但在常規賽最有價值球員的評選中喬丹卻被爵士隊的當家球星馬龍超過，只屈居於選票榜的第二位，結果是馬龍如願當選。去年在這項大獎的評選中就是喬丹和馬龍競爭，結果喬丹贏了，結果總決賽也如償所願，而今年馬龍得了最有價值球員，人們開始紛紛猜測爵士隊將會成爲總冠軍。
4月25日，季後賽首輪，比賽公牛隊對陣子彈隊，喬丹找到了他發泄的對手，因爲在此前常規賽與子彈隊的交手中，公牛隊竟然輸給子彈隊，這也是公牛在該賽季中一共所輸13場比賽中的一場，怒眼圓睜的喬丹在同子彈隊在交手的三場比賽中分別拿下29分，55分和28分，平均得分達到不可思議的37.3分，不費吹灰之力乾淨利落地把子彈隊三振出局。
在接下來5月6日的第二輪比賽中，公牛隊對陣擁有聯盟內的蓋帽王非洲天王穆託姆博的老鷹隊，在首輪根本沒有過足癮的喬丹又在同亞特蘭大的比賽中大肆屠裁，把對手打的根本沒有還手之力，而球迷記憶最深刻的就是這樣一個鏡頭，喬丹突破後直衝內線，而蓋帽王穆託姆博迎上前去，準備給喬丹一個大帽，哪裡想到，此時已經殺紅了眼的喬丹，不停反上，根本沒把2米18的老穆放在眼裡，就這樣，喬丹在這位平均每場能夠拿下接近4次蓋帽的防守高手頭上來了一個精彩的灌籃。這個鏡頭讓公牛主場的20000多名球迷歡呼好一陣子。最後喬丹率領公牛以總比分4比1幹掉老鷹隊，又向總冠軍路上邁進了堅實的一步。
5月 20日，東區決賽是在公牛和熱隊之間展開的，熱火隊帶着上賽季大敗給公牛的滿腔怒火來到聯合中心球館，但是喬丹和隊友們根本不給他們任何機會，在交鋒的第一戰中，喬丹就用全場最高的37分，外加11個籃板6次助攻的出色成績來給了他們一個下馬威，公牛以84比77先下一城，接下來的比賽可以說是順理成章，公牛連勝三場，然後，在第四場比賽來到熱火隊主場時，似乎是給了主隊點面子，不至於使熱火隊抱個零蛋回家，所以讓他們扳回一場，而後回到芝加哥，再以一個100比87把他們灰溜溜地打發回老家，總比分又是一個4比1，公牛再度進入總決賽，簡直超合乎情理，似乎感覺今年的公牛隊比，上賽季創紀錄的72勝更加可怕。因爲有時在喬丹發揮得並不是很好的情況下，居然也能夠贏球，喬丹對此也給了隊友們極大的鼓勵:“這纔是一支強隊所擁有的特殊風格，這纔是一支冠軍球隊所擁有的出色球員。”
總決賽正向賽前人們預測的那樣，全聯盟戰績最好的兩支球隊，公牛隊和猶他爵土隊如期在爭奪最高榮譽總冠軍的決賽中相遇。賽前行家分析，這次總冠軍決賽的兩支球隊是歷次決賽中實力最相近的，勝負難料。有人希望公牛隊創造奇蹟，而更有人希望猶他爵士隊結束公牛王朝。
事實證明人們的猜測相當準確。在6月1日進行的總決賽第一場比賽就是一場實力相當勢均力敵的惡戰。比賽的開始階段，常規賽戰績好於爵士隊的公牛擁有主場優勢在自家門口並沒有找到克敵制勝的好辦法，公牛隊不但全場進攻乏力，而且還失誤頻頻，而爵士隊兩員大將經典擋拆配合依然天衣無縫般默契，助攻王斯托克頓每次傳球都給公牛隊的防守造成很大的威脅，而身體強悍的馬龍在內線無論是硬吃身高馬大但移動緩慢的朗利，還是防守到位但無奈身體不及的羅德曼都有很大的把握，所以爵士隊在能大部分時間裡都保持着領先，但優勢並不是重很大，比分一直沒有被拉大十分開外。
最精富彩的時刻出現在最後節，在終場前5分28，爵士隊仍然以5分優勢領先，然而大蟲羅德曼在關鍵時刻兩次從斯托克頓手裡搶到球，喬丹的兩次成功投籃將雙方比分追成82平。此時，距比賽結束只有 35秒8，喬丹雖然獲得罰球機會，但緊張之下罰球也沒有投中，而爵士隊大前鋒郵差馬龍居然在終場前9秒2時兩次罰球也沒有投中。
公牛主帥禪師傑克遜在最後7秒2時叫了一次關鍵的暫停，進行緊急部署，結果喬丹不負衆望，在終場鈴響的一剎那擺脫對方的3號拉塞爾跳投命中，將比分變爲84比82，超出兩分，球進之後的剎那，終場哨聲響起，喬丹再次拯救了公牛隊，全場球迷熱情地起立歡呼，“MVP”之聲久久響徹在聯合中心球館的上空。
喬丹在這場比賽中拿下全場最高的31分，而且還搶得4個籃板，傳出8次助攻，但毫無疑問，喬丹的這記最後一投成爲當日球場上最閃光的鏡頭，而且這也是喬丹職業生涯中的又一傑作，據統計，這是他職業生涯中第23次最後一球定勝負。
在三天後接下來對爵士隊第二場比賽中，喬丹彷彿在向從自己手中搶走常規賽MVP的馬龍示威。全場他獨得38分，外加13個籃板球、9次助攻和2次斷球，只差一次助攻就可獲得三雙。他的得分、籃板球和助攻都居全場之首。而他在這場比賽中其實完全可以打出三雙，因爲在比賽的最後時刻，喬丹只差一次助攻就可以拿到三雙。
但他傳給籃下無防守的皮蓬時，皮蓬卻在大意之下，把他這一記絕妙的助攻浪費，當時皮蓬並沒有選擇更爲穩妥的扣籃，而是選擇了一個打板，結果皮球在籃筐上轉了兩圈，最終還是沒有進筐，賽後皮蓬也對爲自己的這次投籃沒能使喬丹拿到三雙懊悔不已，但喬丹表現出了一名球隊領袖應有的度量:“我寧可要一個健康的皮蓬，也不要那個三雙，三雙對我來講，並沒有多大的吸引力，我只想要你們能夠幫助球隊獲勝，就這麼簡單。”喬丹在賽後對皮蓬如是說。公牛隊主場以97比85再下一城。