皇帝也不再直接參與政事，只代表國家祭祀天地祖宗，接見外國使者君主，獎賞有功臣民。
從現在開始，國家由大家選舉出來的首輔次鋪治理了。內閣是大明的政策執行機構，內閣的首輔次鋪，必須由元老議政院提名。要求是必須當過地方縣令，走過地方各級，或者從百戶做起的軍人，在地方政務歷練三年，最終去職軍權的軍人，以保證有充分的地方執政經驗。同時年紀必須滿四十週歲，不超過六十週歲。如此，不但保證了沒有年輕人的操切，有不因老邁而保守昏聵年富力強。
保證了這些之後，由皇上認可，皇上的認可是爲了保證皇上的榮耀，又制衡元老議政院。
皇上可有三次反駁，再三次不能反駁成功，就必須遵從元老議政院的決斷，再由大明三品以上的官員投票決定。
閣臣由首輔和次輔推選，再上交元老議政院評定，舉手表決後才能施行。
首輔任期一屆五年，可以連任三屆，這樣可以保證他推行的政策的連續性，不至於出現人亡政息。但三屆候必須下臺不得連任，這又保證了不因個人威信而出現權臣，不出現政久弊生。
他們乾的好，大家讓他幹滿十年。乾的不好，直接將他彈劾下去，元老議政院再提名一個，再選一個就是了。皇上，基本算是一個看客。
但現在沒皇帝不行，大家幾千年的觀念習慣在那裡呢。沒皇帝了，大家心中就感覺不安了，還是有一個在，比較讓人心中踏實不是，雖然那不過是個名義上的。只要大家每年在皇帝的生日的時候，享受三五天假日，享受一個名正言順喝一頓的節日就夠了。
但這樣的改革，就再也沒人紅着眼睛盯着那個皇位了，也就再也沒有野心家行改朝換代的戰亂痛苦，爭奪皇位的自相殘殺，將不再在中原大地上重複上演了，這纔是根本。
想要執掌這個大明，實現你的野心，行啊，只要你好好的幹，滿足條件了你就能上去過把癮，還幹什麼造反啊。
即便造反，其實也簡單了，只要你有能力發動一場政變，將現任的首輔幹倒就成了。發動政變好啊，成本小，危害小，然後就看你乾的好壞了。乾的不好，對不起，你白折騰了，因爲還有一個皇帝的罷免跟着呢。玩也是白玩。
接着，新皇上的聖旨再次頒了一個讓全天下奔走相告的特殊的條例。讓所有天下皇家血脈的子孫，感激涕零的決斷。再得到一次補償之後，皇家宗室，鳳子龍孫，都徹底變爲庶民，廢除對他們所有的約束，可以參與這個社會上的任何競爭謀生了。你可以考官，你可以帶兵征戰，你可以經商，你更可以務農，反正你和百姓一樣奮鬥，你可以達到除了皇帝以外任何目標。坐上首輔也不是問題。
後來大明的內閣首輔就從皇室中出了五個，而且做的非常好。
天下爵位爲六等，王公候伯子男，但都是虛銜空殼，但非戰功或治政優異者不可得。由元老議政院評定推舉，由皇上賞賜。沒有封地，沒有俸祿，沒有待遇，沒有特權。除了一年一度皇上賞賜宴席之外，你什麼也沒有。
重建京營，但是定額只有一萬，由皇室出資自己豢養，稱爲皇家儀仗隊，由勳貴和朝臣子弟榮任。這支軍隊不參與實戰，只負責保護皇室安全，以及出行儀仗。
皇室內帑與外朝徹底分開，每年國家由國庫撥付二百萬皇室贍養費用，此爲定製，永世不得更改。而皇室的各個股份投資，原先的家產，以及收入，國家也不得再與覬覦。
國庫沒錢，想向皇上內帑伸手，那叫借。皇上借你，那是人情，不借你你也沒轍。皇上收你利息，你也得挺着。
結果就有了後來一次皇上帶着皇后堵着內閣大門撒潑耍賴討債，最終將國家告上三法司法庭的事。沒辦法，最終朝廷不得不從銀行貸款還債的事情出現。
但那時候，已經沒有人指責皇帝的薄情寡義，反倒認爲這樣是理所當然。
官員的任免，由御史臺考覈，六科給事中評定，最終交給吏部舉手表決通過。但三品以上，還必須交給內閣和元老議政院再次審覈，最終舉手表決通過。最終由皇上籤署任免令，當然，這僅僅在說明，你是大明的官員，是大明皇帝的臣子。
而元老議政院和內閣的制度也有所改變。
