也多虧了天色太黑和座船不夠氣派，沒有過於引起吳軍水師將士的注意，石達開的旗艦才僥倖沒有遭到吳軍水師的全力追殺，險之又險的在江寧鎮附近靠上南岸，擺脫吳軍水師的追擊，沒有稀裡糊塗的變成水中冤魂。
然而其他大部分的太平軍將士就沒有石達開這麼幸運了，高機動大噸位的吳軍蒸汽炮船甚至不用開槍開炮，也用不着刻意去撞擊敵船，直接用高速行駛帶起的波浪就掀翻了數量衆多的太平軍運兵船，無數僥倖在運漕戰場上逃生的太平軍將士落入江水，掙扎呼救，隨波沉伏，溺死嗆死者不計其數，場面慘不忍睹。
再接着，吳軍舢板船隊也趕來參戰劫殺，又將更多的太平軍運兵船擊沉燒燬，太平軍將士的傷亡數字更是飛速上升，最後石達開好不容易在和州集結的七千多殘兵敗將活着逃到長江南岸的還不到兩千人，包括得力謀士曾錦謙和大將曾廣依、許桂和、徐林忠在內的衆多文武官員慘死在渡江途中，能夠跟着陳玉成逃到北岸的將士也不到千人，損失慘重得讓無數太平軍將士放聲大哭，也讓石達開眼淚流盡，咬牙出血。
再怎麼痛哭也沒用了，陣亡的嫡系將士已經不可能再活過來，又在岸上看到吳軍船隊密密麻麻的沿江而下，石達開馬上就明白南京大戰將要比自己估計的更早展開，所以在哭出血淚之後，石達開也沒敢做任何的遲疑，趕緊帶着僅剩的殘餘兵將疾行向東，急匆匆趕回南京來和洪秀全見面。
還好，因爲南京太平軍在江心州、永定州和大勝關都派駐得有軍隊守衛的緣故，必須要先拿下這些外圍屏障的吳軍馮三保並沒有急着大舉登陸，丟光了所有輜重武器的石達開軍這才得以順利逃進了南京外郭，跑到了南京城下請求入城覲見洪秀全。
被張遂謀和曹臥虎料中，窮急回京的石達開果然沒再受到之前的隆重歡迎，翻臉不認人的洪秀全甚至不許石達開率軍入城，先是逼着石達開的殘餘兵馬在雨花臺立營駐紮，然後纔派人宣召石達開入城覲見，同時明確要求石達開只帶不許超過十人的隨從進城，石達開窩火萬分，可是又無可奈何，只能是老老實實的奉詔行事，在蒙得恩總領的南京太平軍將士監視下入城，灰頭土臉的進到天王府拜見洪秀全。
事還沒完，見到連遭慘敗的石達開時，洪秀全不但沒有半句好言安慰，相反還一見面就衝着石達開怒吼，直呼名字的咆哮，“石達開，你是幹什麼吃的？四萬多天國大軍，前後才四天來點時間，居然給朕丟得精光！你這個翼王八千歲到底會不會打仗？天國給你那麼高的爵位，朕給你那麼多的兵權，你就這麼報答朕？這麼報答朕的天國？！”
滿肚子委屈卻無處泣訴，石達開只能是拜伏在洪秀全的腳下老實請罪，落淚說道：“微臣無能，有負聖恩，辜負了天國朝廷，更辜負了千千萬萬的天國臣民百姓，但微臣已經盡力了，微臣已經盡到了所有的努力，實在是妖兵的槍炮犀利，超越小妖和他的妖兵妖將個個奸詐過人，再加上叛徒敗類層出不窮，所以微臣才……。”
“閉嘴！”洪秀全怒吼打斷石達開，發瘋一樣的大叫道：“從湖口九江一路敗到天京，丟湖口丟彭澤丟安慶，朕把天京上游所有的兵馬城池都交給你節制，你就打成了這樣？居然還被妖兵俘虜，居然還要拿我們天國將士抓到的妖兵把你換回來，天國王爺的臉都被你丟光了，你居然還有臉回來，還有臉回來向朕說你已經盡力了？！”
“天王萬歲責備得是，微臣是應該自刎以謝天王。”石達開又一次哭出了聲音，磕頭說道：“可是微臣不回來不行啊，妖兵馬上就要打到天京城下了，微臣不回來勤王護駕不行啊！”
