朱由崧仍然水陸並進，分三路進攻唐王朱聿鍵，他採取的具體策略仍然剿撫並用，唐王現在自稱隆武帝，拜鄭芝龍爲內閣首輔助加太子太保兼兵部尚書，拜黃宗羲龍途閣大學士內閣次輔，加太子少保，現在在的這個朱聿鍵指望這二位混。!
朱由崧讓張獻忠的帶十萬大軍繞走贛州，然後南下直插福州，隨軍聽用的大將基本是還是原班人馬，有李定國，祖克勇和馬保，把劉秀調出來任水師副統領隨朱由崧出征。由於沐天波也不在，因此朱由崧將大將馬萬年和陸校調配給了張獻忠麾下。
李自成還是原班人馬，也讓他統兵十萬，走梅州過龍巖，攻取泉州，
第三路人馬由朱由崧親自統領，走沿海一帶，目標是漳州和廈門，只有攻取了這兩地，才能拿下金門島，救鄭鴻逵叔侄二人。他這路人馬連御營算共十一萬人，包括五萬水師，其餘岸的兵將共六萬人。
朱由崧知道這是一場硬仗，關鍵是水戰，鄭芝龍大海盜頭子，盤居福建沿海多年，水師實力雄厚，擁有千艘戰艦，不少於三萬的水師，而且他海戰經驗豐富，手下有一幫鐵哥們兒，都是海盜出身，他們曾經多次在海擊敗過葡萄牙和荷蘭兩個海霸主，因此朱由崧不敢小瞧這個強勁的對手，這也是這次他親自要統兵作戰的原因。
另外，考慮到李自成和張獻忠這兩路人馬沒有水戰，因此朱由崧把熟悉水戰的劉秀也從張獻忠那裡調過來，劉秀水裡的本事僅次鐵臂蒼龍賀兆雄，據說此人在水裡游泳如走平地，岸的武藝也好，指揮作戰有勇有謀，曾經是張獻忠水師統領。
因此朱由崧把他調過來，作賀兆雄的副將，在水軍的具體任職是水師都指揮同知，仍然由鐵臂花龍賀兆雄任水軍都指揮使。
朱由崧的水師發展很快。這些年朱由崧北驅韃子，西討伐李自成和張獻忠的時候，水戰不多，只是在長江流域和黃淮流域進行過幾次水戰，賀兆雄指揮的水師發揮了重要作用，沒有水戰的日子裡，賀兆雄也沒有閒着，按照朱由崧的部署，招驀水師賢良，加緊操練水軍，經過這兩年的積蓄髮展，現在朱由崧的水師實力非常雄厚，擁有五萬精兵。
除了劉秀任吳副將外，朱由崧還把李全和柳春紅夫婦也臨時編到了水師營聽用，李全是鄭家軍的一員，海盜出身，原是鄭鴻逵的部屬，水裡的本事不用說了，他的妻子柳春紅乃是綠柳山莊的人，是鐵臂花蒼龍賀兆雄和俠女賀宣嬌親手教出來的，在追隨朱由崧以前，柳春紅是賀宣嬌的貼身丫鬟，現在嫁給了李全，在軍也是正千戶之職。這樣一樣，水師營有水陸皆能征戰的大將四員，至於水手、潛游能手、炮手、弓箭手更多了，可謂是人才濟濟。
水師營這次調來大小戰船一千五百隻，包括運兵船，運糧船、炮艦等各式戰艦。如果發生了水戰當然全指望炮艦，調過來的水師營現有各種炮艦五百餘門，這些炮艦裝備精良，大號的炮艦配備二十四門火炮，有射程最遠的紅衣大炮，有射程稍近的一些的千斤佛朗機，號的炮艦配備有各式火炮十六門，小號的炮艦配備各型火炮八門。
這一千多隻戰艦可不都是朱由崧伐木建造的，他只造了一小部分，絕大部分是戰利品，其有一大部分是繳獲左良玉的，還有一部分是張獻忠的，修整之後，全都拿來歸朱由崧所用。
除了水師營實力雄厚之外，岸的大軍實力也不弱，雖然只有六萬人，但是有三千御營鐵騎，這是朱由崧僅有的一隻王牌師，屢立戰功。另外還有卸營的工程兵營，擔任工程和爆破任務，爆破營雖然只有幾百人，但在攻取堅城九江等城池時，功勞突出，威名赦赦。
還有五千炮營共五十門紅衣大炮。朱由崧的炮營也不是以前的規模了，人數已經達到了一萬，這次分給李自成和張獻忠各一支炮兵隊伍，朱由崧留下一半了火力。另外是騎兵和步兵了。
這六萬人馬具體由兵部尚書劉肇基負責，隨軍聽用的大將主要有武進士出身的方東旭，炮營統領李柱石，張耐和雙喜，女將高桂英、慧英、慧梅、馬金花和賀宣嬌，小柳是等，不過張耐和雙喜以及這些女將主要是負責御營，除了小柳是朱由崧的御前童子外，三個美妃不但有軍事任務，晚還得有陪朱由崧睡覺侍候的職責。
現在三路大軍的糧草問題不用朱由崧再派專門的押糧運草官了，糧草和軍餉主要來源於兩個方向，一個是京師的籌調，另一個是坐鎮四川的兵部侍郎堵胤錫也徵調一部分運到前敵來，這些糧草供給品運過來之後，具體的接收保管二次配送等問題，朱由崧近交給了廣東、福建和江西三個省的巡撫負責。
一切緒之後，三路大軍共三十一萬人浩浩蕩蕩向三個方向出發了。
朱由崧這十一萬人馬又具體分爲水路和陸路，水路潮洲出發，走海，陸路也是從潮洲出發，直取漳州。
三路大軍具體來說是四路人馬，這四路人馬之間通過軍密探和錦衣衛、廠番收集情況，相互傳遞消息，及時報於朱由崧，使得他能及時準備地掌握其他各路兵部的戰況。
朱由崧的這一路陸人馬，兵部尚書劉肇基成了他的開路先鋒，他帶着五萬大軍在前面開路，朱由崧的一萬御營緊隨其後，在各地方官和老百姓的列隊相送下，浩浩蕩蕩離開了潮洲。
明軍如此大的動作，弘光大帝親自統兵出征，只在潮洲調集兵馬和和籌備糧餉等各種準備長達一個月天，因此以福州爲京師的隆武帝早得報了。他傳旨讓鄭芝龍分兵拒敵，但是他們人馬現在很有限，連水師加也不過五六萬人馬，很難三線或者四線迎敵，只能集兵力分守要塞，集兵力準備打海，實在不行他們打算退到海島。
因此，一些普通的州城府縣基本沒有把守，或者說兵力微弱，看把明軍大軍壓境，很多地方望風而遁。
劉肇基指揮着人馬一路勢如破竹，連取了饒平、雲宵、漳溥、平和等幾個縣，大軍直逼漳洲城下。
同時五萬水師也是一路暢通無阻，開進了沙塘灣，佔領了雙魚島，與廈門隔海相望，但是漳州和夏門則駐有朱聿鍵的重兵。