花了一天的時間轟炸萊桑島之後，斯普魯恩斯沒有等到第四特混艦隊，同時也判斷，第四特混艦隊將死守中途島，不會去管萊桑島上的陸戰隊官兵的死活。在28日夜，斯普魯恩斯就重新調整了兩支特混艦隊的行動，按照他之前制訂的計劃，在29日轟炸中途島。
在28日上半夜的時候，第51特混艦隊就機動到了中途島東南方向的利相斯基島附近。這裡是艦隊在夜間隱藏的最佳海域。唐帝國海軍航空兵在中途島上部署了大量裝備有雷達的夜間偵察機，而這些偵察機可以發現海面上的戰艦，卻一個缺陷，即雷達無法分辨出海面上的礁石與戰艦的區別。因此，夜間偵察機一般不會到島嶼附近活動。利相斯基島附近有很多礁石，這將嚴重干擾雷達，讓艦隊躲在這裡，將要比暴露在空曠的海面上更爲安全，也更不容易被發現。
第52特混艦隊則在夜間向北機動，艦隊裡的轟炸機在夜間就做好了出發的準備。轟炸中途島的任務是由第51特混艦隊執行的，而第52特混艦隊的任務是掩護第51特混艦隊，如果第四特混艦隊出現的話，那麼就將由第52特混艦隊首先對付第四特混艦隊，第51特混艦隊在收回了轟炸機羣之後，再去迎戰第四特混艦隊。當然，就斯普魯恩斯本人的意願來講，他不希望第四特混艦隊儘快出現，至少不希望在第51特混艦隊的轟炸機都去對付中途島地機場的時候出現。
天亮前一個半小時。也就是凌晨五點的時候，第51特混艦隊的轟炸機就全部起飛了。斯普魯恩斯將三艘航母上的200多架轟炸機編成了兩個機羣，每個機羣由一個大隊的戰鬥機護航，兩個機羣的轟炸機是連續起飛的，而且第一個機羣地護航戰鬥機派在了轟炸機之後，而第二個機羣的護航戰鬥機派在了轟炸機之前起飛，這樣一來，兩個大隊的戰鬥機就將連續起飛。然後趕在第一批轟炸機之前到達中途島上空。如果遭到唐帝國岸基戰鬥機的攔截的話，兩個大隊的護航戰鬥機就能同時投入戰鬥，而不是單獨迎戰，這對奪取制空權有很大的幫助。
斯普魯恩斯之留下了一個大隊的戰鬥機執行艦隊防空任務，他並不擔心艦隊會遭到攻擊。在他看來，就算第四特混艦隊會突然殺出來，那麼應該是第52特混艦隊擋在前面，而第51特混艦隊不會首先被發現。
萊桑島與利相斯基島的東南面，因此中途島東南面的海域相對來說不利於艦隊作戰。而第51特混艦隊就在中途島地東南面，第52特混艦隊在其北面。也就是中途島的東面。第四特混艦隊很有可能從中途島北面繞過來，那麼就應該首先與第52特混艦隊遭遇。斯普魯恩斯的部署中也明確了這一點，第52特混艦隊的偵察機將重點搜索北面與西北面海域，而第51特混艦隊的偵察機則將重點搜索西面海域。
在轟炸機羣發回轟炸報告之前，斯普魯恩斯收到了內克島發來的消息，登陸艦隊已經在七點的時候離開了錨泊地。正在趕往中途島電報的內容很短。沒有提到別的事情，因此斯普魯恩斯也只能判斷，內克島上那有限的夜間偵察機並沒有什麼收穫，也就是說，第四特混艦隊沒有去偷襲內克島那邊的登陸艦隊。這應該是一個好消息，至少這讓斯普魯恩斯相信，登陸艦隊還是比較安全的，而第四特混艦隊仍然留在了中途島附近海域，也許其派出的偵察機正在朝第52特混艦隊飛去呢。
七點過十分，第一批轟炸機羣發回了消息。機羣成功的轟炸了中途島上的機場，但是遭到了唐帝國岸基戰鬥機，以及高射炮的猛烈攔截。在該機羣到達之前，已經有至少30架戰鬥機緊急升空，結果飛在最前面的護航戰鬥機首先與這羣“金鷹”交戰。空戰中。有20多架Ｆ6Ｆ被擊落，而隨後到達地SB3C以及TBF機羣也遭到了攔截，總共有超過40架的戰機被擊落，而那批唐帝國的戰鬥機也被擊落了接近20架。因爲跑道沒有完全摧毀，所以第二批機羣將繼續轟炸機場，而不是去對付島上的其他目標。
