唐生智這種沒有自己軍隊的司令非常可憐，直到孫百里和幾名衛士走進他的辦公室還不知道發生了什麼事情，迷惑不解地問道：“孫將軍，你不在前線指揮部隊，跑到這裡幹什麼？”
孫百里笑着說道：“聽說唐司令身體欠佳，不能視事，軍隊不可一日無帥，作爲南京軍銜最高的高級將領，我自然則無旁貸要負起這個責任來。”說完一揮手，命令道：“請唐司令上路！”
看着幾個身材魁梧的衛兵面無表情地向自己走來，唐生智這才明白過來，色厲內荏地大喊道：“孫百里，你好大的膽子！我是大本營和委員長親自任命的，殺了我看你怎麼收場！”
孫百里皮笑肉不笑地反問道：“唐司令，你誤會了！我這麼大的膽子要殺你，只是想把你送到江北去修養一段時間，要不然，你的汽艇不就派不上用場了嗎！”
聽見孫百里提到汽艇，唐生智立刻氣焰全無，在幾個衛兵的‘護送’下垂頭喪氣地走了出去。解決了唐生智，孫百里立即以十九路軍總指揮兼軍長的名義電告大本營，稱唐生智病情惡化，已經神志不清，於前線指揮官緊急磋商後派專人護送其到後方治療，自己暫時接替唐生智指揮南京衛戍部隊。
由於唐生智在就任南京衛戍司令之前就已經抱病在身，大本營就沒有多想，再加上南京的部隊都是中央軍嫡系中的嫡系，不可能做出對中央不利的事情，就順水推舟任命孫百里爲新的南京衛戍司令，全權指揮首都保衛戰。
孫百里接管部隊後發佈的第一條命令就是要求參謀部用最快的速度擬定撤退平民的方案，同時取消唐生智此前下達給北岸部隊的格殺令，不再禁止渡江，自備船隻的平民隨時都可以渡江，由軍隊提供保護。接着又命令警察和憲兵部隊對各部門的辦公地點等要害部門進行清查，把重要的文件資料登記造冊，準備轉移。然後再派人到兵工廠員工的家裡進行勸說，讓技術人員繼續到廠裡上班，利用庫存的原料生產武器彈藥支援前犀作爲交換條件，這些人的家人將是第一批撤離南京的人員。
於此同時，孫百里讓十九路軍軍部直屬地務營接替憲兵團的防務，讓他們來維持市區的秩序，使民衆能夠井然有序地撤退。爲了安定軍心，孫百里命令所有的高級軍官不得私備船隻，準備和日軍死戰。
當天晚上，各式各樣的船隻滿載着市民朝北岸駛去，開始了撤退的序幕。與此同時，孫百里在衛戍司令部召開軍事會議，協調全軍的行動，準備下階段的戰鬥。參加會議的有教導總隊的總隊長桂永清，第88師師長孫元良，第87師師長王敬久，第36師師長宋希濂和十九路軍獨立師師長鍾武。
孫百里說道：“諸位，我們的部隊雖然都有不同程度的傷亡，但是不客氣地說，到目前爲止這幾支部隊依然豎軍中戰鬥力最強的，這也是大本營選擇你們來保衛南京的原因！如果還不能重創敵軍的話，肯定無法向全國民衆和大本營交待，故而我想在此和日軍好好打一仗！希望你們能鼎力相助！”
王敬久問道：“我的部隊已經傷亡過半，幾乎喪失了戰鬥力，如何繼續戰鬥下去？”
宋希濂和桂永清也說自己的部隊傷亡很大，只有孫元良剛剛得到高山峻帶來的數千人，稍微好過一點。
孫百里說道：“我的部隊損失較小，可以把第87師和教導總隊替換下來休整幾天，第88師由高山峻的部隊暫時在前面頂住就可以了。我軍在江北還有部隊，可以在轉移市民的時候接過來補充，另外，市民當中有很多年輕人不願意撤退，要求和軍隊一起戰鬥，兵力的問題不會很大。”
孫元良說道：“你說準備打巷戰，可是我們都沒有這方面的經驗，怎麼打呢？”
鍾武說道：“這個問題容易解決。我們十九路軍先後兩次在上海和日軍巷戰，積累了相當的經驗，可以和弟兄們一起分享。”
孫元良又問道：“日軍的上海派遣軍加上第十軍，兵力差不多有二十萬，還有海軍和空軍助陣，怎麼打都很難頂的住！這幾天，日軍第6師團連續衝擊中華門，攻勢非常兇猛，有好幾次都險些破門。”
孫百里解釋道：“如果打起巷戰，日軍的空軍和海軍就變成了擺設，派不上用場！因爲敵我雙方的陣地肯定是犬牙交錯，我中有你，你中有我。”
桂永清問道：“既然你們巷戰的經驗都是和日軍打仗積累的，那麼敵人不也同樣積累了經驗？”
孫百里回答道：“第一次打巷戰是在一二八事變中，當時的對手是日軍海軍陸戰隊，日本的海軍和陸軍向來對立，不可能分享作戰經驗，尤其是失敗的經驗。第二次是淞滬會戰的時候，主要的對手是上海派遣軍的部隊，其中第九師團被我們全殲就是因爲不適應城市作戰地點。”
鍾武插話道：“再說日本軍隊的武器也不適合打巷戰。三八式步的身太長，在地方狹窄的地方根本施展不開，還不如中正式實用，更比不上半自動步；歪把子機的故障率脯不如捷克式好用；圓筒手榴彈的投擲距離也不如長柄的遠；所以說，日軍在巷戰的主要步兵武器方面反而不如國軍。”
宋希濂說道：“我們的補給太脆弱了，一旦日軍艦隊全面封鎖江面，武器彈藥就沒有來源了，巷戰打得再好也沒有用啊！”
孫百里說道：“我已經讓兵工廠利用庫存的原料繼續生產巷戰消耗最大的子彈和手榴彈，應該可以稍微緩解一點，另外，這幾天要抓緊時間從江北運送一些過來。”
孫元良說道：“我倒是覺得這不是大問題。仗打了這麼多天，日軍的消耗比我們只多不少，應該更困難纔對，只要我們把它們再拖幾天，說不定連糧食都吃光了呢！難道你們忘記了，在日軍到達以前南京郊區已經進行了堅壁清野，附近20公里範圍內是沒有任何補給的！”
桂永清恍然大悟地說道：“是啊，上海派遣軍被十九路軍堵在京滬公路上，第十軍的補給只能從太湖南輸送，本身路途就很遙遠，再加上沿途有小股的國軍活動，其實也脆弱的很！”
王敬久說道：“既然這樣就在這裡和小鬼子耗着吧，看誰拖死誰！”
孫百里連忙趁熱打鐵，說道：“那我們就先商議具體的戰術安排。”