由於兵力僅一個半師，因此無法組織大規模進攻，只得分兩階段實施，按照今村均中將的戰略部署，第16集團軍以第2師團、第56混成旅團和川口支隊先登錄爪哇島，掃清外圍，再強攻爪哇島腹地。
同時向日軍大本營提出增兵請求，主要是因爲香港和馬尼拉以及新加坡方面的戰役已經結束，日軍完全可以抽調更多的部隊參加對荷屬東印度的作戰。
而盟軍方面，荷屬東印度是荷蘭殖民地，主要兵力爲6.5萬荷印軍和1.6萬美澳軍，但荷印軍下級軍官和士兵多爲印尼當地人，與中上級荷蘭軍官存在深刻矛盾，而且裝備低劣，訓練又差；美澳軍則是剛從菲律賓撤下來的敗軍，士氣低落。
在今村均中將的指揮下，日軍分爲西、中、東三個方向開始登陸作戰。西路主要兵力爲川口支隊和第38師團，川口支隊是由第35旅團旅團長川口清健少將指揮的第124步兵聯隊，加強有海軍陸戰隊和工兵一部。該部在米里登陸，然後兵分兩路向婆羅洲縱深推進。
隨後，久米精一大佐指揮的第1空降旅在蘇門答臘島巴鄰旁傘降着陸。經過激戰攻佔巴鄰旁。接着，第38師團先遣部隊趕來。協同空降兵鞏固巴鄰旁，很快第38師團主力也抵達巴鄰旁，完整奪取了巴鄰旁油田。
中路，以阪口支隊爲主要兵力，阪口支隊是由第56混成聯隊長阪口靖夫少將所部，加強有炮兵和工兵一部。負責奪取婆羅洲東南的打拉根、巴釐巴板和馬辰。該部在打拉根登陸後就遭到荷印軍頑強抵抗，遲遲沒有突破。
東路日軍以第38師團一部組成的東方支隊和海軍陸戰隊組成，東方支隊登陸後就攻佔了安汶和帝汶。隨後接連攻佔萬鴉老、肯達裡、望加錫和巴釐。至此，爪哇島東、北、西三面要地都被日軍攻佔，第一階段作戰宣告結束。
就在日軍對爪哇島完成第一階段的進攻之前幾個小時，在北面大約兩千英里的地方，最後一列火車的英軍在上午前離開仰光。在爆破專家徹底摧毀了港口設施之後，最後一批船隻離開了港口，這時。日本第三十三師團的先頭部隊已經進入仰光的郊區。
因爲澳大利亞總理拒絕增援緬甸，這對於決定緬甸的命運起着舉足輕重的作用。仰光註定要陷落，因爲在日軍進攻緬甸的關鍵的時刻，英緬軍內部卻發生了分歧，英軍前線野戰司令官史密斯將軍向司令部提出請求，需要一個星期的時間後撤四十英里。退到錫當河鐵路橋的另一側阻擊日軍。
但是英軍指揮官赫頓將軍拒絕給予前線的野戰部隊一個星期的時間，相反，他堅決要求史密斯將軍憑藉比林河進行抵抗；在司令部的地圖上，這顯然是一道防線。但是，正如史密斯所發現的那樣。這條河在旱季只是密林中的一道溼溝，任何人都可以跳過去。
日軍果然跳過了這道溝。將英軍的兩個翼側置於槍口之下。當史密斯最終獲准撤退的時候，已經不可能保證秩序井然的退卻了。最令英軍感到憤怒的是，他們被自己的飛機炸得一塌糊塗，因爲仰光的皇家空軍司令部犯了一個大錯誤，命令飛行員襲擊正在通往錫當河大橋的這條路上行進的盟軍縱隊。
英國軍官疲乏不堪，竭力催促載運印度和廓爾喀士兵的車隊在當天晚上通過狹窄的鐵橋。可是就在這時候，一支強大的日軍先鋒部隊從森林中穿插過來，切斷了印度師的大部分部隊。
25日凌晨五時半，錫當河大橋的橋樑在一連串震耳欲聾的爆炸聲中被英軍炸燬了，保衛仰光所能依靠的這個印度師，已被日軍和這條水流湍急的河流切斷。
韋維爾將軍聽到錫當河慘敗的消息後，和平常一樣顯得沉着冷靜。顯然，這個重要的港口已經失守，因爲英國第七裝甲旅和一個新的印度師現在不可能趕到仰光，及時地拯救這座城市。
飯田中將在被盟軍丟棄的仰光市舉行了勝利遊行，由於仰光已落入日本人手中，日本第十五集團軍現在控制着緬甸的門戶。北進以切斷通往中國的陸上戰略交通線的道路已經打通，國民政府正從重慶緊急派遣兩支軍隊到緬甸保衛這條至關重要的公路。
韋維爾已經回到印度新德里的老司令部裡，現在他對日本人的軍事實力有了比較現實的看法。意識到無論是正在趕來的中國軍隊，還是新到的英國第七裝甲師和印度新兵，都不能守住緬甸。
