康熙十五年二月，平南王尚可喜之子尚之信叛於廣州。
四月，郡王勒爾錦同吳三桂軍在太平街一戰又敗，退守荊州，具疏請罪。玄燁雖然斥其守土三年，未獲寸功，卻仍舊希望他立功自贖。
七月，耿精忠部中都尉徐光武看到鄭經軍威日盛，耿軍人心惶惶，於是，他秘密派人攜書，馳赴衢州守將馬九玉，令速請清軍入閩。逾月，馬九玉遣心腹向奉命大將軍、康親王傑書納款。十六日，馬九玉率軍繞道常山、玉山，由河口分水關進入福建。傑書命寧海將軍喇哈達、都統賴塔等將士尾隨其後。二十日，清軍進入福建關隘仙霞關，耿部守將獻城迎降。二十一日，清軍收復浦城。
八月，清軍進入了福建關隘仙霞關，連克浦城、建陽、建寧等府縣。鄭經也在奪得漳、泉、汀府府後，復取興化，兵鋒直指耿精忠所據省城福州。是時，耿部守潮州、海澄等地官兵紛紛降鄭，而白顯忠一部在江西又被清軍大敗，連失建昌、饒州、廣信等府縣，曾養性部則在浙江被清軍所阻。福州勢危。
九月，賴塔等部清軍克建陽、建寧等府城。同月，傑書統兵至延平，耿部守將耿繼美等開城降清。同時，耿精忠遣子獻印請降。
奉命大將軍、康親王傑書以軍帖形式勸耿精忠歸降，其書稱：“鄭經與爾有仇，爾當助大兵進剿立功，何久事仇人爲叛逆？”許以爲他保題，仍爲王爵，鎮守福建。耿精忠知勢不可爲，乃生降意。同月十九日，耿精忠剃髮易服，遣子耿顯祚等向傑書獻印請降，兼迎清軍入城。逾月，傑書率師至福州，耿精忠領文武官員出城迎降，獻上所屬官兵印冊。清軍入城安民，傳檄所屬郡縣。耿精忠向傑書請求立功贖罪。玄燁命耿精忠保留靖南王爵，統所部征討鄭經以自贖。耿部兵丁照額留用，餘者另行安排。覆命其弟耿昭忠爲鎮平將軍，駐福州，統轄靖南王藩下留守官兵、家口。
十月，傑書率師至福州，耿精忠出城迎接，清軍入城安民，傳檄各府縣。復連取鄭經所據興化、泉州、漳州等府。
次年二月，除鄭經尚據廈門外，清軍收復了福建全省。
次年三月，耿精忠會同其他清軍，率部攻潮州，鄭部劉進忠降。
八月，玄燁命耿精忠仍駐潮州。十八年十月，因福州滿洲兵即將撤離，玄燁慮耿精忠又生他變，諭傑書促其來京陛見。二十一年正月，玄燁待耿精忠旗下人員全部由福建撤至京城後，傳旨：革去耿精忠王爵，即凌遲處死，其子耿顯祚革職處斬，黨羽白顯忠、曾養性、劉進忠等八人凌遲處死，黃國瑞等十五人處斬，耿精忠、劉進忠首級懸掛示衆。
康熙十五年九月，耿精忠降清，尚之信勢益孤。耿仍留靖南王爵，證實了玄燁曾有所言，“如輸誠悔罪，仍許自新。”
十二月，尚之信命人攜密疏來到揚威大將軍、簡親王喇布軍前，請予準降。喇布立即代奏。
九月，玄燁諭尚之信，將其已往之罪並其屬下官兵全部赦免，準立功自贖。十六年五月，尚之信率廣東省城文武官兵民等剃髮歸降，並派其弟尚之瑛往韶州，迎接鎮南將軍莽依圖所統清軍。六月初三日，玄燁命尚之信襲其父尚可喜平南親王爵，出兵往徵湖南。然而，自此之後，尚之信以各種藉口，拒絕出兵，駐兵不離省城。
十七年正月，清軍接連敗與吳三桂軍，廣西危機。玄燁即命尚之信火速進兵廣西。尚之信則已沿海有警，兵力有限，難以分兵回奏。復以高、雷、廉三州府初定，人心不穩，仍請留駐廣州。十八年七月，尚之信疏稱所患痢疾加重，擅自將橫州等地前線兵撤至廣州。其間，永興危機，他坐視不救；從徵之師，又密囑勿進。尚之信本性殘暴，酗酒傷人，視爲常事。對藩下投清官員，他非辱即殺，引起極大民憤。十九年三月，尚之信偶赴廣西武宣。護衛張永祥等趕至京城，首告尚之信諸多罪狀。玄燁即命刑部侍郎宜昌阿、郎中宋俄託等以巡視海疆爲名赴廣東查實，如罪證確鑿，可令都統王國棟將他逮捕。五月二日，宜昌阿與王國棟傳檄正在武昌的總督金光祖。金隨即兵圍武昌，逮捕尚之信並將其押回廣州處死。兩廣局勢漸趨穩定。
戰事連續兩年間紛雜反覆，玄燁無暇顧及後宮，康熙十五年十六年間，只在康熙十五年六月，診出庶妃章佳氏有孕，章佳氏又與康熙十六年二月，生下十一阿哥胤祉。
康熙十六年正月，玄燁調陝西和河南兵，進取漢中兵增補荊州，令勒爾錦乘機渡江，收復湖南，不準延誤戰機。
