忍者聯軍總部得知穢土轉生大軍的存在後，火、風、雷、土、水五影決定前往戰場，誰知在半道上遇到了藥師兜穢土轉生的宇智波斑，宇智波斑一個人挑五影毫無壓力，反而五影有些吃力，畢竟對方可是和初代齊名的宇智波斑。
另一邊鳴人在漩渦玖辛奈的幫助下成功吸收了九尾CKL，在得知第四次忍界大戰開啓後，不顧阻攔一個人前往了前線，卻在中途遇見了穢土轉生的宇智波鼬與長門，由於鼬把別天神寫輪眼送給了葉清，所以自己沒有被改變意志，開始抓捕鳴人，鳴人不甘受戮，於是三人亂戰一通。
而佐助帶着CF成員截住了御手洗紅豆帶領的木葉偵察小隊，雙方發生戰鬥，御手洗紅豆被佐助生擒，繼而用她身上的天之咒印復活了大蛇丸，而御手洗紅豆則因爲承受不住咒印的疼痛昏迷了過去，而其餘的人則中了佐助的幻術紛紛倒地。
在佐助一行人走後，藥師兜突然出現，想要帶走御手洗紅豆以及偵察小隊成員，卻被及時趕來的葉清阻止，藥師兜知其劍豪的厲害便金蟬脫殼逃遁，而葉清則是喚醒偵察小隊的成員，告訴他們自己已經在藥師兜身上種下空間術式並承諾說會把藥師兜帶回來，接着讓他們把昏迷的御手洗紅豆帶回木葉。
重獲新生的大蛇丸似乎熄滅了佔據佐助身體的意思，並主動帶着佐助潛入到木葉漩渦一族的祠堂，找到了死神面具，施展逆屍鬼封盡將死神體內的四位火影千手柱間、千手緋間、猿飛日斬以及第四代火影波風水門，佐助便向四位火影詢問當年木葉與宇智波一族的往事。
佐助被火影們說動，決定替鼬完成保護木葉的動作，四位火影聽聞發生第四次忍界大戰，當即要求前往阻止宇智波斑，然而第四代火影波風水門卻被問詢趕來的葉清阻止，在和佐助一番交涉後，葉清出手抽取了波風水門體內的陰之九尾，而波風水門只是個穢土轉生出來的，所以並沒有死掉，只是有些擔憂，卻不知葉清收取他體內的陰之九尾是因爲葉清不想殺鳴人。
不過在佐助的要求下，四位火影也被大蛇丸解除限制恢復了自由，當即便提出趕往戰場，波風水門和千手緋間分別抓住千手柱間與猿飛日斬，發動飛雷神趕往了前線。
而佐助等人在行進的過程中意外遇到了正在大亂斗的鳴人、鼬與長門，於是佐助等人上前參戰，協助鳴人。鼬看到佐助的心意是保護木葉，心裡十分高興，一邊和其打鬥一邊回憶，兩兄弟倆相愛相殺，其他人都去對付長門。
葉清又溜號了，他來到雲隱村找到了躲藏在龜島下面的鬼鮫，並將其斬殺回收了戒指“南”，鮫肌大刀被葉清隨手送給了水月，水月對其愛不釋手，新的斬首大刀也棄之一旁，被葉清收回，在戰爭結束後把斬首大刀重新鑄造成一把空牙刀，一把流刃若火劍，兩把天雙刃（陰陽）和兩把無極刀（陰陽）。
接着葉清來到雨之國，找到阿飛，說明自己手裡有陰九尾，要與阿飛做一次交易，阿飛原本因爲丟了輪迴眼而懊惱，聽到葉清的話，當即同意了葉清的條件，因爲葉清只是要絕手裡的戒指“玄”。
交換之後，葉清便離開了，而阿飛則是召喚出外道魔像把陰之九尾封印掉，雖然少了鳴人體內的陽之九尾，但也已經能夠將其復活，於是阿飛當即帶着復活的外道魔像來到戰場，並發動了有史以來最強大的攻擊。
