窩闊臺即位後，對中原地區用何種方法進行統治，統治階層內部意見不一。近臣別迭等認爲"漢人無補於國，可悉空其人，乃爲牧"。耶律楚材則認爲"陛下將南伐，軍需宜有所資，誠均定中原地稅、商稅、鹽、酒、鐵冶、山澤之利，歲可得銀五十萬兩、帛八萬匹、粟四十餘萬石，足以供給，何謂無補哉？"窩闊臺汗採納了耶律楚材的建議。1229年開始制定稅制，令耶律楚材主持。次年十一月，設燕京、宣德、東平等十路徵收課稅使。爲限制徵收課稅使的專斷，"詔諸路州縣長吏專理民事，萬戶府專總軍政，課稅吏專掌錢穀，不相統攝。
"政、軍、財政官吏分權管理是窩闊臺汗統治中原的基本原則。所徵稅糧包括丁稅、地稅兩種。始初，每戶科粟2石（10鬥爲1石，合100升；1石等於60千克），後以兵食不足，增爲4石。1235年，窩闊臺命中原36路民戶立籍，共計87萬餘戶，475萬餘人。在此基礎上，1236年又規定新稅法，民戶以成丁之數徵丁稅，每丁年納粟1石，驅丁5升，新戶丁、驅丁各半之，老幼不納。丁糧(丁稅)專用於軍需，"太宗朝立軍儲所於新衛，以收山東、河北丁糧，後惟計直取銀帛，軍行則以資之"。
地稅則根據牛具之數和土地等級來徵收。上田每畝稅3升半，中田3升，下田2升，水田5升。丁稅和地稅，丁稅少而地稅多者納地稅，地稅少而丁稅多者納丁稅。工匠、僧、道納地稅，官吏、商賈納丁稅。如有虛報者杖70，徒2年。
科差包括2戶出絲和5戶出絲兩種，1236年始行。2戶出絲1斤輸於官，5戶出絲1斤輸於本位(即投下)。此外還有"隨路絲線、顏色"之不定期的臨時徵稅，主要用於軍需或使臣往來。
商稅徵1/30，酒稅徵1/10。
對諸王和功臣給與封地(諸王封地，蒙古語爲"忽必"，功臣封地蒙古語爲"莎餘兒合勒")。窩闊臺汗的分封制始於1235年，當年受封的共有21人。1236年，窩闊臺又命大斷事官失吉忽圖忽主持分封事宜，分撥給諸王、貴戚和功臣的民戶達76萬多戶。被分封的戶稱爲下或投下戶，其他民戶則統屬於中央政府。投下戶和中央政府管轄的戶，分別立籍。
分得民戶最多的是託雷，得真定路8萬戶。受封者各自分治，互不統屬，形成大小獨立王國，於中央集權統治極爲不利。因此，窩闊臺汗按耶律楚材的建議，命各投下在分地只設達魯花赤，由朝廷置官吏統一徵收賦稅，投下取應得分額，非奉詔不得擅自徵兵賦。而且限制他們除5戶絲外，不得再向民戶搜刮他物。這些措施，對保障國庫收入和加強中央集權制，均起到了一定作用。
早在成吉思汗時代，中亞商人就來蒙古經商，蒙古統治者把掠奪來的金銀交給回回商人，讓其放高利貸或經商，從中取息。高利貸的利息額，每年爲一倍，如當年不能償還，連本帶息再加一倍，稱爲"羊羔兒息"。到窩闊臺汗統治末期，官民債臺高築，使朝廷不得不下詔"凡假貸歲久，惟子本相侔而止"，僅1240年替負債官、民代還的銀兩即達7.6萬錠。回回商人奧都剌合蠻買撲中原課稅2.2萬錠，以4.4萬錠爲額，得到窩闊臺汗允准，並任命奧都剌合蠻爲提領諸路課稅所主官。奧都剌合蠻憑藉蒙古汗庭的政治勢力，搜刮銀兩遠遠超過4.4萬錠。
窩闊臺汗於1231年在中原地區立中書省，以耶律楚材爲中書令，鎮海爲右丞相，粘合重山爲左丞相。耶律楚材主要掌管財賦和文書。地方行政設有路、府、州、縣。1234年在中都(今北京)設置了燕京行臺，中州斷事官失吉忽圖忽爲行臺的最高長官，任務是"主治漢民"，管理戶口、賦稅、刑法諸事。1241年，自西域調來牙老瓦赤，讓其"主管漢民公事"，任斷事官。任斷事官者必須是蒙古人或西域人。
爲防備中原各族人民的反抗，於1236年窩闊臺汗命五部探馬赤分鎮中原：闊闊布花鎮益都、濟南；按察兒鎮平陽、太原；孛羅鎮真定；肖乃臺鎮大名；怯烈臺鎮東平。
窩闊臺爲了對中原實行有效的統治，非常重視錄用金之舊官和儒士。如永清大地主史秉直的兒子史天澤、濟南府劉柏林的兒子劉黑馬等。窩闊臺對儒學也極爲重視，於1233年在燕京建孔廟，並規定儒學爲國學。1236年，在燕京建立編修所，在平陽成立經籍所，編集經史，任命儒士樑陟爲長，王萬慶、趙著副之。1237年，命術虎乃、劉中試諸路儒士，中選者除本地錄用者外，得4300人。
