飛逝的秒針，流動的水星，現代社會人心荒蕪疲憊，柯南的推理是一劑良藥。千尋再次來東京遊玩，真實的目的是敷島探險，傳說中的幽靈船龍神號在風雨交加的夜晚突然出現，引起了她的極大好奇。曉月氣哼哼地批評千尋是無事生非，不過，在她的聖闘士動畫中，也有一集是幽靈船故事的，所以也想去看看到底怎麼回事。靜楊、小雅、直子三女對這種靈異的事情，多少有些膽怯，就決定不去了。千鈞只好獨自陪兩位妹妹前往敷島遊玩。
龍神號是在7年前臺風來臨之際遇難的，傳說這艘船上有價值十億日元的金塊，它的再次出現引起了很大的轟動。但讓敷島村長失望的是，船上沒有找到任何金子。大家都懷疑是幽靈船、水軍作祟，村長根本不信。
在出發當日，千鈞兄妹在船上巧遇毛利三人組，他們也要去敷島。原來，毛利小五郎被邀請去演講，隨行的還有電視臺的人，顯然，小蘭還不知道幽靈船和水軍作祟的事情，否則她肯定會害怕。輪船快速航行，大家在甲板上觀看海景，兩位美麗的少女千尋和曉月指着遠方，低身討論着。敷島的接應人員是助役木下五郎，今年53歲了，戴着眼鏡，給人一種陰沉的感覺，告知大家，“再有3個小時，就到敷島了。這次毛利先生能答應爲我們演講，大老遠跑到這個偏僻的地方來，真不知如何感謝纔好……”小五郎哈哈大笑，“沒什麼了，不過，你們那裡還真遠啊！”
小蘭見老爸出醜，從後面掐了他一下，小五郎大叫好痛。千鈞低聲道，“這個木下感覺怪怪的！”柯南哼了一聲，“我覺得他很正常，是典型的日本人！”千尋和曉月圍繞着海景的作圖激烈爭吵着，千鈞苦笑，“我就知道她們會這樣。”柯南大喊，“木下伯伯，傳說的龍神號又被發現了對不對？”這下也引起了千尋和曉月注意，二人停止了吵鬧。木下五郎肯定，“沒錯，島上的居民都說是幽靈船，還引起了一場騷動呢。”
曉月詢問，“可是聽說到最後也沒有找到那些金塊。”木下苦笑，“其實，沒有人知道以前上面到底有沒有金塊，這些都叫人懷疑。老實說，光這艘船，就足夠村子改善經濟了，我們村長爲了這個也很高興。”千尋好笑，“是靠着幽靈船的炒作，振興了你們村子吧！”木下笑道，“還不止這樣，我們還邀請了不少名人到島上參觀，也是振興村子的重要一環。”毛利大喜，“想不到我毛利小五郎已經聲名遠播了。”木下五郎恭維，“那是當然了，一提到名偵探毛利小五郎的名字，我相信全國都……”
聽到毛利大叔的名字，旁邊戴墨鏡的男子大驚，手中的望遠鏡跌落在甲板上。隨後，男子撿起望遠鏡回船艙去了。千鈞詢問這傢伙是誰，木下說此人是東京東都旅行社的職員，因爲幽靈船騷動的關係，他們的旅行團希望以這個爲賣點來這裡旅遊。輪船駛抵敷島，敷島綠野成林，美麗閃爍，村民在碼頭熱烈歡迎前來的遊客。大家走下船去，看見歡迎的人羣非常熱情，高舉着歡迎名偵探毛利小五郎的橫幅，不少美貌的女子高聲尖叫着小五郎的名字，爲首的居然是2個高中女生。
小五郎大笑，“大家這麼熱烈歡迎我啊！”毛利偵探整理一下衣服，酷酷地走過去，大家跟在後面，村長三上武男，今年50歲，是個胖胖的日本男子，熱情地走過來跟小五郎握手，“毛利偵探，長途勞頓，你一定很累了吧？”然後村長進行了自我介紹，“您能夠來到這個地方，我真是太感激了。”小五郎隨口謙虛着，旁邊走出一個極其可愛的小女孩，梳着朝天辮，“這個不怎麼樣的叔叔，真的那麼有名嗎？”大家都是一愣，女孩有些失望，“我一聽說名偵探要來，還以爲是個長得比較帥的叔叔呢！”
