終於有一天，和他們相依爲命的小狗死了，而後他們開始追尋木葉三忍。準備好能夠長期攜帶的食物，將黃狗安葬後，三個孩子揹着包裹，踏上了漫長的拜師之旅。在出發之前，彌彥把那些偷來的但又無法帶走的食物，還給了那些被偷的村民。
可是，追尋木葉三忍絕不是簡單的事情，這對三個孩子來說，就是不斷地深入戰場，不停地彷徨迷惘。有一次彌彥不知道從哪裡找來了防毒面具，三個孩子戴着防毒面具，冒險進入了有毒的霧區。彌彥的謹慎小心，避過了陷阱，救了他們多次。雖然沒有找到三忍，但彌彥撿回來一把苦無，拿在手裡耍帥。
看到長門和小南有些消沉，彌彥不斷地鼓舞，終於讓二人露出笑容。如果沒有彌彥，長門和小南恐怕早就放棄了。然而忍者是不會輕易留下自己的行動痕跡的，木葉三忍更加是難以找到。可是彌彥沒有放棄，在他的堅持下，三個孩子更加地深入戰場了。
彌彥認爲，越是戰鬥激烈的戰場，三忍活躍的可能性越高。有一次，三人經過峽谷，冒險攀上了一個高崖。彌彥把小南拉上來後，遠處的爆炸聲漸漸停息了，彌彥警覺這裡的情況不對勁。瀰漫天空的苦無、手裡劍、起爆符像下雨一樣落下來，三個孩子不湊巧地處在了戰場的中心。
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危急關頭，長門打開了輪迴眼，形成了一個斥力防護罩，擋住了所有的攻擊。但是三人腳下的高崖卻被起爆符炸燬了，三人向下墜落，掉入了峽谷的河流中。幸好三人出身雨之國，都熟悉水性，總算撿了條小命。命運之神開了個玩笑，彌彥三人掙扎上岸後，剛巧遇上了從這裡經過的木葉三忍。他們終於找到了自來也，那位來自妙木山的蛤蟆仙人。
看見木葉三忍在那裡休息，彌彥壯着膽子走過去，與自來也等人談話。但是長門無法接受木葉忍者，原因是父母之死。在大雨中，三忍即將離去，彌彥提出了想要學習忍術，小南把紙花遞給綱手。大蛇丸心性陰冷，“殺掉這些小鬼吧！我看過太多的戰爭孤兒，都非常悽慘……乾脆在這裡殺掉他們，也是爲了這些孩子，對他們來說也是一種幸福……”
這種離譜的提議，自然被自來也和綱手否決。自來也讓大蛇丸和綱手先回去，“我留下來暫時照顧一下這些孩子，起碼等到他們能夠自立爲止。權當作對這個飽受戰火國家的補償。”
歷盡艱辛長門、小南和彌彥終於和自來也相遇了，自來也決定留下來照顧他們。長門對木葉忍者芥蒂很深，但自來也給人的感覺與衆不同。這樣就開始了師徒4人的生活。
不久之後發生了一件事情。巖忍的餘黨來襲擊了彌彥和長門，在彌彥即將被殺掉的瞬間，長門用輪迴眼的力量殺掉了那個巖忍，而且是無意識的。隨後，自來也和小南趕到這裡，自來也發現長門有一種特殊的力量，那就是名爲輪迴眼的瞳術。這件事之後，本來一直疏於教導他們忍者修行的自來也，開始認真傳授三人忍術。
雖然自來也說那是爲了防身的忍術，但對長門來說，那是爲了能讓他控制輪迴眼的力量。但長門害怕這種力量，仇恨在讓力量失控。長門認爲自己做錯了事情，罪惡感一直責備着他。但是自來也從低谷中拯救了他，告訴他力量也許會傷害人，但也能拯救別人，彌彥就因此逃過一劫。“你保護了朋友，你做的應該是正確的事情。誰也沒有權利來責備你……”等長門回過神來，他發現自己已經在不知不覺中認同了自來也老師。
自來也說，“受到傷害會記住仇恨，傷害了別人會遭到憎恨……但是當體會了這種痛楚之後，才能真正地善待他人。人們是在體會痛楚之後，纔會成長的。成長之後要怎麼做，這就要自己去考慮了。體會痛楚，不斷地思考，得出怎樣的答案……”自來也彷彿也是說給自己聽一樣，這樣教導長門，但是他自己也沒有找出答案。長門道，“就如同你現在一樣，鳴人。”
