心中有了想法，吳可立即派人調查，結果讓他很不高興。
居住於兩廣地區的回民數量並不是很多卻也不在少數，十來萬數量卻是有的，
跟陝甘回民遭遇到的情況差不多，散居於兩廣地區的回民也受到官府還有閩江雙重苛待，回漢以及回民與官府之間的關係極爲緊張，至於沒鬧出什麼亂子來，主要還是因爲回民數量太少的緣故。
雖然心中有些不爽，同時也很擔心陝甘的回民叛亂風潮波及到兩廣，讓他對居住在兩廣的回民有所防範，但是有些規定成俗的東西不是他想幹涉就能干涉得了的，回漢之間的矛盾不是說兩句好話便能消弭於無形的。
一些官員總是希望把歧視性的法規擴廣到更大的範圍，例如朝廷原本規定在回民結夥持械行竊案中，案犯不得存留養親，回民結夥鬥毆中一般人犯是可以申報存留養親的。道光六年（1826年）陝西巡撫在審理回民糜錫等共毆致人身死一案時，擬將從犯回民糜蟲受兒充軍，雖其親老丁單，不得存留養親，連刑都都覺得此舉過於嚴厲，“回民結夥共毆擬軍之犯，本不在不準留養之例，且回民結夥共毆擬軍之例；原系因該回民等獷悍成風，動輒爭毆，故罪較凡鬥加重，並非罪大情重，法無可逭之犯”，因而否決了陝撫的建議，應准予糜蟲受兒存留養親。
在實際生活中，官府偏袒漢民，欺壓回民的事屢見不鮮，一些漢族士大夫也頗有感慨，“向來地方官偏袒漢民，凡爭訟鬥毆，無論曲直，皆抑壓回民”，“官吏既袒漢民，又以回之易與也。輒任意出入其法，回衆殺漢者抵死，漢殺回者，令償斂銀二十四兩”，最後連紫禁城裡的皇帝也不得不承認這一事實：“該回民等久隸中華，同受國家覆育之恩，含毛賤士二百餘年，其間登仕版者，亦復不少，豈無天良？何至甘爲叛逆？推原其故，始則由地方官辦理不善，遇有互鬥等事，未能持平辦妥，以致仇釁日深。”
嚴酷的法律再加上不公正的司法，回民的生活如雪加霜，認識到這一點也就不難解釋各地回民頻頻叛亂的原因了。
這樣的情況不僅在陝甘地區普遍存在，於兩廣的回族居民也是同樣如此，只不過兩廣地區的回民數量實在太少，根本就掀不起任何風浪，這纔沒鬧出什麼亂子來，不然有吳可頭疼的時候。
儘管如此，吳可也不敢大意，吩咐地方官府嚴密監視當地回民，同時要求他們不要對回民太過苛刻，免得過猶不及引起亂子。
他不得不小心，這段時間大清境內回民實在太過活躍，陝甘回民叛亂引起的亂子甚至驚動了朝廷，雲南回民也不肯清閒，跟新任雲貴總督勞崇光打得熱火朝天不可開交。
兩廣眼下的局面十分穩定，經濟發展欣欣向榮，百姓生活水平正以看得見的速度提高，他可不想在這時候鬧出什麼內亂來。
於是，不知不覺中居住在兩廣的回民驚訝發現，他們生活的環境一下子和善起來，之前與他們爭鋒相對的漢民突然變得老實了，而可惡的官府在判案時，也沒做得像之前那般過分。
他們不知道這是怎麼了，還擔心了一陣子生怕這是漢人和官府的陰謀。不過時間一長他們就放下了這種擔心，慢慢適應周圍改善的生活環境，心中的怨氣尤在卻不似之前那般濃烈。
而且兩廣此時發展日新月異，經濟局勢更是蒸蒸日上，所有官民百姓都全身心投入賺錢大業之中，沒多少人有心情和精力擺弄一些雞毛蒜皮的小事，也間接替官府消弭了不少可能的矛盾衝突。
隨着與左宗棠的頻繁書信往來，通過左宗棠的關係吳可知道更多陝甘回民叛亂的內情，越是如此他的心情也越發沉重。
陝甘回民叛亂，少不了當地團練武裝的‘貢獻’！
朝廷擺明了的歧視性政策，以及回漢兩族之間不公平的待遇，使得地方民團武裝面對回民時無比囂張霸道。團練的肆意妄爲搶，劫殺人，是激起回民叛亂的重要原因。
同治元年，“聖山砍竹”事件後，團練無賴到秦家村放火搶，劫殺人。導致當時華州、華陰兩縣回民大舉叛亂。
四月十九日，捻匪至渭南赤水鎮，華州團練約集華陰鄉團合力堵賊。迨華陰鄉團齊集華州，詢及華州回漢砍竹躂架之事，因而團練中有無賴者，忽起搶劫回民之念，然難以爲辭。遂聲言回民將作捻匪內應，必先除內患，然後再堵匪賊。二華團衆，即尋至華州之秦家村。
