所謂家貧出孝子，患難顯忠誠。日軍入寇朝鮮之後，朝鮮軍隊的表現可以說是讓人大爲失望，不僅僅讓大明失望，也讓朝鮮國王失望，更讓朝鮮百姓失望。除了極爲個別的幾名將領在戰爭中表現出了英雄氣概，做到了與城共亡之外，其他絕大部分將領甚至沒有組織抵抗，自己就先敵逃跑了！
如果這事發生在大明的話，那逃跑的將領就要被抄家滅族，在朱祁鈺的鐵腕統治之下，大明軍隊的紀律在這幾年之內得到了極大的提高，特別是在新的軍法確定之後，將領若不顧軍先逃者，那可是最重的罪名了！不過，這事發生在朝鮮將領身上也不奇怪，畢竟大明怎麼也與蒙古打了好幾十年，而朝鮮一直生活在大明的庇護之下，除了應付一下海盜與倭寇之外，朝鮮軍隊幾十年都沒有打過仗了。而且，朝鮮與朱祁鈺之前的大明一樣，是文官帶軍，軍隊的大權掌握在文官的手裡，武將的地位非常低，只有作戰賣命的時候纔會輪到武將，而平時，武將什麼都不是！
在此情況之下，朝鮮將領的行爲也是情理之中的，想當初，數十萬明軍在土木堡，還不一樣被數萬蒙古騎兵打得落花流水，連皇帝都做了俘虜！不過，並不是所有的朝鮮人都願意做亡國奴，而且，日寇在朝鮮三千里江山所犯下的累累罪行，最終也激勵起了朝鮮軍民的抵抗意志。
對朝鮮軍民來說，戰則亡，不戰也亡，結果一樣，那還不如拼死一戰！
也就在日寇入侵朝鮮之後不久，朝鮮尚慶道宜寧郡出了個平民英雄——儒生郭再佑。此人雖爲儒生，不過從小習武。在日寇殺入他的祖國時，郭再佑毫不猶豫地將家裡的錢財都拿了出來，招募義勇抵抗日軍侵略！
所謂星星之火可以燎原，郭再佑首舉義兵之後，朝鮮各地紛紛響應，先後而起的還有鄭仁弘，金河，金俊民，孫仁甲，趙憲，僧靈圭等，這些人中間既有平民布衣，也有愛國官紳，甚至還有出家僧人。
這些人組織起義軍之後，處處襲擊日寇，主要在敵後打游擊戰。
比如，入侵尚慶道的毛利輝元兵團家臣安國寺惠瓊，在行軍途中遭遇突然襲擊，光頭差點被打了個稀巴爛。入侵全羅道的小早川隆景兵團，入侵忠清道的黑田長政兵團。也先後遭遇到朝鮮義軍的猛烈攻擊，不得不放棄進攻。
正因爲這麼多朝鮮義軍的存在，在日軍進攻的初期，僅能將小西行長，加藤清正，黑田長政的三個兵團放到最前面去。不得不將更多的兵力安置在後方，保衛糧道，鎮守各地。這極大的分散了日軍兵力，爲明軍取得安州大捷提供了巨大的幫助！
可以說，日本人也不是笨蛋。在朝鮮義軍先後起兵時，豐臣秀吉也認識到，如果殺光了朝鮮人的話，那佔領朝鮮就沒有太大地意義了，可是他手裡的兵力又不足以在保持進攻的同時對付後方的朝鮮軍隊，最後，豐臣秀吉這狡猾的猴子想到了一個好辦法，將那些投降的朝鮮軍隊，還有朝鮮的敗類組織起來，成立朝鮮僞軍，然後由朝鮮人去打朝鮮人！
這一招確實收到了一定效果，也纔有後來三個中軍主力兵團北上安州，更後來，又調遣兩個兵團北上的事情，不然，以當時朝鮮南部的情況來看，日軍根本就不可能只留一個兵團佔領這麼廣袤的地區！
在安州大捷之前，朝鮮義軍的活動一度跌入低谷，特別是在大量僞軍出現之後，義軍不得不縮小了活動範圍，主要集中在偏遠地區，以及山區活動。不過，在到了最低點之後，必然反彈。安州大捷之後，日軍遭受重創，侵朝日軍的兵力跌落到了谷底，而且隨着大批明軍入朝作戰，朝鮮義軍士氣大振，又紛紛加強了對侵略者的襲擊活動。
