就在菲律賓總督上躥下跳的佈置馬尼拉防務的時候，在獨眼龍率領下的大中朝海軍遠征艦隊，這時候已經在歷經十幾天的艱苦航行之後，接近了馬尼拉。
雖然這時候已經進入到了秋季，海上的颱風數量已經明顯減少，但是艦隊卻還是在途中遭遇到了一場大風，幸好船上的水手們經驗豐富，而且船隻結構堅固，雖然造成了一些船隻損壞，但是損失並不嚴重，在穿過了風團之後，散開的船隊緩緩重新集結了起來，最終只損失了一條輕型炮艦，其餘的船隻只是遭受到了輕微損傷,這樣的損失對於這個時代來說，已經算是相當不錯了，這也算是拜大中朝所建的戰船足夠堅固所賜，要不是大中朝以遠超過普通商船的建造標準來建造戰船的話，像在海上遭遇如此強風的話，這樣一支船隊損失遠不止如此。
還有一點就是船上的軍官以及水手們各個都算是精英，所有軍官全部接受過系統化的教育，起碼都隨船經歷過多次遠航，至於水手們則都是優中選優，算是久經戰陣的老海狼了，就算是船上那些隨船的見習軍官們，也都經過水師學堂的專門培養，所以船上的人們上下齊心，也是確保船隻安全的一個重要因素！
各船上都隨船攜帶的有工匠，而且其中一條船在出發之前，被改裝成爲了維修船，船上裝上了幾座鐵爐，還攜帶了大量的工匠，這些隨軍工匠在航渡途中，竭盡全力對受損船隻進行搶修。
當他們船隊抵達馬尼拉的時候，船隊各船已經得以基本修復，恢復了可以正常作戰的能力，只是隨船出征的那些陸軍士兵，遭了大罪，在經歷風暴洗禮的時候，絕大部分人暈船暈的厲害，上吐下瀉苦不堪言，到了這個時候，還沒有能恢復體力，大多數人身體處於比較虛弱的狀態，很明顯登陸暫時指望不上他們了。
但是獨眼龍還是毅然決然的下決心發動進攻，在十月間的一天，獨眼龍率領艦隊抵達了馬尼拉灣的口部，在這裡終於遇上了獲知消息出來迎戰的西班牙駐菲律賓艦隊。
說是駐菲律賓艦隊，其實這裡的西班牙戰船，大多數都是武裝商船，如果在二十年前的話，面對着明朝的水師船隊，他們可以說都是屬於巨無霸一級的戰船，火力極其旺盛，但是現在當面對着全新的大中朝海軍艦隊的時候，這些西班牙的武裝商船，卻已經都變成了小不點，火力羸弱到了極點。
當雙方艦隊遭遇之後，獨眼龍親自指揮着旗艦，率領着炮艦編隊，如同餓虎一般的猛撲向了這些西班牙艦隊。
本身這裡的西班牙艦隊數量就很可憐，只有區區十幾條大小不一的戰船，而且船上多是一些僱傭的水手，屬於商船水手，完全沒有爲了西班牙國王效死命的決心和鬥志，加之他們實力完全處於劣勢，對上了獨眼龍的艦隊之後，根本就沒有他們冒泡的機會。
大中艦隊完全佔據着絕對的優勢，而且在獨眼龍的率領下以獅子搏兔亦用全力的氣勢，對西班牙艦隊發動了猛攻。
一場海戰下來，十幾條西班牙戰船和武裝商船，當場戰沉三分之一左右，另外剩下的大半殘存船隻，也被打的是千瘡百孔，傷痕累累，船長只得下令掛白旗宣佈投降，被大中艦隊俘獲。
接着獨眼龍率領艦隊立即攻佔了馬尼拉灣口部的那座島嶼，後世這座島嶼被稱作科雷希多島，乃是馬尼拉灣的門戶之地，而科雷希多島左手就是巴丹半島，右手則是甲米地，正好扼守在了馬尼拉灣的口部，可以說是歷來兵家必爭之地。
在科雷希多島上面，西班牙人建有燈塔，並且派駐了少量的守軍駐防，但是面對着龐大的大中艦隊，島上守軍根本連炮都不敢放，就宣佈了投降。
獨眼龍控制了科雷希多島之後，進而率軍攻打右手的甲米地，並且迅速的將灘頭西班牙守軍掃清，令運兵船隊靠岸卸載。
運兵船上的陸軍這才得以踏上了堅實的土地，上岸之後幾乎個個都手軟腳軟，有點暈的感覺，腳下老半天都找不到根。
幸好有海軍戰船在附近爲他們看着，要是沒有海軍艦隊保護他們的話，這會兒就算是來個一兩千土著黑皮猴子，突襲一下登岸的陸軍，估摸着也能把他們給生擒活捉了去。
獨眼龍令隨軍出征的陸軍各營在岸上就地休息臨時設防，構築簡易防禦工事，並且進行兩天時間的休整，然後再投入接下來的戰鬥。
而他本人一刻不停，便率領大部分戰船，直撲向了馬尼拉灣的馬尼拉城。
馬尼拉總督沒想到大中朝這一次居然派來了如此強大的艦隊，當場就被嚇尿了褲子，慌忙組織所有能戰的人員進入到工事，登上城堡，發放火繩槍，把彈藥取出彈藥庫，運至炮位上，開始備戰。
