火影辦公室，宇智波鼬報告，“宇智波止水是宇智波一族中年輕人的中堅力量，他的自殺使得宇智波的士氣和戰鬥力瞬間下降。”轉寢小春道，“就結果而言，還是扼殺了叛亂的萌芽啊！”猿飛心痛不已，“難道止水也只能用自殺的方式來阻止他們嗎？是不是我把他逼得太緊了呢？”團藏還在裝好人，其實他的右眼已經換上了止水的寫輪眼，“貌似宇智波一族之中，有人是懷疑你殺了止水。”
鼬道，“我和止水一樣，所做的一切都是爲了宇智波。只有不明白這一點的人，纔會說出這樣的話。止水沒有出現在匯合地點！”鼬是在警告團藏，團藏也害怕事情敗露，“因爲隱藏的秘密受到懷疑嗎？讓暗部正式傳達止水自殺的消息吧！沒問題吧，猿飛？”猿飛同意了，他只是覺得事情有些蹊蹺。
晚上，南賀神社，宇智波鼬來到這裡，再次觀看了祖傳的石碑。現在擁有萬花筒寫輪眼，他看到了更多的內容。
宇智波鼬繼續在暗部的生涯，某個夜晚，卡卡西帶領第六班的暗部忍者，與一羣潛入森林的草忍進行了激戰，宇智波鼬的幻術和手裡劍大放異彩，一多半的草忍都是他解決掉的。這個時期，copy忍者卡卡西的大名轟動忍界。爲首的草隱上忍被卡卡西的雷切所殺。戰鬥結束後，大和道，“前輩的大名流傳真廣啊！”一個暗部道，“幹了那麼多年，當然有名氣了。”卡卡西道，“處理現場，別留下任何與木葉有關的痕跡。”大和道，“是、是，知道了。”
鼬道，“畢竟是在暗部，見不得光的任務是家常便飯。”戰鬥結束後，大家在樹下休息。鼬道，“隊長你說過，你的寫輪眼是朋友託付給你的。”卡卡西道，“連同他的意志。”鼬道，“朋友的意願，是不是非要回應不可呢？”卡卡西道，“我個人認爲是的。宇智波止水的事情我知道，和這有關嗎？”鼬道，“不，沒什麼。”卡卡西道，“雖然幫不上太多的忙，但如果遇到什麼難題，儘管開口。”鼬答應。
南賀河，宇智波鼬來到這裡弔祭止水，“止水，自那之後，情況變得更加惡劣了。村子和宇智波我都保護不了啊！”
宇智波鼬加入暗部大約1年多了，木葉高層召見卡卡西與鼬。團藏道，“隨着任務增加，現在決定增設暗部班，隊長就由鼬來擔任。”鼬應諾。小春道，“我不反對，不過你真年輕啊！幾歲了？”鼬道，“13歲。”團藏道，“有人成爲上忍的時候，比他還年輕呢！”團藏說的是卡卡西。門炎道，“進暗部兩年就當上隊長了啊！”小春道，“是暗部隊長裡最年輕的一個吧！”團藏道，“新班的隊員，由我的暗部出人。”從始至終，猿飛都沒有說話，他的心情很沉重。
離開火影辦公室，卡卡西道，“你將被調去團藏的暗部。”鼬道，“大概吧！”卡卡西提醒，“別被捲入上層的政治鬥爭裡。”鼬喊住要走的卡卡西，說了類似訣別的話，“這兩年承蒙關照了！”卡卡西道，“你只是換個部門而已，照樣還是木葉忍者，又不是要離開這裡。”
第三演習場，大和道，“他才13歲，真讓他擔任暗部隊長嗎？”卡卡西道，“畢竟他不是普通的忍者。”大和道，“即便擁有寫輪眼，13歲擔任隊長也是破格提拔了。”而頂替宇智波鼬補入第六班的人就是疾風的戀人卯月夕顏。
雖然止水死亡，但宇智波一族叛變的步伐並沒有停下來。宇智波富嶽召見了族中的中上忍，看着黑壓壓一片的高級忍者，富嶽很滿意，“希望你們能服從命令！”衆人一起應諾。富嶽表情嚴肅，他知道這次政變成功的機率不大，但事到如今，也只好鋌而走險了。