也正是在明日雙方坐下來談判的時候，朝鮮義軍的襲擊活動達到了高潮。當時，日軍第一批侵朝兵力只剩下了四萬來人，雖然豐臣秀吉緊急調遣了一批預備隊過去，不過侵朝日軍也就僅有數萬人而已。除去在黃州一線防禦的兵力之外，真正能夠投入到後方圍剿朝鮮義軍的日軍不過三萬人！
面對朝鮮人民戰爭的汪洋大海，三萬日軍雖然裝備精良，作戰勇猛，且異常的殘忍，不過，仍然僅能守住一些大中城市與交通要道，根本就無法組織起力量對山區裡的朝鮮義軍進行圍剿！而也正因爲朝鮮義軍的頑強戰鬥，日軍不得不數度將本應該部署在黃州的軍隊調遣到後方來鎮壓朝鮮義軍。當然，最後的結果是，日軍在黃州設立的防線非常薄弱，更沒有兵力對明軍防守的平壤構成威脅了！
朝鮮義軍的行動在很大的程度上協助了明軍在朝鮮北部的反擊，不過，在當時，名聲更響亮的朝鮮軍隊則是朝鮮名將李舜臣所率領的朝鮮水軍！
在日軍侵朝時，李舜臣是朝鮮全羅道水軍左營節度使。而在此之前，李舜臣就認識到，日本侵朝只是遲早的事情，所以，他上任之後立即就加強了水軍建設，強化水軍的訓練，大量購買火炮，製造火藥。而他甚至還改良了朝鮮傳統的戰船——龜船。經過李舜臣改進之後的龜船，其船身又鐵皮蒙蓋，防護能力大爲加強，日軍使用的火炮根本無法對其造成傷害，甚至可以說是後世鐵甲艦的先祖。另外，龜船的運載能力也大爲加強，整船裝載火炮二十六門，士兵一百六十多人，續航力有了極大的提高。進過改進的龜船可以四面發炮，進退迅捷，戰鬥力和防護力極佳，可以說，是當時全世界最先進的戰艦。顯然，這種大威力的戰艦，在對日作戰中發揮了極爲重要的作用。
乍一看，恐怕所有人都會認爲李舜臣是朝鮮水軍將領，實際上卻並非如此！李舜臣最先出名不是在這場對抗入侵的戰爭中，早在朝鮮對抗蒙古騎兵入侵的戰爭之中，李舜臣就已經成爲了朝鮮名將。當時，他率領的朝鮮騎兵力挫蒙古騎兵，擋住了要殺入朝鮮境內劫掠的蒙古軍隊，爲保衛朝鮮立下了汗馬功勞！不過，與絕大部分的朝鮮武將一樣，在立下戰功之後，因爲遭到皇帝的猜疑，文臣的嫉妒，基本上是得不到好處的。李舜臣並沒有因爲擊敗蒙古侵略軍而得到賞賜，反而被調到了全羅道來到水軍節度使！大概，當時李舜臣是很氣憤的吧。他根本不會想到，正是這一變動，最終讓他成爲了朝鮮歷史上最有名的水軍將領，民族英雄，甚至後來，朝鮮建造的一艘達到世界先進水平的戰艦都是以他的名字命名的！
在戰爭初期，日軍的計劃是水陸並進，這裡的水軍不僅僅是要負擔掃蕩朝鮮海岸的任務，更重要的是，陸軍的大部分補給物資都是由水軍負責前運的。這對陸軍的快速推進非常重要。就在朝鮮軍隊一瀉千里，潰不成軍的時候。李舜臣站了出來，終於肩負起了自己的歷史使命率領朝鮮水軍，在海上抵擋日寇的入侵！
李舜臣聽聞日寇入侵，他做的第一件事情就是找到了全羅到水軍右節度使李億祺，然後又聯合慶尚道水師，主動出海尋找日軍水師。日軍大將藤堂高虎聞訊，立即率船隊出戰。兩支艦隊在玉浦海海面遭遇。
李舜臣指揮朝鮮水師突擊日軍船隊，將措手不及，根本就沒有來得及做好準備的日軍打得大敗。擊沉日船二十六艘，奪回日軍劫掠的大批財物。隨後，李舜臣沒有做任何停留，繼續追殲日軍殘餘艦隻，第二天，在赤珍浦擊潰日軍另外一支補給船隊，擊沉日船十三艘，取得了朝鮮水軍的開門紅。而朝鮮史書中也將其稱爲“赤珍浦大捷”，是朝鮮軍隊在衛國戰爭中獲得的第一次重大勝利！