獨眼龍也不跟這裡的西班牙總督談判什麼的，直接就開打，帶着船隊分配目標，然後開始炮擊。
岸上西班牙人的炮臺火力也很兇，炮戰之初大中艦隊並沒有佔到多少便宜，艦船多次被各個炮臺的西班牙人的大炮擊中，給船上的水手造成了相當的殺傷。
但是獨眼龍絲毫不爲所動，按照他的說法打仗不死人，那就不是打仗，死幾個人算什麼，死了的人回去都是烈士，可以得到厚撫，怕他個鳥，繼續抵近射擊。
各船的水手咬牙堅持，不斷把船隻抵近岸邊的炮臺，直接用船上的重炮對炮臺和城堡進行猛烈炮擊。
畢竟炮臺火炮數量有限，相對位置固定，雖然射擊比較精確，但是卻也架不住羣毆呀！而且大中艦隊很多船的船首，都裝載了現在他們最強的四十八磅重心卡隆炮，這傢伙可是大殺器，一顆實心彈就足足有四十斤重，就算是砸，也夠西班牙人喝一壺的。
在大中艦隊集火射擊之下，西班牙人在岸邊建立的炮臺開始一座接着一座的被摧毀，有些炮臺被轟塌塌的時候，甚至把炮臺內的西班牙守軍乾脆全部活埋一個也沒逃出來。
這樣的炮擊整整持續了一整天，雖然大中艦隊彈藥消耗很嚴重，但是卻也去的了相當好的戰果，幾乎把馬尼拉港的西班牙炮臺全部摧毀，就算是沒有被徹底摧毀的炮臺，也基本上已經失去了多大的戰鬥力。
第二天一早，獨眼龍命令各船從補給船上補充了彈藥，再一次駛入馬尼拉港，開始集中火力炮擊馬尼拉城。
西班牙守軍拼死抵抗，但是在如此密集的炮火之下，他們的損失慘重，城堡上面的炮位紛紛被摧毀，守軍也被打死打傷不少。
連續兩天的艦隊岸轟，把整個西拔牙人在馬尼拉的防禦體系給轟的一塌糊塗，基本上已經喪失了完善的守禦能力。
第三天在甲米地登陸休整的陸軍已經恢復了過來，將士們解除了暈船的感覺之後，也隨即開始投入了作戰，他們從陸地和水上分頭在馬尼拉城周圍包圍了馬尼拉城。
直到這個時候，西班牙人才知道大中軍陸軍的厲害，獨眼龍還從艦隊之中，抽調出了五千水兵，手持短版狼牙二式步槍，協助陸軍一起攻打馬尼拉城。
馬尼拉城中西班牙守軍原本打算傾盡全力，據城死守，但是卻沒料到大中軍的步槍居然能打的這麼遠，這麼準，大中軍也不在太遠的地方列隊，乾脆直接抵近到馬尼拉城的百米左右的距離，構築簡單胸牆，然後在胸牆後面，開始對馬尼拉城西班牙守軍發動了集火射擊。
軍中的一等射手以上的神槍手和狙擊手全部列隊於胸牆後面，其餘的步兵則專司負責給他們裝填彈藥，只是短暫的一通猛烈開火，守城的西班牙步兵們便被打了個人仰馬翻。
而且悲催的是他們手中的那些火繩槍，卻完全夠不着城下的大中軍，只有被動捱揍的份，他們好不容易復活一些火力點，把大炮重新架上，但是馬上便會遭到大中艦隊的猛烈火力覆蓋。
激戰兩日之後，城中西班牙守軍幾乎徹底喪失了抵抗能力，菲律賓總督眼瞅着堅持不下去，於是只得派人找獨眼龍談判。
獨眼龍下令他們立即無條件投降，否則的話攻入城中，將屠殺掉所有城內的西班牙人以及抵抗過大中軍的所有人。
西班牙殖民者實在是沒有辦法，只得宣佈投降，打開了馬尼拉城的城門宣佈投降，然後被大中軍全部抓起來，其中軍官和總督被送回到大中朝，入京獻捷，隨後獨眼龍指揮兵馬，在菲律賓各地開始清除西班牙人殘存的據點和勢力，並且率領船隊四處出擊，把西班牙人在周邊島嶼上的一些城堡據點也紛紛摧毀或者攻克。
對菲律賓的整個戰事，整整持續了三個多月的時間，一直持續到了大中朝承天四年初的時候，纔算是徹底結束，西班牙人在菲律賓建立起來的所有殖民點全部都被大中軍攻佔，俘獲純種西班牙人兩千餘人，另外還有西班牙人僱傭的歐洲和亞洲甚至還有印度的僱傭兵水手七百多人、
至於那些本地土著黑皮猴子們，就更是被俘了五千多人，當然被大中軍幹掉的那幾千人不能算在其中。
隨後大中皇帝於孝天，宣佈徹底收復呂宋，並且把菲律賓全境宣佈改稱爲呂宋省，併入大中朝疆域之中，派駐官員前往馬尼拉城，將馬尼拉城也改名爲南呂城，今後負責對整個呂宋省進行管理，派駐六千大中軍和一支擁有二十艘戰船的呂宋分艦隊駐守馬尼拉以及呂宋島各地。
至此西班牙人在菲律賓的殖民歷史也徹底告終，被趕出了呂宋島。