十三歲的宇智波鼬被任命爲暗部的隊長，而實質上是團藏想要納爲己用，鼬繼續向團藏透漏着宇智波家族的情況。宇智波鼬面見團藏，團藏道，“我收到報告，警備隊正在強化武裝。這究竟是什麼意思？”鼬道，“宇智波對村子的不滿再次升級了。”團藏道，“不能再這樣下去了。”
火影辦公室，卡卡西參見火影，寬袍大袖的結界班班長卡柯伊也在那裡。猿飛道，“木葉的結界系統你應該知道吧？”卡卡西道，“就是那個能感知擅自入侵村子的人的系統吧？”猿飛道，“似乎有人突破了結界，幾次三番地進入村子。”結界班長卡柯伊道，“穿過結界的暗號術式，在木葉只有一小部分人知道，可能是叛徒泄露了信息。或者存在有能力解開結界術式的忍者。”
猿飛道，“如果是叛徒，可以通過改變術式來排查。但我更願意相信有忍者能穿過結界，雖然我也不想承認。我要你去調查這件事！”結界班長卡柯伊將部分結界配置圖交給了卡卡西，“有些地區的反應頻率很高。”其中反應頻率高的地區就是宇智波的地區周邊。卡柯伊道，“如果可以，我們也想在那邊設置結界系統。但那裡是他們的自治區，所以沒法出手。”猿飛道，“行動時注意，別讓人發現是暗部在進行調查。”
宇智波區的庭院，漩渦閃動，阿飛出現在那裡，他戴着橘紅色夾雜黑色條紋面具，穿着黑色長袍。阿飛察覺有異，急忙空間瞬移消失。樹後，宇智波鼬戴着暗部面具出現。鼬非常細心，他對這個人的身份和能力感到十分震驚。
忍者學校，阿凱在遠處觀察那些學生。鳴人正在向佐助挑釁，“聽着，我絕不會輸給你這種人的！”佐助沒好氣，“吊車尾一邊吵吵去！”兩人話不投機，吵成一團。晶臧苦着臉在二人中間勸解。阿凱看得直搖頭，卡卡西走過來，“你怎麼在這裡？這時候來學校做什麼？”阿凱道，“是這樣，我成了指導上忍。”卡卡西忍住笑，“你當下忍的老師？”阿凱道，“是啊！但說實話，我很不放心。不知道會負責什麼樣的學生。”
學校操場，鳴人甩開晶臧，衝向佐助，“你別在那裝模作樣了，臭屁佐助！”佐助縱身一躍，躲開鳴人的偷襲，“你怎麼那麼煩人啊！”鳴人跳腳，“閉嘴！”晶臧拼命從後面抱住鳴人，“笨蛋鳴人，不能打架啊！伊魯卡老師剛剛纔處罰完……”鳴人大喊大叫，“放開我，晶臧！我要教訓他！”
阿凱乾笑兩聲，“這種學生的話，可能會很辛苦啊！”卡卡西搖頭，約上阿凱，“跟我來一下。”阿凱大喜，“怎麼？要跟我切磋嗎？”
卡卡西與阿凱來到了宇智波地區，阿凱奇怪，“這是宇智波的防區啊！”卡卡西道，“街道可是別有一番風情啊！”阿凱道，“我還是第一次進來呢！”卡卡西道，“我來過幾次。以前……”阿凱看到了宇智波家的煎餅店，“的確是別有風情小吃店啊！”宇智波家族忍者用不友好的眼光注視二人，神經大條的阿凱卻絲毫沒有注意到。卡卡西擡頭看到了宇智波帶土的故宅，露出了回憶的神色。
卡卡西記得，他們在波風班時，他經常來這裡喊喜歡遲到的帶土。帶土的房間很整齊，他最喜歡做的事情就是偷偷親吻照片上的琳，當然這種囧事不止一次被卡卡西撞破。卡卡西總是說，“你這個笨蛋在幹什麼，集合的時間早就過了！”然後帶土惱羞成怒地大罵卡卡西……
