公元1949年10月1日，中華人民共和國成立。這一天，整個中國，不管什麼地方，都是歡慶快樂的喜悅。就在第二天，在日本東京某地，有不少日本官兵，在這些官兵眼前的主席臺上的座位上，坐着一名年長的日本軍官，有一名年輕士官對着這個年長的軍官說道:“老師，祝賀您八十大壽，福如東海，壽比南山！”剛剛說完，有一排士兵又放槍又放炮的“咚咚”的聲音連續響了將近五分鐘，槍炮完後那個年長的軍官說道:“好，讓大家先……”話沒說完突然從天降下來一把劍插在地上，把所有的人嚇了一跳，那個年長的軍官說道:“這是怎麼回事？這把劍……”他看到那把劍感覺好像在哪兒見過正想說話，不知道從哪出來一個聲音:“老小子，還記得我嗎？我來這裡報仇來了，我要爲那將近五十萬的英靈報仇！”然後突然出現在劍的面前，拔起劍就衝向那個年長的軍官，怎奈人太多，無法衝到他跟前，之後與其士兵們打殺了起來……最後身負重傷，站在原地，只說了一句:“殺——了——他！”剛說完就閉上了眼睛往後倒…… ……
洪荒時期，黃帝、炎帝、蚩尤三大部落爭取天下。炎帝部落老首領之子熾因不滿父親將首領之位傳於身世不明的炎而發動叛亂。炎帝平息了叛亂後，熾下落不明。不久，炎帝被黃帝打敗之後，突然隱姓埋名遠走他鄉。多年後炎帝化名爲神農，嘗百草救世人。多年後，熾化名爲瘟神，處處與神農作對，更製造出瘟疫，禍害世人，令神農苦苦無法破解。
天邊一道霹靂閃下，天色陰沉。荒原一片蒼涼，呼嘯的風捲起大片大片的黃土，茫茫大地瀰漫着濃重的肅殺之氣。強風漸漸平息，沙塵散去，兩隻龐大的軍隊出現在眼前，黃帝威風凜凜地站在軒轅族陣前，幾個勇敢善戰的部下站在黃帝身後：足智多謀的軍師風后、英勇善戰的武將力牧、精幹睿智的文臣倉頡，強壯威武的護衛應龍。他們正用冷峻的目光逼視着九黎族軍隊。九黎族部落首領蚩尤披頭散髮，頭上戴着牛角般的頭盔，凶神惡煞般地站在隊伍最前方。他的部下貔貅和金虎也站在他身後。這貔貅是蚩尤的坐騎，龍頭蛇尾，形似獅子，毛色灰白，異常兇猛。他與應龍一樣，來自遙遠的山海界，具有異常強悍的戰鬥力。
此刻，黃帝對力牧點了點頭。力牧立刻帶領將士們吶喊起來，干戈相擊聲震天動地。蚩尤將手中的蚩尤斧高高舉起，示意部下準備進攻。蚩尤的部下看見蚩尤斧高舉，都舉起了手中的兵器，吼聲震天。黃帝大吼：“殺！”蚩尤也一揮斧頭：“殺！”雙方兵將殺出，展開了慘烈的激戰。亂軍之中，黃帝和蚩尤在原地未動，互相看着對方。一名蚩尤部落的將領向黃帝殺了過來。黃帝雙目突然一睜，怒喝了一聲。那將領頓時嚇得肝膽俱裂，吐血而亡。蚩尤的眼睛也變得血紅而興奮，“黃帝，拿命來！”頓時，貔貅化做了坐騎，蚩尤跨上貔貅，舉起戰斧衝向了黃帝。黃帝陣前，應龍化身爲龍騎，飛到黃帝身邊。黃帝騎上應龍，揮劍迎向蚩尤。兩人剛一交手，軒轅劍與蚩尤斧碰撞到一起，無邊的殺氣便蔓延開來，逼得兩方士兵們紛紛退回本方陣營。戰場上頓時留出一塊空地供黃帝與蚩尤爭鬥。
黃帝強悍，蚩尤驍勇，兩人一時間難分高下。風后、力牧、倉頡緊張地關注着戰局。黃帝和蚩尤又交戰許久，分立於各自的陣前，停了一下，彷彿在積蓄所有的力量。
