西王府除去兩丞相、六部和六部所轄的三十六司之外，還有四個特殊的衙門和司部是直接隸屬西王娘管轄的。一個是洪韻兒早就管着的詔書衙，一個是女事館，一個輿宣司，還有一個是醫務司。
詔書衙所管之事也就是負責刊行西殿各種法令、文書和官方書籍，也負責民間各種書籍的刊行審覈，也就是西殿控制民間輿論的一個重要舉措。因爲洪韻兒非常喜歡書籍的緣故，詔書衙暫由洪韻兒親領，其下有傅善祥、李璇璣等才女襄助。
女事館也就是管着西殿女營、女館等婦女之事，也是由洪韻兒帶着傅善祥、李璇璣、楊冬青等諸女執管。
輿宣司則是由王利賓任司長，職同檢點，就是負責開辦報紙，控制民間輿論，也負責各種宣傳之事。
最後的醫務司由姚遠出任司長，也就是負責蘇褔省的各種醫療、醫館和軍醫之事。
另外還有兩個部門也是由西王直接管理，一個便是新成立的情報司，由錢江主管，職同檢點；另一個是童強勝的白澤堂。情報司是西殿明面上的情報機構，除了負責探聽情報、收集民間消息之外，還負責秘密監察百官，他們的職司和刑部監察司不同，他們只負責收集百官的情報，並沒有斷處和拿人的權力。而白澤堂則好像西殿秘密警察部隊一樣，除了刺探情報之外，還幹着一些見不得人的勾當，比如刺殺、造謠等等。因爲這兩個部門極其要緊，所以也是蕭雲貴直管的。
由於西殿將官中過於偏重武事，武官倒是極多，而文臣終究太少，是以六部中的侍郎很多是由武職轉過來的將官擔任。而六部尚書則全是由文士擔任。
左宗棠爲西殿左相，兼着戶部尚書的差事。華蘅芳任禮部尚書還兼着要籌備西殿科學院的差事，原本肖雲貴比較屬意李善蘭出任禮部尚書的，但這老頭潛心鑽研學術，無心出仕，也只得作罷，最後李善蘭答應幫着西殿開辦新式學堂或大學，他來做校長。李開芳轉爲兵部尚書，還兼着管轄蘇州區的兵馬，也就是蘇州衛戍司令的意思。
吉文元出任刑部尚書。吉文元爲人處事公正、鐵面無私，雖是武職出身，但他在軍中斷處案事，無有不服，出任刑部尚書也算合適。只是他的刑案斷處思路還停留在老舊的封建刑案思路上，講究重刑嚴厲。雖然和蕭雲貴的思路有些不同。但左宗棠呈言此刻正值亂世，之亂時用重典，吉文元的嚴酷正好適合，最後蕭雲貴才定了吉文元出任。
工部雖然有幾個司部還沒有侍郎出任，算是個空架子，但工部尚書是由徐壽出任。蕭雲貴也給徐壽特權，只要是徐壽找來的工學人才，西殿可以破格錄用。歷史上徐壽幫清廷辦的安慶軍械所、江南製造局等等就很有成就，加上徐壽乃是不可多得的工學人才。並無其他腐儒那種對洋人科學視之爲奇巧淫技的偏見，讓他出任西殿工部尚書正好。
而吏部尚書則是由李壽蓉出任，無錫的差事蕭雲貴打算讓別人接任，李壽蓉是跟着王闓運、左宗棠等人一道投入自己帳下的，經歷過南京之戰和東征，也算是西殿老人，而且才學不在王闓運之下，出任吏部尚書正合適。
西殿中央的構架搭好了，餘下便是地方上的官府構架。要想管治好一方，地方政權的建立是非常重要的。太平天國在建國後，改清廷“省、府、道、縣”的行政區劃方式爲“省、郡、縣”三級制，即取消“道”，改“府”爲“郡”。
蕭雲貴和左宗棠商議後，重新劃定了蘇褔省的地方行政區劃，更改後的蘇褔省省會蘇州，置有10郡70縣。蘇州郡治蘇州，與長洲天縣、吳縣、元和3?縣同治一城，領10?縣：長洲天縣（由清長洲縣改）、吳縣、元和、常熟（與昭文縣同城治所）、昭文、昆珊（由清崑山縣改）、新陽、吳江、震澤、東珊。
常州郡（清爲常州府）治武進、陽湖，領5?縣：武進、陽湖（上兩縣同治常州城）、撫錫（由清無錫改爲撫錫）、金匱（上兩縣同治無錫城）、宜興、荊溪（上兩縣同治宜興城）、江陰縣。
太瑲郡（改清太倉直隸州爲太瑲郡）治上海縣。領5縣：上海、鎮洋、嘉定、寶珊（寶山所改後金珊亦同）、崇明。
松江郡（清爲松江府）治花亭、婁縣。領7?縣：花亭、婁縣、菁浦（由清青浦縣改）、奉賢、南匯、川沙、金珊。
杭州郡治錢塘、仁和兩縣，領9?縣：海寧、錢塘、仁和、富陽、餘杭、新城、臨安、於潛、昌化。
嘉興郡治嘉興、繡水兩縣。縣：嘉興、繡水（由清秀水縣改）、嘉善、海鹽、石門、平湖、桐鄉。
湖州郡治歸安縣。縣：歸安、烏程、長興、德清、武康、安吉、孝豐。
嚴州郡治建德縣，領6?縣：建德、壽昌、桐廬、分水、淳安、遂安。
紹興郡治珊陰、會稽兩縣。縣：珊陰（由清山陰縣改）、會稽、莦珊（由肖山縣改）、諸暨、尚虞（由清上虞縣改）、嵊縣、餘姚、新昌。
