中華軍在1666年開年之後還是沒有發兵北上的計劃，清軍的江北防線搞的有模有樣，十分的嚴密，中華軍這邊如果要進攻的話，則勢必是全軍出動，不然的話根本就打不動清軍的防線，但是現在的物資以及彈藥的儲備情況也是不支持大規模的作戰的，所以這一段時間中華軍沒有大的動作。
不過這並不意味着中華軍就閒了下來，這個時候，在南方的很多地方都有十分嚴重的匪患情況，在亂世之中，這些土匪往往殺害的百姓比入侵的外敵還要多。
項玉在回基隆之前下達的最後一個命令就是讓各地的軍隊負責剿匪，而這個任務並不輕鬆。
這個時候，僅在福建一地就有大大小小的數百隻土匪，他們盤踞在各個山頭，比較大的有漳州府的大峰山土匪、鳥山土匪，龍巖的東寶山土匪，汀州的武平寨土匪還有很多雜七雜八的大小土匪。
這些土匪的兵力加起來超過了十萬人，是一個不小的勢力，不過因爲他們被分散到各地去了，所以纔沒有對中華軍造成比較大的威脅，而且因爲中華軍在之前表現出來的強大戰鬥力，使得這些人大爲忌憚，就連平日裡的活動都約束和收斂了很多，顯然是不想觸中華軍的眉頭。
中華軍首先派人向這些大大小小的土匪傳話，要求他們在接到消息一個月內下山向當地的中華軍投降，不然的話中華軍就會前去圍剿。
很多土匪其實是由難民組成的，也有很多是當地的強人起了歹心，裹狹着百姓逃竄到了山上，當起了山大王，他們的主要組成都是各地的農民，農民會種田不會打仗，於是這些土匪便圈佔了一定的區域，在裡面種田耕地，很多土匪幹脆就不出去劫掠了。漸漸的這樣的土匪羣就像是一個大的村落一樣了。
對於這樣的土匪，中華軍主要的措施是招撫，在保證他們不會對其他人造成威脅的情況下面，先解散他們的武裝。至於他們開墾的那些土地，可以分給他們耕種，只要他們手中沒有粘上無辜百姓的鮮血，中華軍都會對他們過往的事情不計較，將其和其他百姓一樣對待。要是他們想回到家鄉，中華軍也能夠安排，並且還會給他們提供新的土地耕種。
但是對於那些窮兇極惡殺人如麻的土匪，中華軍都是直接採取強攻剿滅的方式，只要他們不下山投降，就會派軍前去攻打，對於負隅頑抗的人全部都嚴肅處理，按照他們過往的罪行進行審理之後定罪處理。
在中華軍的政策公佈之後，很多小股土匪都選擇了向中華軍投降，畢竟他們沒有幹太多的壞事。論武力也遠非中華軍的對手，所以就很識相的選擇了放棄抵抗。
針對這些土匪，中華軍對他們的身份進行一一覈實，並且到附近村莊去走訪調查，看看他們是否做過什麼傷天害理的事情，若是沒有做過的話，那他們就不會被定罪，而是會根據他們的意願進行分配。
光是這些小股的土匪就多達幾百支，人數超過兩萬人，在將他們處理完了之後。剩下還有不到五十支較大規模的土匪，這些土匪的人數一般都在五百人以上，有的甚至有四五千人的規模，中華軍見他們沒有動作。於是挑選了其中的一批作惡多端的土匪進行剿滅，然後公開審理處理，以起到一個殺雞儆猴的效果，在這之後再向他們發出最後通牒，要求他們在十天時間之內向中華軍投降，不然的話就不再享受寬大處理了。
這樣一來又將十幾支土匪嚇出來投降了。不過依然有接近三十支大型土匪不肯就範，這些人大多是雙手站滿鮮血，自知罪行深重，即便是向中華軍投降了，也難逃一死，而且自己手中的實力也有得一拼，所以選擇了拼死抵抗。
等到時間一到，中華軍這邊再不多言，也不接受投降，對這些土匪盤踞的地方進行強攻，這個時候的土匪手裡面的武器十分的磕磣，缺衣少甲沒有經過系統的訓練，作戰能力低下，往往是一擊就潰，中華軍沒花上多大的力氣就將他們殲滅了。
不過因爲兵力不足，加上各地反而土匪數量衆多，到了後期，很多土匪都不敢待在山上，而是跑下山來，四處流竄，甚至是分散成了很多部分，企圖躲過中華軍的追剿，這讓中華軍花費了大量的時間來剿匪。
從開年之後一直到六月份，各地的剿匪行動才基本上算是結束了，而在這一段時間裡面，前線的軍隊採用輪換制，將大部分的軍隊都拉回來練練手，讓他們不至於丟失了作戰的感覺。
此時清廷的內部又出現了較大的變故，趁着鰲拜領兵在外，小皇帝趁機培植起來很多自己的親信黨羽，這其中首先是九門提督人選，九門提督是京城的第一實權人物，掌管着北京城大部分軍隊，此前一直是鰲拜的黨羽把持着，而這個時候趁着鰲拜領兵在外，康熙皇帝趁機任命內大臣三等伯鄂碩之子費揚古爲新任九門提督。
費揚古是清朝初期的名將，曾在對準葛爾作戰的時候有出色的表現，這個時候他剛剛21歲，銳意進取風華年少。
康熙皇帝這個時候已經十二歲了，比起他登基的那個時候，這個時候雖然年紀依然很小，但是經歷過長久的薰陶和培養，他的心智已經不輸常人了，他做出這一步棋是一個試探，相當於投出去一粒石子，想看看鰲拜的反應。
這個時候鰲拜統兵在外，一旦他對這件事情大發雷霆或者大動干戈的話，很有可能大清朝直接就亡了，但是如果他沒有做出什麼過激的反應的話，那小皇帝就能趁機掌握一個重要的勢力，那就是北京城的軍權。
其實康熙皇帝之所以有底氣做出這樣的事情，主要是因爲嶽樂從南方撤回來的五萬軍隊，這五萬軍隊爲他效力以後，他至少有了一定的資本和鰲拜叫板，這個時候自然是不能繼續讓鰲拜再控制京城的軍隊了，這把劍懸在自己的頭頂上的時間實在是太長了。
之前爲了說服鰲拜出兵，小皇帝不惜放棄了鑲黃旗，讓鰲拜將它帶去出征，以鰲拜的性格的作風，這支軍隊勢必會遭到他的清洗和控制，軍中的大將也勢必會換成他自己的人。
小皇帝在堵，他堵鰲拜不敢公開的跟他撕破臉。
果然，消息傳到南京之後，鰲拜果真沒有做聲，雖然他也知道被小皇帝掌握了京城軍權的嚴重性，但是和他剛剛得到手的這五萬人的鑲黃旗相比，紫禁城的那兩萬軍隊放棄了並不可惜，這纔是精銳的軍隊。
而對鰲拜而言，並不是他不想對小皇帝採取反制措施，只不過這個時候中華軍正在跟他們對峙，一旦他將精力放在內鬥上面，那麼中華軍很有可能會趁機發動進攻，清軍的探子回來說中華軍這個時候正在將春收的糧食大量的向北調集，一起運來的還有大批的武器彈藥，這些都顯是對方在爲大規模的作戰做準備了，在這樣的壓力下面，鰲拜不敢讓對方知道清廷內部不和，儘管他自己很有野心，但是在國家生死存亡的時候，他只好放下自己的野心，拼死的保護先輩們用鮮血和生命打下來的江山。
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