當時長門覺得自己找到了答案，“我只要保護兩個人，不管會伴隨着怎樣的痛苦。”自來也告訴長門，“這個忍者的世界充滿了仇恨，戰爭和憎恨到處蔓延……我在想着如何消除它……和平究竟是什麼，我想找到這個答案。”這之後過了3年，通過修行，3個孩子變成了少年，身心都有所成長。只是自來也的話一直留在長門心中翻滾，久久難以釋懷。
自來也把這個答案寄託在了長門的輪迴眼上，“很久以前，人們經常爭鬥，戰爭不斷，是比現在更加慘烈的時代。那個時代出現了一個僧侶，首次闡明瞭查克拉的真理，想將世界引向和平。傳說他走遍世界，傳播忍術絕學，宣傳自己的教義。忍術並非只包括武力，同時也是將人們引向和平的教誨。這位僧人就是六道仙人，是被冠以世界救世主的聖人，而他擁有的正是輪迴眼。【我乃維護安寧秩序之人】，這是六道仙人的格言。他堅信人們能夠真正相互理解的世界，終將到來。”
自來也認爲長門可能就是這位仙人的轉世，輪迴眼寄託着仙人的心願。三年後，自來也將和平的信念託付給了長門後離開了。
把和平的希望寄託給了長門和彌彥，自來也就離開了他們。彌彥不負衆望，成爲了大家的首領，不久將其發展壯大，並當上了這個龐大的組織的領袖，不依賴權利和武力去創造和平的想法很快得到了大家的支持，許多忍者加入了進去。這個組織就叫做曉，很快就名聲大振，大家都贊同構建一個不靠極端武力維持的和平世界。
但是，當時依然處於第二次忍界大戰期間，巖隱、木葉、砂隱三大忍村還在交戰中。雨隱的首領半藏，聽聞了這個組織，故意接近了彌彥等人。因爲半藏已經無法忽視彌彥等人的存在了。半藏提出以曉作爲主體，向三大國提出和平交涉的提案。
爲了達成這個和平協議，彌彥等人同意了半藏的建議，答應協助半藏實現雨之國的和平。但這一切不過是禍端的開始，彌彥等人在政治上還很幼稚。一切都是半藏的圈套和陷阱，他擔心雨隱的主導權被彌彥奪走，爲此處心積慮地要除去彌彥。
果然，在約好交涉的地點，包括木葉的暗部在內，半藏率精銳部下埋伏在那裡。半藏和木葉暗部的首領團藏勾結，想要將曉全部抹殺。團藏爲了爭奪火影的寶座，答應協助半藏。半藏爲了維護雨隱的統治，勾結了團藏。在長門眼裡，這兩個藏，就是狼狽爲奸沆瀣一氣。
半藏出其不意地抓住了小南，說出了自己的真實目的，以小南的性命爲要挾，逼彌彥自殺。半藏擲下苦無，讓長門用這把苦無殺死彌彥，“這樣的話，我就放你和這個女人逃走。”小南大驚，“住手啊，長門。別管我，你們兩個快掉逃走，回頭再給我報仇！”
彌彥見情況危急，命令長門用苦無殺死自己，以便救出小南。看到長門猶豫不決，彌彥抓住長門的手臂，把苦無刺入自己的身體，自盡而亡。臨終前，彌彥囑咐長門，“你和小南要一起好好活下去！你也許真的是這個世界的救世主……一定可以的……”
彌彥就此死去，小南悲痛欲絕，長門陷入了痛苦中。半藏見目的達到，曉已經羣龍無首，下達了總攻擊的命令，“殺！”頃刻間，曉的成員傷亡慘重，長門用神羅天徵彈開了雨忍的攻擊，趁機接近了半藏，救出了小南。
然而，半藏已經在小南的所在位置，佈置了大量的起爆符，長門中了陷阱，被起爆符纏住了雙腿。爆炸中，長門的雙腿被炸成重傷，從此不良於行。半藏衝過來，以火遁攻擊，長門用餓鬼道的技能吸收了這個忍術。看到長門的眼睛，半藏大吃一驚，“真不賴啊，小子！竟然能夠吸收我的火遁忍術，並且逃出了起爆符陷阱！”長門道，“小南，抱住彌彥，靜靜地躺着……”