小五郎大怒，“你說什麼，你這個可惡的小鬼！”三上村長急忙斥責，原來這個小女孩是他的女兒三上鈴，“這樣對爸爸的客人太失禮了！”小五郎立即見風使舵，摸着女孩的頭，“原來是令愛啊，簡直太可愛了！”千鈞好笑，“大叔的這項本事可夠厲害的，變臉的速度世界第一！”大家都有同感，三上鈴沒有搭理小五郎，直接閃避走過去，小五郎當場摔倒在地，大家都笑起來。三上鈴稱讚，“這三位姐姐都好漂亮啊！”小蘭、曉月、千尋也上前，讚揚三上鈴的活潑美麗，三上鈴非常開心，看到千鈞有些疑惑，“咦，原來真的有怪叔叔啊！”
千鈞火大，“什麼？怪叔叔？我有那麼老嗎？”曉月和千尋都放肆地笑起來，“笨蛋哥哥，你這是第幾次被孩子稱爲怪叔叔了？”“不知道的人，還以爲你是蘿莉控呢！”千鈞鬱悶無比，三上鈴看見柯南，驚喜萬分，彷彿發現了新大陸一樣，問起柯南的名字，柯南隨口回答“江戶川柯南”。三上鈴皺眉，“好奇怪的名字啊！東京現在流行這個樣子的名字嗎？”柯南哼了一聲，“要你管！”三上鈴對柯南很有好感，“隨便啦，我叫三上鈴，看樣子我比你大，你要叫我姐姐啊！”
美麗活潑的三上鈴，與柯南同歲，但是比柯南還高，早熟的小美女，誤以爲自己比柯南年齡大。三上鈴摟住柯南的胳膊，“現在流行跟比自己小的人交往嘛！”柯南露出無奈，千鈞打趣，“你還真的受美女歡迎啊，哈哈……”說笑之際，墨鏡男走過來，木下五郎上前介紹，墨鏡男打斷他的話，自我介紹是東都旅行社的上原康夫，今年44歲。三上武男對旅行社的人也是很熱情，希望能招攬到更多的客人。上原直接問，“幽靈船在什麼地方？”
三上村長帶大家去一間廢棄的倉庫，參觀破破爛爛的幽靈船龍神號。三上還沒有來得及介紹，上原康夫就直接通過船梯走上去，“我自己到處看看，還比較快。”千鈞和柯南等人也走到船身附近觀察，柯南看着船底，“這艘船已經沉沒在海底好幾年了，但是除了船底外，都沒有長出鐵鏽。”千尋對船隻很有研究，點頭，“是有些奇怪，除非這船被密封在某個地方……”小五郎冷笑，“笨蛋，就是因爲這樣才叫幽靈船啊！”大家都搖頭，“未免太不科學了！”
千鈞突然感覺有人在遠處偷窺，回頭向遠處望去。在高處，有個猥褻男子正拿着望遠鏡觀察他們。此人是敷島燈塔職員，名叫浜田幸二，42歲。千尋和曉月很快就從漁民嘴裡，知道了這個人的基本情況。等到了吃飯時間，三上村長準備了豐盛的晚宴招待毛利一行人，還拿出了一瓶酒，“來吧，毛利先生，距離演講還有一點點的時間。我們來……”小五郎大喜，遞過杯子，“那就謝謝你了。”隨後，毛利開始暢飲，稱讚這酒不錯。
小蘭、曉月、千尋對着豐盛的菜餚評頭論足，稱讚着菜很好吃。千鈞和柯南抓緊時間消滅美味的食物。蒸土壺受到了3個女孩的一致好評，柯南也深有同感。蒸土壺又叫土瓶蒸，常以泥土而制的茶壺茶碗盛裝，稱爲“土瓶”；又因爲蒸制而出，謂爲“土瓶蒸”。跟中國南方的瓦罐蒸湯一樣道理，都是小盅慢蒸，完全釋放出湯中食材的味道。日式土瓶蒸屬於清湯類，主要以魚類、貝類爲主料，湯味清淡，又極富營養。
三上武男突然開口，“毛利先生，在演講完後，我有些事情，要借你的智慧一用。”小五郎有些微醉，腦子還很清楚，“你想讓我幫你找到龍神號的沉沒地點，對不對？”三上村長撫額大笑，“果然是名偵探，依我看，龍神號就沉沒在敷島周圍，只要知道那個地點的話，那些失蹤的金塊一定能找到。”毛利偵探提醒，“那些金塊就算找到了，應該也不歸你所有。因爲那些無主之物，會被收歸國有的。”村長也知道這點，按照國家法律規定，找回的金塊可以給村子一成，“所以這件事情就拜託你了，毛利先生！”
小五郎搖頭，“不行，我拒絕！我是名偵探，怎麼可以做這種尋寶工作！”千鈞和柯南都是一愣，“大叔這次難得這麼有骨氣啊！”三上村長露出狐狸般的笑容，“如果您的報酬是這個小島獲利的十分之一，那怎麼樣？”毛利立即改變了態度，“我十分樂意，來，乾杯！”三上村長鬆了口氣，“這樣就太感謝了，那就拜託了！”柯南無語了，大叔還是沒有變啊，小蘭她們也都搖頭。三上村長讓木下五郎詳細解釋一下具體情況。