半個小時後，第二批轟炸機羣的報告也發了回來，機場地跑道已經被全部摧毀，至少有上百架的唐帝國戰機在地面上被炸燬。另外。該機羣也損失了20多架轟炸機。不過，唐帝國的防空戰鬥機已經用光了彈藥或者是燃料。而且肯定無法再次起飛，只能在平坦的海灘上迫降。領隊飛行員要求進行補充轟炸，以擴大戰果，防止唐帝國陸戰隊修復機場。
這個戰果與戰損比超過了斯普魯恩斯的預料，顯然，偷襲沒有完全成功，損失很大。當時唯一能夠立即補充轟炸中途島的是第52特混艦隊的轟炸機。第52特混艦隊距離中途島大概有400海里，這超過了轟炸機的打擊半徑，因此第52特混艦隊的轟炸機在完成了轟炸任務之後，只能到距離更近地第51特混艦隊的航母上來降落。可這樣一來，就將導致第52特混艦隊沒有打擊力量了。
斯普魯恩斯沒有讓第52特混艦隊去轟炸中途島，到現在，他還不知道第四特混艦隊的準確位置，必須要保留一支可以摧毀第四特混艦隊的打擊力量。另外，中途島上的機場已經被炸燬，大部分的戰機都被摧毀在了地面上，就算唐帝國陸戰隊能夠創造奇蹟，在幾個小時內修復一段跑道，那也最多隻有不到二十架的戰鬥機可以繼續升空作戰，這對第51特混艦隊是沒有威脅地。因此。等到轟炸機羣返航之後，再從容不迫的發動第二輪轟炸，這也是可以的。
說白了，斯普魯恩斯仍然有點忌憚第四特混艦隊，害怕遭到第四特混艦隊的突然打擊。比如在第51特混艦隊的轟炸機出發之後，艦隊就離開了利相斯基島附近海域，而是在向第52特混艦隊靠近。反正就當時的情況而言，斯普魯恩斯不害怕遭到中途島上的岸基轟炸機的反擊。只是擔心第四特混艦隊會突然殺出來，打他一個措手不及。
到八點半，也就是第一批出發地轟炸機羣快要返回艦隊上空的時候，斯普魯恩斯收到了特納發來的電報，第52特混艦隊暴露了！
發現第52特混艦隊的是一架返航的遠程偵察機，這架偵察機肯定是在夜間執行遠程偵察巡邏任務的，並且在天亮後返航，在八點二十分左右，無意中飛到了第52特混艦隊上空。雖然第52特混艦隊的防空戰鬥機迅速的將這架笨重的，沒有多少自衛武器的偵察機給擊落了。但是偵察機已經發出了電報，第52特混艦隊的行蹤徹底暴露了！
斯普魯恩斯只遲疑了五分鐘，就立即下令讓第52特混艦隊南下，向第51特混艦隊靠過來，同時讓第51特混艦隊上空的那個戰鬥機大隊立即飛往第52特混艦隊，加強第52特混艦隊的防空力量。可讓他感到極爲疑惑的是，這個時候。兩支特混艦隊的偵察機都已經到達了最大偵察半徑上，如果第四特混艦隊在附近的話，那麼早就被發現了。難道第四特混艦隊不在中途島附近？或者說，第四特混艦隊會從其他的方向殺來？
後一種可能性是無法排除地，斯普魯恩斯直接取消了補充轟炸中途島的行動，讓轟炸機全都留了下來，並且讓飛行員做好了轟炸艦隊的準備工作，航空勤務人員則準備爲轟炸機掛上航空穿甲彈與魚雷，而不是對付地面目標用的高爆彈與燃燒彈。另外，斯普魯恩斯還安排了一批轟炸機掛着副油箱緊急起飛。去填補偵察網上的漏洞，擴大偵察搜索範圍。