二月，叛軍官兵相繼投誠。三月，朝廷下旨撫卹殉難官員及家屬。
七月二十九日，玄燁召大學士噶布喇、李蔚等大臣，論及朋黨之害，諭示：人臣服官，惟當一意奉公。如若分立門戶，私植黨羽，始則蠹國害政，終必禍及身家。歷觀前代，莫不皆然。他明確指出：那些暗結黨羽者，形跡詭密，然其背公營私，人必知之。因爲他們凡論人議事之間，必以異同爲是非，愛憎爲譭譽，公論難容，國法莫逭。百爾臣工，理宜痛戒！若夫汲引善類，不矜己長，同寅協恭，共襄國家。誠如宋代歐陽修所云，君子同道爲朋者，是又不可以朋黨論之。
前朝如此繁忙，後宮也並未閒着，玄燁於百忙之中制定了後宮嬪妃的等級，完善了自順治朝以來後宮嬪妃制度的不完整，而後，就下了一道冊封后宮諸人的明旨，之後的冊封大典就全權交由皇后操辦了。
諭旨冊封博爾濟吉特氏爲蘭貴妃，冊庶妃張氏爲榮嬪，冊庶妃董氏爲端嬪，冊庶妃納喇氏爲惠嬪，冊庶妃赫舍里氏爲僖嬪，冊庶妃李氏爲安嬪，冊庶妃郭絡羅氏爲宜嬪，冊庶妃章佳氏爲敬嬪。
這道大封后宮的旨意，將後宮中所有有生育的后妃皆封了主位，除卻身份尊貴的蘭貴妃之外，皆是嬪位，這些人俱可有資格親自撫養自己的兒女，其實撫養也並非能一直養在身邊，而是在阿哥格格們滿六歲之前，嬪位以上的后妃皆可自行前往兆祥所或南三所探望，滿六歲後，阿哥和格格們都要讀書習字，便不能自行探望了，而是必須等阿哥格格們下學後去各宮中請安時纔可相見。
並且，嬪位以上后妃生下阿哥或格格後，皆可在身邊養至兩歲，方纔送入兆祥所或南三所去居住。
這些規矩都是珠錦告訴玄燁後，玄燁斟酌可行，就在諭旨中加了，但是這些話都是以珠錦的名義說的，如此一來，珠錦爲后妃爭取了這樣貼心的事情，后妃諸人自然都是感念珠錦的，就只這一條，珠錦在後宮是越發的得人心了。
這道大封后宮的旨意之中，唯有一人是破例晉封的。
這便是僖嬪赫舍里氏，她做庶妃時，不得玄燁的寵愛，也不曾替玄燁生育子女，本該是不能晉封的，可她又是侍奉玄燁的老人兒了，珠錦到底還是可憐她在宮中日子孤寂，想着她個性老實，又怕新進的嬪妃會欺負她，念着當年是一起走過來的情誼，還是跟玄燁進言了，玄燁也是可憐她，最終到底給了她一個跟上上輩子一樣的嬪位。
這日，已成了貴妃的烏蘭其其格又與珠錦來閒聊，說起玄燁最近寵幸一個宮女的事兒來，直呼玄燁不像話。
“這後宮的嬪妃難道還不夠多麼？居然去寵幸一個端茶遞水的宮女，皇上這是怎麼了？”
烏蘭其其格除了身懷有孕之時不能操勞外，一直都在幫珠錦協理後宮庶務的，在珠錦懷孕和生產之時，也是獨自代領過後宮之事的，是以她久居上位，除了那幾分潑辣之氣外，越發添了幾分上位者的貴氣，在珠錦跟前，她是絲毫不掩飾自己對一個宮女能上位的鄙夷和厭惡的，“她是康熙十二年入的宮，還不是自選秀選進來的，是從內務府的宮女小選選進來的！這烏雅氏是正黃旗出身，內務府包衣，其祖父也不過是膳房的總管罷了，姐姐，你說這樣的人，身份如此微賤，怎麼配伺候皇上呢？”
“皇上喜歡，咱們又能說什麼？”
對烏蘭其其格口中的烏雅氏，珠錦是一點兒也不陌生的，她只微微笑道，“你說的烏雅氏我也知道，是皇上新近才寵幸上的，本來是乾清宮奉茶宮女，做的是細活，又是在御前伺候的，做的全是眼見的事兒，能被皇上看上，也是她的機緣，只不知這烏雅氏長得如何？若是貌美，那也就不能解釋皇上爲什麼這般喜歡她了。”
珠錦如今已有二十五歲了，她心裡明白得很，將來還會有更多的十幾歲的鮮嫩小姑娘像烏雅氏這樣得玄燁所青睞的。
“貌美什麼啊！姐姐沒瞧過不知道，那烏雅氏的模樣平淡無奇，也就比僖嬪好看一點兒，實在是談不上什麼傾國傾城，連美人兒都算不上！真不知皇上喜歡她什麼！”
烏蘭其其格冷哼一聲，道，“聽說啊，昨天皇上已吩咐了，叫烏雅氏在常在居處住下，她還沒有冊封呢，不過是個庶妃罷了，連個答應都不是，正經連個小主都沒爭上，就能住在常在堆裡頭，真是得聖寵了！若是她有孕了，皇上還不知要怎麼樣呢！”
烏蘭其其格望着珠錦道，“姐姐，你就不能勸勸皇上嗎？這麼多年了，我還從沒見過皇上這樣呢！”