此時由於武漢重鎮漢口被清軍攻陷，黃興在漢陽一帶指揮革命軍與清軍進行殊死搏殺，但革命軍力量薄弱，武器裝備和彈藥補給都遠遠不如北洋軍，因此武漢革命形勢岌岌可危，南京能否及時光復，關係到辛亥革命的成敗。
相比蘇州、上海和浙江等地的起義非常成功而言，在江寧的南洋第九鎮起義可以說還沒有來得及起義就被撲滅了苗頭。
原來，江寧城內原本駐有新軍第九鎮7000餘人，但還另有江南提督張勳的江防軍和巡防營等舊軍2萬餘人。因武昌起義是由新軍發起的，所以清政府對第九鎮的新軍也不放心。兩江總督張人駿和江寧將軍鐵良都認爲新軍已經靠不住了，因此故意不予補充彈藥，並派江防營進行監視。
10月31日，張人駿又命新軍第九鎮限期從城內移往距城城南30公里的秣陵關，爲了讓調防顯得名正言順，張人駿承諾給新軍每個士兵發放150發子彈，並配發重機槍子彈10000發，由於與蕭震雷約定的起義時間沒有到，徐紹楨也不敢輕舉妄動，他得不接受張人駿的調令，率部駐防秣陵關，可駐防秣陵關之後，張人駿並沒有派人送來承諾的彈藥，徐紹楨這才知道上了張人駿的當，可在彈藥不足的情況下，而且約定的起義時間沒到的情況下，他只能忍了。
駐守在鎮江的是十八協三十五標和三十六標，三十六標一營管帶林述慶是同盟會革命黨人，他聯絡暗中聯絡官兵。並親自奔走在滬寧之間，準備起事。而且還聯絡徐紹楨，準備於11月4日準備一同舉事。
可是就在徐紹楨準備舉事的前一天夜裡。也就是11月3日夜裡，江寧城內的同盟會革命黨人蘇良斌等人在沒有知會徐紹楨的情況下率先起義，蘇良斌等人是從武昌秘密潛回江寧的，事先也不知道江淮一帶的革命黨人已經約好了11月4日起義，他們提前一天起義打亂了徐紹楨等人的全部計劃。
蘇良斌等人半夜縱火，使巡防營與督署衛隊中有革命傾向的士兵，誤認爲新軍已到，於是積極響應，但倉猝舉事。以及自身力量的不足，導致城內原有可作爲內應的軍事力量，被張勳等一網打盡。徐紹楨已經佈置好的原有裡應外合的計劃宣告破產。
第二天得到消息的徐紹楨當機立斷，下令第九鎮全體官兵兵分三路向南京城進攻，第十七協協統沈同午擔任總指揮，率三十三標和三十四標向城南的雨花臺進擊，另外兩路分別向通濟門、漢西門發起進攻。次日，各路部隊均到達無名河南岸高地。新軍一路打着興漢滅滿的口號，聲勢浩大。午後中路先遣隊到達花神廟北端，在這裡他們遇到了被城內起義部隊擊潰的都署衛隊，誤認爲城內起義已經成功，即高揚白旗。但此舉被張勳的江防營部署在雨花臺的守軍發現，守軍當即發炮猛擊新軍部隊，由於補給不足。新軍奮戰到晚上已筋疲力盡，彈盡糧絕。
幸虧當時天黑之後天降大霧。這爲新軍的撤退提供了庇護良機，經過收容整頓後。徐紹楨率大部分部隊沿着句容大道退往鎮江。在這次起義中，馬隊傷亡300餘名，三十四標死400餘名，三十三標300餘名，炮標10餘名，連工程隊等，共計不下一千餘名。
與徐紹楨等人率部進攻南京不利後撤退的情況不同，鎮江方面在第九鎮第十八協協統孫銘的率領下一舉攻克了鎮江，並殲滅了鎮江城內的旗兵萬餘人，隨後宣佈鎮江光復，成立鎮江軍政府，可在由誰當任鎮江軍政府都督的問題上，革命黨內部發生了嚴重的分歧，同盟會等人一致推舉三十六標一營管帶林述慶出任都督一職，可他的職位纔是一個營管帶，而這次起義是由十八協統孫銘統領指揮的，無論是在職務還是在軍中的聲望上，林述慶都遠遠不如孫銘，不過林述慶是同盟會的人，孫銘雖然是在鐵血救國黨的策反下發動起義的，但他不是鐵血救國黨的黨員，他是無黨派人士，在這個時期，有沒有黨派是極爲重要的，就好比率部攻陷上海縣城的李英石，因爲他不是革命黨的人，在推舉上海都督的問題上，他連候選人的資格都沒有。
