告別金宇師徒後，水門回到家裡，漩渦玖辛奈正在做飯。看着妻子忙乎的身影，水門露出笑容。玖辛奈發現水門回來，晃動勺子，“你傻站在那裡幹什麼？三代目叫你去有什麼事情啊？是不是又要跟金宇一起出任務啊？這個糟老頭！你跟金宇在一起的時間比我這妻子還多。”水門無語了，“唉，你啊！”這個時候的三代火影才50多歲，頭髮烏黑，還不算是老頭。玖辛奈笑道，“看你唉聲嘆氣的，是不是老頭批評了你一頓啊？沒事沒事，這些根本不用在意。”水門支吾，“啊，不是這個啦！”
玖辛奈道，“那又是什麼啊？”水門道，“那個三代火影讓我出任四代目火影。”玖辛奈隨口道，“這樣啊，火影那破玩意沒什麼大不了的……啊，你剛剛說什麼？”看着玖辛奈激動的樣子，水門只好點了點頭，“我受命繼任爲四代火影。”
玖辛奈大喜過望，一把抱住了水門，“恭喜恭喜！”玖辛奈撲在水門身上撒嬌，拖鞋都甩飛出去了。水門汗，“喂喂……”玖辛奈激動萬分，“今後我就是火影夫人啦！”從丈夫身上跳下來，玖辛奈咳嗽一聲，“辛苦你了！”水門也道，“謝謝！”
根部的一個秘密基地，外面有暗部把守，裡面是大蛇丸的實驗室，這個時期大蛇丸名義上率屬於根部。大蛇丸正在做實驗，團藏道，“這下正中日斬的下懷……”大蛇丸道，“三代火影的本意是讓水門做傀儡吧！師徒一起控制木葉。”團藏嘆氣，“照這種做法，木葉沒有未來的。”
大蛇丸晃動手裡的試管，“現在放棄爲時過早，只要這個研究成功，掌控木葉的權力簡直是易如反掌。當然，爲了掌控權力，必要時我們可以採取些強硬手段。”團藏道，“時機成熟的話，當然不擇手段了。但現在還沒到時候！”
離開秘密基地，團藏與3個部下甲乙丙匯合。團藏有些惱怒，“說到底，但凡這傢伙稍微有點人望，也不至於沒有一個人支持！光我一個人推薦又有什麼用呢？走了，甲乙丙！”三人一起答應，其中那個叫甲的暗部似乎還是個孩子，同樣是大約10歲左右的樣子。
過了幾天，木葉就貼出了告示，三代火影猿飛聲明退位，由波風水門出任四代火影。阿凱看到這個告示，大爲驚喜，急忙去找卡卡西。卡卡西坐在一個橫椅上閱讀那本《忍者死戰》，阿凱跑來，搶過那本書，“哎，這是什麼？【怎樣死去】？”卡卡西把書搶回來，“這是《忍者死戰》，不要引發歧義啊！你找我什麼事情？”阿凱手舞足蹈，“對了，第四代火影的人選已經公佈了。別被嚇到了，四代火影是水門老師呢！”
野原琳墳前，卡卡西在那裡放上鮮花，“琳，水門老師當上火影了。老師一定能成爲教授的繼任者，改變木葉村，改變忍者世界，再也不會讓你們這樣的犧牲者出現了。”卡卡西口中的教授指的是三代火影猿飛日斬。隨後，卡卡西又去了慰靈碑那裡，把這個消息告訴過世的帶土。因爲帶土的屍體沒有找回來，因此只能到慰靈碑這裡憑弔。
當天繼任儀式，在萬衆矚目下，三代火影猿飛日斬摘下頭上的火影斗笠，遞給了波風水門。水門接過來，將其戴在頭上，露出藍色閃亮眼眸。近距離目睹這一刻的忍者，包括兩位顧問長老、上一代的豬鹿蝶三人組、宇智波富嶽、日向兄弟、金宇四十五、漩渦玖辛奈等上忍。猿飛道，“拜託了，四代目！”四代火影道，“我願意獻出我的生命！”金宇露出了鼓勵的眼神，玖辛奈的臉上都是笑容。