卡卡西停留了一會兒，繼續向前走。阿凱叼着煎餅追上去，“這房子怎麼了？”卡卡西道，“沒什麼，想起了一個故人。”阿凱道，“話說這煎餅真好吃啊！沒白白跑這一趟。”卡卡西低聲道，“有些特產只有這個地方纔有。”阿凱道，“拜託了，快告訴我！”不少宇智波忍者在附近輪流監視二人。
卡卡西與阿凱來到了南賀神社，阿凱道，“這是什麼地方？”卡卡西道，“這是祭祀宇智波氏神的南賀神社。”阿凱道，“我不信宗教。”卡卡西道，“別這樣說，要不要進去抽個籤？”阿凱同意了，兩人向裡面走去。
剛好宇智波鼬回來，遇到二人，“卡卡西隊長，你怎麼在這裡？”卡卡西道，“忽然回憶起了以前，你呢？”鼬道，“我是這裡的人，經常來。”卡卡西問道，“當上隊長以後，還順利嗎？”鼬道，“沒什麼改變，還是和以前一樣出任務。”卡卡西道，“是嗎？”阿凱興高采烈跑出來，“卡卡西，是大吉呢！”鼬非常奇怪，不知道卡卡西來宇智波地區是什麼任務，他並不相信卡卡西是懷念故人才來的。
離開宇智波自治區，卡卡西到火影辦公室報告，“無論入侵者是誰，憑現在的情報都還不足以摸清其目的。只能在部分結界系統分別配置人員，與結界班合作，一旦發生反應便及時應對。如果不使用這樣的人海戰術，想找出入侵者幾乎不可能。”猿飛看完報告，“現在可沒辦法派這麼多人手去做這種事情。”卡卡西道，“只能請警務部隊加強巡邏了，只是……”
猿飛問怎麼了，卡卡西道，“我好久沒去宇智波地區了，剛去了一趟。感覺氣氛和以前大不相同，非常緊張。”猿飛嘆氣，“很封閉的感覺嗎？”卡卡西道，“是的，他們現在對外人的進入似乎相當排斥。”猿飛道，“這樣啊，警務部隊的事情我會和高層商量，這任務到此爲止吧！”
高層會議，團藏道，“這是個好機會！以鞏固村子防禦的名義，組建新的巡邏隊。將宇智波警衛隊解任，削弱他們的戰鬥力。”猿飛道，“不，那樣會招來宇智波的激烈反抗，應該讓警務隊來組建巡邏隊，反過來增加他們的職責。”團藏道，“眼下必須扼殺政變的萌芽，怎麼能反過來增加宇智波的戰鬥力呢？”
猿飛道，“我不會讓宇智波發動政變。”團藏惡狠狠道，“當然了，他們別想得逞！”小春勸道，“你們都冷靜些，會不會發動政變，還是未知數。不如暫且靜觀其變吧！鼬不就是爲了這個才協助我們的嗎？”
某日，宇智波一族再次前往南賀神社集合，族人們發現宇智波鼬依然沒有來，就有些懷疑。富嶽只好說鼬有任務。其實鼬的任務就是監視宇智波一族的動向，他就藏身在遠處的樹叢中。而志村團藏也悄悄潛入了宇智波地區，看到了這一幕。同時注意到這些的還有神秘莫測的阿飛。
事態緊急，宇智波鼬只好向上層報告，“宇智波一族已經決定要在木葉發動革命。”小春嚇了一跳，“什麼？”團藏道，“你已經掌握了證據吧？”鼬露出難過的神色，“是的。”卡卡西調查結界系統的結果顯而易見，這正是宇智波一族政變的前奏，而鼬的偵查也證實這一結果。
深夜，林中，阿飛出現在那裡。宇智波鼬從樹上跳下來，喊住了他，“我需要你幫我個忙。”
第二天，猿飛與團藏還在爭執。團藏道，“不能讓宇智波發動政變。唯獨在這一點上，你我應該達成了共識吧？”猿飛的臉色蒼白，點了點頭。團藏起身離開，猿飛急忙道，“等等，還沒有定論呢！”團藏道，“既然宇智波做好了準備，我們也必須做好準備。”猿飛嚴厲道，“記住，只能是準備，團藏！”團藏冷笑一聲離去了，他纔不會放棄這個千載難逢的好機會。