在由誰當任鎮江軍政府都督的問題上，革命黨內部有了嚴重的分歧，鐵血救國黨的人當然是支持孫銘的，而同盟會內部有一部分認爲林述慶在軍中的威望不足，難以服衆，因此認爲都督由孫銘來當最好，而其他大部分同盟會人認爲孫銘不是革命黨人，不能把剛剛從清廷手上光復的鎮江交到不是革命黨人的手上，這是對革命的不負責任，這種說法和理由在這個時候是很有市場的。
經過一天的商談和妥協，最後採取了折中的辦法，由林述慶任鎮江都督，由孫銘任副都督，林述慶統領同盟會革命黨基礎較好的三十六標，由孫銘統領三十五標。另外俘虜的清軍巡防營等3000多士兵一分爲二，兩個標各自得一半，此事纔算讓幾方滿意。
上海光復後，各路人馬爲這個上海都督的位置可謂是進行了激烈的爭奪，甚至還上演了全武行，當着江淮工商界和各界代表大打出手。
11月4日這天，各革命黨組織頭面人物、與上海地方各界人士，便在小東門內海防廳連日召開大會，討論獨立後的措施。大家都認爲上海地方重要，必須推舉一個有能力統領軍政的人擔任都督。但在都督人選上，卻發生了嚴重的分歧，有功於上海光復的四大勢力都想染指，差點釀成內部火併。
可都督一職到底由誰來當任呢？同盟會方面竭力推舉陳琪美，幫會中人和留日學生們也大多推舉陳琪美。光復會和吳淞一帶被光復會策反的一些巡防營軍隊支持李燮和，而上海地方紳商則推舉李英石或鈕永建。但是由於李英石並非革命黨人。更不是同盟會員，在當時這種黨派成見極深的情況下。是通不過的，連參與競爭的資格都沒有，而鈕永建雖然是同盟會員，但在資歷上卻完全不能與陳琪美相比，因此參與競爭的就只有陳琪美和李燮和。
李燮和這個人他是具有華興會、同盟會、光復會三會會員身份的老革命黨，活動能力頗強，是後期光復會三個領導人物之一。他參加了廣州黃花崗起義，失敗後到上海擔任光復會上海支部的負責人，不久回湖南老家探親。因被清政府偵探追蹤即往漢口，正值武昌起義勝利，他受湖北都督黎元洪的特委，以“長江下游招討使”的名義奔赴上海，參加光復上海之役中出其不意地立了首功，拿下吳淞、閘。北。當時按資望和功績，陳英士略遜於李燮和，所以，連李平書都力倡舉李燮和爲都督。但是。他來上海不久，在上海沒有什麼基礎，同時，光復會與同盟會雖自黃花崗起義已攜手合作。光復上海又共同戰鬥，但相互之間的芥蒂並未消除，兩會之間的傾軋隨着革命的勝利而加劇。同盟會怎能把上海都督的桂冠輕易送給另一派呢？都督的競爭在上海光復後的兩天時間裡進入了白熱化的階段。
由於陳琪美當任上海都督是蕭震雷與張謇等人事先商量好的，這樣可以最大程度的緩和各方面之間的矛盾。但事情的發展並未按照他們的設想進行下去。
11月6日。在海防廳連續召開了兩天的討論會議，終於進入尾聲階段。張謇在一陣劇烈的掌聲中作爲大會主持人上臺宣佈推舉結果：“諸位，諸位，我謹代表新軍第二十三混成協、南洋第九鎮革命軍將士和江淮工商界各界同仁推舉同盟會陳琪美先生當任上海軍政府都督一職！”
張騫說完便退到了一邊。穿着一身新軍軍服、武裝帶系在腰間、頭戴大檐帽、腳上穿着一雙長筒馬靴、腰間別着左輪手槍的陳琪美面帶微笑，其實內心極爲激動的走上了前臺，
一陣劇烈的掌聲響起，說明陳琪美在各界還是很有些深得人心的。