木葉的暗部和雨忍們一擁而上，長門發動通靈術，召喚來外道魔像，地獄的冥王，把那些敵人殺得落花流水。半藏也是第一次看到這樣的通靈獸，大爲震驚。召喚完之後長門背部就被插上了黑色鐵棒，而且身體變得骨瘦如柴。
長門以此控制外道魔像，從冥王嘴裡放出了一條查克拉巨龍，大肆屠殺雨忍和木葉暗部。半藏很快發現，只要人接觸那個查克拉巨龍，靈魂就會被吸走。部下們傷亡殆盡，半藏這才意識到曉的真正核心戰力是長門，而不是首領彌彥。真正讓半藏震驚的是長門的輪迴眼。
長門控制巨龍，直接攻襲半藏。半藏發動了瞬身之術，險險逃過了一劫，所在位置被查克拉巨龍鑿穿大坑。
雨隱的首領卻利用卑鄙的手段殺害了彌彥。彌彥死去之後，長門就代替彌彥，成爲了曉的首領。爲了他們的目標，組織的成員接二連三的死去了。長門認爲只要人存在，憎恨是不會消除的，自來也的想法根本就不切實際。
明明有所成長，可是跟之前沒有任何變化。儘管擁有強大的忍術，可依舊不能保護同伴。同伴的死去，不管是身體上還是心理上都對長門造成很大的傷害，“我錯了，我注意到我得出的答案，簡直狗屁不如。彌彥是我的救命恩人，也是我的夢想，想要拼上性命守護的無可替代的朋友。彌彥的死，就是我第二個最大的痛楚。”失去雙親和摯友，痛苦充滿了長門的心胸，化身爲佩恩的人生從此開始了。
長門接替了彌彥成爲曉的首領，之後又有許多同伴在戰鬥中死去。長門語氣偏激，“很多很多，不斷有人死去……沉溺於和平幻覺之中，你們的火之國民衆都是些虛僞的和平主義者。給予木葉村每筆的委託金，都成爲了戰爭資金。火之國的民衆明知助長了不少戰爭的事實，卻口口聲聲地說着僞善的和平。你們大國的和平，不過是建立在我們小國犧牲基礎上的。你們的和平是對我們的暴力！人只要活着，就會在不經意之間傷害他人。只要人類還存在，仇恨也將與之共存。在這詛咒的世界裡，根本不存在真正的和平！自來也老師所說的話，全部都是不切實際的。”
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木葉，奈良鹿久、山中亥一、秋道丁座三人在一起聚餐，亥一道，“說起來，我們三人這樣齊聚一堂，也是很久之前的事情了吧！”丁座不停地往嘴裡塞飯，“說起來就是啊！”鹿久道，“大蛇丸的木葉崩潰計劃之後，這還是第一次啊！”亥一有些感懷，“並稱爲豬鹿蝶，被其他國家畏懼，也是過去的事情了。”丁座晃動手裡的空碗，“我們還沒退役呢！”鹿久道，“好久沒做了，試試那個吧！”丁座說好，鹿久大喊，“那就開始吧！”三人擺出姿勢，“無敵陣型，豬鹿蝶！”“太帥了！”“是啊，不管多大年紀，同伴都是好東西啊！”井野從窗戶外看到，嘲諷三人，“真是的，都一把年紀了，還在那裡賣萌！”
三人重新坐下來，鹿久疑惑，“說起來，我們今天好像還約了別人吧！昨天久違的見了面……”亥一也道，“對啊，想偶爾也一起吃一頓飯……”丁座道，“是誰來着？想不起來了……”油女志微就坐在隔壁，“喂喂，居然會忘記同伴，這可是老年癡呆症的徵兆啊！”服務生過來，“客人，請問你要點什麼呢？”志微語氣不怒自威，“我應該在2個小時之前就已經點過了。”老闆擦汗，急忙跑過來道歉，然後帶着服務生跑開，去查看這個客人到底點了什麼。油女志乃親眼看到了這一幕，“原來我的不引人注意，是遺傳啊！”