某日，千鈞再次接到小五郎邀請，說好大家一起去星光飯店吃飯。二人約定，毛利負責飯菜錢，千鈞負責大叔的酒錢。靜楊她們沒有興趣湊這種熱鬧，各自回家去了。星光飯店的啤酒屋，有很多人在開懷暢飲，大叔理所當然要了啤酒，大喝起來，“果然好喝啊，夏天還是要喝生啤酒！”小蘭批評，“爸爸，像你這樣光喝酒怎麼行啊？至少要吃點東西啊！”
小五郎打着哈哈說我知道了，柯南很是鬱悶，“真是的，叔叔說要到飯店吃飯我纔跟來的，誰知道他只叫了酒和下酒小菜！一般人帶小孩子來這種地方，至少會叫點飯菜吧！”千鈞氣得七竅生煙，“可惡，又被大叔忽悠了，負責酒錢的是我啊！大叔是負責飯菜的！”柯南和小蘭這才明白毛利偵探的如意算盤，二人頭上都是黑線。
柯南發現旁邊不遠一張桌子處，有個戴眼鏡的可疑男子在那裡神情緊張地發呆。此人名叫遠藤圭吾，33歲，是個牙醫。桌子上放了一杯啤酒，旁邊有菜，可是遠藤碰都沒有碰，雙手緊緊抓着手提箱，不時地看錶和擦汗。小五郎搖搖晃晃站起來，椅子也被碰倒了，小蘭生氣，“爸爸，你是不是又喝醉了？”小五郎嘴硬，死不承認，向前走去，“我要去廁所！”千鈞好笑，“大叔，廁所應該不是在那個方向吧！”小蘭過去將椅子放好，“真拿你沒辦法！”
千鈞只好起身扶小五郎過去，小蘭不放心，跟在二人身後。柯南悄悄繞到遠藤椅子後的遮擋物後面，仔細觀察。遠藤很快接到了電話，低聲道，“是……是……我是一個人……你說什麼？”最後一句太激動了，遠藤大聲說了出來，引起周邊人的驚訝。遠藤急忙離開座位，來到一個僻靜地地方，“爲什麼要取消？我已經把錢準備好了，我也沒有向警方報案！等一等，我要再聽到圭太的聲音……喂喂……”柯南大驚，“這個人難道會是……”
遠藤交涉失敗，氣急敗壞地向外面走去。這時，千鈞、毛利父女一起回來。柯南急忙道，“我們趕快離開這裡吧！”小蘭奇怪，“柯南，你怎麼了？”柯南把剛纔的情況低聲告訴三人，“我懷疑發生綁架案了！”小五郎的酒一下子醒了大半，千鈞皺眉，“要不，馬上通知目暮警部？”柯南搖頭，“不行，現在還沒有確定呢，再說，萬一綁匪發現怎麼辦？”千鈞點頭，“好吧，我們馬上跟上去看看。”
遠藤上了出租車離去，千鈞開車帶着毛利三人組在後面跟蹤。毛利點頭，“的確，那個人很有可能在孩子被綁架之後，纔到這裡來交贖金的。”柯南贊成，“而且他自己也沒有聯繫警方。”千鈞笑道，“放心吧，我會跟緊的，不會追丟的。”出租車來到遠藤齒科醫院門前，其實這裡就是遠藤的家改成的診所。遠藤下車後，沮喪地開門進去，千鈞將車停在遠處，大家一起下來。
小蘭擔心，“現在怎麼辦？”毛利道，“先進去把事情問清楚吧。”千鈞皺眉，“可是我們不知道犯人在什麼地方監視啊？你們看看周圍，有很多大樓，這附近的住戶也有可能是綁匪的同夥啊！”小五郎點頭，“的確要慎重才行。”柯南笑了，“我有個好辦法，就由我來當病人吧！”千鈞也笑了，“那就演一齣戲吧！”
四人來到門前，小五郎表示可以開始了。柯南大喊，“我的牙齒好痛啊！好痛啊，姐姐！”小蘭低身，“柯南，你忍耐一下啊！爸爸，已經拜託醫生了！”柯南以誇張的樣子捂着腮幫子喊痛，“受不了了，好痛啊！”千鈞急忙上前摁了門鈴，毛利上前說明來意，“我家孩子的牙齒痛得厲害，可以請你幫忙看看嗎？”柯南在外面繼續哭叫，遠藤無奈，只好換上醫生服，請大家進來。小五郎感謝，“真是不好意思啊！”
