全部消滅，也至少將數量消滅到可控範圍內，人類文明自然也必須要全部摧毀，讓人類進入原始狀態，這樣就不再能威脅蓋亞自身的生存了。
只不過，人類跟其他生物不同，隨着人類的發展和壯大，居然誕生了另外一大抑制力阿賴耶。阿賴耶是人類共同意識組成的抑制力，平時並不能夠干涉世界，一旦遇到了威脅人類生存的事物，阿賴耶則可以進行干涉。
按照型月世界的設定，正是阿賴耶和蓋亞形成了一個微妙的平衡，所以，本該被星球清理掉的人類，居然發展到現在這個程度。人類對蓋亞來說，如同是威脅生命和健康的病毒，這個病毒現在一名覆蓋了星球表面，而且，人類對於星球內部、海洋還是非常感興趣，正是因爲人類的破壞力，讓蓋亞忍無可忍，下定決定藉助第六次聖盃戰爭清理掉這些她身體上的病毒和細菌。(。)