在陽光照耀下，新任的四代火影走向高臺。充滿陽光氣息的波風水門身披御神袍頭戴火影帽出現時，臺下歡呼一片。卡卡西、邁特凱、不知火玄間、並足雷同、伊瓦西、阿斯瑪、夕日紅等少年忍者也是歡呼雀躍，不過這個時候，他們的時代纔剛剛開啓，還沒有完全到來。而月光疾風、卯月夕顏、宇智波鼬、伊魯卡等人都還稍顯幼稚。那個時期的木葉，就像新任的四代火影一樣，充滿了陽光和希望。
然而卡卡西依然沒有從失去戰友的傷痛中解脫出來，還在爲帶土和琳死亡的事情自責。卡卡西還記得，水門與金宇都說過雷切這個招數的弱點，但是這個弱點現在已經克服了，那就是帶土贈送的左眼的寫輪眼，當千鳥和寫輪眼合二爲一時，雷切就完美了。可是卡卡西卻用這一招殺死了野原琳，這造成了他心裡的陰影。阿凱從樹上跳下來，找到了卡卡西，“上面有任務找你，快去吧！”
卡卡西來到火影辦公室，看見水門與金宇都在裡面。卡卡西問道，“有任務嗎？”水門道，“我需要你爲我取來和平條約的相關資料。”卡卡西答應，金宇解釋，“忍者之中還有想要繼續維持戰亂狀態的，我們得到消息稱他們企圖奪走資料，從中挑撥。”水門道，“總之，你執行任務時留意一些。”卡卡西應諾。
隨後，卡卡西就上路了，他獨自在樹林裡穿梭，一個蒙面忍者從後面追來。卡卡西馬上打開了寫輪眼，蒙面忍者立即結印，分出了十幾個影分身。卡卡西結印，發動了千鳥忍術，但是由於心裡陰影，千鳥發動了不一會兒就消失了。卡卡西被迫落在地上，蒙面忍者的影分身包圍了卡卡西。
正在危急時刻，邁特凱突然趕到了，“木葉旋風！”用強力的體術擊破了一大片影分身。隨同阿凱前來的還有幾個暗部忍者，蒙面忍者見情況不利，急忙逃走了。阿凱怒道，“這可不像你啊，卡卡西，你發什麼呆啊！”卡卡西道歉，“對不起。”卡卡西的查克拉出現紊亂，蹲在地上，滿頭大汗。阿凱吃驚，“你怎麼了，卡卡西？振作點！”因爲不放心卡卡西，阿凱悄悄從後面跟了過去，這才及時救下了卡卡西。
事後，阿凱將這次任務情況報告給四代火影。阿凱道，“我從未見過那麼軟弱的卡卡西。”水門道，“幸好有你跟在他後面。”阿凱有些不甘心，“雖說作爲永遠的對手，越到這種時候越需要做些什麼，但……”水門安慰道，“你已經做得很好了，接下來就交給我吧。”阿凱這才放心地離去了。金宇道，“水門，卡卡西的心裡陰影還沒有過去啊，我看還是讓他好好休養一段時間吧！”水門道，“只是單純的休養的話，可能起不到作用呢！”
木葉醫院，卡卡西望着窗戶發呆，風把窗簾吹動的亂飄。猛然，水門突兀地出現在窗口，卡卡西急忙坐起來，“水門老師，不，四代目！”水門笑道，“還是用以前的稱呼吧！村子裡還有人反對，說我太年輕不適合坐這個位置。我今天之所以來這裡，是命令你加入火影直屬暗部的。”卡卡西道，“爲什麼讓我這種人……”水門拍了拍卡卡西的肩頭，“我希望你能成爲我的左膀右臂，就像金宇上忍那樣。”
出院後，卡卡西就加入了暗部，那天晚上，卡卡西進入了暗部基地，一個戴着面具的忍者將暗部的裝備交給卡卡西。戴上貓臉面具，背起短刀，卡卡西正式成爲了暗部的成員。心裡的陰影讓卡卡西在任務中遇到了危險，而水門還是讓他加入直屬火影的暗部，在那裡卡卡西戴上了掩飾自己內心的面具。
