德川家光在殿內的咆哮，當然無法傳遞到他口中的‘漢寇’們的口中，當然實際上他們根本不會在乎德川家光到底會如何看待他們。
他們有更加重要的事情要做。
佔領九州之後，雖然大漢朝廷之前答應了要將九州島整個奉送給島津一族，但是爲了維持現在的佔領地秩序，所以趙鬆仍舊命令九州島現在的格局暫時不變，各個投靠大漢的藩主繼續在領地內維持之前的統治秩序，所以在這些領地內秩序還算是嚴整。
但是在那些親附幕府、舉兵抵抗的藩主的領地內，因爲藩主和家臣們大多數在大漢的兵鋒之下要麼死傷，要麼就躲入山野當中惶惶不可終日，原有的統治秩序基本上突然就被摧毀了。
少量地方，因爲有大漢軍隊的進駐，總算還維持着秩序，但是大漢軍隊畢竟有限，在大漢軍隊所未能觸及的地方，因爲原有統治體系的突然崩潰，出現了難以制止的動亂。
其中鬧得最兇的就是九州西部和南部的那些藩國們，一來是因爲大漢大軍是從西部登陸進軍、大量藩主和藩軍在戰爭當中被殺或者逃亡，社會秩序突然崩潰，給了他們暴亂的空間；二來是因爲之前被幕府和各藩嚴厲鎮壓的天主教徒們，終於等到了鎮壓力量削弱的時機，然後趁勢而起，發動了暴亂。
這些暴亂，是從日野江藩等九州西部地區集中爆發的，因爲無人制止很快就變成了熊熊烈火。
在戰國時代，各地豪強互相征伐戰亂不休，而這時代的西班牙人和葡萄牙人卻已經開始在全球進行海洋擴張，爲各自的國家尋求商業的利益。很快，這些西洋人發現了日本，並且和許多大名建立了商業來往，將自己的軍火輸入到了日本。
正因爲有了大量從西洋輸入的軍火，日本的軍事出現了突飛猛進的改變，而織田信長也藉着軍事變革的力量崛起，並且快速地統治了日本。
同時，隨着商人的涌入，大量西洋傳教士也來到了日本，並且開始向日本的各個階層進行傳教。因爲這些西洋傳教士掌握着知識和技術，很快就得到了許多大名的尊重，並且快速地就成爲了座上賓，一些大名甚至還因爲他們的傳教而拋棄了原本的信仰，受洗禮成爲了天主教徒。
而在與西洋人通商較多的九州，在那些下層平民當中，天主教傳播的速度也非常快。這是因爲在紛擾的戰國時代，各個大名豪強要麼有擴張勢力的野心、要麼是爲了固守自保，都拼命擴充軍隊，並且爲了維持軍隊，各個藩主和他的家臣團們莫不以各種手段壓榨領內的農民，維持所需。
相較於當時已經變成了高級貴族和僧侶們統治工具的佛教，天主教人人平等的思想十分貼合於這些被殘暴壓榨的農民，讓他們在痛苦的現實當中找到了一些精神慰藉。在傳教士的引導下，他們很快就投入到了天主教的懷抱，九州出現了大量天主教民
而且，在殘暴的壓榨當中，廣大平民衣食無着，而且反抗情緒也日積月累，在這種情況下，天主教既能夠提供一種讓他們聯接起來的工具，也能夠給他們提供另一種身份認同，讓他們不覺得自己比領主的地位卑下。
在這樣的情況下，天主教民在日本列島四處發展，甚至蔓延到了上層，很快引發了日本最高統治者的警惕，決定限制天主教的傳播，同時壓服這些心懷不滿的平民百姓。
豐臣秀吉下達了禁教令，而繼承了豐臣秀吉事業的德川家康也幾次頒佈教令，宣佈要清洗天主教徒，在幕府的高壓下，大量天主教徒被迫改宗，少部分不願意改宗的平民就要被殺死。