在整個東南亞即將落入日軍手裡的時候，堅持抵抗日本人的唯一堡壘是在菲律賓。當然了，菲律賓的主要島嶼已經淪陷了，現在尚在抵抗的是新加坡與菲律賓之間的巴丹島。駐守島上的美軍已經被日軍壓縮到了區區幾平方公里的區域，儘管守軍傷亡慘重，彈藥以及其他物資奇缺，但是在見識過日本人的瘋狂和殘暴的美軍士兵們仍然在進行着血腥的戰鬥，因爲他們很清楚，他們面對的是一支異常殘忍的魔鬼部隊，即便是放下武器投降也不一定能逃得性命，與其這樣還不如拼死一搏。
在科雷吉多爾島的岩石上，麥克阿瑟指揮菲律賓游擊隊進行抵抗，致使敵人仍然不能佔據棉蘭老島和南部諸島。尼米茲海軍上將在太平洋上對日軍基地發起襲擊，成爲美國報紙的頭號新聞。“列剋星敦號”航空母艦上的飛行員，在二月二十一日擊退了敵機對拉包爾發動的猛烈空襲，三天以後，哈爾西率領的“企業號”航空母艦特遣艦隊轟炸了威克島，但是這些只不過是牽制罷了，美國公衆的注意力集中在被圍困在菲律賓的官兵身上，由於日本軍隊在荷屬東印度取得了勝利，他們現在徹底陷於孤立。
報紙上誇大其詞的頭條新聞仍然在給美國人留下這樣的印象，在菲律賓的麥克阿瑟的部隊正在打擊敵人，援兵突破封鎖運抵菲律賓只是時間問題。
報紙上的東西有多少是可以相信的，羅斯福和他的幕僚們都很清楚，他們知道這不是事實。某些國會議員也知道這不是事實，他們開始力促將麥克阿瑟將軍調回國內並擔任美國陸軍最高統帥。
而麥克阿瑟本人現在對於增援部隊完全絕望了，但是他卻決定和他的官兵一起抵抗到底，因爲在日軍進攻呂宋島的時候他逃了，這在麥克阿瑟看來是一個恥辱，他是一個軍人，他有理由也有責任和自己的士兵和自己的陣地在一起。當菲律賓美國總督和奎鬆總統乘潛艇離開科雷吉多爾島的時候，麥克阿瑟的妻子拒絕趁此機會和她的小兒子一起離開。麥克阿瑟象徵性地送回一個盒子，裡面裝着他的勳章、證件和一份遺囑。
麥克阿瑟有必死的決心，他要以軍人最崇高的禮儀洗刷自己的恥辱。但是羅斯福總統卻知道，犧牲，麥克阿瑟這位美國深孚衆望的英雄，在政治上是做不到的。由於美英荷澳盟軍司令部行將垮臺，新幾內亞和澳大利亞面臨着威脅，堪培拉政府感到恐慌，馬歇爾和羅斯福一致認爲有必要任命一位新的盟軍最高統帥，在英軍撤退集中防守印度之後，這一任命就顯得更緊迫了。
澳大利亞總理和軍事領導人不得不越來越依靠美國，由於英國要求將澳大利亞軍隊調去保衛緬甸遭到拒絕，倫敦和堪培拉之間的關係已經有些緊張，當柯廷總理揚言要從埃及召回剩下的師的時候，兩國之間的關係並沒有改善。
不管是美國政府還是英國政府都認爲南太平洋盟軍最高統帥候選人應該由道格拉斯.麥克阿瑟將軍擔任，很快這個命令就由華盛頓下達到了巴丹前線，命令是由總統、馬歇爾和陸軍部長聯合簽署的，命令麥克阿瑟立即啓程前往棉蘭老島，從那裡轉赴墨爾本，統率所有的美國軍隊阻擊日本人。
麥克阿瑟對於華盛頓方面的這個命令很不感冒，最初這位將軍執意不肯拋棄他的官兵，甚至提出要辭職，或者“僅僅作爲一個志願者”重新入伍。他內心十分痛苦，害怕由於沒有履行和士兵死在一起的諾言而有損顏面，喪失良心。
然而福無雙至禍不單行，美國政府調麥克阿瑟即前往澳大利亞的消息竟然在這個時候泄露了，日軍立即向科雷吉多爾島增兵一個連隊，同時派了大量的軍艦前來攔截，因爲日本人和美國人同樣明白，麥克阿瑟的生死對於這場戰爭十分重要，作爲美國西點軍校自創校以來最年輕的校長，麥克阿瑟在美軍中就是戰神，就是勝利的代名詞，如果他戰死或者是被俘，對於美國來說將是一個重大的打擊。
這一天，對於盟軍來說是極爲痛苦的，因爲這一天盟軍不但損失了南太平洋僅剩的一支海軍艦隊，同時還丟掉了爪哇和仰光，更重要的是美國最著名的將軍麥克阿瑟身陷重圍，危在旦夕。