面對臺下數百人，陳琪美微擡雙手壓了壓，掌聲漸漸停下，開口道：“承蒙鐵血救國黨的蕭震雷先生和季直先生以及各位同仁的推舉，鄙人誠惶誠恐”。
“反對，我強烈反對！”陳琪美剛剛開口就被一陣搶白打斷，只見一個穿着黑色大衣、頭戴禮帽脖子上圍着圍巾的三十一二歲的青年人站起來大聲喝道。
陳琪美心中一驚，臺下數百人也紛紛側目，尋找聲音的來源，原來這說話的人是光復會領袖之一陶成璋。
陶成璋從座位上起身走到前面看着陳琪美大聲道：“我光復會從徐錫麟發動安慶起義到鑑湖女俠英勇就義，犧牲之人不知凡幾，就說這次光復上海，我光復會李燮和率領策反的巡防營將士一路奮勇殺敵，與鐵血救國黨的馬漢龍很快就光復吳淞和閘？北，功勞比你陳琪美大得多，你憑什麼坐這個位置？”
事情有些出乎意料，張謇皺了皺眉，忍不住道：“陶先生，光復會和同盟會向來同氣連枝，擁有相同的目標，你這樣將光復會和同盟會強風彼此，好像有些不妥吧？”
陳琪美立即道：“上海剛剛光復，你就站出來鬧內訌，你這是要搞分裂啊！”
“說我搞分裂，你還不夠資格，老子幹革命的時候你還不知道在哪兒玩泥巴！就憑你這樣的煙鬼就想做都督？也不怕天下人笑話我革命黨無人！我光復會推舉李燮和爲上海都督！”
就在這時又一個聲音響起，衆人扭頭一看，只見一個穿着商團軍官服飾的年輕人站起來道：“陶先生覺得陳先生不適合擔任上海都督，可我們上海武裝商團和紳商們也認爲李燮和不適合當任上海都督，他在上海灘毫無根基，威望不足以服衆，我們上海武裝商團和紳商們一致推舉李英石爲上海都督！”
這一番話一說出來，在場數百人都知道這下麻煩了，這幾方勢力爲了這個都督的位置互不相讓，這軍政府成立的事情到底要拖到什麼時候？要知道上海剛剛光復，百廢待興，現在正是維持市面、穩定人心的時候，如果軍政府一日不成立，市面人心就不穩定，現在正是人心惶惶的時候，只有儘快成立軍政府，行使政府職能才能讓社會安定下來。
“砰”的一聲響槍將在場數百人嚇了一跳，只見同盟會成員黃郛舉着一隻手槍，槍口向上，還在冒着青煙。他說道：“陳英士不畏兇險孤身一人首先進入製造局，立下第一功。都督這個位置理應由他來當！”
剛纔的商團軍官也掏出手槍一陣冷笑，“哼哼，就你有槍嗎？真是可笑，據我所知，陳英士率隊攻打製造局時損失慘重，無奈之下想憑自己那三寸不爛之舌說服張士珩，可沒想到他不但沒有說服張士珩，而且還把自己搭進去了，如果不是我們武裝商團前往增援，說不定他此時已經是一具屍體了！”
如此，同盟會、商團和光復會之間對於都督這個位置爭執不休。正當衆說紛紜、爭持不下之時，幫會成員劉福彪突然站起拉開自己的大衣衣襟，露出大衣內數個手榴彈大呼：“攻打製造局，陳先生吃了這麼大的苦頭，都督非選陳英士不可，否則我這手上引線一拉，炸彈爆炸，大家同歸於盡！”
在場絕大多數都只是普通人，而且還是名流紳士們，看見炸彈這種東西哪能還呆得住？紛紛嚇得一鬨而散。
突然，鐵血救國黨在上海的軍事負責人馬漢龍大聲喝道：“幹什麼？你們想幹什麼？來人——”。
話音落下，很快便從外面衝進來一大隊全副武裝的新軍士兵，士兵們端着槍對準手上有槍的黃郛、商團軍官和身上綁着炸彈的劉福彪。
“無法無天，在這種場合下掏槍、用炸彈恫嚇、脅迫同志，你們想幹什麼？虧你們還是革命者，來人，給我把他們都抓起來，如有反抗，就地正法！”
三人看見軍隊衝進來，不敢反抗，束手就擒，陳琪美有驚無喜的坐上了都督之職。