“勤王護駕？我呸！就你帶回來那點殘兵敗將，除了浪費糧食還能起什麼作用？貪生怕死就給朕明說，朕看你別說是和林啓榮、黃文金相比了，就是陣亡的天國士卒隨便拉一個出來，都比你強百倍！無能！無恥！！”
盡到了最大努力只是敗在實力不足，幾次死裡逃生好不容易回來，卻又受這樣的責罵羞辱，委屈到了極點的石達開羞憤得幾乎無地容身，然而洪秀全卻依然怒罵不止，最後石達開忍無可忍，也只好大叫了一句臣以死謝罪，然後當着洪秀全的面就去撞柱自殺。
還好，以蒙得恩爲首的太平軍文武官員死死攔住了石達開，同時又一起向洪秀全跪下爲石達開求情，好說歹說才讓洪秀全停住怒罵，但即便如此，洪秀全還是大吼道：“翼王你不用當了，貶爲檢點，你的所有部下，全部削除爵位！”
事事處處都以太平天國的大業爲重，石達開當然不會在意洪秀全削除自己的所謂八千歲封號，老實只是磕頭謝恩，多少又讓洪秀全平息了一些怒火。而恰在此時，殿外又有官員飛報，說是吳軍馮三保部已經同時從水陸兩路向大勝關發起了進攻，洪秀全馬上又一指石達開，喝道：“帶上你的兵馬，馬上去給朕增援大勝關！大勝關在，你的人頭在，大勝關丟，你的人頭丟！”
“馬上去增援大勝關？”
手裡只剩一千多殘兵敗將的石達開一聽傻眼，不過還好，目前最得洪秀全信任的贊王蒙得恩是個明白人，趕緊向洪秀全磕頭說道：“天王萬歲恕罪，翼王……，哦不，石檢點的軍隊情況臣下知道，既丟光了火炮輜重，又十分疲憊勞累，且大半帶傷，這個時候再叫他們去增援大勝關，不但肯定起不了任何作用，相反還有可能拖大勝關將士的後腿。所以臣下斗膽，懇請天王收回成命，另派一軍去增援大勝關。”
蒙得恩的話洪秀全當然要給點面子，努力壓下了心中怒火後，洪秀全這才點了點頭，收回了讓石達開立即出戰的命令，又命令蒙得恩安排軍隊去增援大勝關。結果石達開一聽有些着急，忙又磕頭說道：“天王萬歲，出兵增援大勝關的事，最好還是慎重爲上。大勝關就在長江岸邊，妖兵的火輪船炮火可以直接覆蓋，派兵增援不但很難起到作用，還很可能註定是白白死傷。以臣下之見，最好還是別急着派遣援軍，先讓大勝關的守軍憑藉堅固工事堅守，然後看看情況再做決定不遲。”
蒙得恩一聽有些動搖，洪秀全卻是怒火復燃，大吼道：“妖兵都要打到天京城下了，還不和妖兵寸土必爭，難道要放棄所有的城外的營壘，全部回城讓妖兵包圍天京城？”
知道洪秀全正在氣頭上，石達開只能乖乖住口，不過還好，石達開很快就發現自己的話還是收到了一定作用，當着洪秀全的面派遣軍隊增援大勝關的軍隊時，蒙得恩故意派了一支在二線軍隊中都排名偏後的軍隊去增援大勝關，沒有派遣一線的精銳主力。——此前爲了擺脫楊秀清對南京軍隊的影響，洪秀全從石達開麾下抽調了不少的軍隊留在南京，所以石達開對南京太平軍的情況相當熟悉。
“還好，天王最信得過的蒙得恩還聽得進勸，天京還有希望。”在心裡慶幸了一句後，石達開又馬上拿定主意，決定趕緊向蒙得恩靠攏，爭取通過蒙得恩對洪秀全施加影響，讓洪秀全做出正確決定，穩住已經危如累卵的太平軍局面。
事還沒完，正當石達開覺得還有希望的時候，洪秀全突然又發了飆，衝着正被石達開寄以了厚望的蒙得恩大吼大叫道：“忠王那邊怎麼還沒消息？妖兵都已經打到天京城下了，他爲什麼還不帶着主力來救天京？李秀成想幹什麼，他到底想幹什麼？！”
“天王恕罪，忠王最近幾天一直都沒有消息。”蒙得恩趕緊請罪，小心翼翼的說道：“恐怕他還是那個打算，想先拿下上海，肅清後方隱患，然後再回師來救天京。”
