鄭芝龍和鄭森放棄與朝廷相抗，到南京來任職，這並沒有出乎曹越的意外。⊥，.他覺得，這是鄭芝龍和鄭森唯一的選擇。如果他們父子倆想保證鄭氏家庭的榮耀，那就必須選擇妥協，不然一切都會失去，除非他們繼續海盜的生活。
鄭芝龍和鄭森抵達南京的時候，曹越派了隨他一起回南京的劉良佐去迎接鄭芝龍父子，並暗示劉良佐，和鄭芝龍說點什麼。劉良佐是個聰明人，他馬上明白曹越要他這樣做的意思，爽快地領命去迎接，並在與鄭芝龍見面後，私下交談了一番。
劉良佐用很慷慨的語氣，向鄭芝龍稱讚了一番曹越的英明與神勇，再懺悔了一番自己此前的自大，對朝廷的命令陽奉陰違，還禍害百姓的行爲，表示他在跟隨曹越後，明白了很多事，一定會痛改前非，虛心向曹越學習，誓死追隨曹越。
他一再向鄭芝龍表示，曹越是大明的救世主，正是曹越率領大明近衛軍，以任何人都不願意相信的方式，將流寇逼退，把建奴趕出關外。天下之人，沒有比曹越更偉大者，他就是大明的中流砥柱。
劉良佐最後以非常誠懇的口氣，對鄭芝龍說，能聽從朝廷的令，到南京來任職，所部接受大都督府的改編，成爲大明新軍，會是其一輩子最明智的選擇。他也希望鄭芝龍抵京後，能儘快拜會曹越，把自己的心意表明，如此纔可以平安，纔可以大有作爲。
鄭芝龍當然知道劉良佐的情況，也清楚劉良佐現在的身份和處境，但他想不到，好歹算英雄人物的劉良佐，竟然對曹越如此忌憚和推崇，言語間處處以自己能得曹越寬恕。很快就會有機會領軍出征而自豪，對曹越沒有怨恨，只有敬佩。一個原本桀傲不順的豪傑，現在變成這個樣子，背後一定大有文章。他也馬上對劉良佐表現出了親熱，想從劉良佐這裡打探到更多的情況，包括曹越對自己的處置。
可以毫不誇張地說，這段時間鄭芝龍經歷了人生中最大的煎熬，他完全清楚朝廷的詔令和曹越的私信所代表的意思。他在與同族的長者還有自己的子嗣討論了好些天后，才下定決心。採納了長子鄭森的建議，聽從朝廷的號令，到南京來任職，將手下的軍隊交給曹越改編。
曹越能率軍數次重創建奴，在極短的時間內，將差點把流寇全部消滅的建奴趕出關外，這是何等的厲害。要知道，流寇可是在消滅了北五省的大明軍隊後，攻破了北京。逼迫崇禎皇帝自殺。原來的大明官軍不是流寇的對手，而流寇又是建奴的手下敗將，曹越能以劣勢兵力輕鬆擊敗建奴，那戰鬥力遠不如建奴的福建水師。根本不要與曹越所領的大明近衛新軍相抗衡。
與其有一天被朝廷宣佈謀逆，派大軍討伐，最終敗亡，還不如體面地順從。保住家族的一切，再圖謀而後動，這是鄭芝龍下決定時候所想的。只不過鄭芝龍心裡依然不甘心。他也想見識一下曹越是如何的厲害。今天聽了劉良佐所說，越加的好奇起來，也有點對自己的選擇慶幸了。
進了南京城後，鄭芝龍馬上提出，先不去驛站休息，他想馬上去拜會曹越。
劉良佐也同意了，表示他會帶鄭芝龍父子去大都督府見曹越，只不過曹越會不會今天就接見，他不敢保證。
一行人來到位於皇宮附近的大都督府，劉良佐親自進去通報。進去後稍一會他就出來，並讓鄭芝龍和鄭森父子進去。
鄭芝龍父子進去的時候，曹越正在大都督府正堂處置軍務，看到鄭芝龍父子進來後，也馬上站起來迎接。
“鄭都督遠道而來，本都原本想親自出城迎接，無奈軍務纏身，失了禮數，還請見諒!”曹越以晚輩之禮見了鄭芝龍，但卻以上官的口氣說話：“非常欣慰鄭都督能來南京任職，如今南京五軍都督府職位空缺不少，五軍都督府事務都沒辦法正常開展，鄭都督到來後，相信很多事都有人處置了!”
“下官久聞大都督之英名，今日得見，實是三生之幸事，”看到曹越這麼年輕，與自己的兒子鄭森都差不多年紀，但氣度卻比鄭森不知道要沉穩多少，氣勢上比他這個年長者都要出色，不禁暗暗吃驚，也趕緊恭敬地回話：“下官雖然偏居福建，但也聽聞了大都督許多軼事，甚是敬仰，早就想面見大都督，討教軍務之事。今次得大都督召喚，不敢有任何的耽擱，馬上就率犬子鄭森，來南京面見大都督。以後，還請大都督多多教誨，下官不勝感激。”
“鄭都督客氣了，”曹越淡淡地回了一句：“以後我們定有機會，經常討論軍務之事，也希望鄭都督能把福建水師的情況，詳細告知大都督府，以便改編海軍之事，能順利進行。到時候，本都一定會親自爲你向皇帝陛下請功。”
“非常感謝大都督的提攜和信任，下官一定竭盡所能，替朝廷做事，幫大都督分憂!”鄭芝龍隱隱地感覺到了曹越身上散發出來的氣勢，這種感覺讓他不敢有任何的不敬表示，說話間都非常恭敬。
這時候，鄭森也在其父的示意下，上前向曹越行禮。
曹越坦然接受了鄭森的致意，並上下打量了其一番。
還真不要說，著名的歷史人物自然有其出衆之處，與鄭芝龍相比較，鄭森更顯得有朝氣，而且明顯就是一個進取心非常強烈，性格非常外向，可以用熱血青年來形容的那類人。
“聽聞鄭公子謀略出衆，所學不凡，非常懂水師作戰之道。今次讓你到南京來任職並學習，希望你學有所成。待你學成之日，就是你大展宏圖的時候。本都非常希望，大明海軍的統帥，能在非常熟悉水師作戰之道的鄭家人中產生!”
曹越的一番話，頓時把鄭芝龍和鄭森都驚呆了。鄭芝龍是不敢相信，而鄭森則被驚的目瞪口呆後，全身上下都充滿了狂喜。
鄭氏父子驚詫和狂喜之後，都得出一個結論，曹越今日說這番話，定不會隨便說說，而是意有所指!(。)