河中地區是察合臺的封地，窩闊臺汗命自己的親信牙老瓦赤前去主持西域財賦，並負有監督職責。察合臺曾自作主張把河中的一部分土地賜予他人後，牙老瓦赤將此事報告了窩闊臺。於是，窩闊臺發出一道聖旨，質問察合臺，並命其做出答覆，1241年，窩闊臺汗又將牙老瓦赤調到中原，任命爲斷事官。
呼羅珊被征服後，窩闊臺汗任命成帖木兒爲該地長官，負有任免權，軍事長官綽兒馬罕不得干預其職權的行使。成帖木兒以花剌子模的沙剌法丁作爲拔都的代表，命爲宰相，別哈丁·馬合謀·志費尼(《世界征服者史》之作者)爲撒希卜-底萬(財政部長)，各宗王派一名"書記官"(令使)爲其他異密。至此，呼羅珊等地直接隸屬於蒙古中央朝廷的管轄之下。
成帖木兒死後，窩闊臺汗命克烈亦惕人諾撒耳爲伊朗總督。據志費尼說，諾撒耳擔任總督後"異密們、底萬的書記們和大臣們就從成帖木兒的府邸遷往諾撒耳的營帳，在那裡重新開始底萬的工作"。
任宰相的沙剌法丁被拔都任命爲書記官長後，統治伊朗地區的實際權力已落入拔都手裡。窩闊臺汗爲了加強朝廷對伊朗的有效統治，不久就罷免了諾撒耳的總督職務，命畏吾兒人闊兒古思接替其職。
富有才學的闊兒古思忠實地執行了窩闊臺的詔旨，使呼羅珊諸地的秩序恢復正常，其財產得到保護。隨後，窩闊臺又將阿姆河以西的諸州委付給闊兒古思統轄，授予任命的敕書和御牌。從此，阿姆河以西的伊朗地區受蒙古中央朝廷的直接管轄。闊兒古思對這一地區實行了有效的統治，抵制了妄圖分治的勢力。在闊兒古思的統治時期，除了伊朗地區以外，以也裡爲中心的阿富汗也歸入了他的管轄範圍；闊兒古思還派自己的兒子到阿爾蘭、阿塞拜疆實行統治，使該地也置於中央政府直接管轄之下.
1235年，窩闊臺在哈剌和林(今蒙古國後杭愛省額爾德尼召北)召集大會，決定征討欽察、斡羅斯、波蘭和匈牙利(馬札爾)等裡海以北未降服諸國。按照察合臺的"長子出征人馬衆多，威勢盛大"的提議，諸王、萬戶、千戶、百戶、那顏等的長子參加這次出征，故稱"長子軍出征"。參加出征的有朮赤的兒子拔都、斡兒答·昔班和唐兀惕，察合臺的兒子拜答兒、孫子布里，窩闊臺的兒子貴由、合丹，託雷的兒子蒙哥、拔綽以及成吉思汗庶子闊列堅等。全軍有15萬人，拔都爲統帥，速不臺爲副統帥。1236年秋，蒙古諸王及速別額臺統帥的軍隊在布里阿耳境內與拔都會合。
我，指定我的孫子拔都爲蒙古大軍的統帥，要他去征服世界，直到最後的海洋，直到蒙古馬蹄能夠踏到之處。到那時，瘟疫、飢餓和旱災就會停止，普遍和平就會降臨！——成吉思汗
我們是成吉思汗的子孫，我們挾着死亡，把雷電擲向各個民族、每個地方。——蒙古古代民歌
米開勒王在覲見拔都汗時說，向您鞠躬，拔都汗陛下…不…沙皇陛下，是上帝，他委派您成爲這個世界新的主宰……”
帝國大汗窩闊臺頒佈詔書：”我聽說那裡的人剛強，一怒而持械而起，所以派你們去打他們。我與哥哥商量着，哥哥贊同了，如今派各家的長子去那裡。長子出征，其勢大呵！”這就是蒙古帝國第二次西征。窩闊臺大汗遣拔都等諸王率軍征服伏爾加河以西諸國的戰爭。
蒙古滅金戰爭結束後，窩闊臺大汗在中原和中亞建立了鞏固的統治。也兒的石河(今新疆額爾齊斯河)以西、烏拉爾河以東之地爲蒙古的征服地區，是成吉思汗長子朮赤的領土。但是，烏拉爾河以西的欽察、斡羅斯等還未平定。元太宗七年(1235年)，窩闊臺召集忽裡勒臺，決定征討欽察、斡羅斯等未服諸國。居住在伏爾加河和烏拉爾河之間的欽察部首領忽魯速蠻懼怕蒙古軍，已先遣使納款，蒙古軍至，準備投降。惟居住在伏爾加河下游的欽察部首領八赤蠻堅決抗戰。斡羅斯和波蘭、匈牙利當時分爲諸公國，各自爲政，不聽大公號令，德、意、奧諸國捲入十字軍東征。歐洲形勢對蒙古西征有利。
而這時候,黑龍江和郭進的機會也來了!