1879年9月6日，英國遠征艦隊的二十餘艘航行至保皇黨控制的北部沿海地區，科爾多瓦、累西腓、馬塞約等沿海城鎮皆遭受到英國軍艦威懾，9月8日，三萬巴西共和軍搭乘英國軍艦登陸巴伊亞州南部港口賽古魯港，9月9日，3500餘保皇黨守軍不敵共和軍攻擊，撤離賽古魯港向北部內陸地區撤退，9月12日，共和軍一路北上，先後收復被保皇黨軍隊控制的伊列烏斯、伊塔卡雷，9月14日，共和軍佔領蒂尼亞雷島，與駐守在瓦倫薩的保皇黨軍隊隔海對峙。
9月17日，英國駐巴西公使奧斯頓調停共和黨、保皇黨兩派爭端，雙方答應以蒂尼亞雷島、瓦倫薩、塞拉格蘭德一線爲停火線，停火線以北的巴伊亞州北部地區、馬拉尼昂州、皮奧伊州、塞阿拉州、北里奧格蘭州、伯南布哥州等一共八個半州歸屬保皇黨軍隊控制，停火線以南以及巴西北部地區的阿馬帕州、帕拉州、託坎廷斯州都歸屬共和政府統治，兩方軍隊皆退回劃定的控制地區，不得越線挑釁。
在英國遠征艦隊支援巴西共和軍發動沿海攻勢前一天，也就是9月5日，漢國與英國、巴西、智利三方的停戰談判再次啓動，有了第一次談判的鋪墊，第二次談判剛開始就直奔主題，兩方代表將一些只是提高要價，而對方根本不可能接受的條件剔除後，各自提出相對有誠意的和談條件，然後英、巴西、智利三國代表分別就本國提出的條件與漢國單方面談判，9月14日，第一輪談判結束，漢國與英國、巴西兩國就阿根廷問題達成初步共識，英國、巴西共和政府承認漢國對阿根廷、烏拉圭的兼併佔領，而智利政府則反對漢國將巴塔哥尼亞荒原太平洋一側的土地納入統治，
9月15日，巴拉圭國王小洛佩斯進軍聖保羅州受阻，在英國人壓力下，也加入停戰談判，當天中午，巴西共和政府以達成與漢國的和解爲由，退出對漢國和談。
9月16日，漢國在海外殖民據點問題上做出讓步，願意將基斯馬尤據點和姆特瓦拉據點交付英國政府管轄，同時漢國政府承諾納土納羣島非武裝化，漢國方面停止在納土納羣島上面興建新的防禦工事，撤離多餘的軍隊，島上駐軍人數限制在400人以內，而宋卡因爲名義上屬於泰國王國領土，漢國政府拒絕同意將宋卡交給英國馬來殖民政府管轄，馬來半島是亞洲緊扼馬六甲航道的咽喉，在南美事務上，英國人不在乎漢國人多佔了幾塊土地，可是面對可能威脅馬六甲海峽的外來武裝，英國人絲毫不願意讓步，爲了儘早達成和談，胡亞基請示李明遠後，表示願意做出讓步，漢國政府承諾1880年之前，撤出駐紮在宋卡的全部軍隊，不再幹涉
宋卡內部事務，而作爲交換，英國政府應該尊重宋卡主權，不得無故吞併宋卡所屬領地。
與具有決定權的英國人達成停戰協議，剩下一個智利，即使嚴重不滿，最後在胡亞基答應不再幹涉太平洋戰爭進程的保證下，不得不做出讓步，默認漢國對巴塔哥尼亞荒原太平洋一側地區的所有權，漢國政府與智利以瓦爾迪維亞爲分界線，由此，漢國政府獲得了包括太平洋地區的出海口，包括瓦爾迪維亞、蒙特港在內的兩個港口城市都將成爲未來二十年，新崛起的兩個移民運輸口岸。