寧波郡治勤縣，領6縣：勤縣、義縣、奉化、鎮海、象珊、定海。
如今的蘇褔省比後世歷史上李秀成東征後建立的蘇褔省要大得多，因此新立的蘇褔省郡縣劃出了10郡70縣來。各郡設郡守衙門管治地方，各縣設縣令，再到鄉、村則是按鄉官制度編設（詳見前文）。另在地方郡縣設警察所，負責地方治安，鄉村之地設鄉兵所，負責地方治安，該地有駐正式兵馬的則不受地方轄制，而是直接由兵部和西王府節制。
而各地方的郡守任命多是地方上的人物擔任，比如蘇州郡出任郡守的卻是降了太平的許乃釗。只是許乃釗原是署理江蘇巡撫，現在變爲蘇州郡守，就像是降職了一般，從省長降爲市長。不過許乃釗卻無怨言，因爲他在錢塘的家族都保住了，因他已經降了太平，要是不盡心盡力爲太平辦事，滿清打回來的話，他這種降官的下場可想而知，是以像許乃釗這種滿清官吏不降則已。一旦降了之後，便發了瘋似的要推翻滿清，某些時候表現得更比老長毛還要狠毒。任用降官是一類，因爲這些人熟悉地方政務，上手更快。而且蕭雲貴這麼做也有千金買馬骨的意思。在十郡七十縣的郡守、縣令之中，這類人佔了三成。
第二類地方人物便是地方的頭面人物。比如出任紹興郡守的何文慶、寧波郡的黃春生等人。何文慶、黃春生都是幫着太平軍攻略地方的義軍，他們除了助太平軍有大功之外，其實從前的身份也是一方豪強，黃春生家中就是頗有資財的地主。這類人在十郡七十縣的郡守、縣令之中，也佔了三成。
剩下的就是第三種情況，第三類人就是太平軍中自己的老兄弟。像朱錫能就卸了軍職，轉爲杭州郡的郡守。而王闓運出任太瑲郡郡守兼任上海軍政司司長，卻是特例，因爲上海的地位實在是太特殊。上海直接面對非常複雜的洋務，必須有王闓運這樣的人坐鎮。而寧波郡的郡守雖然是黃春生，但寧波軍政司的司長蕭雲貴任命的卻是從廈門救回來的劉麗川，劉麗川這人後世歷史上佔領上海後，在治理上海時也是頗有能力，就連洋人也承認小刀會在佔領上海期間，依舊百業興旺，治安極好。
蕭雲貴這麼分配官職也是迫不得已，滿清在蘇南、寧波等地的吏治已經被徹底摧毀，太平軍要建立自己的地方政權，自然得重頭開始，而西殿一大票人都是打戰厲害，治理地方卻真不見得比滿清那些貪官高明多少。用蕭雲貴的話來說就是自己缺少地方幹部啊，想想也是，後世太祖打天下的時候，並沒有一下子就佔了那麼大的地盤，饒是如此在抗日戰爭期間，建立抗日根據地的時候，各個根據地還是缺少地方幹部，很多幹部都是從部隊轉職過來的。
鑑於人才的匱乏，蕭雲貴、左宗棠、洪韻兒等人商定要儘快開始西殿在蘇南的科舉考試，吏部要開展短期的文官培訓班，相信兩邊一起下手，在過半年時間，缺少文官幹部這個現象纔會得到扭轉。
也不是沒有讀書人來投奔，而是來投奔的讀書人相對於龐大的西殿中央、地方政權人才需要而言，實在太少。而且來投奔的讀書人，才學也參差不齊，甚至還有讀八股文讀得失心瘋的，這種人也不敢用啊。而更多的讀書人其實還是在等待和觀望，其實蘇南、江浙之地讀書人很多，但他們對於太平天國這個新生的朝廷還有戒心，同時也怕滿清會反攻過來，到時候自己要是出仕過長毛，那整個家族的下場可想而知。
是以蕭雲貴知道這種事必須得花時間，開太平天國自己的科舉就是告訴天下的讀書人，太平天國已經立國，讓讀書人能繼續有做官的途徑。
而在開科舉之前，無論是蘇州西王府中央政權，還是各郡縣地方，都必須先把政府職能運作起來，恢復地方重建和治安，是眼下最要緊的事務。倘若哪一個官員差事辦得不好，吏部也可以每年考覈後更換官吏。
西殿各級官員除了本職有錢糧俸祿外，像職同檢點、指揮這樣的虛銜還有一份俸祿，甚至還有恩賞丞相，也就是受封恩賞丞相的還可以拿到丞相一級的俸祿。蕭雲貴一上來就祭出高薪養廉，也明確西殿要肅清吏治，在懲治貪官之上，西殿的手段很是嚴苛，在蕭雲貴眼中看來，貪一兩銀子和貪一千兩、一萬兩沒有分別，你一旦貪了，下場就是點天燈，這也是唯一一處蕭雲貴沒有更改天京法令的地方。
於是乎，在西王府正殿召開的西殿新年大會上，第一件事就是宣佈了各項官職調動、任免之事。在事前，蕭雲貴、左宗棠、洪韻兒等人就和當事人提前通過氣，很多人都單獨談過話，是以宣佈任命後，沒有多大的波瀾。第二天進行的便是政策議定，而一開始就讓這新政的政策討論進入了一種白熱化的爭吵之中。