進到裡面，柯南還在喊痛，小五郎實在看不下去了給他一拳，“臭小子，你還要叫到什麼時候！”遠藤圭吾想請大家到診察室，小五郎直接表明身份，遠藤大驚，“毛利小五郎，那個名偵探？”隨後，遠藤請大家到客廳，也知道了是柯南聽到自己的電話，才驚動了毛利偵探。小五郎請遠藤詳細介紹一下情況，表示自己願意幫助他。
遠藤猶豫了一下，“那好吧，既然如此也表示我們有緣分。”遠藤的兒子圭太的確被人綁架了，遠藤拿出兒子的照片給大家看。今天下午圭太在院子裡玩，遠藤先生忙完後，出來招呼兒子去公園，發現兒子不見了。前院裡留下圭太最喜歡的紅色玩具汽車，門上留下紙條，“你的孩子在我們這裡，如果報警，他就會沒命，我們會再聯絡。”小五郎查看紙條，只是一張普通的影印紙。千鈞思索，“可以確定綁匪至少有2人。對了，遠藤先生，綁匪有沒有對你說些什麼？”
遠藤說打電話來的是個年輕男子，要遠藤在箱子裡放上3萬日元的舊紙幣，今晚6點鐘到星光飯店去。然而在6點之後，綁匪打來電話，單方面通知遠藤交換贖金的工作取消。小五郎問，“兇手有沒有說爲什麼？”遠藤說沒有，“不過，他們說明天上午還會再跟我聯絡的。”毛利偵探疑惑，“該不會是綁匪那邊出了什麼意外吧？”柯南搖頭，“也許他們本來就不打算在今天交贖金的，綁匪就在遠處某個地方觀察遠藤先生，以便確定遠藤先生是否聯絡了警方。”
千鈞詢問，“在綁匪第一次打電話過來時，有沒有聽到圭太的聲音？”遠藤表示有，“我好求歹求他們才答應的。”小五郎急忙問，“圭太的狀況怎麼樣？”遠藤苦笑，“他的聲音非常開朗，完全感覺不出有一點害怕的樣子。”小五郎一愣，“這就奇怪了，一般小孩會哭着要找媽媽的。”遠藤黯然，“因爲他的母親早就不在了，我妻子去年病逝了。因爲這樣，圭太跟幼兒園的老師或者附近的鄰居太太都處得很熟，她們也都很疼愛圭太。”小五郎表示自己明白了，“綁匪有個共犯，而且是個帶慣孩子的女人，很可能是這個女人照顧圭太的。”
柯南點頭，“叔叔這次的判斷還是比較靠譜的。”千鈞也低聲道，“雖然還不能完全放心，但有這個女人在，圭太被殺的可能性就大大降低了。”毛利偵探猶豫一下，“遠藤先生，這麼大的事情，老實說我應該先和警方聯繫的。”遠藤大怒，擊打桌子，激動萬分，“絕對不行！要是警方介入的話的確有可能將綁匪抓住，但是卻不能保證圭太平安回來！”毛利猶豫，“可是……”遠藤厲聲，“毛利先生！我現在只有把希望放在你身上了，請你一定要把圭太平安救回來，請你務必幫我這個忙，拜託了！”說完，再三向毛利鞠躬。
小五郎正色，“我明白了，其實這次主動談事件的是我們，我會盡全力把案子圓滿解決的。”遠藤大喜，“真的太謝謝你們了！”柯南隨手將信號器貼在遠藤的箱子上。毛利皺眉，“不過，我們幾個恐怕沒有辦法繼續留在這裡，我們今晚得先回去，我想兇手一定會主動跟你電話聯絡的。”遠藤表示明白，毛利表示要取走圭太的那張照片，遠藤答應了。千鈞安慰，“遠藤先生，你不要擔心了，毛利叔叔一定會把圭太平平安安地帶回來的。”遠藤再次表示道謝，“那就拜託你們了。”
