電影的開篇，就是一派戰爭的場景，滿目瘡痍的戰場，破敗的房屋，逃難的人民，面黃肌肉，衣不蔽體，食不果腹。
大名們分裂割據，到處都是戰爭、劫掠和流離失所的人民。當權者昏庸無能，卻依舊紙醉金迷。這就是，戰國時代。
但是，很少有人知道，不論是戰亂還是和平，都有着一個龐然大物的影子。這個龐然大物，就是一個被稱爲‘暗世’的組織，戰國時代，分裂割據，但是不論哪個家族，都有暗世的影子存在着。最上京子所飾演的女主角，櫻，就是暗世的一位女殺手。
敦賀蓮飾演的男主角，就是戰國時代朝倉家第十一代家主朝倉義景的兒子，朝倉澤明。
櫻被暗世上層派遣暗殺朝倉澤明，可是陰差陽錯之間，櫻以爲殺死了朝倉澤明，實際上卻是救了他的性命。同時，櫻不甚遺落了刻有自己代號‘櫻’的匕首，被澤明偷偷藏了起來。
回到暗世後，櫻得知自己並未殺死澤明，她雖未受懲罰，卻接到了另一項命令。接受催眠，封印記憶，潛入朝倉家獲取情報。和櫻一同前往的，還有‘監督者’，和樹，也就是幽所飾演的男配。
因爲櫻接受了催眠，被修改了記憶，抹去了關於暗世的所有記憶。由於櫻未加入暗世之前，就是逃亡人民的孩子，所以和樹就成了她的哥哥，兩個人一起逃到了朝倉家所治轄的越前地區。
兩個人在‘無意中’撞見了朝倉澤明，澤明發現櫻和當時救了自己的女子長得很像，但是她卻不認識他，而她的名字有恰好叫做櫻，於是澤明就收留了兩個人。
和樹因爲聰明伶俐，見解獨到，逐漸被朝倉義景中用，參與到家族的事務處理中，漸漸將暗世的觸角深深探進朝倉家的勢力中。
1565年，足利義輝因遭人追殺，義輝之弟足利義昭來到越前一乘谷尋求朝倉家的庇護，但是在和樹的挑唆下，朝倉義景反應冷淡。因此義昭前往美濃尋找織田信長。
1568年，織田信長帶義昭返回京都，以將軍名義兩度要求朝倉義景上京，都被拒絕，於是朝倉家與織田信長對立。
後朝倉義景聽從和樹的建議加入信長包圍網，但是和樹卻暗中泄露包圍網的情報，隨着包圍網的破裂。1573年末，信長入侵越前，朝倉軍節節敗退，義景最終在賢鬆寺切腹自盡，朝倉家滅亡。
但是朝倉澤明、櫻和和樹逃了出來。
其實，在日常生活中，朝倉澤明就已經對櫻暗生情愫，再加上和樹爲了獲取情報而推波助瀾，在逃亡路上，兩個人的感情越發堅定起來了。
終於，朝倉澤明按下了心中的羞澀，勇敢的對櫻表白了。
“櫻，我愛你。”
敦賀蓮的眼神中是溫柔的愛意，氾濫成災。
但是，就在他說完這句話之後，櫻卻突然驚恐的捂着頭蹲了下來，“不不不，不！——啊，我的頭好疼——不是的，不是他！——不是的不是的！——”口中語無倫次的不知道說些什麼，櫻顫抖的雙手無意識的摸到了她在最初的時候遺落的匕首——澤明將它當做定情信物又還給了櫻。
看見櫻的痛苦，澤明也顯得異常慌亂，“櫻，櫻，你怎麼了……”他蹲下去，擁抱着櫻，輕輕拍打着她的背部，“櫻……”
但是，時間彷彿永遠定格在了那一瞬間，因爲櫻將匕首刺入了他柔軟的腹部。
朝倉澤明臉上的神情終於變了，卻不是驚訝、憤怒亦或是悲傷，而是，微微的笑着，溫柔的笑着，閉上了眼睛。
櫻彷彿提線木偶一般，無意識的拔出了匕首，鬆開手，澤明的屍體軟軟的倒在了她的身上。和樹走過去，抽出了櫻手中的匕首。“他已經死了。”冰冷的，毫無感情的聲音。
櫻愣愣的轉頭看了看和樹，有看向自己抱着澤明的，沾滿血液的雙手，顫抖的撫上了澤明的臉頰。溫柔的微笑的澤明，偶爾開玩笑氣氣她的澤明，說‘我愛你’的澤明，被她親手，殺死了。櫻終於忍不住，嚎啕大哭。
‘我愛你’，就是解開催眠的開關，但是櫻不知道，她被下了二重催眠，因此纔會神志模糊之下錯以爲澤明是自己的仇人，失手殺了他。或許，澤明早就知道，櫻不是什麼救命恩人，而是收割他性命的殺手，但是愛上了就是愛上了，他已經失去了家族，失去了一切，死在愛人的懷裡，是他最好的歸宿。
在澤明去世後一個月，櫻自殺了，和樹帶走了櫻的屍體，將她和澤明葬在了一起。
電影的最後，是和樹一個人站在兩個人的合墓面前沉默良久，最終將一捧白菊花放在墓前，轉身離去。
墓碑上的刻字是：朝倉氏澤明妻櫻 合墓
看到最後，首映會響起了低低的抽泣聲，就連川奈也無聲的流下了眼淚。
走出放映廳的時候，川奈輕聲詢問黑子，“我覺得，和樹應該也是喜歡櫻的吧……”
黑子垂着頭想了想，說道，“死去總比活着容易。”
“我總算有些明白你爲什麼喜歡觀察人類了。”川奈轉過頭，仰起臉，看着天空緩慢的飄過一片一片的雲彩，陽光從雲層之間傾瀉而下，川奈不由得伸出手，似乎想要抓住那抹陽光。“人類總是表裡不一，行動違揹着心理，理智與情感戰鬥。這麼說來，阿哲真像是這個世界的旁觀者。”
黑子同以往一樣，習慣性的牽起川奈的左手，“如果我是的話，你也是。但是，我們都生活在這個世界之中，不是嗎？”
川奈閉上眼睛，全身心的信任旁邊這個宛若天空的少年，輕輕點頭。
不遠處，看着少年少女手牽手的‘和諧’場景的跡部景吾氣的直跳腳，要不是忍足侑士拼命拉住他，跡部很可能會在衆多媒體的眼皮底下衝上去帶走川奈順便將‘拐帶’他家‘妹妹’的黑子哲也狠狠揍一頓。那麼，明天的報紙首頁大標題估計就是‘《幻日》首映禮，跡部財團繼承人疑似爲愛人與情敵大打出手！’了。
正好這時旁邊的媒體湊上來，閃光燈咔嚓咔嚓的，跡部再怎麼火大，也知道現在不是時候，只好耐下性子回答媒體的問題。
於是，黑子哲也在毫不知情的情況下，順利逃過一頓胖揍（？），但是同時，他吸引了某妹控的仇恨值那是妥妥兒的。