此後，大禹還在彌勒和真武的幫助下，又掃蕩了一番各地水域作亂的殘餘小妖。至此，參與作亂的妖怪幾乎滅絕。大禹開始正式的治水。
禹接受任務以後，立即與益和后稷一起，召集百姓前來協助。他視察河道，檢討鯀失敗的原因，吸取了父親治水失敗的教訓，決定改革治水方法，變堵截爲疏導，對黃河之水順其自然，以疏導爲主。親自翻山越嶺，淌河過川，拿着工具，從西向東，一路測度地形的高低，樹立標杆，規劃水道。他帶領治水的民工，走遍各地，根據標杆，逢山開山，遇窪築堤，以疏通水道，引洪水入海。
彌勒真武等人竭盡全力，輔助大禹治水，從西走到東，遇到高山，啼腫聽山斧劈，斧頭利芒飛出，淡淡金，山崩地裂門默離峰被從中一分爲二，裂開一峽谷，水流滾滾，傾瀉而出。
遇到大河攔路，大禹祭拜寶劍，青光繚繞，分開水波，正是“避水劍。”大禹掏出一段鐵棒，兩頭是兩個金箍，中間乃一段烏鐵，緊挨箍有鐫成的一行字，喚做“定海神針”重一萬三千五百斤，一拋，插入河底，測量深淺。
禹爲了治水，費盡腦筋，不怕勞苦，從來不敢休息。他與塗山氏女名女嬌新婚不久，就離開妻子，重又踏上治水的道路。
後來，他路過家門口，聽到妻子生產，兒子呱呱墜地的聲音，都咬著牙沒有進家門。
三次經過的時候，他的兒子啓正抱在母親懷裡，他已經懂得叫爸爸，揮動小招呼，禹只是向妻兒揮了揮手，表示自己看到他們了，還是沒有停下來。禹三過家門不入,正是他勞心勞力治水的最好證明。
禹亦關心百姓的疾苦。有一次，看見一個人窮得把孩子賣了，禹就把孩子贖了回來。
見有的百姓沒有吃的，他就讓后稷把僅有的糧食分給百姓。禹穿着破爛的衣服，吃粗劣的食物，住簡陋的席篷，每天親自手持耒鍤，帶頭幹最苦最髒的活。
幾年下來，他的腿上和胳膊上的汗毛都脫光了，手掌和腳掌結了厚厚的老繭，軀體乾枯，臉龐黧黑。
如此，禹先是用了六年時間將海、淮、濟三河疏通河道，後又用了七年時間來疏通黃河河道，眼看治水就要功成，卻是發現黃河河道被龍門山擋住了去路。那龍門山綿延幾千裡，黃河改道自是不成，而其又是九天息壤所化，衆人如何鑿得開？
禹只暗暗叫苦，將此事和彌勒商議。彌勒又祭起金鐃，化爲一巨輪，神華沖霄，往龍門砸下。龍門大開，從此黃河之水便從此流向大海。
經過禹的治理，形成兩大水系，以黃河、長江爲河流源頭主幹，其它江河溝渠大多與此相連有關。水患期間，人族雖受災極重，民生生產均受到了極大的影響，很多民衆不得已背井離鄉；但在治水過程中，受災各部族不分彼此，協同合作，卻也在一定程度上重新分配了生產資料，進一步加強了各部族的交流融合。
在治水的過程中，禹走遍天下，對各地的地形、習俗、物產，都瞭如指掌。
由於事先規劃得當，並不單單是平息水患，禹藉此機會整合了大半人族的勞動力，統一調度、集中勞力開闢了密佈的水網溝渠。以雖尚有一些不盡人意之處，但這次行動極有歷史意義的，在整個種族的傳承受到威脅的情況下，人族暴發出了難以想象的力量，這是人族歷史上第一次大規模的集體協作工程。
在這一過程中，人族的人口基數雖然銳減，但總體生產力卻得到了極大提升，爲以後發展農耕畜牧打下堅實的基礎。得益於密佈的水網工程，相信經過一段時間的修養生息，人族很快便會恢復活力，將迎來一次人口的大暴發，也許僅在百年之後，甚至是幾十年，人族對整個洪荒的影響力就會超過以往的任何一個時期。