火影辦公室，水門召見暗部衆人，“利用亂世倖存下來的小忍村的忍者中，有不少人並不希望看到火風土三方的支配，相信今後會面臨來自他們的各種威脅。但現在的和平是用無數犧牲換來的，必須將它死守住。所以我需要你們的幫助！”暗部衆人一起應諾。四代火影說完後，暗部衆人一起離開了。
第三演習場，卡卡西來這裡進行修行，用千鳥擊碎了幾個木樁。瞭望臺，負責守衛這裡的3箇中忍，其中一人用望遠鏡發現樹林裡有5名巖忍出現，“五名忍者正在快速接近中！”另一人問道，“哪個忍村的？”發現者道，“巖隱村的。”一個忍者奇怪，“巖隱與我們木葉締結了同盟啊，難道是有急事嗎？”說話間，5名巖忍衝上了瞭望臺，向3名木葉中忍發動了襲擊。
3名木葉中忍也都身手不凡，各自拔出苦無應戰。木葉忍者甲道，“爲何打破盟約？”木葉忍者乙道，“我們是木葉村的！”木葉忍者丙道，“是不是有什麼誤會呢？”5名巖忍並不答話，只是一味地進攻。漸漸地，五名巖忍包圍了3名木葉忍者。正在危急時刻，幾個暗部趕到了。發現木葉的援軍到了，巖忍們馬上選擇了撤退。木葉忍者甲道，“你們來得正好，巖隱倒戈了！”
一名暗部摘下地上敵人遺留的手裡劍，“這不是巖隱的手裡劍。”木葉忍者甲一愣，“冒牌貨？爲什麼？”暗部忍者道，“爲了分裂木葉與巖隱！”隨隊一起行動的卡卡西獨自出擊了，暗部甲喊道，“不要深追啊！”卡卡西追入樹林，手中千鳥齊鳴，直接幹掉了落在後面的一名敵人。卡卡西緊追不捨，第二個、第三個、第四個敵人也被雷切擊斃。剩下的最後一個敵人驚慌失措，從樹上墜落下來。
卡卡西也落下來，摘下面具，冷冷看着敵人。冒牌巖忍驚駭，“寫輪眼？你就是傳說中的冷血卡卡西嗎？”暗部的兩名忍者也飛追過來，“住手，卡卡西！”“別殺他，留個活口！”卡卡西的手中已經發動千鳥，冒牌巖忍嚇破膽，“救命……”卡卡西的雷切鑿穿了敵人與後面的大樹，雷光在樹林裡升起，發出轟然巨響。兩名暗部落下來，“5個敵人都是一擊命中要害啊！”“哪怕留下一個活口也能問出情報啊！”
木葉街上，阿凱與卡卡西打招呼，卡卡西直接無視了，揹着短刀離去。阿凱大爲惱火，“居然不理我！”隨後，卡卡西來到火影巖上獨坐，孤獨與寂寞就是那個時期卡卡西的真實寫照。
火影辦公室，暗部隊長來報告，“雖然卡卡西進入暗部時間不長，但他的表現令人瞠目結舌。”暗部隊長將卡卡西這次任務的表現說了一遍，金宇聳了聳肩，“火影大人擔心卡卡西因爲誤殺琳，受到的心理創傷看來已經治好了呢！”暗部隊長道，“是啊，完全沒有擔心的必要了，卡卡西是個合格的暗部忍者，只是下手太快了些。”金宇看到水門臉上的憂色，“你有什麼不放心的嗎？”水門嘆氣，“沒事。”
木葉醫院，醫生確證了玖辛奈懷孕的事實，並恭喜了她，“預產期是10月10日。”玖辛奈大喜過望，“是嗎？”
波風家，水門正在吃麪條，“哈，有寶寶了？”玖辛奈很激動，“我要當媽媽了！”水門一下子愣住了，“我也要當爸爸了嗎？”就在上個月，金宇向水門顯擺說要當父親了，水門還一直很羨慕。水門有些激動，“沒想到這麼快就輪到我當爸爸了！”玖辛奈同樣很開心，“當媽媽了！”水門道，“我當爸爸……”玖辛奈抱住丈夫，“當媽媽啦！”水門高興，“這下我真的當父親了！”夫妻二人激動萬分，對未出生的孩子充滿了憧憬。但他們絕不會想到這個孩子的出世意味着一場可怕的浩劫。