魏公公沒殺都司程慶，哪怕他知道對方並未真心服從於他這欽命海事提督太監。
因爲，殺人立威可用一次，不可用二次。
吳淞口的兵權已經落在魏公公手裡，他便不能再殺人。如果此時再殺程慶，最直接的後果就是那些徽州兵人人自危，好不容易得來的“和平”就會再次腥風血雨。
畢竟，魏公公現在是要收人，擴大勢力，整頓海軍出海發財，而不是胡亂殺人。
再者，殺了管營姜某得罪的僅是應天撫臣一人，再殺程慶等幾百徽州兵將卻可能得罪整個南直官場。
於應天撫臣處，魏公公渾然不懼，於整個南直官場，甚至於整個南方官場爲敵，魏公公的腦袋也不見得有多硬。
況且，無罪擅誅一人，萬曆那裡能接受。無罪誅殺數百人，萬曆只怕能氣的和娘娘一樣犯了毒瘡。還有綁票東林書院這爛事在，皇爺一旦毒火攻心，魏公公下場堪憂。
說到底，他老人家就算把吳淞水營整頓成了皇家海軍，靠的還是萬曆的虎皮，靠的還是體制內他這個太監身份，沒了這個依仗，他什麼都不是。
所以，不可濫殺，一來避免無謂傷亡，二來則避免皇爺跳牆。
但程慶畢竟是都司，吳淞水營的二把交椅，任由他在營中自由活動，難保其人不會私下串連，在某個關鍵節點給魏公公來那麼一傢伙。
因而，魏公公從碼頭回來後就立即重組海軍機構了。
重組的目的是理清上下關係，確立新的指揮體系，同時也是杜絕一切可能危及海軍事業的潛在危險。
這個潛在的危險自包含程慶等人舊有的指揮權力。
吳淞水營現在是封營狀態，魏公公下的嚴令，七日之內，許進不許出。這是確保吳淞水營發生的一切短期內不爲蘇州方面知曉，等知道也是生米煮成熟飯，皇家海軍光榮成立了。
鄭鐸親率馬隊巡視諸營，各營軍官也是整肅再三。
得了魏公公賞錢的水營上下，倒也沒人埋怨，成爲皇家海軍、天子親軍的無上榮耀成了水師官兵的動力。
一時間，真是有新氣象，新局面。
管營姜某的死，目前爲止只有小部分人知道。魏公公密令將管營姜某安葬在上海縣境內，重金購的上好棺材，只是眼下不好爲這位遊擊將軍立碑。
整頓組建海軍，最基本的一個步驟肯定是重新劃分指揮權，具體即是剝離舊有指揮體系。
理論上，大明朝實際是沒有水師這一軍制的，沿海各水師（營）沿用的都是衛所制，如廣東水師就是歸廣東總兵所轄，下設參將、遊擊、守備、把總。浙江水師則是由浙直總兵提調，下設參將、遊擊，另外還有一個總捕都司負責打擊走私，不過這個總捕都司名存實亡。
福建方面的水師是由副總兵提調，下設參將。福建也設備倭都司，不過這個都司沒有戰船，有戰事須報福建副總兵，再由副建副總兵部署。包括澎湖巡檢司也是如此。
簡而言之，當下不管是南方的水師，還是北方的水師，名義上都無法獨立作戰，均由當地總兵、參將提調。
唯一有獨立性質，和海事有關聯的則是廣東和福建的市舶司。
沿海各地的市舶司原先不止廣東和福建這兩處，而是有多處。永樂年間甚至還在安南和馬來等地設有市舶司，都是由內臣提調。不過此後兩百年，市舶司不斷被廢，廣東和福建這兩處市舶司也是經歷幾廢幾立。
市舶司本質上其實就是海關，職責就是管理海上對外貿易。有意思的是，廣東和福建的市舶司是十三年前由地方巡撫奏請復立的，而市舶司上交內庫的稅收卻是很少。
這個現象就很有意思了，和吳淞水營的官兵寧可過窮日子，也不敢參與走私一樣，讓人十分的意外。
甭管哪朝哪代，海上貿易都是官府爲主，南宋更是將這海貿做到了國庫大半收入的程度。可以說，沒有南宋繁榮的海貿，就根本沒有南宋的存在。
到了當下大明朝，這海上貿易也很繁榮，每年流入大明的白銀如流水一般，偏就朝廷沒從中得到多少錢，連水師也沒法從中分杯羹，這就令得魏公公不能不沉思，皇家海軍成立之後，他的首要敵人到底是還沒成氣侯的紅毛鬼呢，還是已經閉關鎖國的日本，亦是那些海上的強盜，還是如同他一樣的體制中人呢。
選擇對的敵人，才能成功。
經過多方面瞭解的魏公公對於敵人到底是誰，心中是有了些數，現在，他就要磨刀了。
經過反覆權衡，魏公公決意徹底改革海軍舊有指揮體系，首先就是將吳淞水營所有戰船和人員組建爲皇家海軍機動支隊和留守支隊。
機動支隊即由能出海的戰船組成，留守支隊由不能出海的戰船組成。
有鑑於暫時無法尋找新的駐軍基地和港口，海軍的一切供應都要從吳淞口獲得，所以，至少在一年以內，吳淞口這裡，魏公公是不能放棄的。要不然，他的船隊很可能無法從其它地方獲得補給。
機動支隊由魏公公親自提調，暫委千總王大力爲支隊長，加總兵銜。千總陸鳳爲副支隊長，加參將銜。
機動支隊由52艘戰船組成，官兵3200餘人，由原廣東水師官兵1600餘，揚州兵300餘，松江兵300餘，徽州兵200餘，魏公公直屬親兵營並步軍左營千餘人組成。
支隊計有三桅炮船3艘，福船6艘，樓船11艘，蒼船9艘、海舫14艘，其餘船隻9艘組成。
除原各船配大炮116門，佛朗機炮162門，虎蹲炮210門，大杆子銃及其餘輕重銅炮314門外，魏公公又將從軍器局採購來的火器盡數配給機動支隊，使得機動支隊的火器優勢較未整編前的吳淞水營強了三倍有餘。並且，這一次他們根本不用擔心火藥不夠，因爲，魏公公有的是藥子。
這意味着，只要不是國戰，在東亞這片海域，魏公公真的能橫掃一切牛鬼蛇神。
落日下的大明水師，依舊是東亞最強的海軍。