但是到底福王父子最後的下落，卻成了一個千古之謎，再無人說得清楚，福王父子就這麼在洛陽之亂當中莫名其妙的失蹤了。
至於剩下的幾個省裡面試圖糾集武力和於孝天對抗的皇族，也同樣沒有一家能安然度過崇禎十三年年底，在於家軍這種新式軍隊強大的火力面前，那些臨時糾集起來的叛軍，根本就是戰五渣，不出意外很快便都被於孝天派兵紛紛討滅。
而且到了崇禎十三年底的時候，連以前於孝天一直沒有把勢力滲透進去的雲貴等地，於家軍也攻入了其中，迅速擊潰了當地一些不聽朝廷使喚的抵抗勢力。
而且於孝天下令，把朱家所有在冊的皇親國戚，全部交由當地官府嚴厲監管起來，非特准的情況下，只能留在府中，不得擅自出府，一切府中所需用度，皆有當地官府統一配送供應，等於是徹底將朱家子孫給關到了籠子裡面。
於孝天這樣的手段已經算是相當溫和了，比起一些改朝換代的時候，將原來的皇族盡數屠殺的手段，已經算是相當寬厚了。
兩年時間過去之後，整個北方以及中原的局勢也就基本上徹底穩定了下來，雖然個別地方還有一些像白蓮教之類的邪教試圖作亂，一些不肯安分的豪強還在試圖給朝廷搗亂，但是在於家軍強力壓制之下，這些都是小打小鬧，基本上翻不起多大的浪花了。
隨着各種新政在大明土地上逐步推行，官場風氣逐漸清明，各種以前官吏們慣用的一些敲詐勒逼百姓的手段一點點的被取締，使得老百姓們身上的負擔大幅度的減輕，各地的農業生產也逐步在恢復起來，就算是遭受災害最嚴重的陝西地區，現如今百姓也回到了土地上，開始重新整理土地。
連年的戰亂，使得北方人口劇減，許多遭受嚴重兵禍的地方都出現了十室九空的情況，就算是流民返鄉回到故土之後，也存在嚴重的人口缺乏的情況，使得原來很多土地都因爲沒有足夠的人力和畜力耕種撂荒。
於是於孝天下旨，讓山陝河南一些地方，特別是以前的山地之中不適合進行農耕的村莊進行搬遷，把有限的村民移出山區，轉到一些人口較爲稀少但是土地較爲適合耕作的地方進行重新安排，令其租種官田，把原來的一些山區之中的村莊廢棄掉，退耕還林來保持水土，在自然環境方面，踏出了保持水土的第一步。
崇禎十四年四月，於孝天終於下旨取消漕運，改漕運爲海運，南方調往北方的錢糧棄運河走海路，從沿海的港口裝上海船，運往北方，徹底革除漕運耗費太多國家資源的弊政。
但是這件事，同樣也招致了劇烈的反彈，因爲廢棄漕運就會影響到數十萬以前依賴漕運爲生的船民以及漕丁還有各種管理漕運事務的官吏們的生計。
對此於孝天給出的解決辦法是一部分漕船由國家給予補貼，收購處理，或者是拆毀或者是改爲在江河之中做短途運輸之用，安置一部分漕船的船民上岸給予他們土地轉爲農民。
另外一部分還願意在船上討生活的船伕，則遷至沿海一帶，招募其上海船充當船員使用。
至於各處的漕丁，則重新改編，該遣散安置的遣散安置，該招入軍中繼續當兵的則招入軍中聽用。
還有一部分以前漕運方面的官吏，則另行安排，抑或是遣散，抑或是調用其它地方，僅僅保留一部分水利條件比較好的運河河段，繼續維持，至於許多地段嚴重淤積的運河則選擇廢棄。
表面上來看，這樣的做法很妥善，已經考慮到了絕大多數人的利益，但是實際上還是嚴重的影響到了不少原來在運河漕運事務上大撈實惠的部分人的既得利益。
這麼一來，這些人肯定很是不爽，於是便在民間大肆鼓動漕民鬧事，更有一些別有用心之人，參與其中暗中出錢招買人手試圖趁機作亂。
對此於孝天也提前早有預料，這樣大規模的影響到幾十萬人生計的問題，他不可能沒有準備，在這個聖旨出臺之前，大批細作已經提前被安插混入到了漕民之中，所以當一些人開始糾集鬧事的時候，各地軍方以及地方官府，立即就開始使出了雷霆手段，將一批挑頭鬧事之人抓了起來，就地正法。
順帶還拔出蘿蔔帶出泥，牽扯出了不少渾水摸魚的官吏，其中單單是南直隸方面，就抓了上百官吏，也都速判速決，將其斬首棄市。