元老議政院，是大明執政兩駕馬車之一，他是由退休致仕的國朝重臣以及勳貴公侯組成，由公推的德高望重宿老院長主持，第一屆院長是德高望重的孫承宗。他主要的職責是監督內閣的運作。審覈內閣提交新的政策的制定，彈劾罷免內閣成員。記住，這裡只指彈劾罷免內閣成員，而不得干涉朝廷其他官員。其實就是給內閣拴上籠頭，使得內閣不能胡作非爲。
同時，一旦出現戰爭，元老院立刻轉型爲參謀部，讓宿老發揮人老成精的特長，制定戰略計劃，行駛對帶兵大將和兵部的監督，協調工部後勤的調配。
以上都是以精英推選而不是天下普選。這倒不是毛文龍改革不徹底，而是毛文龍依舊當時的國情，和後世的普選弊端，再大家吵架幾天之後決定的。
一旦施行普選，一來民智未開，根本施行不了，二來的確是耽誤功夫浪費精力。一個首輔或者是元老議政院的院長，爲了上任，就要拿出一年的時間來向全國的老百姓宣傳造勢，然後爲了保住位置，還要拿出功夫繼續宣傳自己。等下一屆開始選舉，就又要開始循環這樣的操作。如此這個首輔不用做正事了，就整日爲自己的事情忙吧。
皇上可以封駁提名，但只能有三次這樣特權。皇帝有豁免權，即便是罪大惡極的，也必須執行。但每年只有一次（朱慈育在位其間，沒有一次動用這些權利）
宣佈朝廷以後政令依舊以皇帝聖旨爲正名，但必須通過元老議政院，內閣署理才成爲大明正式的政令，缺一皆爲廢紙。
撤銷大帥總兵官永久帶兵的權利。師以上的將軍隨時輪換絕不專屬。
兵權交還給兵部，只有戰爭出現，由兵部指定任免將帥。
爲了杜絕兵將不知的弊端，兵部分作兩個部門，一個是後勤部門，一個是訓練部門，，全天下的部隊後勤都歸兵部後勤司管理。隊伍的後勤官員不歸本支隊伍主官管轄。
而天下士兵的訓練全部統一，不再各行其是。
兵部尚書不再由文官擔當，必須以武將爲本。
罷免毛文龍原先一切職務，包括東江鎮總兵官，以大明遼王任兵部尚書，掌管天下一切兵馬。
明確規定，爲了監督他主導的國策不在出現反覆，毛文龍的兵部尚書職務爲終身制，以後其他任何人不得執行。
也就是說，毛文龍就是看着大家，好好的貫徹這些政策制度，誰敢搗蛋，毛文龍有權滅了他。
至於他要搗蛋，誰滅了他，這個沒說。
而又一道聖旨明確的規定了毛文龍和他的軍隊的責任：爲了維護新政的穩定，原東江鎮撤銷，原復遼軍已經完成了他的使命而撤銷。
將大明劃分十個軍區，派駐原復遼軍分別組扎。
盧象升，朝鮮總督。轄區朝鮮。
劉興賢，東北總督。轄區遼東外原蒙東，到白令海峽，到北——之極地。
毛承勇，蒙古總督。轄區中蒙西蒙。
毛承祿，西北總督。轄區青海西藏西域。
毛仲明。山陝四川總督。
洪承疇，西南總督，轄區江浙江西福建雲貴。
張盤，中原總督，轄區河南河北安徽山東。
張盤。直隸總督。
劉興基。遼東總督。
張之及。京師戍衛。
毛學禮，大明水師總提督。
鄭宏達，天津府尹，馬維忠，內閣次輔兼任順天府尹。
範文傑，南京府尹。
這些人因功而升，但也明確但告訴天下，毛文龍推行的新政，就在毛文龍集團但掌控之下，誰有意見，誰反對，請你站出來走兩步。
而廣大的中原外收復的和擴展的地區，則設立十個大區，由朝廷派兵駐守，一旦出現叛亂，則兵部可調動全國之兵出征剿滅。
在強勢的毛文龍推動下，五十萬大軍虎視眈眈的看管下，大明的政府架構完善過度之。
天下形勢煥然一新，全天下的百姓看到大明真正的中興，併爲屹立世界而大步前進。
毛文龍在八十高齡的時候，在經過二十年的看守之後，大明再也不會反覆，才辭去所有職務，開始專心致志的帶着一把小鋤頭，到各地掩埋瓷器去了，最終在一次掩埋的時候，不小心閃了老腰，從此一病不起，在留下一句：“我完成了我的使命，我改變了大漢民族的命運。”的自誇樣式的遺言後撒手人寰。
隨着他的離世，按照他的當初的規劃，將全天下的毛家軍，改名護國軍，他的愛將兒子們全部退出歷史舞臺，泯滅了毛文龍在大明的一切痕跡。