某日傍晚，堤向津川河邊，東京大學研究生木田徹與兩個同伴帶着工具出現。木田今年24歲，穿着藍色上衣。兩個同伴中，戴着眼鏡的美女正是藤森香保留，24歲，穿着紅色上衣，她也是東京大學天文學系的研究生，另外一人叫做三島匠，24歲，同樣是東都大學的研究生。遠方的公路上，車流滾滾，金色的陽光灑射下來，夕陽美景，美不勝收。
草地旁，元太、文乃、光彥、步美4人結伴向回走，他們在討論假面超人的卡通故事。元太抱怨，“就在這時打出了未完待續的字樣。”光彥期待，“以後會怎樣呢？”步美叫道，“真的真的，真是期待明天的假面超人yaiba！”文乃叫道，“因爲這是假面超人與復活的鼴鼠怪的宿命決鬥啊！”元太大聲道，“絕對不能錯過！”幾個孩子回憶起假面超人的英姿，崇拜的不得了，“恩……真帥啊！”
這時，前面河邊，傳來藤森的聲音，“我記得上次也是11月。”木田道，“嗯，今天是早上3點多。今年血之雨一定會降臨。”4個孩子驚叫出聲，“血之雨！？”元太撲倒在地，光彥3人也急忙效仿，4人匍匐前進，仔細聆聽幾人的談話。元太低聲道，“他們在說什麼？”光彥示意噤聲，他們看到二男一女在河邊，不知道做什麼。步美疑惑，“那個紅色衣服的女人好像是藤森姐姐。”偵探團還是認識藤森的，他們很奇怪，不知道藤森在這裡做什麼。
木田遞給藤森一張照片，藤森接過來，“真是厲害啊！”木田隱約說道，“……水星的巢……”另外一個男人，三島隱約講道，“……魔得拉……”4個孩子被唬的不輕，繼續觀察。木田遞給藤森一個黑色團扇。由於汽笛聲一直在響，後面的話，孩子們都聽不清了，甚至誰在開口都搞不清楚。汽車的笛聲過後，木田道，“那麼午夜12點在車站集合，從那兒坐車去目的地。”三島笑道，“加油啊！”說完話，3人就提着箱子一起離開了。
偵探團走出來，步美道，“藤森姐姐他們在說什麼啊？”光彥道，“血之雨什麼的，好像不大妙。”文乃發現地上有藤森不小心留下的照片，元太撿起來觀看，“這是什麼啊？”這是一張彗星的照片，但拍得有些模糊。光彥大叫，“我知道了。藤森姐姐他們準備去和怪獸戰鬥。”文乃吃驚，“怪獸？”光彥開始推理，“是的，11月的某一天，早晨3點多。宇宙怪獸魔得拉會來攻擊地球。這就是它的照片。”元太摸着下巴，故作深沉，“這麼說起來，他們剛纔是說了水星之巢什麼。”
光彥擺出一副淵博的樣子，“水星是離太陽最近的行星，魔得拉的巢就在那裡。”步美道，“那剛纔那些人，還有藤森姐姐……”幾個孩子叫起來，“真正的假面超人yaiba！”隨後，幾個孩子打電話給淺井成實，詢問藤森與假面超人的關係。成實笑得肚子疼，只好隨口忽悠他們，“不是啦，你們的藤森姐姐不是假面超人的地球夥伴。也許另有其人吧！我知道的話，一定會馬上告訴你們，呵呵……”偵探團聽完成實的解釋，有些不相信。光彥認爲，藤森將成實也瞞過去了，就像假面超人瞞着自己的青梅竹馬的女友一樣。
第二天放學後，步美將照片給柯南看。柯南也很頭疼，一時不知道這是什麼照片。灰原在旁邊饒有趣味，“哦，還真的是很奇怪的照片啊！”步美笑道，“吃了一驚吧，柯南？”光彥故作高深，“本想把它作爲只有我們4人知道的秘密。”元太笑道，“因爲柯南和灰原都是少年偵探團的夥伴，所以……”文乃也道，“這可是藤森姐姐的大秘密，千萬不要泄露哦！”灰原還沒有見過藤森，“藤森姐姐是誰？”文乃簡單講了一下，“總之，是個很好很美麗的姐姐，非常有氣質。”灰原一愣，“她是叫做香保留嗎？”文乃點頭，“是啊，灰原你知道她的名字啊？可是你好像沒有見過她吧？”灰原只好道，“我是聽千鈞說的。”