同時，戰國時代的嚴厲壓迫和苛捐雜稅還是沒有因爲和平年代的到來而停歇。雖然在幕府的命令下，各藩的軍事力量都被嚴重縮減了，但是無論是日野江藩還是福岡藩、抑或是九州其他地方的藩國，當年的稅收一無所減，有些領主甚至還刻意地給農民在苛捐雜稅之外再加了一些捐稅，理由是“芝麻和農民都是越榨越有油。”
首先爆發天主教民的正是島原藩，這裡來自於信仰和剝削的壓迫尤爲嚴重。日野江藩之前的藩主是有馬直純，有馬直純從小在德川家康身邊長大，又娶了德川家康曾孫女爲妻，所以深得幕府信任。
在父親死後，有馬直純繼承了其父去當島原領主。受寵若驚、感激涕零的有馬直純，雖然曾經受過洗禮也是個天主教徒，但爲報答德川家康厚愛，他早已經毅然退教，而且發誓要秉承幕府將軍的聖意，將天主、基督在藩內斬草除根。有馬直純一來到藩內就大開殺戒，將不願棄教者活活燒死，並叫其他教徒現場觀看。
後來，有馬直純因爲得到了幕府的歡心，被轉封到了日向國的延岡藩（也正是島津家向北進兵時第一個滅掉的藩，他也在島津家的兵鋒下被殺死），而他的部下的藩臣和武士，差不多全數都留在本藩，只有極少數人隨從前去。
而這時，到了日野江藩來上任的新領主是鬆倉重政，他之前是大和國五條藩的藩主，是因爲在幕府攻打大阪的戰事當中立了功，所以被從一萬石的領地轉封到了這裡。
他也是一個對領民十分殘暴的領主，到此了藩內就藩之後，他不滿藩城簡陋，於是大興土木要錢要工來修建新的藩城島原城。
於是，島原城附近的藩民們就受到了更加難以忍受的雙重苦難——不準信仰天主教，還要無休止地出錢出工。不願棄教者不僅遭到湯澆、火燒、投入大海，而且，還被丟進雲仙溫泉硫磺火山口活活薰死。不僅如此，爲了維持藩內的財政，鬆倉重政制定租稅也極其苛刻，農民種一棵菸草，收穫菸葉的一半要上繳；其他種植的農作物也要被大部分徵收，變成領主的財產。
另外，在來到這裡赴任的時候，他還帶來了近於全部的他的原有部屬。這些親附於藩主的藩臣們，馬上就佔據了藩內所有的職位。
而舊領主有馬直純的部屬們，也就失去了原本的俸祿，並且被排除出了統治階級之外。他們迫於生活，只能靠種田養活自己的妻子兒女，變成了藩內的農民。不過這些人雖則名爲農民，實際上卻是熟習武藝的戰士，也成爲了危險的種子。
在藩內藩民的辛苦血淚當中，新的藩城島原城總算建好了，從那時候起日野江藩就該名稱爲了島原藩。
可是在鬆倉重政死後，他的兒子、繼承了藩主之位的鬆倉勝家並不以此爲滿足，他和父親一樣殘暴不仁，對這些新農民和其餘的農民，一再加重賦稅，逼迫農民繳出他們所不可能負擔的高額貢米，以便維持自己和藩城的生活，以至於農民只能吃樹皮草根以充飢。
爲了方便催逼藩民，他以下令，將那些沒有繳出錢糧的農民，穿上“蓑衣”受刑。“蓑衣”是用粗草編成的，這種草有着長而闊的葉子，船伕和農民們一般都將蓑衣用作雨衣。
受刑時，蓑衣捆在農民的頸上與身上，另用繩索反綁雙手，然後在蓑衣上點起火來。受刑的人，不僅燒傷，且有燒死的；有的人在燃燒時，狂竄亂跳碰地而死，有的人在燃燒時，跳水喪生。這種令人不忍卒睹的慘劇，就被他叫做蓑衣舞，並且很得他的歡心。