李舜臣所率朝鮮水師的行動還有一個重大的意義——嚴重打亂了豐臣秀吉的侵朝部署。當時，大批物資都需要由日軍水師運往朝鮮，支援前線作戰部隊，而李舜臣的這支艦隊只要存在，日軍船隊就不可能大膽的前往朝鮮，甚至連出港都要先仔細考慮一下。這也是爲什麼加藤清正要在朝鮮搞大規模的屠殺與搶劫的一個原因吧，因爲當時日軍送到朝鮮的物資根本就不夠作戰需要，加藤清正不搞搶劫，他哪來的糧食支持進攻？
接下來，李舜臣乘勝追擊，先後在泗川，唐浦還面取得了兩次大捷。其中唐浦海戰，李舜臣襲擊日軍大將龜井茲矩率領的日軍艦隊，數度誘敵作戰，最終大敗日軍。而朝鮮龜船在這兩場大戰中大顯神威，擊沉敵船上百艘，連龜井茲矩也在戰鬥中被朝鮮火炮擊斃！而這是死在朝鮮軍隊手裡的第一名日軍將領！
李舜臣在朝鮮海域大鬧兩月之後，豐臣秀吉也急了起來，這麼打下去，他的侵朝軍隊都得因爲斷糧而完蛋。他立即調遣嫡系大將脅阪安治率領大批水軍從熊川開赴朝鮮，對付李舜臣的朝鮮水軍。另外，來島家族的水軍也跟隨出動，以穩固海上運輸線。李舜臣在得知這一消息至後，立即與李億祺的水軍聯合迎敵。這一戰，李舜臣先派出一些不起眼的小板屋船出陣誘敵，脅阪安治見朝鮮水軍兵少，就將日軍艦隊分爲左中右三陣，一起殺來。朝鮮板屋船掉頭逃命，日軍窮追不捨，到了閒山島時，埋伏在閒山島北側的朝鮮水軍突然殺出，一舉擊潰日軍水軍右翼，脅阪安治立即命令日軍艦隊包圍朝鮮水軍。此時，李舜臣充分地利用了龜船快速靈活的優勢，突破日軍包圍圈，直接朝日軍本陣殺去，然後萬炮齊發，擊潰日軍本陣，脅阪安治見本陣崩潰，不得不掉頭逃跑。
這一戰，日軍大敗，李舜臣率軍追擊，擊沉日船七十三艘，日軍傷亡慘重，數千將士被殺或者是溺水身亡。而來島家的當家來島通總也勢窮自殺。而大名一時的海盜大名來島家也在此後不久土崩瓦解。
這一戰，朝鮮史書上稱爲“閒山島大捷”。可以說，這是海權時代非常典型的一場大海戰，後世馬漢在其名著《海權論》中，都將其列爲經典海戰戰役，並且爲後世各代海軍將領所研習。也正因爲這一戰，成就了李舜臣的威名，今後日軍水師聽到“李舜臣”三個字都嚇得雙腿發軟，自不敢出海應戰了。而李舜臣則順勢進攻釜山，斷日軍糧道。從此，朝鮮海軍奪取了制海權，日軍向朝鮮的物資運送異常困難，爲後面的安州大捷做出了巨大的貢獻！
顯然，李舜臣在海上大敗日軍水師的作用還不僅僅這麼一點。此時，安州保衛戰還沒有打響，日軍一路高歌猛進，氣勢如虹，豐臣秀吉更是興奮不已，幾乎都在想像自己當上了朝鮮關白，大明關白之後能有什麼樣的享受，能否成爲日本歷史上最偉大的將軍，成爲新的日本之神了。不過，他的美夢沒有做都久，朝鮮水師大敗日軍水師的消息一傳來，豐臣秀吉差點從椅子上滾了下來！
也正是在這個時候，加藤清正在朝鮮濫殺百姓，以此冒充軍功（當時，幾乎每一個日軍將領都這麼做，不過加藤做得最爲過分）的事情也傳了回來，豐臣秀吉大怒，差點就要派人去把加藤清正的腦袋取回來。
不過，海上敗了，加藤清正的第二兵團卻在地面上連連獲勝，衝在了最前面，豐臣秀吉也就原諒了這條瘋狗的瘋狂行爲。不過，冒充軍功的事情還是要處理的，而且加藤的行爲也要約束，這不是激起朝鮮百姓做殊死反抗嗎？
最後，豐臣秀吉派遣三大奉行石田三成，增田長盛，大谷吉繼渡海赴朝，對各部的戰果進行檢視。而加藤清正認爲這三人偏袒小西行長（實爲小西給了這三人很大的好處，本來小西家族就很富有），對自己卻極爲嚴苛，引起了加藤清正的不滿，加深了日軍將領內部的矛盾。顯然，這對後來的朝鮮戰局發展產生了極爲深遠的影響。