日軍憑藉着函館山要塞和函館市區構成的防禦體系，企圖阻擋住蘇軍前進的道路。但科涅夫深信，日本人根本無法阻擋蘇軍鐵甲洪流推進的步伐。至於什麼函館山要塞之類的，完全可以通過“特殊手段”來解決。
“什麼？使用特殊武器？”身邊的參謀軍官聽了科涅夫的話，都嚇了一跳。
科涅夫冷笑一聲：“對付這些日本戰犯，不管使用什麼樣的武器，都不受譴責的！因爲他們根本不是人，充其量是兩條腿的野獸！”
所謂的“特殊武器”，事實上就是生化武器。
科涅夫的電報發到位於本州島上的中國軍隊指揮部，肖柏立即回電：“可以使用特殊武器攻擊！記得不要給美國佬留下話柄！”
蘇聯人自然不會給美國人留下借題發揮的話柄，這也就是之所以科涅夫可以在北海道使用任何一種殺人武器，卻並不打算在本州島使用一樣。在北海道用了，函館山要塞和函館市區的日本人估計一個都跑不掉，除去死亡的，其他的也就當了俘虜。而且俄國人根本沒有善待俘虜的習慣，被俘的日本人也不可能活着回去的，那麼動用化學武器對函館要塞發起攻擊的事情，將會變成一個只有蘇聯人和中國人知道的秘密。
隨着科涅夫一聲令下，蘇軍做好了化學武器攻擊的準備。
庫頁島各蘇軍機場，蘇聯空軍地勤人員們把不久前剛剛空運過來的毒氣炸彈掛在圖-16轟炸機的彈艙中，並給轟炸機加滿燃油。
攻擊行動發起，蘇軍的俯衝轟炸機羣抵達函館要塞上空，向地面要塞發起攻擊。
俯衝轟炸機帶着刺耳的呼嘯聲向地面紮下，一枚接一枚一噸重的重磅炸彈離開掛架，向日軍要塞的頂部狠狠砸下，成片的山頭頓時籠罩在濃煙烈火中，整個函館山要塞都在顫抖，堅固的工事羣和炮臺被砸開一個個天窗，變成了噴發的火山口，躲藏在地表工事中的日本人頃刻之間就被強大的壓力碾成了粉末。
隨後到來的，是攜帶着低阻鑽地炸彈的蘇軍噴氣式戰鬥機。
一架接一架戰鬥機呼嘯着掠過日軍要塞上空，細長的炸彈落下，對那些地表被蹂躪了一遍的日軍要塞頭頂砸落。
鑽地炸彈紮在地面，鑽出一個個破洞，炸彈鑽入土層，又撕開了地下坑道上方的鋼筋水泥混凝土層，鑽入坑道內爆炸，頓時引起了大片的坑道坍塌，不少躲藏在裡面的日本人不是被爆炸的炸彈撕成碎片，就是被倒塌的坑道掩埋在地下。
不過函館山要塞不愧是日本人苦心經營多年的堅固工事羣，一些深藏在山體中，埋深達到數百米的地下坑道極爲堅固，即便是後世美國人的常規鑽地炸彈都無法摧毀，更不用說這個年代的鑽地炸彈了。
事實上，後世美國人的鑽地炸彈也不過只能鑽入地下三十米深，碰到一些埋深達到數百米的山洞，鑽地炸彈最多隻能摧毀洞口部分，造出部分隧道坍塌，而無法完全摧毀。而這個年代蘇軍的鑽地炸彈，鑽地深度不過十七八米，無法完全摧毀函館山地下工事羣，只能破壞洞口，摧毀外層的工事體系。
躲藏在深層地下的日本人幾乎是沒有受到什麼損失，在蘇軍轟炸停息之後，那些日本人派遣出一批觀察哨鑽出地面。
不過轟炸造出了通氣管道的損壞，一部分通氣管道被蘇軍炸燬，使得一部分通氣管的過濾系統失去效果，將無法抵擋毒氣的滲透。接下來，蘇軍的“特殊炸彈”攻擊，必然給日本人帶來毀滅性的災難！
天空中，一架裝有紅外探測儀的蘇軍偵察機盤旋，觀察轟炸效果。
“看，這裡是鬼子的通氣管道，我們的轟炸，對這些通氣管造出了破壞！”空中的蘇軍飛行員看着屏幕說道。
一名蘇軍軍官道：“那邊還有幾處通氣管，讓戰鬥機再投幾枚炸彈，多破壞幾處，這樣我們的特殊炸彈才能發揮更好的效果！”
十多分鐘後，六架攜帶着制導炸彈的蘇軍米格-17戰鬥機趕來，根據偵察機所發現的目標投下了制導炸彈。
精確制導炸彈從通氣管鑽入，進入地下深處爆炸，不僅引發了一大段的隧道坍塌，而且徹底破壞了這幾處的通氣設備，迫使日本人只能打開其他幾處已經被破壞了過濾系統的通氣設備，以保證地下坑道內的日軍能夠呼吸到氧氣。
一切準備就緒，蘇軍開始發起“特殊炸彈”的攻擊。
蘇軍龐大的轟炸機羣從日軍要塞上空轟鳴着飛過，一排排毒氣彈離開掛架，向支離破碎的日軍陣地上砸下。
