?曹越讓鄭森進了大都督府，跟隨在他身邊做事。這樣的安排，挺讓鄭芝龍父子吃驚，也想了無數種可能的原因。但他們都沒猜到曹越的真正用意，曹越只不過是因爲歷史上鄭成功的名聲緣故，想把鄭森培養成一個出衆的將領，自己的親信，一個自己能掌握和信任的人物。
鄭森與鄭芝龍的關係並不是很好，鄭芝龍不喜歡這個長子。而鄭森對自己的父親也成見頗多，有非常的不滿。這次鄭芝龍起初不願意接受朝廷的詔令，更讓他擔憂和害怕，並因此和鄭芝龍吵了幾架。雖然說鄭芝龍最終做出了明智的決定，不與朝廷相抗爭，但父子兩人的關係並沒有明顯的改善。
鄭森確實是個熱血青年，崇尚英雄人物，聽聞曹越的事蹟後，羨慕和敬佩的不行，這次竟然接到了曹越的私信，稱讚了他一番後，讓他到南京做事。這讓他受寵若驚，期望在見到曹越後，能得到更多的驚喜。還真的有驚喜在見到曹越後降臨到他身上，曹越給了他莫大的鼓舞，這讓他欣喜若狂。
他心裡打定主意，以後一定要追隨曹越，立不世戰功，成就英名，爲大明的繁盛貢獻自己的力量。
而曹越在幾次與鄭森接觸後，馬上發現這個與他年齡相仿的人，對他非常崇拜，並且非常想得到他的信任和重用。他也就打定主意，一定要發生培養，並通過洗腦的方式，讓鄭森成爲自己的最堅定支持者，以後再給予其重用。
福建水師的改編也馬上進行，曹越讓兵部侍郎呂大器和自己的親信愛將曹傑及黃得功一道去福建執行改編的任務，錦衣衛張世澤輔助完成此任務。
隨後小皇帝朱慈炯正式下詔，以原水師爲基礎，正式組建大明近衛軍海軍部隊，成立三大艦隊：以原曹越指揮的大明水師爲基礎成立北海艦隊，戰區範圍包括京津一帶外海及長江以北的內陸河湖；以原福建水師爲基礎。成立東海艦隊，戰區範圍長江以南至福建、湖南、四川一帶的外海及河湖，折分福建水師一部及廣州一線的水師戰船，組成南海艦隊。戰區範圍爲廣州外海及其餘兩個艦隊防區之外的河湖。
曹明任北海艦隊提督，一個新近被曹越發現的人物，原本在鄭芝龍手下任職的將領施琅被任命爲曹明的副手；黃得功調任東海艦隊提督，鄭芝龍之弟鄭芝風爲副提督；福建巡撫張肯堂被調任爲南海艦隊提督，負責組建及訓練艦隊事務。黃道周任其副職。
曹越的大明水師規模還很小，戰船都是木質，除了曹明所領的艦隊配備了大量的新式火炮，戰鬥力較強外，其他兩支艦隊戰鬥力都很弱。曹越準備花上二十年時間，把三大艦隊打造成世界上規模最大，戰鬥力最強的海軍，並隨之開始征服世界。
一切都要慢慢來，蒸汽技術要研製出來，鐵甲艦隊也要製作出來。更新式的火炮及其他武器都要研製出來。這樣大明的海軍實力，才能得到極大的提高，纔有征服世界的資本和實力。
大明皇家軍事學院也在曹越的親自操持下，很快就在燕子磯大營附近創辦起來。曹越親自擔任院長，並親自參加教學。學院開設的課程也是曹越親自選定，授課老師從高級將領及士林中選取，課業包括政治思想、軍事指揮、後勤管理、各技術兵種分類等等。
第一批學員也在軍事學院籌建後馬上招收，大都督府及五軍都督府的高級將領，都要參加學院的培訓，獲得結業證書後才能算學業完成。
初始授課曹越將提綱大部分課業。這批學員中的一部分，及一些實戰經驗豐富，善於總結經驗的效仿以後將成爲軍事學院的授課老師。曹越準備先給這些人灌輸新式軍事作戰理念，再通過他們教授給其他學員。通過這樣的方式，慢慢把軍事學院籌建完善，待以後再建立更多的軍校。
在親自負責這些事的同時，曹越也通過孫傳庭及其他被他控制的朝臣，制定了一系列社會變革的舉措，包括稅制的改革、行政體制的初步變革。支持並完善工商業、製造業的改革。後世時候所瞭解、並被證明非常有利於社會進步和發展的措施，曹越都準備搬到明朝來。一切都是爲了大明各方面能快速從戰爭的創傷中恢復過來，並有長足的發展，讓大明變得國富民強，讓世人爲之仰慕。
其實曹越最想的，就是戰事稍停，讓他有時間把一切打理好，讓大明的發展朝另外一個方向轉變，走向工業化、資本化，有脫胎換骨的變化。但世事總不會常如人意，曹越在南京緊張地引導各項社會變革的時候，北方的戰事，又不可避免地發生了。
確切地說，是率軍駐紮北京的曹變蛟認爲，在大明近衛軍休整一段時間，各種軍需都補充完畢後，應該再舉兵事了。
建奴在關外苟延殘存，所統轄的蒙古等其他部落相繼叛亂，朝鮮也正式提出脫離建奴，迴歸大明，並起兵反抗。吳三桂的關寧軍逃出關外後，並沒僕從建奴，而是與建奴爭奪地盤。
關外一片混亂的情況下，曹變蛟覺得已經休整完畢的大明近衛軍，可以出關平叛，徹底消滅建奴。
最終曹越同意了曹變蛟的所請，以大都督的身份，令其率駐紮在北方的七個近衛師近十五萬人，出關作戰。曹越也令曹明所領的北海艦隊，傾全力支持曹變蛟的北伐，及朝鮮脫離建奴的抗爭。同時令東海艦隊和南海艦隊也派出一部分兵力支援，以實戰開始練兵。
曹變蛟率軍出關作戰，曹越也要提防陝西、四川的流寇趁機作亂，在與孫傳庭、紅娘子等人商量一番後，曹越也決定派兵主動進攻陝西的李自成殘部。只不過這次西征，曹越並沒打算馬上就滅掉流寇，而是威懾，因此也沒派非常多的兵力，更沒親自領軍。
他讓主動請戰的紅娘子，率五個近衛師的人馬，從河南進軍，抵近流寇控制的地方。
只要流寇敢輕舉妄動，就果斷殲滅，這是曹越給紅娘子的授意。
原本曹越希望紅娘子就此結束軍旅生涯，正式嫁給他，以後在家裡相夫教子，但紅娘子並不甘願這樣，她還想給李巖報仇，以了卻最後的心願，因此也向曹越請命，討伐李自成的流寇。曹越最後同意了她的請求，並令曹傑和高傑作爲她的副手，一道出征討伐流寇。(。)