7年前的一個颱風夜，在距離小島1公里的海岸上，龍神號因爲船身出了問題，不斷髮出求救信號，但就在村民們出海救援時，求救信號突然中斷了。第二天早上，在海岸邊發現了船主的遺體。木下五郎嘆氣，“就這樣，不要說什麼金塊了，我們連一個漂流物都沒有發現。”毛利偵探詢問金塊的主人是誰？木下說就是那位死去的船主。船主因爲逃稅，眼看就要被逮捕，就把所有財產換成了金塊。那個颱風夜，他本來計劃逃到國外的。小五郎弄明白了事情的原委，大包大攬，“我知道了，沒問題。我名偵探毛利小五郎一定會把金塊找出來的。”三上村長十分高興，“那就請毛利先生多幫忙了。”
大叔準備到村民公館去演講，曉月和千尋去外面欣賞海島風景，順便寫生。柯南和千鈞來到公館外，千鈞感覺到島的另一側有強大的金系力量波動，讓他非常好奇。柯南有些擔心，“大叔演講會不會有問題？弄到最後，不會讓我們一起丟臉吧？”千鈞笑道，“放心吧，大叔破案子不行，演講絕對沒問題。他的口才你應該知道的。”柯南卻發現公館後面掛着牌子，上面寫着水軍資料館。二人推門進來，裡面沒人，都是些海軍用的舊東西，比如船體模型，錨之類的物品。中央有一具坐立式的盔甲，柯南判斷出是將軍的盔甲。
木下五郎突然出現，柯南假裝可愛，“這裡有好多奇奇怪怪的東西啊！”木下五郎說這些都是敷島寶貴的文化遺產，他指着一幅海戰圖，說起當年的歷史。大約在400多年前，在一場戰鬥中敗北的水軍，逃到這個小島上來。但是島上的居民，卻因爲敵軍懸賞重金要他們的首級而迷昏了雙眼，對受傷的水軍進行了攻擊。木下指着最後的洞穴激戰圖，“他們最後逃到小島側面的這個洞穴裡，但最終依然是全軍覆沒。從那以後島上就接連有不祥的事情發生……”柯南有點明白了，“因爲水軍作祟吧！”木下點頭，“所以我們在洞穴裡安了神位，希望能安撫那些水軍的靈魂。”
柯南好笑，“可這些都只是迷信吧！”木下搖頭，“不，不全是。現在已經不完全是迷信了。”千尋和曉月也走進來，她們從村民那裡，也得到了不少類似的消息。原來，在洞穴附近的森林裡，有不少人看見穿着盔甲的水軍幽靈出現，而且還有人聽到水軍洞穴裡，不時傳出叫人不寒而慄的哀嚎。木下五郎補充，在5年前，突然有一羣研究水軍的大學教授帶着一羣學生，來到敷島做研究，他們沒有事先詢問島上的居民，就直接到水軍洞穴裡面去做調查。但就在兩三天後的晚上，村民看到穿着盔甲的水軍將軍現身，村民們驚慌失措地四處逃竄。雖然，村民們沒有去確認，但從那天晚上之後，那些教授和學生再沒有任何消息了。所以島上現在根本沒有人敢接近那個洞穴。
三上鈴氣呼呼走過來，“到現在還相信那些事情，難怪被人家笑死了！”三上鈴卻說，父親提到過，教授們去洞穴做過調查，可是完全沒有發現，所以沒幾天就全部回去了。千鈞搖頭，三上村長又在撒謊哄騙女兒，那些水軍教授肯定被什麼人幹掉了。三上鈴突然衝過來，拉住柯南，“跟我走吧，我帶你到個好玩的地方去。”柯南大叫，“喂，等一下……”就被三上鈴拽跑了。木下、千鈞都露出笑容，兩個孩子還是很投緣的。千鈞隨口問，“木下先生，那個洞穴在什麼位置？”木下有些疑惑，千鈞表示自己只是好奇罷了。木下點頭，告知了千鈞大致的方位。千鈞露出笑容，果然是金系力量的所在方向，那些水軍教授一定被殺人滅口了。
三上鈴帶着柯南走向外面，柯南頭疼，“喂喂，我們要去哪裡呢？”三上鈴笑了，“我帶你溜到舞臺的後面看看，那可是特別來賓的貴賓席。”二人走到門口，發現有人開門，急忙躲起來，浜田幸二張望着從裡面走出來。三上鈴見他走遠，“嚇了我一跳，原來是他。”柯南問起浜田的情況，三上鈴說浜田是燈塔的守衛，一個很奇怪的人，平常都不跟島上的人來往，還常常到水軍洞穴去，不知道在裡面做什麼。