第二天一大早，千鈞就來到毛利偵探事務所，等待消息。在十點鐘左右，小五郎接到了遠藤的電話。綁匪果然打來了勒索電話。提出要把贖金增到2千萬，遠藤表示數目太大了，他需要2個小時的時間去籌錢。小五郎急忙問，“你有沒有聽到圭太的聲音？”遠藤回答，“有的，我按照毛利先生所說的，要求聽到圭太的聲音。但是他說的話有些莫名其妙。”小五郎驚疑，“莫名其妙？”千鈞急忙道，“快說是什麼，應該是有用的線索。”遠藤提到，兒子圭太說那裡有很多螃蟹，綁匪說小孩子又在胡說八道。圭太又大聲嚷嚷，“鯨魚！那隻鯨魚還噴水！”綁匪突然害怕了，馬上掛斷了電話。
毛利小五郎讓遠藤先去籌錢，“如果順利，2個小時後我就把圭太給你帶回來了。”遠藤大喜，“太好了，這件事就完全仰仗您了！”小蘭高興，“爸爸，你掌握兇手的線索了嗎？”小五郎點頭，“圭太就在有很多螃蟹，還有能看到鯨魚噴水的地方。”柯南問，“叔叔，那裡該不是海邊附近吧？”千鈞搖頭，“不可能的，有螃蟹還算正常，可日本人向來惡劣，又絲毫不顧及國際法，四處濫捕濫殺鯨魚，在日本週圍的海邊幾乎看不到鯨魚的。”
柯南和小蘭汗，雖然是實話，但你不是日本人嗎？毛利大喝，“你們這2個傻瓜，圭太的位置能看到鯨魚噴水，我們總不能到小笠原那裡吧？”千鈞搖頭，“就算小笠原也沒有鯨魚的，都被日本捕鯨船隊殺光了，除非到中國沿海或者遠洋深處才行！”毛利哼了一聲，“其實圭太看到的根本不是真的鯨魚，我想應該只是模型。”千鈞搖頭，“不可能吧？”小五郎露出得意的笑容，“所以說是水族館！”
大家趕到南部水族館，只看到了很多各種各樣的螃蟹，工作人員說根本沒有鯨魚噴水的模型。大家只好離開，大叔打算去別的水族館看看。千鈞車上，柯南想起以前的案子，“叔叔，也許螃蟹也不是真的。因爲圭太說有很多螃蟹的時候，綁匪說是胡說八道。”千鈞也明白了，“也許在大人眼中，圭太所說的東西根本不像螃蟹。”小五郎覺得有些道理，“那就是說打電話的地方不在水族館了。”千鈞補充，“但是鯨魚肯定是很像的，所以綁匪才匆忙掛斷了電話。”
小蘭看向外面，發現巨大的鯨魚飛艇從空中飛過。柯南也想起來，今天日賣電視臺推廣活動的主角就是鯨魚。小蘭推測，“圭太看到的鯨魚會不會就是這個？”毛利點頭，“也就是說圭太在能看到飛行船的地方。”毛利小五郎經過打電話確認後，很快弄清楚了，綁匪打來電話的時間，正是鯨魚飛艇經過米花公園上空的時候。柯南也道，“昨天交贖金的地方，也是在米花鎮的飯店裡。”小五郎點頭，“我們現在回米花鎮找找看，有什麼地方有很多螃蟹。圭太一定就在那裡附近的地方。”
很快，大家趕到米花鎮，拿着圭太的照片在有螃蟹或者螃蟹模型出現的地方，如飯店、模型店、理髮店、裝飾店、玩具店、文具店，仔細詢問，但所有人都說沒有看到這個孩子。小五郎很是惱火，時間有些來不及了。千鈞突然想起來，“早知道這樣，我把黑閃帶來好了，牠找人的能力還是很強的。”柯南生氣，“對啊，你怎麼不早說啊！”千鈞鬱悶，“我還以爲大叔能很快找到圭太的，黑閃找人也很花時間的。好了，我馬上回去，帶黑閃過來找人。柯南，你們去遠藤家將圭太的玩具和衣服拿來一些讓黑閃識別。”
大家很快分頭行動，時間一點點過去了。遠藤家，再次接到綁匪電話，約好在空宿車站的1號月臺的最前面交接贖金。小五郎帶着小蘭跟過去，讓柯南拿着模型和衣物到米花鎮等千鈞。柯南趕到米花鎮後，將東西給黑閃聞，開始找人行動。柯南並不着急，因爲他在遠藤的箱子上放了信號器，可以準確定位綁匪的位置。