灰原有些恍惚，她記得藤森與姐姐明美是極要好的朋友，自從明美改名爲廣田雅美后，她們也十幾年沒有來往了。灰原現在都不大記得藤森的樣子，同樣，藤森也不可能還記得十幾年前的那個小女孩。如果是宮野明美出現在藤森面前，藤森可能還有印象。當然，自明美變成梅琴後，因爲千鈞的關係，梅琴與藤森已經是好朋友了。藤森卻絲毫沒有發現梅琴就是國中時代的好朋友。
柯南打斷了灰原的沉思，“謝謝啦，但這並不是什麼怪獸。”偵探團4個孩子不信。柯南沒好氣，“假面超人yaiba只是電視節目……”光彥立即反駁，“不，假面超人yaiba是真實存在的。至少那些知道魔得拉的人中應該會有。”文乃道，“我們可以去問問藤森姐姐。”光彥道，“她肯定會說不是的，電視上假面超人的地球夥伴的身份也都是保密的。”元太附和，“不錯，真正的假面超人yaiba一共有3個人，還帶着黑色的團扇。”柯南納悶，“黑色的團扇？”步美問道，“柯南，如果這不是魔得拉的照片，那又是什麼？”
柯南道，“這個……我總覺得在哪裡見過。”灰原笑道，“如果這真是怪獸的照片，大家又要怎麼辦呢？”光彥立即道，“當然要去爲與怪獸戰鬥的假面超人yaiba打氣。”文乃叫道，“我會成爲假面超人最堅實的後盾！”步美也握緊拳頭，“如果可以的話，我也想一起戰鬥！”元太大喝，“當然，我也是！”灰原無語了，柯南大汗，“喂喂，不是說過不對了嗎？”光彥道，“爲了逼迫藤森姐姐說出真相，一定要查清11月的什麼時候魔得拉會降臨到地球上，確切說是日本的什麼地方。”元太、步美、文乃大聲附和。
柯南嘆氣，“喂喂，你們幾個……”步美道，“柯南，你不相信也不要緊，因爲我們會調查下去，知道找到真相。”文乃也贊成，“元太、光彥，我們走吧！出動，少年偵探團！”4個孩子跑了出去。柯南大叫，“喂喂，你們幾個，等一下……”很可惜，柯南失敗了。柯南垂頭喪氣，“這羣蠢材！”
路上，元太問道，“但是，該怎麼調查呢，光彥？”光彥想了一下，“是啊，找情報的話，首先就要找媒體。去報社和電視臺看看吧。”4人很快跑走了。柯南吐槽，“真是拿他們沒辦法啊！”灰原忍不住笑出聲，柯南問道，“有什麼奇怪的嗎，灰原？”灰原笑道，“就連名偵探也缺少這方面的知識啊！”柯南問道，“那麼，你知道那些照片是什麼嗎？”灰原笑道，“線索是1986年和2062年，提示是千鈞與藤森的共同點。”柯南撇嘴，“什麼嘛，千鈞那傢伙與藤森小姐根本沒有任何共同點……”
千鈞穿着藍色上衣，精神抖擻出現在二人前面，“小哀，柯南，有沒有興趣去天文臺觀星呢？”灰原很高興，“好久沒有跟你一起去看星星了。”千鈞讚歎，“小哀，你今天這身淡黃色上衣加上綠色的短裙，更帥氣漂亮，太完美了！”灰原露出喜色，“那是當然，我親自選的衣服怎麼會有問題。你現在的裝扮也蠻酷的嘛！”柯南終於反應過來，“等一下，如果說共同愛好的話……原來是這樣，這就是說，步美他們正在找的是……”灰原笑道，“大概是這樣吧。但是關於黑色團扇的意思，我也不清楚。千鈞，天文觀測中有類似這樣的儀器嗎？”千鈞笑道，“當然有，黑色團扇是天文攝影的常用工具之一。”
