代替顏思齊之後，鄭芝龍不斷從大陸向臺灣輸送移民，繼續拓墾大業，勢力不斷壯大，成爲當時海上最大的武裝集團。
後來，他甚至直接武裝登陸廈門，打敗了明官軍和投降了明朝的另一個海盜頭目，他的宿敵許心素，佔據了整個廈門地區。
鄭芝龍海上勢力的日益擴張強盛，引起明朝統治者的恐懼，多次派兵追剿，但均失敗。
明政府既無力剿滅鄭芝龍，又爲了利用這支海上勢力與荷蘭人抗衡，鎮壓其他海盜，只好對鄭芝龍施行綏撫。
崇禎元年，鄭芝龍表示以“剪除夷寇、剿平諸盜”爲己任，九月就撫於福建巡撫熊文燦，率部降明，詔授海防遊擊，任五虎遊擊將軍。
此時，鄭芝龍有部衆3萬餘人，船隻千餘艘。在老家安平建置豪華府地，歷時3年又2個月告峻。
從此，安平成爲鄭芝龍擁兵自守的軍事據點和海上貿易基地。
鄭芝龍受明朝招撫後，還是做了一些好事的，剿滅了不服從朝廷管理，四處襲擾的海盜，打敗了荷蘭人，迫使其與他合作，不敢再肆意進出中國海，把海上力量納入地方官府體制，取得制海權，合法掌控東西洋貿易制度的運作，成爲東方海洋世界的唯一強權。
崇禎十三年，明廷擢升鄭芝龍爲福建總兵官，署都督同知。
“從此海氛頗息，通販洋貨，內客外商，皆用鄭氏旗號，無儆無虞，商賈有二十倍之利。芝龍盡以海利交通朝貴，寖以大顯。”
他在自己老家泉州安平鎮大建豪宅，直通海口，做爲航海和經商基地，打破官方的海禁，繁榮海市。
他的武裝船隊旗幟鮮明，戈甲堅利，航行於中國沿海、臺灣、澳門和日本、菲律賓等東南亞各地之間，充分利用自己的權勢和財力，擴大海上貿易，幾乎壟斷了中國與海外諸國的貿易。
“自就撫後，凡海舶不得鄭氏令旗者，不能往來。每舶例入三千金，歲入千萬計，芝龍以此富可敵國。
自築城於安平（今晉江安海），海舶可直通臥內，可泊船徑達海，八閩以鄭氏爲長城。”
弘光帝繼位之後，加封鄭芝龍與其三弟鄭鴻逵爲安南伯及靖魯伯。
弘光政權滅亡，鄭芝龍、鄭鴻逵與福建巡撫張肯堂、巡按御史吳春枝、禮部尚書黃道周等，擁立唐王稱帝於福州，改元隆武。
鄭芝龍受封平虜侯，掌握軍政大權；旋晉平國公（二弟鄭芝虎前戰死），三弟鄭鴻逵（原名鄭芝彪）爲定西侯，旋進定國公，四弟鄭芝豹（小字莽二）封澄濟伯，侄兒鄭彩亦封永勝伯，鄭家官居極品。八月，隆武帝詔賜，晉平國公鄭芝龍加太師。
由此可以看出，鄭芝龍人不僅人聰明能幹，而且實力非凡，加之其海上之利，物資、財富不缺，是足以和滿清抗衡的。
鄭芝龍要保的那位隆武帝朱聿鍵，可以說是朱家這些子孫裡，唯一不貪圖享樂，有大志氣的好皇帝。
朱聿鍵爲宗室唐王，是明太祖朱元璋九世孫。
朱聿鍵的爺爺老唐王嫌世子（朱聿鍵之父）嘴舌上長個大瘤子，生的難看，又愛小妾生的兒子，就暗中把朱聿鍵父子囚禁起來想活活餓死他們（當時朱聿鍵才十二歲）。
幸虧暗中有人幫忙送飯，父子在囚房中過了十六年。
眼看就要熬到頭，朱聿鍵的父親又被急切想襲唐王王位的弟弟毒死。老唐王不久病死，作爲嫡孫，朱聿鍵終於在朝廷恩旨下襲封唐王。
此時正值崇禎末年，國家多難。朱聿鍵報國心切，竟不顧“藩王不掌兵”的國規，率兵從南陽北上，中途和賊兵交手，互有勝負。
明成祖朱棣是以藩王身份反叛得天下的，有此先例，明朝對藩王防備極嚴。
藩王儘可在王府內無法無天的淫**亂吃喝，醉生夢死，惟獨不能興兵擁將離開藩屬。
也怪不得這些藩王一個比一個不長出息，明朝的制度就決定了他們不可能長出息。
即使朱聿鍵動機純粹，聚兵掌旅，仍舊違反了皇帝家的祖制。
可翻過來說，國家都搖搖欲墜了，能有個幫着出力的就不錯了，還管什麼祖制啊？
腦子壞了的崇禎帝不這麼想，他勃然大怒，派錦衣衛把這位唐王關進了鳳陽皇室監獄。
直到弘光帝繼位，可憐的朱聿鍵才被放出來，但已經又被關押八年多。
這位金枝玉葉真是倒黴，活到四十三歲的年紀，在囚牢裡倒有二十四年之久。
也正是因爲有了這些苦難經歷，才使朱聿鍵不同於其他藩王，有了遠大的志向。
弘光帝雖然放了他，卻並未恢復他的王爵，責其往廣西平樂府居住。
朱聿鍵剛剛走到杭州，短命的弘光朝已經玩完，朱明又一個王爺潞王在衆人推戴下於杭州自稱“監國”。
監了三天國，清軍就殺過來了。一直被寄予厚望的潞王爺朱常芳真是痛快，與屬下沒做任何抵抗，直接向清軍獻城投降了。
就在此前一天，朱聿鍵才離開杭州。潞王被俘消息傳來，黃道周等明臣上疏，勸朱聿鍵監國。
這時候，一向善於把握機會的鄭芝龍又看到了機會，唐王奇貨可居呀。他立刻北上，迎接唐王進了他的地盤。
在鄭芝龍兄弟的擁護下，朱聿鍵在建寧（今福建建甌）稱監國，二十天後，他又在福州正式稱帝，改元隆武。
由於身世坎坷，隆武帝和弘光帝迥然不同，他善於撫慰羣臣，樂於納諫，甚至同意招納大順軍餘部，共同抵抗清軍。
同時，針對明軍殺害剃髮的平民，他發詔阻止：“兵行所至，不可妄殺。有發爲順民，無發爲難民。”
這一諭旨使得一般百姓歡呼鼓舞，紛紛來投。
這時候，多鐸因爲過於殘暴，放縱士卒搶掠，把個江南搞了個民不聊生。
多爾袞也看出來了，再讓他這活寶弟弟這樣鬧下去，江南非給他折騰沒人了不可！沒人了大清還統治誰去？
這麼着由着多鐸作不成，他把多鐸調回北京，換多羅貝勒博洛爲徵南大將軍，洪承疇爲江南經略，輔助博洛，安撫南京一帶受難地方的同時，繼續南征。
博洛年青，面對剛剛建立的隆武政權，面對一幫不畏生死的海盜大軍，他還真沒有什麼好辦法。
隆武政權有富可敵國，身經百戰的鄭氏兄弟輔佐，有這麼一位施志中興的英明皇帝，中興該有希望了吧？
唉，可惜呀，滿人雖沒有辦法對付隆武政權，可博洛身後還跟着個一肚子道道的漢奸洪承疇呢。