李雲聰依託着之間軍隊的協助，成功的摸清楚了馬尼拉城中的人口情況，其中華人的數量約有十二萬五千人，加上後來陸陸續續從東南亞各地移民過來的華人，這些人大多艘在馬尼拉定居下來，因此華人的數量增加到了二十一萬人，這個數量甚至是超過了當時的臺南的總人口，可謂是中華帝國的第二大城市，如果再考慮到當地的土著人的話，這個第二的位置就跑不了了。
土著人的數量起初只有十五萬多，但是隨着中華軍將附近大批的西班牙人的農莊收回和清剿，發現這裡面有大批數量的土著勞動力，這些人已經擺脫了部族式的羣居生活，真正的適應了農耕的生活，於是中華軍就將這些人繼續僱用起來，還是讓他們繼續在莊園裡面幫忙，但是將他們的數量和詳細的信息做了登記之後，將他們劃歸到馬尼拉的土人的行列中去，這些勞力的數量衆多，足足有七八萬人之多，因此馬尼拉的土人的數量一下子達到了二十多萬，再一次超過了華人的數量。
除了土人之外，馬尼拉還有一定數量的西班牙人，這其中包括之前從海盜手中解救下來的一千多名西班牙女人，以及之前不願意或者是來不及撤離的西班牙人，他們的數量不多，只有不到三千人，因此形不成氣候。
令李雲聰感到頭疼的當然是這些土著人了，他們人數衆多，而且很多人都是從北方流竄過來的，主要以年輕男性爲主，這樣的人羣一旦聚集起來將會對馬尼拉的穩定造成極爲嚴重的威脅。
不過在這個時候中華軍開始在馬尼拉興建一些列的工廠，以及組織土著人到城外去開墾荒地，再加上最近在呂宋發現了一處銅礦，因此也招收了不少的礦工，這些都對馬尼拉的土著人的分流起到了積極的作用，但是城中至少還有三到五萬的土人依然是一個比較大的隱患。
既然如此。李雲聰就想出了一個辦法，那就是單獨在這些人中間招募士兵，然後編練成一軍，就叫做呂宋軍。這支部隊第一批招募了一萬兩千餘人，先看看土著人的表現如何，李雲聰也擔心這些士兵在得到了武器之後會對中華帝國在呂宋的統制產生威脅，所以這個時候只是先對他們進行基本的訓練，武器的訓練也是分批進行。並且在中華軍的監督之下完成的。
不過這些土著人的表現目前看來還是比較正常的，沒有發生預料之外的事情，這些士兵大多都身材矮小，但是因爲他們常年出沒於呂宋的各處山地和叢林，因此大多體型健壯，善於奔襲，這也正是李雲聰看重他們的原因。
這些士兵大多數之前都是獵人，也有一部分之前曾在西班牙人的手下當僱傭兵，因此大多都具有一定的軍事條件，這個時候經過幾個月的訓練之後。他們已經能夠順利的完成一般軍隊的基本要素，只是讓李雲聰有點意外的是，這些士兵的火器訓練十分的不順利，很多士兵都是第一次使用火器，他們不僅不會使用而且似乎還對這種能夠發出巨大響聲射中很遠處敵人的武器懷着一種畏懼，除了一部分之前在西班牙人手底下當過僱傭軍的土著人表現的還算是中規中矩以外，其他士兵幾乎全都在槍械上面表現不合格。
整整一個月過去了，士兵們的進展還是不是很大，這樣李雲聰有點苦惱，最後只好不強求他們訓練得跟中華軍的正規士兵具備一樣的槍法水準。只要求他們能夠會使用槍械就行了。
然後在從他們中間挑選出具備專長的士兵，組成一種特殊的軍隊，這些士兵會裝備中華軍特製的弩箭，這種弩箭是威力巨大的十字弩。通過弩身上面的絞盤攪動上弦，操作比較簡便但是威力遠比土著人之前使用的自制弓箭的大得多，除此之外還給他們製造了改良版的吹箭，這種小巧的武器雖然威力不大，但是卻在叢林戰之中能夠發揮出比較大的效果。
土著人大多都會使用弓箭，因此這些弩箭經過短暫的培訓之後受到了他們的追捧。許多原本打算將就着使用火槍的士兵這個時候都會開口要一張這樣的弓弩，除此之外這些士兵還會裝備一些比較輕便小巧的武器，用來近戰，中華軍的冷兵器種類比較少，無非就是刀槍斷劍之類的，但是這些武器這些土著人用不慣，他們更喜歡用一種阿拉伯人使用的彎刀，其實這種彎刀就是之前從中國流傳出去的，在十三十四世紀的時候被蒙古軍隊帶到了世界各地，對於騎兵來說，在高速奔跑的戰馬身上做出劈砍的動作，其實是有一定的風險的，很容易在對敵人造成損傷的時候附帶的對自己也造成損傷，這主要是因爲馬速很快，如果士兵的武器在刺中敵人的時候沒能及時的拔出來，那麼他們就會很容易因此受傷，因爲戰馬是不會等着他們的。
在這種條件之下，世界各國的騎兵所採取的辦法都不盡相同，漢朝的時候曾近建立了中國古代最爲強大的騎兵，但是他們裝備的多是長兵器，比如說長槍或者長戟，這種武器對於騎兵來說就屬於重武器了，因此這樣的騎兵的速度往往不會很快，但是衝擊力卻是最強的，因此爲了增強衝擊力和防護力，這樣的騎兵往往人馬具甲，重量會很重，在古代比較缺鐵的情況下面，這種騎兵的數量不會很多，因爲其建造的費用會非常昂貴。
唐朝時李世民曾經有意建立一支重騎兵，因爲北方的突厥人的襲擾十分猖獗，但是這支騎兵的的數量只有五千人，主要還是受制於國力不能大批量的組建這種部隊。
而在唐代以後，中原的朝廷就在於沒有組建起強大的軍隊了，尤其是強大的騎兵，只有北方遊牧民族時常一騎兵扣關，在十世紀到十二世紀的時候主要是契丹人，在這之後相繼出現了女真人、党項人、蒙古人，其中以女真人和蒙古人的騎兵最具代表性。。