在確定淺井的威脅暫時消除之後，信長轉而向宗教勢力開刀。既是爲了報去年本願寺、延歷寺的一箭之仇，也是爲了更加孤立淺井朝倉。
此時，三好方面的舉動實在有些令人玩味。他們不知是閒得無聊還是怎麼回事，竟然在河內戰事尚未結束的當口，又去招惹毛利這樣的西國一霸，等於把毛利推向織田一邊。
當然，他們在河內方向的戰事也非全無成就，並引起了攝津的混亂。荒木的崛起不但將信長在此設置的權力體系徹底打亂，還吸引了信長部分兵力。
不過總的來說，元龜二年還是相對平靜的。信長和包圍網的主力淺井朝倉之間，並未發生大規模戰鬥。
暴風雨的前夕一般都是這麼平靜的，只有這樣才能映襯暴風雨的激烈。暫時穩定了攝津的混亂之後，信長開始謀劃着對淺井的進一步的戰略進攻。
元龜元年九月稍作修整的織田軍於再次出擊，這次信長挑了個比較軟的骨頭：江南一向一揆。
烏合之衆的江南一揆軍這次完全不是對手，據點志村城很快陷落。順道織田軍在淺井家小谷城附近劫掠了一番。
九月十二日，織田信長爲報比叡山協助朝倉淺井聯軍的一箭之仇，出兵包圍了比叡山。
比叡山是佛家聖地，對許多日本人來說此地之神聖不亞於猶太人心目中的耶路撒冷。
織田信長帶兵抵達比叡山附近的時候，留守京都的佐久間信盛急忙趕來，攔住了織田信長，說道：“主公大人，不可啊！比叡山可是佛家重地，不管怎麼說，也不能出兵攻打啊！”
織田信長鐵了心要給一向宗一些教訓，對於佐久間信盛的勸告哪裡聽得進去：“滾開，要不是比叡山這羣和尚，本家又怎會遭遇前一年的困境！”
佐久間信盛連忙說道：“主公大人，這件事情都是顯如的過錯，和比叡山沒有太大的關係啊，畢竟朝倉淺井兩家的聯軍勢大，比叡山也是委曲求全。”
“可恨！”織田信長拔出佩刀直指佐久間信盛，說道：“你是誰的家臣，竟然給比叡山求情，就是因爲這羣和尚，本家纔不得不向朝倉義景屈服。
該死，說起這件事情，吾就惱火，朝倉義景是個什麼玩意，吾擊敗了他還得向他屈服！你可知道吾這一年來的煎熬！”
佐久間信盛旁邊一名武士握住了織田信長的佩刀，他害怕織田信長太激動一刀砍死佐久間信盛，武士哭道：“主公大人冷靜啊，佐久間大人也是爲了大人考慮！
畢竟比叡山的影響力太大了，攻打這裡的話，本家會出現更多的敵人，與一向宗就不能緩和了。”
織田信長冷笑一聲：“呵，一向宗的那羣和尚能把吾怎麼樣？今天吾那就要拿下這比叡山，看看這天下能把吾怎麼樣！”
他抽回佩刀，完全不顧武士的傷勢，轉頭對身後的家臣們喊道：“目標比叡山！全部殺掉，一個都不留，山上的一切隨意處置！”
佐久間信盛一聽到這個命令，嚇得魂都沒了，正想上去勸告呢，直接被織田信長身邊的近侍拖開了，不管佐久間信盛的哭喊，織田家大軍衝向了比叡山。
“衝啊！殺啊！”織田信長傳下去的軍令刺激了所有織田家的足輕，亂捕在戰國是很常見的事情，足輕們都靠這個發財，上杉謙信更是做起了人口買賣，這些都是亂捕搶來的。
如潮水一般的織田軍衝上了比叡山，比叡山上的寺廟了只有不到一千人的僧兵，其他都是普通僧人，還有婦女兒童等等。
一千僧兵在數萬織田軍面前不過是一顆小小的水花，一下子就被淹沒了，比叡山上很快陷入一片煉獄景色，火光逐漸出現。
一隊隊足輕衝入民房，抓出裡面的居民，反抗的男子被殺死，然後足輕砍下他的人頭，作爲自己的軍功，不管是老人小孩，都可以作爲軍功。
隨後一間房子裡只剩下一地的屍體，以及兩名女子，她們已經被其他的足輕抓住了，在痛苦的哭喊中看着自己的丈夫，父母，兒子被殺死。
隨後幾名足輕笑嘻嘻的收起首級，將武器放在一邊，然後衝上去辦事。不管女人們的喊叫，辦完事後，足輕們將年長的女人殺死，割下首級帶走，隨後讓一名足輕將綁好的年輕女子抗走。
悲劇在一個又一個地方發生，織田軍在別人的慘叫聲中狂歡，他們殺人擄掠無惡不作之後，然後丟上一把火付之一炬，將罪證燒燬。
史載比叡山死者多達四五千人，屍體橫七豎八鋪滿了整座山。
比叡山上稍有姿色的女子以及女童都存活了下來，當然這不是織田信長仁心宅厚，這些全部被他賞賜給了自己的軍隊
織田軍還縱火焚燒了延歷寺中的根本中堂和山王二十一社，百餘年珍藏下來的佛像、經文都被燒得一乾二淨。可憐繁華的比叡山，雞犬不留。
看着遠處的大火，佐久間信盛失魂落魄，而織田信長擡頭大笑，他只覺得心中的一片怨氣消散了許多。
織田信長的暴行震驚了全國，本願寺的顯如和尚發佈宣言，大罵信長爲“佛敵”。
從此織田信長於“尾張大傻瓜”外，又多了一個外號：“第六天魔王”。（佛教將世界分爲“色”“欲““無色”三界，而“欲界”又分六天。所謂欲是指物質的五欲─微妙的色聲香味觸，男女的**。欲界分五天，從最下層起“四大天王”“忉利天”“夜摩天”“兜率天”“化樂天”“他化自在天”。此處的第六天魔王是爲織田信長生造的）
織田信長此舉堅定了武田信玄上洛的決心。同時成爲佛敵後的織田信長，又將一向一揆以及淺井、朝倉方面的再度出兵。
武田正信在得知織田信長火燒比叡山之後，興奮道：“好啊！出兵越前的時機就快到了！不愧是我的盟友，我把金澤御坊燒了，他居然把一座聞名天下的古寺燒了！哈哈哈！”