此時，一個士卒飛快地跑到風后、力牧、倉頡身邊，說了些什麼。三人大驚。蚩尤軍隊的將領金虎也收到了士卒傳來的消息，大驚。黃帝和蚩尤對視了許久，終於又向對方衝去。兩方陣營裡突然分別衝出一個人影。黃帝和蚩尤兵器相撞，凝聚了兩人所有的力量，氣勢驚天動地。突然衝出的兩人被震倒在地。黃帝和蚩尤定睛一看，分別是自己的部下力牧和金虎。力牧和金虎分別吐了口鮮血，都被剛纔驚天動地的一擊震傷。黃帝趕緊收手：“力牧，你爲何上前？”力牧勉強起身：“啓稟首領，部落中發生大片瘟疫，我族人危在旦夕！”黃帝驚道：“什麼？”金虎也爬起來向蚩尤報告，“頭領，我部落中人也大多被瘟疫所害！”蚩尤也眉頭一皺，看了看黃帝：“黃帝，你有何打算？”黃帝無奈地長嘆一聲：“天意……蚩尤，我但求和你痛快一戰，竟不能爲。眼下情形有變，你我且各自退兵，如何？”“好，你我來日再戰。”兩路大軍各自退去。
黃帝回到部落時，被眼前的景象驚呆了。族人們紛紛病倒，有些已經死去，部落裡到處是**聲和痛哭聲，瘟疫在啃噬着族人們的生命。黃帝帶着部下在部落裡到處查看，既焦急又心痛。
遠處，神農正仔細地爲周圍的病人看病、喂藥，他的坐騎麒麟跟在後面，背上馱着許多草藥。黃帝望着神農的背影，覺得十分眼熟，走上前去。麒麟看到黃帝走了過來，對着黃帝咆哮起來。神農也覺察到了身後的黃帝，並沒有回頭，繼續照看病人。
眼前這人舉手投足都這樣熟悉，黃帝越靠近眉頭就皺得越緊，他的眼中也升起了深深的敵意。終於，黃帝停下了腳步，冷冷地問：“你怎麼來了？”神農轉過身來，淡然一笑：“你在問哪個我？世上已無炎帝，只有嚐遍百草救治世人的神農。”“好一個嚐遍百草救治世人的神農！你能救我族人？”黃帝的神色緩和了一些，神農答：“不能。”黃帝神情又是一緊。“我現在的能力只能救活那些病情較輕的病人，病情嚴重的，我仍然是無能爲力。況且，這麼多年來，我費盡心血，也不能有效地祛除瘟疫。”神農的眼中充滿了憂慮。黃帝對神農的話半信半疑：“你真的甘心就這樣敗於我手？”
“現在只有無法救活病人才是我的失敗。我已經把草藥的用法告訴了你的族人……”神農擡起頭，看見了黃帝不信任的目光:“怎麼，你害怕是毒藥？”黃帝沉默不語。“我正好在你部落附近，就先到你這裡看看，現在該去蚩尤那裡了。”說完，神農轉身要走。“等等！”神農停下腳步。“她怎麼樣？”黃帝明顯放輕了聲音，語氣中明顯夾雜着些許謹慎。神農淡淡地答道：“她很好。”
“就這麼簡單？”神農點點頭。
神農的傲慢點燃了黃帝的怒火：“你以爲今天能活着離開這兒嗎？”神農笑了笑，搖搖頭，大步離開了。黃帝緊握了拳頭。
神農走後，黃帝長時間陷入深思。直到倉頡面露歡喜地跑過來，他才撫平了自己的複雜情緒，問：“什麼事？”
“首領，炎帝送來的藥……”
“他不叫炎帝了，叫神農。”
“是，神農的藥還真管用，大家的病情緩解了不少啊！”黃帝點點頭，嘆道：“當年是我在阪泉打敗了他，可他現在卻以德報怨，救助我的族人，讓我好生羞愧啊！”應龍怒道：“首領有什麼好羞愧的，是他對不起首領！當年首領將他俘虜，網開一面沒有殺他，他卻把首領心愛的……”風后示意應龍不要再說了，應龍只得把話停住，喃喃道：“管他叫炎帝還是叫神農，反正要是再讓我應龍遇見了他，定要把他碎屍萬段！”黃帝厲聲道：“這是我和他的個人恩怨，和兩個部落沒有關係，你們都不許插手。”應龍、風后、力牧、倉頡齊聲道：“是！”
黃帝看着眼前的一切，染了瘟疫的兵將們隱忍着痛苦，在落日的餘暉中，顯得疲憊不堪。黃帝深深地嘆息，背影在蒼茫的暮色裡顯得孤獨落寞。此刻的神農臉上也是同樣的憂慮，他望着蚩尤部落的傷兵病患，焦急地嘆了口氣。他的藥只能讓染上瘟疫的人病情好轉，並不能徹底根治，神農嚐遍百草，如今卻也對這場可怕的災難束手無策。
蚩尤部落裡的人，吃了神農送來藥，病情都已緩和。蚩尤盯着自己面前無慾無求的神農，內心裡充滿了怒氣：“堂堂炎帝難道被黃帝打怕了嗎？跟我聯手吧，咱們一起對付軒轅族。”