空宿站，一號月臺，小蘭和毛利躲在不遠處，小蘭擔心綁匪會讓遠藤先生登上電車。毛利也認爲有這個可能，“也許他們要在別的地方交錢。”列車柵欄外面突然出現戴頭盔的摩托男，大喊，“快把箱子扔過來。”遠藤有些猶豫，摩托男大怒，“你不要兒子了嗎？”遠藤無奈只好將箱子隔空扔了過去，摩托男笑着撿起箱子。小五郎大叫不好，吩咐小蘭趕快行動。摩托男驅車離開，小五郎剛剛翻過柵欄，匆忙用照相機拍下摩托車後面的號碼牌照。
千鈞和柯南很快得到了消息。小五郎拿着號碼去交通課查詢，希望找到兇手。千鈞急忙打電話給由美，讓她配合尋找摩托車車主。柯南打開追蹤眼鏡，開始跟蹤。千鈞叮囑他小心，“你找到綁匪後，不要馬上行動，立即通知我和大叔，我在這裡帶着黑閃繼續找人。我們兩條腿走路，一邊成功就是勝利。”柯南匆匆忙忙用滑板追過去，他很快發現信號器一直不動，心裡大喜，以爲很快就能找到綁匪的落腳處。結果在垃圾堆附近發現了空箱子，裡面的錢已經被取走了，柯南懊惱萬分，“綁匪中途換了箱子，現在只能把希望寄託在毛利叔叔那裡了。”可是，隨後，柯南在垃圾堆發現摩托車的假牌子，“不好了，這下完全失去綁匪的行蹤了！人質處在危險中了！他們拿到錢可能會把圭太……”
柯南思索，“現在必須找到螃蟹和鯨魚一起出沒的地方纔行，黑閃那裡進展太慢了。”猛然想到，圭太說過鯨魚會噴水，但飛艇根本不可能噴水。“這是怎麼回事？難道圭太看見的根本不是飛行船嗎？”這時，幾個清潔工過來，開始收拾垃圾，扔到煉化爐裡焚燒，柯南恍然大悟，“原來如此，煙囪的事情，這個跟以前谷晶子被綁架的事情完全相似。小孩子的話果然很難猜，一定是這樣。”
小五郎很快接到了交通課的通知，摩托車的牌照和號碼都是僞造的，毛利偵探徹底傻眼了。由美不知道毛利偵探爲什麼要找這輛摩托車，但也沒有多問，因爲可能涉及到毛利偵探的委託人隱私。柯南發現星光飯店大廈那裡是可以看到煙囪冒煙的，同時也能看到鯨魚飛艇經過。柯南馬上趕到頂樓查看，果然，米花公園剛好在煙囪和大樓之間，圭太一定是看到了飛行船從煙囪前經過。但是星光飯店的高度還不夠，必須要跟飛艇差不多高才行。那麼在附近有這個條件的只有旁邊的粉色大廈。柯南突然發現星光飯店頂樓，露天的桌子和椅子的形狀很奇怪，搭配在一起的話，在從高處觀看，有點像螃蟹的大致形狀。
柯南趕到粉色大廈，乘上電梯，在高處向下看去，果然很像排列整齊的螃蟹，只不過每個螃蟹的腿只有4條了。而實際中，螃蟹加上2個鉗子共有10條腿。當然，小孩子沒有仔細注意，也是情有可原的。柯南立即推斷，圭太一定就在樓上的某個房間中。柯南在樓道里面轉悠，看到飯店的女清潔員，急忙掏出照片走上去，“阿姨，你看見這個孩子在哪個房間？”歐巴桑看過後，“哦，是他啊，就在樓上的一個房間裡。不過，他剛纔已經跟爸爸媽媽回家去了。”
柯南大喜，謝過清潔大媽。“好啊，終於被我逮到了！圭太到現在還平安無事。”同時，千鈞帶着黑閃一路追蹤也來到了大廈外面，黑閃衝着裡面狂吠。千鈞有些疑惑，牽着狗進來。飯店保安甲乙急忙過去勸阻，指着門口的牌子，“對不起，這位先生，我們飯店不接待寵物……”千鈞一看，徹底無語了，上面寫着“窮人和狗不得入內”。