禹作爲治水最大的功臣，於十三年中開山無數，通河無數，修堤無數，使天下河川均流向大海。又引水築渠，建壩畜水；加之禹在治水過程中走遍天下，對各地作物氣候均有了解，於執撐間推廣各種作物，讓其在更適合的地方生長，無形中提升了人族的糧食產量。待治水成功，天地有感，降下功德時，那功德之大直叫天下修士側目。
彌勒協助大禹，推山挖溝，疏遍河道，爲治水作出了貢獻。分去一層；真武亦出力不少，分去一層；治水衆人一共分去一層；開山斧與定海神針各自從中分了半層：剩下六層被禹和其父鯀所得。
那大禹獨得五層自水功德，定海神針亦爲治水之器，自然從中分了半層，加之大禹對此寶甚喜，便將自身功德分了些許，與瞭如意金箍棒，叫這如意金箍棒成爲一件後天功德聖器。
彌勒寶相**，梵光籠罩，神音相隨，笑道：“大禹將此寶立於東海，以鎮壓東海氣運，我佛門遣四海龍王保護人族風調雨順如何？”
大禹大喜，龍族自天地初開便屹立於洪荒，稱雄四海，堪稱水中至尊，至今已有無窮歲月，其底蘊自是無比深厚，那會差後天功德聖器？這不過是龍族與人族結盟的一個信號罷了。
龍族乃是上古洪荒霸主，雖已衰落，但是瘦死的駱駝比馬大，現在統轄四海，連昊天上帝也不敢給與輕視。這一件寶物能將龍族這個龐然大物綁在人族的戰車上，大禹哪有不答應的道理？
由於禹治水成功，帝舜在隆重的祭祀儀式上，將一塊黑色的玉圭賜給禹，以表彰他的功績，並向天地萬民宣告成功和天下大治。
帝舜在位三十三年時，把天子位禪讓給禹。禹重新將天下規劃爲九州，並制定了各州的貢物品種。禹還規定：天子帝畿以外五百里的地區叫甸服，再外五百里叫侯服，再外五百里叫綏服，再外五百里叫要服，最外五百里叫荒服。甸、侯、綏三服，進納不同的物品或負擔不同的勞務。要服，不納物服役，只要求接受管教、遵守法制政令。荒服，則根據其習俗進行管理，不強制推行中朝政教。
真武等天庭一干天將在大禹治水立下赫赫功勞，天庭在人類的威望大爲增高，人族開始正式開始在正月初九祭天。
三十三天庭，天庭珠玉滿廂、金碧輝煌的通明殿內，瑤池金母與昊天玉帝列座。
昊天望着浩浩蕩蕩飛到天庭的嫋嫋青煙，喜道：“真武果然不負朕所望，在此次人族洪水災難治理中，立下赫赫大功，我天庭威望大漲呀！”
金母威壓端坐，蛾眉微蹙，望着昊天鏡中顯示的圖像，人族帝王，在黃泥包圍的土臺之上，殺牛羊豬三牲來祭祀，持香禱告蒼天。
王母娘娘心中大樂，轉頭，對昊天言道：“陛下，此次真武立下大功，我天庭功德不小呀！”
昊天玉帝眼睛緊緊盯着昊天鏡，重重了點了點頭，言道：“如今天庭之名，天下不顯，威嚴全無。仙道中人只聞三教，不聞天庭；如今真武立下大功，大揚我天庭聲勢，可要重賞呀。”
金母望着神情興奮，躍躍欲試的昊天，相處億萬年之久的金母馬上就猜出了雄心勃勃的昊天內心所想。
金母內心微微嘆氣，知道昊天胸有溝壑，絕不肯被聖人當傀儡支使，只是三清勢大，娘娘心中更是沒底，陰霾難散，心事重重。
金母也是不甘位居人下，道：“準提聖人對我天庭支持甚多，陛下可要多多依重呀！”
昊天眼光一閃，點了點頭。昊天起了心思，也給西方佛門帶來很多機會，此是後話。