可想而知，這樣的殘酷壓迫會引發多少憤慨和不滿，藩民們一直忍受着這樣的暴政，但是一有機會就會想要反抗，擺脫這樣暗無天日的日子。他們覺得與其眼看折磨致死，還不如一下子拼命而死。
農民們生活在死亡邊緣，已經沉寂很久的天主教信仰隨之再度擡頭，秘密信教以逃避殘酷現實的百姓越來越多。此事爲鬆倉勝家所查知，就在領內搞了一次大清洗，逮捕了很多教徒，要他們舉行“踏繪”的儀式。所謂“踏繪”，是指將刻有耶穌受難像的木牌扔在地上，讓懷疑爲教徒者用腳去踩，肯乖乖從命的定非天主教徒，或者雖是教徒卻有心悔改，否則就將被處以火刑。
在這樣的情況下，原本就已經十分激烈的矛盾至於無法控制了，藩內開始出現零星的騷亂，眼看就要演變成戰國時代的一揆暴動了。
正當藩內的矛盾已經鼎沸，即將達到要爆發的程度時，大漢的軍隊也打過來了，在大漢的兵鋒面前，福岡藩、久留米藩、小倉藩等等大藩不堪一擊，很快就被打得狼狽鼠竄，最後被統統予以消滅，而島原藩雖然不是大漢的攻擊方向，但是藩內也極受震動。
藩主鬆倉勝家雖然在接到了幕府的命令之後就召集了藩兵到藩城集結，但是他在看到了這些大藩出兵抵禦大漢軍隊，並且一觸即潰的下場之後，早已經是心驚膽戰，哪裡還有再和大漢大戰的勇氣？
不過因爲世代受幕府恩惠、而且情勢不明朗的緣故，他也不敢向大漢投降，思前想後，覺得走投無路的他乾脆做出了逃亡的決定。在大漢四處進兵，並且把幕府老中內藤忠重包圍在久留米藩城內的時候，他帶着自己的一羣藩臣直接從逃跑，從此不知所蹤。
幾乎在他從藩內逃離之前，藩中的教民就已經開始舉事了，因爲藩內的藩臣武士們大量逃亡，再也沒有人制止他們，這些藩民很快就佔領了幾乎整個島原藩，並且將島原城當成了自己的據點。
島原藩的教民起事成功之後，消息很快就傳遍了九州的西部和南部，各地的天主教民也紛紛起來響應，很快就變成了席捲一方的熊熊烈火，而當時因爲大漢軍隊還在忙於攻擊幕府軍隊儘快結束戰事、其他的藩主也紛紛參覲大漢將軍，並且帶着自己的藩兵參陣，一時間無人鎮壓，竟然讓這種教民一揆出現了星火燎原的氣象。
不過，等到大漢軍隊打下久留米藩城、老中內藤忠重和藩主有馬忠賴自殺殉國之後，大漢和這些親附於大漢的藩主們，終於可以騰出手來解決這個問題了。
大漢最初並不想要在這種鎮壓平民暴亂的小規模低烈度戰爭當中浪費自己的兵力，所以只是下令各藩出兵鎮壓教民，而各個藩主們爲了在大漢面前討好，也紛紛派兵參陣，南下或者西向鎮壓。
最初鎮壓的戰事還算順利，但是很快，在打到了島原藩境內的時候，鎮壓軍隊就遭遇到了激烈的抵抗，最後竟然難以有寸進，戰事變得膠着了起來。
雖然這些暴亂的天主教民當中有些是舊日島原藩的武士，但是經過了多年的平民生活後他們的軍事技能早已經退化，再加上這些教民的武器裝別也十分低劣，大部分人甚至只能用鋤頭、鍬鎬來抵禦敵人，可就是這樣也還是抵抗住了各藩聯軍的進攻。
這一來是因爲這些教民早已經受夠了殘酷的信仰和階級壓迫，導致他們心中仇恨很深，士氣高昂，甚至有些人是殺了自己家人之後再起來暴亂的，早已經存了死意；二來是因爲各藩藩軍在幾十年的承平之後早已經戰力退化，更無死戰之心；三來是因爲各藩藩軍誰也不服誰，難以做到有效的統御指揮，都只想着保存自家的實力。
