在莊嚴肅穆的道教三清大殿中，通常供奉着神態端莊的三位尊神，這就是道教的最高尊神“三清祖師”。站在三清大殿大門看，三清即玉清元始天尊神像在大殿居中間、上清靈寶天尊神像在大殿居左、太清道德天尊神像在大殿居右，三清爲道家哲學“三一”學說的象徵。《道德經》第四十二章曰：“道生一，一生二，二生三，三生萬物，萬物負陰而抱陽，衝氣以爲和。”由無名大道化生混沌元氣，由元氣化生陰陽二氣，陰陽之相和，生天下萬物。第十四章又說：“視之不見名曰夷，聽之不聞名曰希，搏之元始天尊不得名曰微。此三者不可致詰，故混而爲一，”認爲一化爲三，三合爲一，“用則分三，本則常一”。
後來道教以此衍化出居於三清勝境的三位尊神。因此“三清”尊神在道教神仙體系中位爲最尊，《道教義樞》卷七引《太真科》說：“大羅生始元玄三氣，化爲三清天也：一曰清微天玉清境，始氣所成；二日禹余天上清境，元氣所成；三曰大赤天太清境，玄氣所成。從此三氣各生，”據《雲簋七籖》和《道法會元》等道書記載，清微天玉清境，混洞太無元，其氣始青，真道升聖境，天寶尊(元始天尊)治之；禹余天上清境，其氣元黃，仙道升真境，靈寶尊治之；大赤天太清境，其氣玄白；人道昇仙境，道天尊居之。文曰：“此四種民天，即三界之上，災所不及四種民天上有三清境。三清之上即是大羅天，元始天尊居其中，施化敷教。
天寶君治在玉清境，清微天也。靈寶君治在上清境，即禹余天也，神寶尊(道德天尊)治在太清境，即大赤天也。”(《雲簋七籖》卷三《道教本始部》)又據《集說詮真》引《讀書紀數略》雲：“三清者玉清聖境，元始居之；上清聖境，道君居之；太清仙境，老君居之。”同時，道教的三清尊神還反映了道教“三洞真經”的神化。《雲簋七籖》卷六《三洞經教部》說：“《道門大論》雲三洞者，洞言洞也。通玄達妙，其統
有三，故云‘三洞’。第一洞真，第二洞玄，第三洞神。乃三景之玄旨，八會之靈章。”根據《道法會元》卷一《清微道法樞紐》關於清微神位的記載；清微聖祖玉清元始妙道上帝代表洞真經部，太玄輔之，傳道教清微派；清微玄祖上清靈福玉僱大道君，代表洞玄經部，太平輔之，傳靈寶派；清微始祖太清道德五靈玄老君代表洞神經部，太清輔之，正一盟威之道通貫三洞，傳道德派和正一派。元始天尊三清尊神的形象有一個歷史過程。
漢順帝時(126—144年)，張道陵鶴鳴山(今四川大邑縣境內)創立五斗米道，尊“太上老君”爲最高神。後來寇謙之改革天師道，亦以“太上老君”爲最早最高尊神，但已經出現了“道德天尊”的名稱，以今所見，“三清”的名稱最早始見於南樑陶弘景所撰的《真靈位業圖》。該書排列神仙序位，分爲七個層次，每一層設一箇中位。上第一中位，上合虛皇道君，應號元始天尊。第二中位，上清高聖太上玉晨元皇大道君(爲萬道之主)。第三中位，太極金閥帝君，姓李，(壬辰下教太平主)。第四中位，太清太上老君(爲太清道主，下臨萬民)。上皇太上無上大道君。其中較爲明顯地提出了上清太清的名稱，但“三清”之名位次序尚未確定，並且第三位爲“金閥帝君”，太上老君卻居於第四中位。以後“三清”神名逐漸流變發展，至唐代才成爲定說。《道藏·太平部·三洞珠囊》卷七引《老君聖蹟》雲：“此即玉清境，元始天尊位，在三十五天之上也。此即上清境，太上大道君(靈寶天尊)位，在三十四天之上也。太清境太極目，即太上老君位，在三十三之上也。”於是“三清”遂成爲道教的最高神。
元始天尊的由來：元始天尊是道教最高神靈“三清”尊神之一，生於太無之先，稟自然之氣，初稱元始天王。東晉葛洪的《枕中書》稱，“昔二儀未分，溟滓鴻蒙，未有成形。天地日月未具，狀如雞子，混沌玄黃。已有盤古真人，天地之精，自號元始天王，遊乎其中”。元始天王，開天闢地，治世成功以後，蛻去軀殼，一靈不昧，遊行空中，見聖女太元，喜其貞潔，即化成青光投入其口。聖女懷孕十二年，始化生於背膂之間，言語行動常有彩雲護體。因其前身是盤古、元始天王，就稱爲元始天尊。
靈寶天尊原稱上清高聖太上玉晨元皇大道君。齊樑高道陶弘景編定的《真靈位業圖》列其在第二神階之中位，僅次於第一神階中位之元始天尊。唐代時曾稱爲太上大道君，宋代起才稱爲靈寶天尊或靈寶君。
道經說他是在宇宙未形成之前，從混沌狀態產生的元氣所化生。原是“二晨之精氣，九慶之紫煙”，後托胎三千七百年誕生，住在上清境的玄都玉京仙府，有金童、玉女各30萬人侍衛，萬神朝拜，超度之人不計其數。有三十六變七十二化，人們隨時隨地都可以見到他。
據《雲笈七籤》引《洞真大洞真經》，靈寶天尊系“玉晨之精氣，九慶之紫煙，玉暉煥耀，金映流真，結化含秀，苞凝元神，寄胎母氏，育形爲人”。《靈寶略記》則稱“太上大道君以開皇元年托胎於西方綠那玉國，寄孕於洪氏之胞，凝神瓊胎之府三千七百年，降誕於其國鬱察山浮羅之嶽丹玄之阿側，名曰器度，字上開元。及其長，乃啓悟道真，期心高道，坐於枯桑之下，精思百日而元始天尊下降，授靈寶大乘之法十部妙經”。
上清高聖太上玉晨大道君，自元始天尊處受經法以後，即輔佐元始天尊，居三十六天之第二高位上清境，在三十四天之上，治蕊珠日闕，管七映紫房，金童玉女各三十萬侍衛。萬神入拜，五德把符，上真侍晨，天皇抱圖。
據《洞玄本行經》，靈寶天尊以靈寶之法，隨世度人。自元始開光，至於赤明元年，經九千九百億萬劫，度人有如塵沙之衆，不可勝量。凡遇有緣好學之人，請問疑難，靈寶天尊即不吝教誨。天尊有三十六變、七十二化，人慾見之，隨感而應，千萬處可分身即到。
道教宮觀裡的三清殿中，靈寶天尊常以手捧如意之像居元始天尊之左側位，手持太極圖或玉如意。在道教大型齋醮禮儀中，也多設有三清神位，以靈寶天尊居元始天尊之左位。靈寶天尊之神誕日爲夏至日，約在農曆五月中。民間於夏至日之供奉常以靈寶天尊爲主神。