“我已經說了，我不再是什麼炎帝，我叫神農。”
“懦夫！你的部下刑天還帶着人反抗黃帝，可你呢？卻爲了一個女人逃避自己的責任！你對得起你的族人嗎？”
神農怒道：“我沒有逃避！治病救人就是我現在的責任！”
突然，帳外陰風襲來，一個士卒慘叫一聲。蚩尤問道：“怎麼回事？”一個士卒拿着一支帶血的拋矛進來，道：“稟頭領，剛纔帳外突起大風，風中飛來一支拋矛，刺傷了一個士卒。”蚩尤接過拋矛，正要摸矛尖查看。神農一掌將拋矛擊落，喊道：“別摸！有毒！”蚩尤疑惑：“你怎麼知道？”“這是熾的兵器，他是來找我的。”神農將裝藥的包袱塞到蚩尤的手中，又從懷裡拿出一小包藥粉，交給士卒道：“快給那個受傷的弟兄敷上。”士卒不敢擅自接藥，看了看蚩尤。蚩尤點點頭。神農鄭重地對蚩尤說：“你要是想救你的族人，就趕緊讓他們用藥。”說罷，他轉身就要出帳。
蚩尤喊道：“留下來！無論你是炎帝還是神農，你都是這個世上的大英雄，我們聯手，必定能打敗黃帝！”神農笑了笑，沒有回頭。蚩尤厲聲道：“你難道忘了【阪泉之敗】的恥辱嗎？”神農沒有回答，走出了營帳。
神農騎着麒麟進入樹林，停了下來，周圍空無一人，靜謐而陰森，鳥羣撲扇着翅膀向遠處飛去。神農朝四面八方大喊：“我來了，你出來吧。”
瘟神從一棵樹後走了出來。神農皺了皺眉：“你找我？”瘟神詭異地笑了笑：“你不是一直在找我嗎？”“熾，你停手吧，這是你跟我的個人恩怨，何必把所有無辜百姓都牽扯進去？”“不要叫我熾！你不是改叫神農了嗎？我現在也改名了，叫做瘟神。你要救人，我偏偏要殺人。看看是你的百草靈驗，還是我的瘟疫厲害。”
“你我是同族，不要逼我出手！”
“我躲了這麼久，就是要親手取你性命。今天我們就做個了斷吧！”
瘟神話音未落已經攻向神農。神農起初只守不攻，有忍讓之心，漸漸落了下風。瘟神不依不饒，誓要殺死神農。神農終於開始了反擊。瘟神被神農打成重傷，口吐鮮血。瘟神撒出一把毒煙，延緩了神農的追擊，轉眼間消失了。樹林裡迴盪着瘟神的聲音：“神農，我殺不了你，你也奈何不了我的瘟疫，哈哈哈……”瘟神狂笑着遠去了。
在這時，天上突然閃下一道閃電，然後一個黑影落到地面上，這個人不是別人，而是朱天保，到了地面後看了看四周圍並說道：“這次年代該對了吧？”正想着這是什麼年代呢，突然有人在說話，就趕緊去看看，到了跟前看到一人跪在地上。
眼中充溢着憂慮他的：“蒼天在上，我神農嚐遍百草，奈何天資愚鈍，無力清除瘟疫。乞求上天感念世人疾苦，賜下良方，救助世人。”
天宮靈霄寶殿上，一名老者對玉帝說道：“啓稟玉帝，神農在人間祈求上天，希望獲得消除瘟疫之法，已經跪拜了三天三夜了！”只聽玉帝說道：“天界人間素來有別，人間之事，實在不便干預，還是不管他吧！”那名老者聽後說道：“玉帝，如果我天界不對神農有所交代，這恐怕不妥！”玉帝站起來問道：“太上老君，有何不妥？朕有必要向一個凡人交代什麼嗎？”太白金星上來說道：“玉帝息怒，那神農本來是人間炎帝，後來隱姓埋名，嚐遍百草，救濟世人，在人間頗有聲望，如果讓那神農誤會了天界，在人間散佈謠言，詆譭玉帝，與我天庭不利啊！”那玉帝聽後說道：“那神農究竟是何等人物？”想了一會兒繼續說道：“那以你所見，那朕該如何是好？”太白金星說道：“玉帝聖明！可將那神農召上天來以示仁厚，在向其闡明原委，讓那神農斷絕求助天界之意！”玉帝聽後也只能如此，就命太白金星宣神農覲見！