看到這些藩軍居然鎮壓平民暴亂都這麼吃力，大漢徵日軍高層自然十分震動，就連趙鬆和嚴廣都爲之惱怒不已——他們原本是打算借用這些藩軍北上進攻京都的，如今看到他們居然戰鬥力如此拙劣，如何不氣？
不過，在他們想要嚴詞呵斥這些藩主命令他們繼續加緊進攻、同時準備派大軍協同鎮壓的時候，大漢使臣周璞主動請纓前往島原前線，以自己的權威來統一指揮這些藩主和藩軍，同時他認爲大漢軍隊最好不要把兵力浪費在這種地方，只需要派一小部分軍隊跟隨自己壓陣就可以了，主要還是繼續驅使這些藩軍來進行鎮壓。
周璞日後是打算親自帶着這些藩軍北上的，他想要藉着這個機會，在這些各藩的聯軍當中先建立一個由自己來統一指揮的體系，順便練練兵，以免到時候手足無措。
他的建議很快就被採納了，在趙鬆的親自命令下，一支小規模的軍隊協同周璞一同來到了島原藩內。
當週璞來到了前線之後，他馬上將各藩的藩主召集了起來，首先嚴詞呵斥了他們，並且轉述了大漢將軍的態度，告訴他們現在他們都要戴罪立功，如果接下來的戰事還是不順的話，大漢將軍就要來治罪了。
這些藩主們聽到這樣的話之後自然驚懼不已，紛紛表示請天使從中說項、並且表示自己接下來將盡全力死戰，一定要早日鎮壓下這些天主教民。
嚇唬了他們一通之後，周璞再下令重新編合這些藩軍，並且讓這些藩軍直屬於自己的統轄之下，同時他還將老將立花宗茂作爲自己的副手，協同自己指揮這些藩軍，同時命令各級藩軍不管來自於哪個藩，都必須服從自己和立花宗茂的命令。
周璞之前是文官，並沒有打過仗，所以他並不打算自作聰明胡亂指揮，他跟趙鬆討要了幾位參議軍官作爲自己的智囊，而趙鬆也十分慷慨大方，將自己的親信、遼東團的參議軍官黃國昌調配到了他的手下。
有了黃國昌和立花宗茂的輔佐，周璞又有大漢天使的權威，再加上各藩藩主深怕大漢將軍治罪，所以他對藩軍的整編倒也是十分順利，短短几天之內就讓這些藩軍統轄到了自己的屬下。
而在他重新整備這些藩軍的時候，島原藩的地界上也難得地出現了暫時的平靜。
在這短暫的平靜當中，這些天主教民們也興起了僥倖之心。
他們派出了使者來到了藩軍陣前，並且求見了周璞，表示他們並不願意與大漢交戰，現在只是爲了保命而不得已爲之。使者的言辭十分哀懇，屢屢哭訴之前幕府和藩主對他們的壓迫，宣稱他們和幕府以及藩主仇深似海，絕對不會去爲了幕府和大漢爲敵。
他們要的條件也很簡單，只要大漢願意放過島原藩內的天主教民、並且讓他們自治，那麼他們願意投降並且歸順大漢，決不和大漢爲敵。
然而，周璞卻直接拒絕了他們的要求。
雖然一直都在引進西洋技術和工匠，但是大漢對天主教本身就十分警惕，一直都不允許西洋傳教士自由傳教，若是他在這裡答應了這些教民，傳回國內應該怎麼向朝廷交代？
另外，他們打過來的時候就宣傳是爲了朝廷和各藩的利益去討伐幕府，這樣才能得到各藩的歸順效勞，若是任由天主教民造反暴亂，那各藩疑懼之下又怎麼可能真心和大漢合作？
所以儘管使者說得聲淚俱下，並且嚴詞悽切，但是周璞仍舊不爲所動，他直接命令使者回去告訴教民們的首領，三天內必須投降，並且全體放棄對天主教的信仰，否則就將玉石俱焚！
他的要求被藩內的教民首領拒絕了，於是一場血腥的鎮壓也就勢不可免了。