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不久後，朱元璋率部南渡長江，攻克太平，改太平路爲太平府。奉韓林兒上諭，置太平興國翼元帥府，諸將奉上爲大元帥。
朱元璋命李善長爲帥府都事，掌管太平府一切大權，也留下數員大將率領兵馬以固防禦。
而北方天長與盱眙兩縣則由徐達與常遇春分別攻取，這令元軍大爲緊張，而張士誠於同年卻突然在攻取數座城池後降了元廷，居然受到元廷冊封爲“太尉”之職，令天下義軍首領皆爲之不齒。
第二年三月，朱元璋親到前線督軍，進攻集慶路，由於有商羽所提供地密兵不斷爲其提供消息，而躲避過元軍主動出襲地主力大軍。
而張天與郭天敘偏是率領一支人馬來至前線欲圖佔領軍功，朱元璋假做應允而兩人率領兵馬與部將陳野先會合，郭天敘在當晚直接被早有反意的部將陳野先殺死，張天則被灌醉後擡入集慶府，至此郭家軍名存實亡，雖然郭天敘還有兩位弟弟，但其人連乃兄都不如，何能令諸將心服？
兩日後，陳野先的人頭自溧水葛仙鄉一帶被少年密兵殺死送至朱元璋地大帳之內。
“賢弟，這陳野先當真是大逆不道，若非本帥同意都元帥與右副元帥前去與他們合兵一處。怎麼會令我軍痛失兩位元帥，所謂哀兵必勝！我軍當以爲兩位元帥戴孝攻城爲報，誓死攻克集慶，如此才能告慰兩位元帥在天之靈。”大帳之中，朱元璋兩眼含淚地向隨侍在身側地商羽說道。
此次連環妙計，不但令早有反意地陳野先殺死朱元璋本就覺得十分礙眼的兩位頂頭上司，也令陳野先將張天與郭天敘所帶來的郭家軍的班底消耗殆盡，而朱元璋卻絲毫沒有背上罵名，這是對郭天敘與張天恨之入骨地商羽所出之計，而朱元璋聽後卻是欣然採納。
“翼元帥當以兵家戰事爲重，不可過度悲傷，商羽願隨排弩陣出征助陣指揮，請元帥下令！”此時的商羽個子又長高許多，脣前的鬍鬚也更爲加重，只不過離開泉州一年多，商羽此時已然是朱元璋除去李善長外最爲親近地謀士，便是湯和也常誇讚在佯攻集慶時商羽的謀略得當，令前方萬名兵士均在一年內由新兵成爲了老兵。
朱元璋眼中閃過一絲欣慰之色，商羽手中弩炮將是攻下集慶這座城堅兵強重鎮地奇兵，而商羽卻毫不居功，只願在事後欲圖經營集慶府築城之事，這讓朱元璋本對商羽有些疑惑之心盡去，加之商盟不斷將大批財物運至滁州軍中，完全不注重劉福通那位自居丞相之輩，明顯是看好滁州紅巾軍。
少年密兵早已經潛伏進入集慶府內部各鄉鎮間，不斷有元軍兵馬向城內收縮地報告傳來，此刻當是率領兵馬攻克集慶府的最佳時刻。
“好！衆將聽令，胡大海率五千水軍乘船沿江而上從水路佯攻，待得陸路將水閘打開方可衝鋒。徐達將軍，率兩千五絃弓手一萬步兵以兩千人爲一隊攻城，但要儘量減少傷亡。”
“商羽聽令，命你率排弩營在後緊跟徐將軍其後緩慢推進，其餘諸位將軍在側翼等候本帥軍令行事，不得有誤！”朱元璋此時渾厚地聲音在大帳中震得諸將大聲應命。
“遵元帥大人令！”商羽也退離朱元璋身側，來到諸將站立處半跪於地接受傳令兵發下令箭。
快要到攻城地時刻了，弩炮的威力商羽是很清楚地，但這種弩炮在攻打下集慶府後，很可能就會被朱元璋扔進府庫永不復用，商羽心內暗自嘆息。
以他心中所學，若是在此基礎之上加以改良必能製出更爲犀利地攻城炮，但朱元璋卻囑咐他去研究射殺單獨兵士地火器，這是商羽所不願做地，但朱元璋卻是以天下大義相勸，商羽不得不同意朱元璋之意。
攻城火器可以攻取城池，但射殺單獨兵士地火器商羽很是擔憂，那不但要浪費大量錢財也會令戰爭變得更加殘酷，到時天下間的戰鬥模式可能都會發生改變。
商羽並不清楚，此時在西方正有一些公國的王族正在積極打探深處戰火的華夏大地中的火器製造方法，因此不惜耗費相對於公國巨資的消耗正在建造戰船。
這是未來商羽所必須要直接面對地一件歷史事件，也因他之功在未來華夏海疆數百年皆無敵大規模來犯，只有那如蟑螂一般地大和倭寇不斷小股侵擾我華夏海疆。
攻打集慶府之戰足足耗費三日，商羽的弩炮在將城牆轟開一條裂縫後，義軍便如潮水一般衝入城中，取下部分城牆後，五絃弓手起到了極大作用，完全壓制住悍不畏死的元軍在城內十數次反撲。
當義軍將城中水閘放開之後，胡大海率領水軍進入城中封鎖水道之後，元軍這才徹底慌亂，但這些元軍竟然由百戶固守街巷，開始了長達數日地巷戰。
那居於城內城中的普化帖木兒居然在封鎖內城三天後，天真地穿上平民服裝想要逃脫，卻被數名城中漢家被其**過的女子當聲認出，頭顱割下後送至朱元璋帳中，而身軀則被義軍將士亂刀垛成肉醬，被城內漢民所養犬隻所食。
守在內城地兵士們在看到普化帖木兒的首級後，急忙到帥堂求證，得知主將果然背棄全軍逃跑而且已然身死，這才絕望地打開內城投降。
“賢弟，你說那張士誠是否很有趣？居然從水路運來上萬擔糧食要送給普化帖木兒！結果被本帥直接連人帶船全扣下來了。”朱元璋站在集慶府城頭上向着身邊的商羽微笑着說道。
“大哥，此處無人，我想問下，您是否有意要在不久後對張士誠動手？”商羽略微驚訝地問道。
“賢弟，還不到時候，等我將集慶府改名爲應天府後再向他下手不遲，這廝數次喊叫着爲天下民衆請命卻兩次三番向元廷投誠，若不除去他我心實難安，只是此賊目前勢大，我軍剛攻下集慶不久，全軍需要休整啊！”朱元璋嘆息一聲說道。
城內戰事還未完全結束，但已經開始在清掃戰場，只有少數躲藏在民居內的蒙元兵士跳出來還試圖殺死一兩名義軍兵士，只是隨即便會被砍殺至死。
江南一地兩萬蒙元鐵騎兵士盡皆被屠，數萬漢民兵士盡皆投誠義軍，此役朱元璋這纔開始真正天下間衆多豪傑重視並有諸多 義軍將領紛紛來附。