日賣新聞社，眼鏡編輯很吃驚，“怪獸魔拉得？”元太糾正，“是怪獸魔得拉。”光彥附和，“對，是魔得拉。”眼鏡編輯擺手，“不好意思，現在太忙了。下次再讓我好好聽一聽吧。”總編輯的聲音傳來，“喂，晚報還沒好嗎？”眼鏡編輯拿起一疊紙，“這就好了，馬上就來。”沒人搭理幾個孩子，偵探團大爲失望。
然後4人來到日賣電視臺，元太道，“不會還是沒人聽我們說吧？”光彥道，“不，這次肯定沒問題。”文乃和步美也看到了牆上貼的假面超人海報，大家充滿了信心。果然，製作人小島先生非常驚訝，立即跳起來，“什麼？從水星來的怪獸？得緊急出動假面超人yaiba！”孩子們集體失聲，感覺這位小島先生有些神經質。小島大笑，“啊哈哈，開個玩笑！哈哈……”偵探團衆人氣得鼻子都快歪了，顯然小島將他們的話當卡通故事來聽了。
街上，千鈞帶着柯南和灰原邊聊邊走，有視頻屏幕正在播報，女記者拿着話筒，“今天將採訪孩子們的英雄假面超人yaiba的拍攝現場。”導演和攝影師使用的道具，以及有三個假面超人裝扮的人，進行場景1的演練。灰原笑道，“原來假面超人yaiba真的有3個人啊！”千鈞道，“那兩人裝扮有些不同，應該是假面超人的地球夥伴。”柯南看到了相關道具，明白了爲什麼元太會說假面超人裡面也有黑色的團扇。
這時，偵探團垂頭喪氣走出了米花中央警察局。光彥道，“真是奇怪啊，大家是明明知道而裝傻呢，還是根本不知道呢？”文乃道，“我總覺得他們好像在笑我們。”步美道，“知道這件事情的，只有我們和假面超人yaiba呀。”元太叫囂，“這樣的話，只能靠我們自己調查了。”文乃道，“藤森姐姐是天文學愛好者，又涉及到水星……”光彥馬上反應過來，“如果要去調查宇宙的事情，就要去國立天文臺。”
以前，千鈞曾經帶偵探團在晚上去過國立天文臺，所以孩子們很快就來到這裡。文乃道，“可是，這裡白天似乎不讓進來啊！”趁着警衛起身離開的時候，偵探團偷跑了進去。孩子們來到第一赤道儀室，看到巨大的望遠鏡，光彥道，“這個望遠鏡好舊啊！”文乃道，“我記得這個望遠鏡可以觀測太陽並攝影。”看到旁邊懸掛的太陽照片，步美笑道，“千鈞哥哥講過，這個是太陽黑子！”元太譏諷，“就像發了黴一樣啊！”這裡沒有人，偵探團只好離開。
根據晚上觀星的模糊記憶，偵探團又來到大赤道儀室，這裡有一架巨大的天文望遠鏡，還有彩色的屏幕圖像。步美問道，“現在怎麼辦，光彥？”光彥撓頭，“不行，這些天文圖我也看不懂啊！”一個男子走過來，“你們在查什麼？”孩子們嚇了一跳，回頭一看，正是之前在河邊見過的兩個男子中的一個，木田徹。步美大叫，“假面超人yaiba！”元太很興奮，“竟然在這種地方碰到，真是太幸運了！”木田好笑，“可惜我並不是什麼假面超人。我是在這裡做研究的東大研究生。”
光彥很是自負，擺出假面超人的戰鬥姿勢，“我知道，東大研究生是在這個世界上活動的假身份。一旦發生什麼事件，就會變身爲正義的英雄……”柯南走過來，“他是不會變身的，光彥！”偵探團這纔看到，千鈞、柯南、灰原走了上來，阿笠博士和一位慈祥的老人跟在後面，老人正是國立天文臺的臺長。光彥吃驚，“柯南！”文乃道，“千鈞哥哥也在！”步美也道，“灰原和阿笠博士也來了。”元太問道，“爲什麼你們會在這裡？”柯南笑道，“啊，因爲我太瞭解你們的行動方式了。”
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