“上海上海，他堅持打上海到底是想幹什麼？！”洪秀全明顯有些氣急敗壞，大吼道：“再給他去一道聖旨，命令他立即回兵來救天京！”
“天王萬歲，聖旨今天早上已經發出了啊？”蒙得恩小心提醒道。
“再發一道！”洪秀全紅着眼睛吼道：“直接問他，他是不是想要背叛天國，故意讓妖兵打破天京殺害朕？！”
細胳膊扭不過粗大腿，蒙得恩只能是老實領旨，當場讓女官代筆，在一天之內給李秀成送去第二道催促回兵來救南京的洪秀全聖旨，還是語氣更加嚴厲的聖旨。結果也是在第二道聖旨發出之後，怒氣稍歇的洪秀全才沒好氣的喝令散朝，又把收編石達開殘部的差使交給了蒙得恩，讓蒙得恩安排撥給石達開殘部的武器糧草，又明確交代讓石達開直接聽從蒙得恩的指揮。
洪秀全的這個決定雖然明顯有讓親信蒙得恩監視石達開的意思，也有些在故意羞辱石達開——蒙得恩此前的官職爵位和石達開可不是差着三級五級，不過卻也給了石達開和蒙得恩交流聯絡的機會。同時讓石達開十分欣慰的是，當他忍氣吞聲的跟着蒙得恩離開了天王府後，蒙得恩不但馬上請他到自己的贊王府說話敘談，還在單獨交談時直接了當的對石達開說道：“翼王，雖然天王已經奪了你的爵位，但是在私底下我還是要稱你一聲翼王，也會盡快想辦法請天王恢復你的爵位。”
石達開趕緊謙虛，蒙得恩卻是堅持要繼續稱石達開爲翼王，又說道：“翼王，還有件更重要的事，翼王你也知道，我這個人對軍事瞭解不多，自金田起事之後我就沒有獨自統兵上過戰場，所以這次的天京保衛戰，還要請你多多幫我。”
石達開悄悄鬆了口氣，又假惺惺的和蒙得恩謙虛了幾句後就馬上表示一定盡力給蒙得恩幫忙，蒙得恩則雷厲風行，又馬上叫人拿來了南京太平軍的各種冊籍，讓石達開了解南京太平軍現在的具體情況，石達開也不再客氣，趕緊一頭埋進冊籍和地圖沙盤中，爭分奪秒的瞭解起了南京守軍的各種狀況。
瞭解掌握的結果是讓石達開喜出望外，因爲南京太平軍現在的兵力不但比石達開事前猜想的更多，還有很大一部分是洪秀全這段時間裡從長江下游各地抽調來的兩廣老兵，不但戰鬥力靠得住，戰鬥意志和忠誠度更靠得住。同時南京太平軍的武器儲備情況也比石達開事前預料的更多更好，各式洋槍超過萬支，還有使用黑火藥開花炮彈的洋炮五十餘門，另有少量的苦味酸武器。所以石達開很快就得出結論，只要戰術上不犯大錯，光憑南京太平軍，就足以擋住吳軍馮三保部的進攻！
唯一讓石達開揪心的是糧草，雖說城裡目前的糧草可以支應七八成以上，然而吳軍那邊只要疏通了長江航道之後，糧草根本就是無窮無盡，同時吳軍的水師又太過強橫，切斷南京城的水上糧草供應易如反掌，所以吳軍只要再切斷南京太平軍的陸上糧道，那麼不需要冒險攻城，光憑圍城耗糧就可以把太平軍活活耗死！
而再接着，石達開又突然明白了李秀成堅持要先打上海的一片苦心，只有打下了上海才能從洋人那裡獲得源源不竭的武器彈藥供應，甚至得到可以和吳軍水師抗衡的蒸汽炮船，也只有打下了上海，才能肅清後方隱患，讓蘇州杭州松江等產糧地可以放心爲南京戰場提供供應，同時後顧無憂的李秀成也可以憑藉最爲絕對的兵力優勢，通過陸路爲南京太平軍提供糧草補給！
“戰略的成敗關鍵是在上海，這個時候絕對不能放棄攻打上海！”