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十點，第二批轟炸機返回了第51特混艦隊，斯普魯恩斯仍然沒有讓這批轟炸機去繼續轟炸中途島，他覺得現在還不是時候。一直沒有現身的第四特混艦隊纔是最大的威脅。因此，現在的首要任務是加強艦隊防空，並且派出更多的偵察機，搜索周圍的海域，絕不能讓第四特混艦隊悄悄靠近，更不能讓第四特混艦隊成功打擊第52特混艦隊！
到十點半的時候，第二批出發的偵察機仍然沒有任何的消息發回來，而第一批出發的偵察機已經返回了艦隊。斯普魯恩斯與特納都在這個時候安排了另外的轟炸機去執行偵察任務，他們不敢有絲毫地鬆懈。更不敢有絲毫的大意。至於要不要繼續轟炸中途島，這已經不是斯普魯恩斯所考慮的問題了。
直到十一點。在第三批偵察機出發之後，斯普魯恩斯才收到了一封重要的，同時讓他鬆了口氣的電報，一艘在馬里亞納羣島北部海域執行完戰鬥巡邏任務地潛艇在返回珍珠港的航線上發現了一支龐大的艦隊！該潛艇是在海面上航渡的時候與這支艦隊遭遇地，結果還沒有來得及下潛就遭到了對方驅逐艦上的火炮地攻擊，潛艇地耐壓殼體被炮彈擊穿在艇員還沒有完全逃出來的時候就沉沒了。最重要的是，該潛艇在沉沒之前，艇長將與敵艦隊遭遇的具體位置發了出來。
電報中沒有提到敵艦隊中是否擁有航母，卻提到了敵艦隊規模非常龐大。這已經足夠了，因爲沒有任何一支唐帝國的運輸船隊會跑到內克島北面海域去，能夠出現在那裡的肯定是唐帝國海軍的第四特混艦隊！
斯普魯恩斯很快就想到，第四特混艦隊出現在內克島北部海域，肯定是想去偷襲登陸艦隊，可爲什麼沒有攻擊內克島呢？可能是第四特混艦隊的司令官懼怕內克島上的偵察機與轟炸機，或者是別的什麼原因。後來斯普魯恩斯才考慮到，在轟炸萊桑島與中途島的時候，他只安排了一支特混艦隊出動轟炸機，因此這讓第四特混艦隊的司令官認爲另外一支特混艦隊埋伏在後方，準備利用登陸艦隊做誘餌，偷襲第四特混艦隊。
不管怎麼樣，當時斯普魯恩斯不再有任何顧忌了。十一點過十分，他就下令讓兩支特混艦隊的所有轟炸機全部去轟炸中途島，並且艦隊也轉向接近中途島，爭取在傍晚前再完成兩次轟炸任務，這至少能夠讓陸戰隊認爲艦隊在給他們全力支援吧。而當時第四特混艦隊距離第五艦隊還有700多海里呢，斯普魯恩斯根本就不需要擔心什麼。
轟炸行動一直持續到了傍晚，第五艦隊在轟炸行動中損失了近100架戰機，其中有75架轟炸機。這個損失確實不小，可並沒有讓第五艦隊失去戰鬥力，而且中途島上的大部分重要目標都已經被摧毀，機場也被炸成了廢墟，從偵察機拍下的照片來看，中途島上的機場在兩到三天之內是不可能修復的，就算修復了，中途島上的唐帝國軍隊也沒有戰機可以使用！
參謀們統計戰果與戰損的時候，斯普魯恩斯正在考慮該怎麼對付第四特混艦隊。第52特混艦隊已經被唐帝國的偵察機發現了，可在第四特混艦隊趕來之前，第52特混艦隊有足夠的時間逃到安全的海域去。那麼第四特混艦隊會返回中途島嗎？肯定會，畢竟中途島是唐帝國海軍的防禦核心。另外，第四特混艦隊會去偷襲登陸艦隊嗎？可能性應該不大，到天亮之後，登陸艦隊距離中途島大概只有350海里了，而且在第五艦隊的掩護之下，因此第四特混艦隊不可能在明天偷襲登陸艦隊。
想到這，斯普魯恩斯有了一個大膽的決定，在中途島等第四特混艦隊，與第四特混艦隊決戰！相關的命令很快就下達了下去，可就在斯普魯恩斯堅信第四特混艦隊會主動前來“受死”的時候，他突然意識到，自己忽略了一個問題，一個極爲重要的問題。