元朝的中央行政機構的設置，基本上因襲金朝制度，實行一省六部制，只不過將金朝的尚書省換成了中書省。另外，負責軍政的依舊是樞密院，但不像宋朝制度，樞密使與丞相同爲宰輔。元朝的樞密院一般不涉及行政事務，而是專管軍隊，屬於一個單獨的系統。在基本行政架構之外，除了前人所設的各種附屬性質的監、寺，元朝還設置有專門負責蒙古事務的機構，分管各部蒙古領地。除此以外，元朝的太后、皇后、諸皇子擁有各自的領地和事務。管理這些事務的機構，也都列爲政府機關，與諸監、寺並列。元朝負責供應宮廷的器皿服飾的部門有好幾個，其中管理工匠的部門將作院特別龐大，下設各種分門別類的手工業部門，分工特細，如專管玉器的玉局提舉司、負責金絲工藝的金絲子局等等。負責文翰等事的專門機構也有好多，有翰林兼國史院，有蒙古翰林院，還有秘書監、集賢院、奎章閣學士院，這些機構主要用來安置各族（主要是漢人）的讀書人，讓他們起諮詢或者點綴的作用。元朝還設置了專門管理宗教事務的機構，即宣政院和大禧宗桎院，這顯然跟蒙古人對於宗教相對包容的態度，以及作爲世界性大帝國、各種宗教大規模涌人的局面有關。
儘管機構繁複，但元朝的制度化程度並不高。即使核心機構，也存在幾興幾廢的動盪。爲了強化稅收，尚書省凡三次“復辟”，每當“復辟”發生，中書省的職權就悉數歸到尚書省。這樣一來，往往引起整個體系的反彈，結果再撤掉尚書省恢復舊制。這說明蒙古人建立的王朝政府，其實並不太擔心其制度架構的不穩定，往往爲了某項臨時任務，或者臨時動議，就能夠將核心機構輕易變更。
元朝的中書省等於是最高宰輔機構。中書令爲首相，其下爲左右丞相（元代右爲上）、平章政事，左右丞、參知政事以及參議中書省事。這個機構裡，首相和左右丞相一般爲蒙古親貴壟斷，其餘的人員也以蒙古人和色目人爲主，漢人和南人（南方漢人）很少在其中出現。漢人即使進入中書省擔任要職，其地位也不高，甚至可以說，跟蒙古貴族比起來，他們只是奴才。漢人楊居寬和郭佑位爲參知政事，但是同列的蒙古大臣居然可以叫人打他們的耳光。如果政務出了問題，首先被懲罰的就是漢宮。
元朝的六部機構特別龐大，是所有行政事務的總彙機關，只有兵部不負責軍隊事務，只管理與軍事有關的工匠事，以及軍糧的運輸。其中戶部和工部最爲龐大，各轄十數司，工部所管的官營手工業尤其繁雜。但所轄各司的名稱很有意思，往往以創始人的名字命名，如中山劉元帥2局、深州趙良局等，反映了元人在制度設置上的隨意性。
儘管元朝的中央政府，機構龐大、官員衆多，但實際上它們只是執行機關。真正的決策者，往往在這個官僚體系之外，它們一個是忽裡臺會議，一個是怯薛集團。而以後者最爲重要。忽裡臺大會前面已經提過，這是元朝皇帝作爲蒙古大汗真正的決策機制。凡是重大事務，都要通過忽裡臺的商議和通過，沒有一個皇帝敢於忽視忽裡臺的意見。但是，忽裡臺會議畢竟不常開，一般經常性決策，還是怯薛集團在起作用，或者是怯薛宰輔共同起作用。怯薛又叫怯薛歹，是蒙古大汗的親衛。在成吉思汗時代，作爲大汗的他就組織了一支一萬人的衛隊。他規定，所有蒙古部落那顏（首領）必須將自己的兒子中的一個派到他的身邊做衛士。開始具有人質性質，後來由於怯薛地位高，待遇好，所以做怯薛的人都很忠實於大汗，變成了鐵衛隊。這種衛士，蒙語叫做“怯薛歹”。這些衛士對鐵木真極其忠誠，分成四隊晝夜護衛着他。打仗的關鍵時刻，鐵木真往往將怯薛派上去，幾乎百戰百勝。這些怯薛地位很高，一個一般的怯薛，地位甚至比千戶長還要高。怯薛既是衛士，也是侍從。自鐵木真開始，大汗自然要聽忽裡臺會議上貴族的意見，但同時有事往往更樂意聽怯薛的看法。就算是怯薛不參與決策，由於他們負有傳遞諭令、出納王命的使命，所以，權力也大得很。各個要害部門，往往都設有怯薛監政，因爲他們的地位有點類似於歷代的宦官，深受皇帝的信任，可他們卻比宦官地位尊貴，所以在政府中顯得尤其跋扈。不僅如此，怯薛出身的人，在元朝被稱爲“大腳跟”，是最有來頭的人，往往從衛士的位置上退下來，就擔任最重要的職務。
忽必烈時代，在著名的奸相阿合馬因政治鬥爭死後，忽必烈任用善於理財的漢人盧世榮擔任中書省右丞，實際上負責中書省工作。幾個月後，又因事將他下獄，在關了盧幾個月後，忽必烈問近侍，對盧案處理的意見。近侍說，聽人反映，盧世榮的罪已經定了，卻還關在牢裡，白白浪費國家的囚糧。於是忽必烈就下令將盧世榮殺掉，將他的肉喂宮裡養的老鷹。由此可見元人爲政的隨意殘忍和怯薛的分量。 小說.中國政治制度史導論（第2版） 最新章節第50章 元朝的中央行政體系以及決策機制 網址:http://www.xoyo100.com/html/5/5157/2535529.html