也不知道是年輕氣盛，還是有曾國藩幫忙遮風擋雨太過順風順水，讓性格張揚的曾國荃招惹是非，給自己和大哥曾國藩引來不少麻煩。
“吉字營”收復南京的戰功固然顯赫，但在這一輝煌戰果的後面卻隱藏着一樁巨大的政治錯誤。曾國荃作爲撲滅太平天國的第一號功臣，卻並沒有獲得李鴻章後來那樣的超然地位，這廝差點就淹沒在晚清的歷史當中。
具有諷刺意味的是，當曾國荃九死一生攻陷“天京”連夜向朝廷報捷期望得到重賞時，卻等來了截然相反的結果，朝廷首先嚴厲指責他在破城當晚，返回雨花臺大本營，造成了幼天王洪天貴福和幹王洪仁玕，以及數千名千太平軍將士突圍的嚴重後果。
隨後又嚴查天京各王府內金銀財寶的下落，毫不留情地點了曾氏兄弟的大名：“曾國藩以儒臣從戎，歷年最久，戰功最多，自能慎終如始，永保勳名。惟所部諸將，自曾國荃以下，均應由該大臣隨時申儆，勿使驟勝而驕，庶可長承恩眷”。
如此曾國荃一夜之間從“頭號功臣”變爲了“朝廷罪臣”，攻克南京不僅沒有得到重賞，反而面臨一場政治災難，這是曾國荃萬萬沒有想到的，他在湘軍觥籌交錯的勝利眩暈之中給自己招惹了一場嚴重的政治危機，搞不好是會死人的。
朝廷的諭旨實際上已暗藏殺機，因爲鳥盡弓藏、兔死狗烹是中國的政治傳統，它在提醒曾氏兄弟，如不能識時務急流勇退，不但“勳名”難保，“長承恩眷”也難以爲繼。
至此，功勳卓著的湘軍只能面臨迅速被裁撤和肢解的命運。曾國荃當初如果聽從曾國藩的安排，去“協防”上海，把“克復天京”的“頭功”讓給劉長佑或者李鴻章，曾國荃和湘軍的命運可能會是另一番景象。
當初具有全局觀念和政治遠見的曾國藩，一度想派遣曾國荃率湘軍精銳去“防衛上海”，可惜傳統思想根深蒂固的曾國荃邀功心切，認爲“克復天京”纔是“頭功”，拒絕開赴上海。
曾國藩只得改派李鴻章率淮軍去完成這一戰略重任，李鴻章不愧是曾國藩的衣鉢傳人，他心領神會順應時勢，率部出征旗開得勝，此舉爲李鴻章日後迅速崛起奠定了堅不可摧的政治基礎，不久就擔任江蘇巡撫成爲湘軍系統中政治地位僅次於曾國藩的封疆大吏。
而這個歷史機遇本來是屬於曾國荃的，短視的曾國荃卻讓湖湘文化失去了一次撈取政治資本的絕好機會，而曾國藩的用人尺度太開，沒有控制好這根政治鬆緊帶的彈性，也是一個明顯的失誤。
從這個意義上說，矇昧着曾國荃恰恰成就了李鴻章後來的輝煌，而他身上留下的政治傷疤需要不知多長時間才能癒合，搞不好以後可能再無翻身機會，這樣的事可不是開玩笑的，曾國荃這次的跟頭栽得可不輕。
在與手下將校的通氣會上，吳可將這些明的暗的以及自己心中所想，統統跟手下小弟說了一遍，爲了就是讓小弟們吸取教訓不要被一時的繁華盛景所迷惑。
“不要看眼下曾氏兄弟風光無限，其實卻是危機重重！”他滿臉嚴肅說道：“一有不慎，朝廷可能會不顧一切對湘軍動手！”
儘管之後從兩江方面傳來消息，據奏聞中樞本着“逆擄金銀，朝廷本不必利其所有”的高姿態，不再詢問。也就是說朝廷不知爲何隱下對收復金陵繳獲的追究，不過想來曾國藩肯定付出不菲代價。
私底下輿論則稱“江寧資貨盡入（曾國荃）軍中”；而爭議洪天貴福下落及逃出太平軍的實際數目，又引發沈葆楨與劉長佑等太平軍干將攻擊曾氏兄弟；宿將功臣如彭玉麟、鮑超，紛紛告退，“人輒疑與國荃不和”。
“看看，看看，這才過了多長時間，湘軍內部就因分贓不勻出現這麼大事故，要是處理不好湘軍以後還能維持住一個整體？”
吳可這次算是盯死兩江以及曾國藩，不斷拿靶子一樣的湘軍出現的各種狀況給手下小弟上課，讓他們明白政治，鬥爭的殘酷和慘烈，還有朝廷的翻臉無情以及狠辣手段，告戒他們不可放鬆警惕重蹈覆轍。
當然，收復金陵並不表示太平軍已全軍覆沒，其餘地區的太平軍參與武裝，依舊奮力與清軍（主要是巷軍和淮軍）作戰。