簽訂《里約熱內盧合約》，漢國正式獲得了阿根廷、烏拉圭、巴塔哥尼亞荒原太平洋一側的出海口，百分之八十以上的拉普拉塔平原地區落入漢國掌控中，漢國獲得了成爲崛起大國的根基之地，而英國通過談判，解決了巴西共和政府的危局，擺脫了深陷南美戰爭泥潭的尷尬境地，當然，最被英國人重要的是，破壞了漢國、巴拉圭、玻利維亞、秘魯四國間的攻守同盟，沒有了漢國強力武力的支撐，窮兵黷武、國內經濟不斷惡化的巴拉圭王國統合不了秘魯、玻利維亞，面對巴拉圭、秘魯、玻利維亞三國政府各自爲戰的局面，白金漢宮的政客們確信，單靠大英帝國的威名和遠征艦隊的威懾，足以恢復英國資本對秘魯、玻利維亞兩國的控制，而失去同盟依靠的小洛佩斯，面對對外擴張方向被堵死的局面，最多掙扎個三五年，便會因爲內部矛盾激化而被推翻下臺。
漢國、巴拉圭、玻利維亞、秘魯四國聯盟因爲《里約熱內盧合約》的簽訂走到盡頭，而實際上，在第二次阿根廷戰爭進行期間，四國同盟便名存實亡，先是小洛佩斯按兵不動，坐視漢國軍隊三面作戰，後來小洛佩斯興兵攻打巴西共和政府，漢國方面也沒有出兵助戰。
十年時間過去，四國間的實力對比發生了顛覆性變化，秘魯、玻利維亞兩國內部軍閥林立，依靠政變上臺的國家總統，十年間換了幾波人，兩國的軍事實力、經濟實力依舊徘徊不前，巴拉圭方面，即使領土面積擴增到120萬平方公里，小洛佩斯先後將巴西的南馬格羅索州、戈亞斯州北部、馬託格羅索州部分地區併入統治範圍內，但是在人口方面，巴拉圭人口只是增加到60萬，和漢國800萬人口數量相比，差距太過懸殊。
人口、經濟、軍事實力皆超過其餘三國，繼續維持四國同盟，除了耗費財力和招致其他三國顧忌外，還無端引起英國人忌憚。
四國同盟失去了十年前的作用，吞併整合阿根廷、烏拉圭等新佔領區的漢國已經不需要拉攏秘魯、玻利維亞兩國抱團取暖，因此，順應英國人的心意，犧牲秘魯、玻利維亞、巴拉圭三國的利益，換取寶貴的和平發展期，對漢國方面而言，是一筆比較划算的買賣。
南美洲大西洋一線戰火停歇，另一線的太平洋沿岸，沒了漢國軍隊牽制，智利海軍憋着一肚子火氣，沿着海岸線北上去找玻利維亞、秘魯兩國的麻煩，9月20日，伊基克陷落，9月22日，智利海軍兵圍秘魯首都利馬，城內的秘魯軍隊兩次出城作戰都沒能打破智利軍隊的圍攻，9月26日，智利海軍兩艘大型鐵甲艦利用海水漲潮期，駛進軍港，炮轟利馬城，9月28日，兩萬智利陸軍在海軍艦炮配合下，攻進利馬城，秘魯總統不幸被俘，被迫簽訂屈辱的停戰條約，將莫克瓜省、塔克納省、塔拉帕卡省、阿里卡市、伊基克市五地割讓給智利。
10月2日，玻利維亞政府獨木難支，也不得不承認智利佔領安託法加斯塔的事實，至此，歷史上持續4年的鳥糞戰爭提前結束，智利在失去南部巴塔哥尼亞荒原地區所有權後，從秘魯、玻利維亞兩國手裡奪取了重要的硝石產地，而且和歷史上相比，智利方面額外從秘魯手裡獲得了莫克瓜、塔克納兩省，總體比較起來，倒也不算太吃虧。