“轟轟”地面響起了一聲接一聲沉悶的爆炸聲，五顏六色的毒氣從爆裂的彈體中冒出，迅速在日軍陣地上方蔓延開。有毒的其他順着過濾系統被破壞的通氣管進入地下，在鼓風機的作用下迅速被送到坑道的各個位置。
這裡的日軍，大部分都沒有防毒面具。
毒氣沿着管道到處蔓延，頓時日軍的隧道內充滿了有毒的氣體。
蘇聯人就像是用殺蟲劑毒殺害蟲一樣使用毒氣，不計其數的日本人被毒氣殺死，沒死的日本人也都吸入毒氣而中毒，失去戰鬥力。只有極少數原本的精銳師團的日軍，因爲配備有防毒面具倖免。
蘇軍的毒氣彈攻擊並非是單純的毒氣彈攻擊，而是在投下毒氣彈不久之後，就迅速向函館要塞上空投下了傘兵，機降了大批機降空降兵，趁着地下坑道里的日本人受到慘重損失，倖存者尚未恢復戰鬥力的機會發起攻擊。
蘇軍空降兵落地之後，趁着地面的日本人暈頭轉向的機會，迅速發起攻擊。
在烈性炸藥、火焰噴射器、火箭筒、無後坐力炮和毒氣的攻擊之下，蘇軍從地面殺到地下，躲藏在函館山要塞內的殘餘的日本人被一片片的殺死。
最後殘餘的五百多名日軍引爆了彈藥庫，函館山要塞發生了劇烈的大爆炸，整個山頭都在抖動，巨大的山石山崩地裂一樣紛紛滾落到山下。一連串巨響中，山頭就像是火山爆發一樣噴出了烈焰，成片的隧道坍塌，早成地面大面積的陷落。
蘇軍以一百多人傷亡的代價，輕鬆拿下了被日本人吹噓爲“固若金湯”的函館山要塞，殲滅了躲藏在要塞內的一萬多日軍。
奪取了要塞之後，蘇軍向函館市區發起猛烈進攻。
駐守函館市區的日軍都是一些臨時組建的雜牌軍隊，他們的精銳部隊都在函館山要塞被蘇聯人用“特殊武器”所殲滅。日本人想要憑藉着市區那些三四流的軍隊同蘇軍巷戰，阻擋蘇軍前進簡直是無法想象的事情。
對市區的攻擊，蘇軍採取常規手段進攻。
經過了重炮和火箭炮的覆蓋之後，大批蘇軍在坦克和裝甲車的配合下，輕鬆撕開了日軍外圍防線，涌入函館市區。
蘇聯人的推進速度，簡直就和平時的演習一樣，而且打得十分輕鬆，在部隊推進到市區的時候，地面攻擊的部隊僅僅出現七十三人傷亡，一輛坦克被摧毀的損失，而日軍卻損失了三千多人。
“烏拉！”大批蘇軍士兵衝入函館市區。
進入市區之後，擅長巷戰的蘇軍士兵迅速分散，以連排爲單位，去搶佔各條街道，去佔領一棟棟建築物，採取了逐步推進的手段，一點點壓縮日本人的活動範圍，對城內的日軍進行分割消滅。
城內，日本人佈置下了六個準備用來殲滅蘇軍的口袋。但因爲人員素質太差，而且蘇聯人又擅長巷戰，結果日軍佈置的這些口袋不僅沒有把蘇聯人裝進去，反而被蘇聯人從外圍撕破了日軍的口袋。
駐守城內的日軍不是一些少年兵，就是老弱病殘，根本就無法阻擋蘇軍進攻。
有不少日軍的孩子兵躲藏在廢墟中，向進攻的蘇軍打冷槍。但這些日本小孩的槍法不是很準，畢竟他們不是正式的士兵。
蘇軍報復的子彈橫掃而過，這些頑抗的日本小孩連續被擊斃。
當年北海道上，幾乎沒有什麼鋼筋水泥的大樓，都是一些磚木結構的平房，或者是木頭結構小房子。這樣的建築物，在蘇軍進攻之下簡直是不堪一擊。
蘇軍重炮轟擊一陣，那些磚木結構和木頭結構的房子紛紛倒塌。坦克開進城內，碰到平房就直接撞上去，撞塌了後，坦克從廢墟上碾壓而過。
“我們擋不住了！”有日軍的少年兵哭喊着說。
“我們投降吧！”有人提議道。
那些日軍的少年兵，還有一些被強徵入伍的女兵，紛紛開始投降。
隨着蘇軍的推進，日軍成建制的向蘇軍投降。這些日軍抵抗也不是很頑強，戰鬥力更是差得不行。
在蘇軍凌厲的攻勢之下，大部分的日軍都掛出白旗投降。
有少數“不識時務”哲進行了頑抗，他們才很悲哀的發現，自己手中的火箭筒和無後坐力炮根本無法擊穿蘇軍的重型坦克。
is-2和is-3重型坦克在城內橫衝直撞，有日軍的火箭筒和無後坐力炮擊中了蘇軍那些鋼鐵巨獸般的坦克，毫髮無損的坦克繼續推進，並用在步兵配合下，殲滅了躲藏在建築物中的日軍反坦克組。
經過二十四個小時的激戰，蘇軍佔領了函館市區。
這時候，北海道島上的日軍基本上全部被殲滅殆盡，只剩下少數躲在山區的日軍還在負隅頑抗。接下來，蘇聯人要做的事情是踏上本州島。