秦家村者，系華州回民居住之一所也。團衆直至秦家村，聲言‘回民造反，必先剿洗！’而秦家村回民自知無罪，苦口哀求，團衆堅執不允，登時將秦家村放火燒燬，任意搶，劫。團衆此時，心滿意足，飽載而歸。恐回民之鳴於官而治其最也，又於各處飛遞傳單雲‘陝西不留回民，天意滅回！必將回民殲除淨盡，回房燒燬不留！’
各處見傳單後，助糧助兵。有不從者，仍以燒房殺戮爲令。遂致回民居住不安，逃避無處，絕無生理，拼命相爭。
左宗棠在寫給吳可的信中，認爲回民起事實由漢人激變，團誘民變，漢激回亂。這裡所說的漢人是指地主團練，他認爲回民叛亂是由團練屠殺引起的。
左宗棠對於陝西的民團十分反感，他認爲陝西團練之設，名爲弭亂，實爲亂階，推原其由，善良者畏事，絕不與聞；刁滑者喜事，爭先恐後。迨至充爲團練頭目，嚇詐鄉鄰，藉端索求，又有無賴遊民，每日支得口糧，百十成羣，搶，劫成風，此風一熾，天下多事矣。如今歲關中回漢相殺，雖實回民滋事，實由漢人（地主團練）有以激之也。
陝甘地主團練四處飛遞”滅回”傳單，”各處見傳單後，助糧助兵，有不從者仍以燒房殺戮爲令。遂致回民居住不安，逃避無地，絕無生理，拼命相爭。如同州府、咸陽、涇陽等縣，鄉團盡將城內回民男婦誅戮，房屋燒燬無存……遂致咸陽、同州各處有圍城之舉。傳單所到之處，漢人（地主團練）先行攻打焚燒，倘遇回民噍類不留。未經旬日，陝西各處回民俱行激變。
當然左宗棠作爲傳統士大夫階層，儘管對陝西民團所作所爲十分不滿，認爲沒有陝西民團所作惡事，陝甘兩地回亂不至於鬧到不可收拾之地。
他心中對回民也十分排斥，雖然認爲陝西地方團練做得有些過火，但也沒有爲那些叛亂的回民伸冤的意思，在給吳可的信中字裡行間殺氣騰騰，可想而知他心中對於回亂是何想法了。
吳可對此也沒說什麼，立場不同想法便絕然不同，他此時只能做好本分之事，至於左宗棠的想法他左右不了。
而除了回漢直接衝突之外，朝廷與伊斯蘭教爭奪回民主導權的門宦之爭，也是導致這次大規模回亂的因素之一。
門宦來源於漢族的“宦門”“門閥”一詞，是中國穆斯林的特有組織。它上有教主，道堂，下有清真寺，形成一個嚴密的組織。教主一呼百應，教徒唯命是從。門宦之間，各自獨立，相互排斥，矛盾和衝突經常發生。
明末清初，隨着甘肅回族聚居地區農業經濟的發展和回族內部矛盾的激化，甘肅伊斯蘭教內部產生了三大教派（格底目，依黑瓦尼，西道堂）和四大著名哈里發（虎夫耶門宦，哲赫忍耶門宦，嘎的林耶門宦和庫不忍耶門宦）。
乾隆時代起首先在甘肅河州一帶回民中出現了政教合一的哈里發國家。哈里發制度作爲新的政治力量的興起，改變了原來的政治格局和民族關係，派生出十分複雜的內外矛盾。
朝廷對門宦勢力採取了嚴厲打擊和極力壓制的政策，這不僅表現在朝廷自乾隆以後竭力企圖取締回民的哈里發門宦組織，而且這一政策直接演化爲大清王朝對整個回回民族的歧視和排斥。
這種粗暴的干涉政策激起了西北迴民的激烈反抗，這樣很自然將鬥爭的矛頭指向朝廷，使回民有了一個共同的反抗目標。
隨着伊斯蘭教的發展和蘇非主義在西北迴族社會中的進一步傳播，甘、寧、青地區的一些回族在遠赴麥加朝覲期間接受並學習了新的伊斯蘭教理論，回國後便積極傳播，並得到廣大穆斯林羣衆的熱烈歡迎與支持，使得具有較高組織程度的各種門宦開始出現在回族社會中。
隨着門宦的形成和門宦制度的發展與完善，回族社會內部又發生了巨大的變化，這個變化就是回族社會內部組織化程度的加強與提高。而這個變化過程所引發的社會整合使原有的社會關係發生了重大的改變。這種社會關係的改變在西北地區穆斯林民族的內部與外部都發生了重大的變化。