開始二週目後，最初的畫面是一對機器人兄弟。
圓圓的臉，大大的眼睛，看着有些可愛。
只不過，哥哥倒在地上，眼睛失去了亮光，儼然已經死亡。
弟弟仍然積極地搶救，跌跌撞撞地提着水桶，去接滿機油後回來，倒在哥哥身上。
只不過，終究是白費力氣。
這時候，視角拉遠，熟悉的聲音傳來：
“你就算再怎麼努力，機械兵也不可能做一家人的。”
9S正坐在高處，查看某些數據。
原來，第二週目操縱的不再是2B，而是9S。
他周圍的環境，正是那個巨大的工廠。
最開始的任務，是協助寄葉部隊解除地面的防空系統。
9S換上機甲，一路殺進防衛系統內部，黑掉了四個終端機。
以9S的視角去遊戲，可以發動對地方的“黑客攻擊”。
此時，界面會變成擊倒方塊或圓球的小遊戲。
完成小遊戲後，被黑的機械生命體會受到很高的傷害。
搞定了防衛系統後，9S再次殺出通道，去支援進攻部隊。
當他發出導彈解決掉那隻巨大的機械臂時，熟悉的畫面出現了：
在2B的注視中，駕駛機甲的9S從空中緩緩降落。
二人相互打了個招呼，恍如初見。
這個畫面，和一週目開場時一模一樣。
頓時，上官言明白了——原來二週目是以9S的視角，去重新體會一遍劇情。
隨着那些熟悉的臺詞一句句出現，上官言又重溫了一遍2B和9S初次相識的場景。
原來，之前2B在工廠裡面搜尋時，9S陷在金屬通道中，所以那麼晚才趕到。
同樣的，9S捨身救2B，被巨型機器人擊中，落在它背上。
只不過，在他昏迷後，多了一段修復自身系統的過程。
接着，2B開走他的機甲，和頭目正面戰鬥。
他則操縱BOT，解決朝自己衝來的機械兵。
二人合作幹掉巨型機器人後，周圍又冒出三個同樣的大傢伙，包圍了他們。
於是，他倆取出各自的黑匣子，碰在一起，引發了巨大的爆炸……
接下來的畫面是在基地中，9S前往2B的房間，協助對方恢復了各項功能。
二人相互介紹了一下，前往指揮中心領了任務後，便一起駕駛機甲飛向廢墟都市。
後面的劇情也都大致一樣：前往反抗軍的營地，領取任務後，去沙漠中調查，遇到一個逃跑的機械兵。
只不過，中途多了一段動畫，介紹機械生命體遇到火山爆發後，突然找到了活下去的意義。
然後是進入沙漠中的城市，遇到大羣模仿人類的機械兵，它們組合成巢，孕育出一個銀髮的人造人。
用刀刺穿人造人的胸膛後，它再次復甦，引起建築物崩塌，迫使2B和9S逃離。
接下來的目的地是遊樂場，中途又多了兩段畫面。
第一段中，2B的POT042要求9S的POT153開啓權限，傳輸戰鬥數據；
第二段則是延續了火山爆發的動畫，講述機械生命體們找到了寶物-感情，並且每個人都產生了不同的感情。
然後是在遊樂園中探險和搜索，與前面的劇情一致。
在和頭目-舞姬戰鬥時，又出現了一段新內容：
當舞姬還是“矮醜”的機器人時，試圖贏得一個高大帥氣機器人青睞，結果遭到了拒絕。
它發誓自己會裝上很多飾品，讓自己變得更漂亮。
當9S消滅了舞姬後，又觸發了新的記憶：
舞姬變漂亮後，再去找那個帥機器人，乞求對方的喜歡。
“她”爲了變美，付出了無數艱辛，只要有一絲可能，都會去嘗試。
“但他還是不喜歡我……”
“不管我做什麼，他都不喜歡我……”
最後，“她”意識到，自己付出的一切，都是白費的，毫無意義。
在尖嘯聲中，舞姬爆炸成一團火焰。
這時候，上官言明白了二週目使用9S的意義：
他可以黑入機械生命體的系統，自然也能感受到對方的記憶和思想。
這些東西慢慢影響了他，讓他意識到，自己的敵人並不只是冷冰冰的機械。
接下來，二人跟隨代表和平的機器人一起，前往村莊裡面。
此時又多了一段畫面：
亞當和夏娃正坐着曬太陽，夏娃很奇怪爲什麼要穿褲子和吃蘋果。
亞當解釋說這是人類的行爲，他們要儘量活得像人類一樣。
夏娃很聽哥哥的話，認真地執行了對方的話。
另一邊，2B和9S從村莊回去，解決了巨型機械兵器後，遇到它自爆炸出一個大坑。
他倆追蹤外星人的蹤跡，進入指揮大廳後，遇到亞當和夏娃，獲悉外星人已經滅絕的真相。
二人再次和對方打了一架。
出來之後，外面多了很多站在高處發呆的機械兵。
它們似乎是在思索自己存在的意義。
有的過於糾結，甚至還跳下去自殺。
後面的劇情便是前往“森之國”搜尋情報。
這時候多了三段畫面，介紹“森之國”的歷史：
256年前，一臺巨型機器人打算自立爲王，建立一個王國，讓治下的所有人民都成爲他的家人。
128年前，國王死去了，護衛們將國王的內存放置在一臺小孩機器人內，以爲這樣可以將國王的信念傳承下去。
最後一段是4小時前，護衛們爲國王沒有成長而煩惱，但它們覺得小孩非常可愛，仍然決定用生命守護它。
當然，它們沒能守住。
和之前一樣，A2出現，殺死了小孩機器人，並與9S和2B發生衝突。
A2走後，二人前往水淹之城，執行護衛航母的任務。
此時又多了一段關於亞當和夏娃的畫面，內容是他倆如何儘量變得更像人類。
在水淹之城，9S和2B遭遇了古代巨獸並消滅了它。
此時又多出了一段畫面：
2B的POT042要求9S的POT153傳輸戰鬥情報（之前是戰鬥數據）。
受巨獸爆炸的影響，9S被衝擊波掀飛，落入亞當手中。
在昏迷的這段時間內，他進入了機械生命體的網路，獲悉對方一直在模仿人類的事情。
途中，他和亞當產生了爭論，對於機械生命體與人工智能機器人的區別感到疑惑。
亞當也將自己的信息（病毒）傳輸到9S體內。
這時候，觸發了一段劇情動畫，裡面出現了一段晦澀的獨白：
“機械生命體都很珍視自己的寶物，有的視“寶物”爲家人，有的認爲是兄弟，有的則認爲是美麗……
不過，也有的機械人認爲是——【憎恨】。”
接着，9S甦醒，看見2B擊殺了亞當。
他被2B抱起，送回總部進行修復。