結果剛剛鬧起來不長時間的運河沿岸的民亂，僅僅三個多月的時間，便被紛紛按了下去。
掐去了這些挑頭或者暗中指使的頭腦之後，剩下的漕民也就好對付多了，加之朝廷給出了他們較爲優惠的待遇，這些底層的漕船船伕們對比一下，他們在漕船上當船工的時候，和現在朝廷給出的待遇，他們自然也就偃旗息鼓，開始接受重新安置。
這一下朝廷就每年可以節省下鉅額的漕運費用，最關鍵的是免去了以前因爲漕運，而多被扒幾層皮的普通百姓的負擔。
而省下來的這筆錢，一部分改投到了海運事務上去，新建了大批用來南糧北運的貨船，安置了不少因爲取消漕運而失業的船工，減少了大量的因爲漕運的浪費情況。
另外剩下節省下來的資金，於孝天也不準挪爲它用，而是盡數投入到黃淮地區那些常年容易氾濫的河流的河道整修方面，特別是黃河和淮河兩條大河，更是投入巨資治理的主要目標。
歷史上黃河多次改道，給黃河下游黃淮一帶的人民帶來了無盡的災難，黃河多沙容易淤積河道，造成下游經常決口，也就是萬曆年間有大臣潘季馴極力治黃，纔算是把黃河下游河道穩定了下來。
但是到了天啓崇禎年間之後，國事日亂，財政捉襟見肘，加之官員貪鄙之風盛行，使得朝廷根本無力也無能對黃淮氾濫區進行綜合治理。
現如今於孝天取消漕運，節省下來大筆資金，便乾脆一股腦投入到了黃淮流域河道治理之中，正好老百姓也很窮，於孝天選派了一批精幹的官員，專司奔赴各地進行治河工程，而且命令不得隨意徵發民衆，可以以工代賑的方式，來招募閒散災民，以給糧給錢的方式，來對河道進行修繕施工。
以工代賑的辦法，給老百姓帶來了實惠，這時候民間尚有許多百姓沒有被安定住，這些流動的災民，隨時都可能會給社會帶來不安定因素，一旦被有心人蠱惑或者牽頭帶領，就可能鬧出大亂。
而以工代賑的辦法，則將大批流動的災民給吸引到了治河工程之中，朝廷給工程撥發錢糧，抑或是發錢抑或是給糧，來換取流民出工出力，對各處經常氾濫的河道進行加固修繕，在工程結束之後，還負責給這些百姓安置土地住處將其固定下來，使其有田可種，有家可歸，從根本上解決流動災民無處安置的問題。
於孝天印象特別深刻的就是李自成三打開封，後來掘開黃河水淹開封城的事情，現如今李自成已經覆滅，開封暫時安全了，但是開封旁邊的黃河卻依舊如同選在開封府、歸德府一帶百姓頭上的一把利刃一般，隨時都可能會出現決口氾濫。
所以於孝天特令工部，加強洛陽下游黃河河段兩岸大堤的修葺工作，並且派出都察院的監察御史到各地治河工地上進行暗查，對於治河工程進行嚴格的財務審查，確保投入的錢糧能真正用到治河工程上面，而不會被那些官吏們給中飽私囊。
爲此也着實抓住了一些貪官污吏的髒手，於孝天也不殺他們，查實之後，命人將其雙手活活剁掉，卻不讓他們死，就把他們吊在治河工地上，受風吹雨打，供人蔘觀，以此來震懾那些接替他們的官吏們，使之不敢再伸出髒手去治河的錢糧之中貪墨。
整個崇禎十四年間，大明全國各地都進入到了一個相對安定的狀態，雖然是不是還是有不少地方會出現小規模的騷亂或者民變，但是規模卻都不算大，很快便被各地派駐的於家軍撲滅。
而隨着於家軍把觸角伸到了全國各地之後，各地的舊式軍隊也逐步開始被於家軍所取代，大批以前的明軍卸甲歸田，脫去了世代兵戶的身份，成爲了正兒八經的農民，劃給了他們土地，讓他們安置下來進行耕作。
這也使得大明減少了許多冗兵冗員，減少了朝廷的財政負擔，但是這樣對就是官軍的裁撤，也遭到了不少大明軍將的強烈抵制和反彈，許多地方的軍將得知自己的兵馬要被裁撤，而他們馬上就會變成光桿司令，於是當然不肯輕易就範。
一些擁兵較多的軍將，乾脆就率兵謀叛，攻打周邊的州府縣城，大掠地方，強行裹挾民壯入軍給他們充當炮灰。
其中鬧得最厲害的就算是駐守襄陽府一帶的大將左良玉，這傢伙在另一個歷史時空之中，就不是個好鳥，這個時空之中，照樣還是老德行，在湖廣一帶擁兵自重，經常不聽調遣，爲禍一方百姓。