同治三年6月13日（五月十日），楊輔清的太平軍在荻港大舉進攻湘軍蔡元吉所部，戰鬥十分激烈雙方處於想持狀態一時誰也難以取得勝利。
6月27日，淮軍在李鴻章的率領下再次取得大勝，一舉攻克長興太平軍不得不退守四安梅溪軍營，在淮軍咄咄逼人的攻勢面前士氣低落艱難抵抗。
7月6日（六月三日），劉璈等部抵達孝豐，太平軍沒料到湘軍突然到來，憑城抵抗形勢十分危急。第二日湘軍便攻克孝豐，留下部隊駐守，蔡元吉所部深入再接再厲挺進東埠。
7月11日（六月八日），湖州太平軍包圍蔡元吉部軍營，派勁旅繞到思溪和雙福橋斷絕湘軍主力與突出部的運餉道路。之後湘軍蔣益澧所部在思溪結紮浮橋溝通蔡元吉所部，不料所部過橋到中流時被太平軍攻擊，傷亡數百人不得不無奈後撤自保。
於8月湘軍高連升部改攻荻港，擊破太平軍三座軍營，給被圍的右軍部隊吸引了火力和注意力。之後蔡元吉抓住機會急忙派遣楊應龍率五百人首先突圍，楊應龍力戰而死其部全軍覆沒。
正在此時清軍收復金陵的消息徹底傳開，思溪和雙福橋的太平軍士氣大衰不得不全部撤走，湖州城內的太平軍更是毫無鬥志陸續投降。
趁此機會湘軍立即加大的攻擊力度，力求一舉將跟前太平軍殘餘人馬全部消滅。先是劉樹元部攻拔太平軍升山軍營，又有高連升部急攻太平軍手下袁家匯。緊接着還有劉端冕部從寧國追擊太平軍，擊斃太平軍將領黃文金和其所部將士。
然後湘軍在黃金嶺擊敗當地太平軍，追逐五十多裡斬殺六千人，釋放一萬多名被挾裹百姓。又有湘軍黃少春部會同王德榜所部追擊太平軍到鉛山，更有湘軍王開琳部追趕太平軍到上饒，幾部都有不小斬獲。
所謂雙喜臨門，也不知道是不是湘軍此時氣運太盛，很快又立下一樁大功。
洪天貴福是天王洪秀全長子，洪秀全死後即位稱幼天王，7月19日天京(今南京)陷落後突圍至廣德，由幹王洪仁乾等護衛，經皖南入江西，準備與侍王李世賢、康王汪海洋部會合，但行至江西石城時一千餘人的護衛部隊被清軍擊潰幼天王隻身逃脫藏身於一山洞內四日，後來實在飢餓難耐外出覓食。
適值10月，正是秋收季，當地人有僱人割稻的習慣，稱香客。洪天貴福求人剃了頭，化裝成香客割稻，但生於深宮之內，長於婦人之手的幼天王哪吃得下這般苦，很快被搜尋的清軍發現，10月25日幼天王被俘，11月18日被凌遲處死於南昌。
到了這時太平天國已經沒了再起之機，就算分散在各地的太平軍部隊還有不少，其中依舊有些將領強人清軍也難以短時間內剿滅，甚至某些將領還能在清軍防備空虛的地區攪風攪雨囂張無比，可卻不能再打太平天國的牌子。
而作爲覆滅太平軍的主力湘軍，此時的聲勢已達到顛峰，舉國注目的同時也面臨着巨大危機，朝廷絕對容不下湘軍這麼一個龐然大物繼續存在。
當然，兩江地區在太平天國覆滅之後，瞬間謠言四起其中沒少流傳曾國藩準備自立爲帝，取清而代之的說法。
“你們這幫傢伙，不要胡亂聽信這樣的謠言，曾國藩想要當皇帝根本沒可能，不說咱們不會同意就連湘軍內部都不會答應！”
吳可鄭重警告手下一干蠢蠢欲動的將校，沒好氣道：“姓曾的既會做人又會做官，怎麼可能被一時的勝利衝昏了頭腦，做出這等自尋死路之事？”
“可是大人，朝廷對湘軍的防備和警惕傻子都看得出來！”有手下將領跳將出來不服道：“就算曾某人沒有取清代之的想法，難料他手下嫡系人馬也都是這想法！”
“就是，湘軍如今正是風光無限之時！”立即有其他小弟跟進附和：“想必湘軍將領此時個個驕橫得很，誰知道他們面臨朝廷打壓之時，會做出什麼過激反應來？”
“……”
手下小弟七嘴八舌紛紛發表意見，總之就一個意思湘軍如今勢頭太猛，誰都不敢保證他們接下來的反應，兩廣清軍不得不防云云。
“好了好了你們的心思我明白！”
吳可沒好氣的白了手下這幫小弟一眼，擺了擺手無奈道：“暗中做些準備就行，不要鬧出太大動靜，咱們還是以看好戲爲主……”