戴着墨鏡的綁匪夫妻正在辦理退房手續，男子名叫小室，女子叫做尚美。小室在跟飯店前臺交接並取回押金。尚美拉着圭太，圭太另一隻手裡拿着假面超人模型，在獨自做遊戲。尚美有些不忍，“我們真的要把這個孩子殺掉嗎？”小室大怒，“你很煩啊，怎麼又開始婦人之仁了？走了！”
柯南從電梯裡跑出來，大喊，“圭太！”三人一起回頭。這時，千鈞拿出警視廳特別協助證件說服了保安，牽着黑閃進了旋轉門，黑閃看見圭太，衝着綁匪夫妻大聲狂吠。柯南大喝，“那兩個人是綁架犯，大家快把他們抓起來！”保安甲乙這才徹底相信了千鈞的話，小室大叫不好，突然拿出刀子抱起圭太，“可惡，不準動！誰要是動一下，我就殺了他！你們3個快到那邊去！”千鈞只好示意，三人慢慢後退。
小室和尚美慢慢向旋轉門退去，小室回頭對尚美說，“前面不遠停了一輛機車，趕緊抓緊時間跑過去！”千鈞暗道好機會，“黑閃，上！”黑閃突然從旁邊竄出來撲到了小室，小室發出慘叫，鬆開了圭太，圭太跌坐在地上，千鈞極速奔至，重拳出擊，打倒了驚駭的尚美。柯南過去扶起不知所措的圭太，“終於解決了，你不要害怕，黑閃不會隨便咬人的。”保安甲乙上前幫忙，將綁匪夫妻捆了起來，飯店前臺也急忙報警，通知了警視廳。
柯南向千鈞解釋了螃蟹和鯨魚的真相，千鈞苦笑搖頭，鯨魚還有點樣子的話，螃蟹就太誇張了，小孩子的話果然相信不得。柯南也嘆氣，“早知道這樣，我們早點帶黑閃找人……”千鈞點頭，“這話是不錯，當時一着急，我們都忘了。不過，我們也是今天上午才確定圭太是在米花鎮這一帶，如果範圍較大，黑閃找起來也會很費時間的。”
遠藤圭吾趕到後，看見兒子平安無恙，抱着兒子喜極而泣，“太好了，你沒事可太好了！”毛利父女也鬆了一口氣，事情總算完美解決了。小五郎問千鈞和柯南怎麼找到這裡的，千鈞指了指黑閃，柯南說是巧合，“我本來到飯店找螃蟹的，結果在樓下發現了圭太。這次多虧了黑閃撲到了綁匪，救出了圭太。”
小五郎哈哈大笑，“這兩個綁匪真是自作自受！”隨後趕到的目暮警官臉色不善，“毛利老弟，我在電話裡已經聽柯南和千鈞說了。”小五郎急忙敬禮，“目暮警部，你好！”目暮哼了一聲，“八嘎，你們知道有綁架案爲什麼不馬上通知我們警方？”毛利一愣，不知道怎麼回答。旁邊，佐藤和高木給2個綁匪帶上手銬。目暮火大，“難道說你這個名偵探根本不信任我們警方？”小五郎擦汗，急忙擺手辯解，“不是，絕對沒有這樣的事情！”之後，毛利偵探用了一個小時的時間向目暮警官道歉解釋。柯南做出勝利的手勢，“偶爾爲之也不錯啦！”
尾聲，小室和尚美夫婦綁架遠藤圭太，意圖殺人滅口，小室因此被法庭判處6年徒刑，尚美因情節較輕，又無意加害圭太，被判處3年徒刑。毛利小五郎因破獲螃蟹和鯨魚綁架案件，警視廳給以c級獎勵。本來可以是b級的，但由於小五郎故意隱瞞警方，被警視廳降低了獎勵標準，這讓毛利非常氣憤。遠藤圭吾爲了感謝毛利偵探救出兒子，付了一大筆委託費，讓小五郎轉怒爲喜。千鈞和柯南二人鬱悶萬分，“可惡，明明是我們找到了綁匪！”“是啊，綁匪也是我和黑閃擒住的，可是功勞全成大叔的了！”
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