千鈞從遠處走過來，剛好看見浜田幸二和上原康夫碰面，就躲在一側偷聽。上原摘下墨鏡，“青木，好久不見了，我可是永遠不會忘記，你這張臉！”浜田大驚，“我不知道你在說什麼……我只是個燈塔守衛。”上原大怒，揪住了浜田，用手撩開他的劉海，看到了他的遮擋的右眼，也吃了一驚。浜田生氣，推開上原，“我不是說你認錯人了嗎？快點放開我！”看着離去的浜田，上原冷笑，“就算你化成灰，我都認得你，青木！”
演講時間到了，千鈞、曉月、千尋、小蘭、柯南、三上鈴一起進入演講會場，木下五郎介紹完名偵探的事蹟，請毛利小五郎隆重出場。小五郎搖搖晃晃從裡面走出來，小蘭擔心不已，“爸爸，醉成那個樣子，不會有事吧？”大家都有些擔憂，千鈞隨口安慰着，毛利在走到主席臺前時摔倒在地，大家都汗，小蘭撫額，“太難看了！”木下五郎也擦汗，“看樣子我們的名偵探也會怯場，呵呵……”小五郎跌跌撞撞爬到主席臺桌子上，木下急忙宣佈，“爲了紀念毛利先生光臨本島，我們就請他爲我們拉綵球吧！”毛利看着左手邊的綵球線，“奇怪，怎麼有2根線呢？”伸手撈了一把，沒抓住。曉月苦笑，“大叔真的喝太多了！”千尋也笑道，“明明只有一根，居然……”小蘭覺得尷尬死了。
千鈞擡頭看着氣球，感覺有些不對勁。柯南嘆氣後，也聞到了奇怪的氣味，那個是汽油！小五郎經過努力後抓住了綵線，柯南大叫，“糟了！”毛利將氣球拽動，千鈞大急，抓起身邊的椅子扔了過去，將氣球擊偏，氣球落在毛利偵探不遠處，燃起大火。小五郎驚慌失措連滾帶爬逃離，臀部卻被火燒着了，“燙死我了！”臺下的人都驚叫着站起來，千鈞和小蘭他們也都衝過去。小五郎爬在地上哀嚎，小蘭急忙用滅火器滅掉了大叔屁股上的火。千鈞和幾位負責安保的村民，用滅火器將火逐漸滅掉。
臺下有人大喊，“水軍又開始作祟了！”不少人感到害怕，逃離會場。三上村長很是惱火，“大家別慌啊！”柯南檢查了殘留物，找到引火裝置，原來只要有人拉動綵帶，火就會點着。舞臺上，小五郎以難看的姿勢爬在地上，撅着屁股。柯南皺眉，“對方的目標居然是大叔！這麼說，最可疑的人就是……”千鈞接話，“燈塔守衛浜田幸二。”柯南點頭，“還有那個跟浜田爭吵的上原康夫。”千鈞思索，“也許村民中也有人可能這麼做，比如那個木下五郎……”柯南道，“這件事會跟幽靈船有什麼關係呢？”“也許有人不想大叔查出金塊的下落吧！”
晚上，休息房間，大叔不雅地爬在牀上，臀部上方放着藥物，“村長，這是怎麼回事？你們好說歹說請我到這裡來，今天就差點送命了！”三上武男鞠躬道歉，“發生這種事情非常抱歉，想不到讓毛利先生捲入這樣的意外，請您原諒。”千鈞大怒，“什麼意外？這明明是有人蓄意安排所設下的裝置！”三上村長堅持，“不是的，那是因爲我們放置的時候，不小心放在汽油桶裡，加上漏電纔會導致的意外。”曉月見他睜着眼說瞎話，大爲惱火，“可是……”三上武男的臉色立即變了，“我已經做了解釋了，絕對不會錯的！”
毛利偵探爲人處世的經驗遠比千鈞他們豐富，冷笑道，“你是不是有什麼原因？不願意讓警方接手這件事情？是不是就算找到金塊也不打算交給政府？要是上面派警察來查案的話，那你的計劃就徹底泡湯了！”三上村長被說中心事，“毛利先生，你只需要安心靜養，把那些金塊的位置找到就行了。”毛利大怒，“你說什麼？”三上站起身來，威脅道，“醜話說在前面，你們要是不聽我的，我不保證幾位平安離開這裡。”千鈞哈哈大笑，“你在威脅我們？真是好笑，居然有人敢威脅平成年代的華森……”
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