摸清楚了南京太平軍的具體情況後，石達開很快就得出一個驚人的結論，暗道：“應該再給李秀成一段時間，否則搞不好就有可能讓他前功盡棄。另外這個時候讓李秀成繼續強攻，還有一個好處就是可以逼着妖兵猛攻天京城圍魏救趙，甚至誘使妖兵分兵先去救上海，那我們守住天京的把握肯定更大！”
看穿了這一點之後，石達開卻又有些猶豫，因爲石達開今天已經親眼看到了洪秀全對李秀成遲遲不肯回援南京的態度，自然有些擔心無法說服洪秀全接受自己的結論。而讓石達開意外的是，當他吞吞吐吐的把自己的看法對蒙得恩說了之後，洪秀全目前最信任的蒙得恩居然不但沒有勃然大怒，相反還神情驚訝的說道：“翼王，你也覺得應該讓忠王繼續打上海？”
“贊王，還有誰也覺得應該繼續打上海？”
石達開聽出蒙得恩的弦外之音，趕緊追問細節，蒙得恩則是先猶豫了一下，然後才低聲說道：“是東王萬歲，他也覺得應該繼續打上海，不必急着逼迫忠王回師來救天京。”
石達開又吃了一驚，有些不敢相信的來看蒙得恩，蒙得恩則不動聲色，又低聲說道：“翼王，其實你我都很清楚，我們天國最會打仗的人是誰，之前收到你在運漕慘敗的消息後，我擔心天京難保，就悄悄找到了東王，向他問了應對妖兵的策略，他和你的判斷完全一樣，都是覺得天京暫時還不會有多少危險，應該讓忠王繼續全力猛攻上海，肅清後方隱患。”
石達開恍然醒悟，益發對蒙得恩刮目相看的同時，又趕緊低聲問道：“那你把這個條陳進呈給天王萬歲沒有？”
“還沒有。”蒙得恩搖頭，說道：“之前我有些擔心東王是在故意胡說八道，所以沒敢胡亂進言，這會還是聽翼王你也這麼說，我才知道東王心裡還是以天國爲重的。”
“那麼贊王，請你儘快把我和東王的看法告訴給天王，以你的名譽建議天王這麼做。”石達開趕緊說道：“贊王放心，野戰不敢說，守城戰我們一定能長時間擋得住妖兵，如果馮三保這股妖兵爲了救上海着急攻城的話，我們在守城戰裡大敗妖兵都不是沒有可能。一定不能讓忠王前功盡棄，只有先拿下上海，蕩清了我們的後方隱患，從洋人那裡不斷獲得槍炮彈藥的補充，我們纔有希望擋住妖兵，重興天國。”
蒙得恩點頭，不是很有信心的說道：“我盡力而爲，不過說句實話，我沒太大的把握。”
知道洪秀全的狗熊脾氣，石達開也明白蒙得恩對自己說的實話，不過在懇請蒙得恩全力爭取的時候，石達開又突然靈機一動，忙說道：“贊王，還有一個可能會很快傳來的好消息，你可以順便稟報給天王，到時候天王只要覺得有希望，說不定就可以接受我和東王先打上海的建議。”
“什麼好消息？”蒙得恩趕緊問道。
“我們的盟友捻軍五旗要從六安、穎州借路殺進湖北了。”石達開解釋，先是把翁心存突然病死、張樂行決定偷襲湖北和自己之前在運漕採取的策略對蒙得恩仔細說了，然後又十分有信心的說道：“能不能說動翁家三兄弟的妖兵出兵湖北或許我沒有完全把握，但是讓他們借路給捻軍我至少有八成把握。”
“只要捻軍突然殺進了湖北，就算超越小妖不會撤回前方兵馬，也絕對不敢再往前線投入主力精銳，只會優先對付擅長流竄的捻軍五旗，到時候捻軍五旗如果再能把超越小妖的湖北老巢攪得一片大亂，我們說不定用不着等到忠王回師來救天京，光憑天京和寧鎮揚這一帶的天國軍隊，就可以直接把妖兵打走！”
見石達開說得自信，蒙得恩便也燃起了希望，立即大力點頭說道：“好，我先把這個好消息稟報給天王萬歲，先寬住他的心，然後再把翼王你和東王的看法稟報給他，請他先別急着逼忠王回師，讓忠王安心的全力攻打上海！”