因爲沒有鳴人和奇拉比的緣故，忍者聯軍被外道魔像的尾獸玉打的死傷慘重，八萬忍者聯軍只剩下不到兩萬人，還包括傷患、失去戰鬥力的忍者，但慶幸的是木葉的小強們無一傷亡，就連原本死在這場戰爭的日向寧次也活着。
葉清眼見戰場上雙方死傷的差不多了，便找到了藥師兜，發動別天神改變藥師兜的意志，同時也讓其解除了穢土轉生，然後把他放了，畢竟藥師兜也是個可憐人。戰場上的穢土轉生大軍紛紛消亡，宇智波斑也隨之消亡，只剩下忍者聯軍一萬多的忍者，卻還在銳減，因爲阿飛操控的外道魔像太過厲害。
葉清將手裡的戒指全部戴上，終於知曉了一切緣由，自己的前世竟然是東方大秦王朝秦始皇的長子扶蘇，被徐福收爲弟子，道號豐紳一青，又娶了輝夜姬。
不過因爲施展神通-神足通拯救了九大侍衛也讓一青耗盡了生命力，臨死之際卻被徐福用神通逃脫宿命輪迴，元神白日飛昇。（大秦史稱公子扶蘇的自殺，實際只是秦二世爲了掩人耳目，把扶蘇的道家善念分身殺了，也就是本文開頭葉清夢到的那個神蹟現場。）
而徐福則身死道消，化爲神樹。而一青的肉體在元神離去後則如行屍走肉一般，化名皇天子統御祖之國的臣民，後來發生暴動，輝夜姬吞噬了神樹果實發動幻術把整個忍界的人民拘禁，後來生下兩個兒子羽衣和羽村，接着神樹暴走成爲十尾，兩個兒子發現忍界真相，聯手封印輝夜姬，把忍界從幻術中解脫出來。
羽衣把十尾靈魂分裂成九個，就是九大尾獸，而神樹屍體則被其用地爆天星包裹拋向月球，羽村爲了看守十尾便帶領部分族人遷移月球，後來發生宗家與分家之戰，整個族只剩下大筒木舍人一個。
在知曉一切秘辛後，葉清來到了戰場，發動六道模式將暴動的外道魔像封印在自己體內，阿飛也被葉清制服，面具被打碎，原來是宇智波帶土，木葉旗木卡卡西昔日的戰友。
這時鳴人和佐助等人趕到，卻發現戰爭已經完結，遇到卡卡西等人又是一番唏噓不已，接着鳴人知道了帶土與卡卡西的恩怨，於是發動嘴遁讓帶土回心轉意，迴歸了木葉，此時忍者聯軍已經只剩下不到一萬人，還是五大國拼湊而成的。
戰後，各自迴歸，因爲這場戰役，五大國也放開了隔閡，相互走動起來，旗下忍者之間也不再有顧慮，紛紛交往起來。其中最受衆人祝福的有：
旗木良友與山中井野，漩渦鳴人與日向雛田，奈良鹿丸和手鞠，佐助與香磷，佐井與春野櫻，天天和日向寧次，我愛羅與祭，猿飛阿斯瑪與夕日紅。
至於小李、犬冢牙、油汝志乃以及水月和重吾那些個類人也找到了別國的女生，反正本國是找不到了。旗木卡卡西貌似在旗木良友的慫恿下追求靜音，而海野伊魯卡則因爲相同的愛好與御手洗紅豆走在了一起。
至於月光疾風與卯月夕顏一家，在改名爲豐紳疾風與豐紳卯月之後，便和兒子殷德快樂的生活在雪之國，再也沒有回到木葉，而殷德在長大後也被葉清收爲弟子傳授其劍法，並把檀木黑與象牙白傳給了殷德。對了，兩把刀還改了名字，檀木黑叫做疾風劍，象牙白叫做緋紅劍，豐紳流劍法至此流傳下去，後來收了個很有天賦的弟子叫做吉田松陽。
至於千手月則正式與風神葉清交往，不過被風花小雪帶着雨硫也來湊熱鬧，鬼之國的紫苑也聞訊趕來，爭着要和葉清生下一代女巫，葉清頭疼不已，都要完結了還跑過來幹嘛，沒奈何幾個女子都收進房中吧，反正也不可描述。於是就這般，豬腳和幾位女主過上了沒羞沒躁的生活。